RESUMO
Background: Paracoccidioidomycosis is an endemic mycosis caused by members of the Paracoccidioides genus. Brazil remains the focus area and, to a lesser extent, the disease has been reported from Argentina, Colombia and Venezuela. Aims: A Venezuelan Paracoccidioides brasiliensis strain, isolated from a patient diagnosed with chronic multifocal paracoccidioidomycosis, was subjected to whole genome sequencing to provide more insight about Paracoccidioides outside the endemic focus area. Methods: P. brasiliensis strain CBS 118890 was whole genome sequenced using nanopore; library preparation with the native barcoding genomic DNA kit was followed by sequencing on Flongle and MinION flowcells. Batches of strain CBS 118890 were re-identified by sequencing the internal transcribed spacer (ITS) region, and final identification was made based on phylogenetic analysis. Results: Surprisingly, the Venezuelan P. brasiliensis strain CBS 118890 turned out to be a Nannizziopsis species. The batches of this strain were ITS sequenced followed by phylogenetic analysis and resulted in the final identification of Nannizziopsis arthrosporioides. Conclusions: Nannizziopsis infections are commonly seen in a wide variety of reptiles, but are particularly rare in human infections. This case underlines the need for molecular characterization of cases that clinically mimic paracoccidioidomycosis but that are serologically negative for Paracoccidioides.(AU)
Antecedentes: La paracoccidioidomicosis es una micosis endémica causada por especies del género Paracoccidioides. Brasil sigue siendo el área con la mayor incidencia y, en menor medida, se ha informado de casos en Argentina, Colombia y Venezuela. Objetivos: Una cepa venezolana de Paracoccidioidesbrasiliensis, obtenida de un paciente diagnosticado con paracoccidioidomicosis multifocal crónica, se sometió a secuenciación completa del genoma para obtener más información sobre Paracoccidioides fuera del área de foco endémico. Métodos: Se secuenció el genoma completo de la cepa CBS 118890 de P. brasiliensis mediante la técnica de secuenciación de nanoporos; tras la preparación de la librería con el «native barcoding genomic DNA kit» se procedió a la secuenciación con el Flongle y MinION flowcells. Los lotes de la cepa CBS 118890 se volvieron a identificar mediante la secuenciación de la región del espaciador transcrito interno (ITS), y la identificación final se realizó en función del análisis filogenético. Resultados: Sorprendentemente, la cepa venezolana P. brasiliensis CBS 118890 resultó ser una especie de Nannizziopsis. Los lotes de esta cepa se secuenciaron mediante ITS seguido de un análisis filogenético y dieron como resultado la identificación de la especie Nannizziopsis arthrosporioides. Conclusiones: Las infecciones por Nannizziopsis se observan comúnmente en una amplia variedad de reptiles, pero son particularmente raras en infecciones humanas. Este caso subraya la necesidad de la caracterización molecular de los casos que clínicamente reflejan paracoccidioidomicosis, pero que son serológicamente negativos para Paracoccidioides.(AU)
