Informatics progress of the Global Burden of Animal Diseases programme towards data for One Health.

The Global Burden of Animal Diseases (GBADs) programme will provide data-driven evidence that policy-makers can use to evaluate options, inform decisions, and measure the success of animal health and welfare interventions. The GBADs' Informatics team is developing a transparent process for identifying, analysing, visualising and sharing data to calculate livestock disease burdens and drive models and dashboards. These data can be combined with data on other global burdens (human health, crop loss, foodborne diseases) to provide a comprehensive range of information on One Health, required to address such issues as antimicrobial resistance and climate change. The programme began by gathering open data from international organisations (which are undergoing their own digital transformations). Efforts to achieve an accurate estimate of livestock numbers revealed problems in finding, accessing and reconciling data from different sources over time. Ontologies and graph databases are being developed to bridge data silos and improve the findability and interoperability of data. Dashboards, data stories, a documentation website and a Data Governance Handbook explain GBADs data, now available through an application programming interface. Sharing data quality assessments builds trust in such data, encouraging their application to livestock and One Health issues. Animal welfare data present a particular challenge, as much of this information is held privately and discussions continue regarding which data are the most relevant. Accurate livestock numbers are an essential input for calculating biomass, which subsequently feeds into calculations of antimicrobial use and climate change. The GBADs data are also essential to at least eight of the United Nations Sustainable Development Goals.

Le programme " Impact mondial des maladies animales " (GBADs) a pour but de réunir des éléments probants axés sur des données, qui soient exploitables par les décideurs politiques pour évaluer les solutions envisagées, fonder leurs décisions et mesurer le succès des interventions dans les domaines de la santé et du bien-être des animaux. L'équipe informatique du GBADs a conçu un processus transparent pour l'identification, l'analyse, la visualisation et le partage des données, grâce auquel il sera possible d'estimer l'impact des maladies du bétail et de réaliser des modèles et des tableaux de bord sur le sujet. Les données ainsi réunies peuvent être combinées avec celles couvrant d'autres problématiques ayant un impact mondial (santé humaine, pertes de récoltes, maladies d'origine alimentaire) afin de fournir l'éventail complet d'informations Une seule santé requis pour faire face à des enjeux tels que la résistance aux agents antimicrobiens ou le changement climatique. La première phase du programme a consisté à recueillir des données ouvertes auprès de diverses organisations internationales (qui procèdent également à leur propre transformation numérique). Les efforts déployés pour parvenir à une estimation précise des effectifs des cheptels ont mis en lumière les difficultés à trouver les données détenues par différentes sources, à y accéder et à les recouper au fil du temps. Des ontologies et des bases de données graphiques sont en cours d'élaboration pour résoudre le problème des silos de données et pour améliorer la facilité de recherche et l'interopérabilité des données. Les données du GBADs sont désormais expliquées sous forme de tableaux de bord, de récits construits à partir des données, ainsi que dans un site web documentaire et un Manuel de gouvernance des données, tous disponibles via une interface de programmation d'applications. Le partage des évaluations de la qualité des données renforce la confiance dans ces dernières et encourage à les appliquer pour traiter les problématiques affectant l'élevage ou relevant de l'approche Une seule santé. Les données relatives au bien-être animal présentent une difficulté particulière : elles sont, pour l'essentiel, détenues à titre privé et la question de savoir quelles sont les données les plus pertinentes est toujours en discussion. Les effectifs des cheptels doivent avoir été déterminés de manière précise afin de calculer la biomasse animale, élément qui entre par la suite dans le calcul des quantités d'agents antimicrobiens utilisés et des indicateurs du changement climatique. Les données du programme GBADs sont également essentielles au regard d'au moins huit des objectifs de développement durable des Nations Unies.

El programa sobre el Impacto Global de las Enfermedades Animales (GBADs) proporcionará información contrastada y basada en el uso de datos de la que luego puedan servirse los planificadores de políticas para valorar distintas opciones, decidir con conocimiento de causa y medir la eficacia de una u otra intervención en materia de sanidad y bienestar animales. El equipo informático encargado del GBADs está preparando un proceso transparente destinado a seleccionar, analizar, visualizar y poner en común datos que ayuden a calcular la carga de enfermedades del ganado y a guiar la elaboración de modelos y paneles de control. Estos datos pueden ser combinados con datos referidos a otros grandes problemas planetarios (salud humana, pérdida de cultivos, enfermedades de transmisión alimentaria) para obtener el repertorio completo de información en clave de Una sola salud que se necesita para abordar problemáticas como la resistencia a los antimicrobianos o el cambio climático. El programa empezó por reunir datos abiertos procedentes de organizaciones internacionales (inmersas, por otra parte, en su propio proceso de transformación digital). La labor emprendida para estimar con exactitud las cifras de ejemplares del mundo pecuario reveló ciertos problemas a la hora de encontrar, obtener y conciliar datos de distintas fuentes a lo largo del tiempo. Ahora se están elaborando ontologías y bases de datos gráficos para crear conexiones entre los "silos de datos" y lograr que los datos sean a la vez más compatibles entre sí y más fáciles de localizar. Paneles de control, interpretaciones narrativas de los datos ("data stories"), un sitio web de documentación y un manual de gestión de datos ayudan a explicar y aprehender los datos del GBADs, accesibles ahora por medio de una interfaz de programación de aplicaciones. El hecho de poner en común las evaluaciones de la calidad de los datos genera mayor confianza en esta información, promoviendo con ello su aplicación en temas de ganadería y de Una sola salud. Los datos de bienestar animal plantean una particular dificultad, pues gran parte de esta información está en manos privadas y todavía no está claro cuáles son los datos de mayor interés. Disponer de cifras exactas sobre el número de cabezas de ganado es fundamental para efectuar los cálculos de biomasa que después se utilizan para hacer otros cómputos referidos al uso de antimicrobianos y al cambio climático. Los datos del GBADs son asimismo esenciales para al menos ocho de los Objetivos de Desarrollo Sostenible de las Naciones Unidas.

Global Burden of Animal Diseases: a novel approach to understanding and managing disease in livestock and aquaculture.

Investments in animal health and Veterinary Services can have a measurable impact on the health of people and the environment. These investments require a baseline metric that describes the burden of animal health and welfare in order to justify and prioritise resource allocation and from which to measure the impact of interventions. This paper is part of a process of scientific enquiry in which problems are identified and solutions sought in an inclusive way. It poses the broad question: what should a system to measure the animal disease burden on society look like and what value would it add? Moreover, it aims to do this in such a way as to be accessible by a wide audience, who are encouraged to engage in this debate. Given that farmed animals, including those raised by poor smallholders, are an economic entity, this system should be based on economic principles. These poor farmers are negatively impacted by disparities in animal health technology, which can be addressed through a mixture of supply-led and demand-driven interventions, reinforcing the relevance of targeted financial support from government and non-governmental organisations. The Global Burden of Animal Diseases (GBADs) Programme will glean existing data to measure animal health losses within carefully characterised production systems. Consistent and transparent attribution of animal health losses will enable meaningful comparisons of the animal disease burden to be made between diseases, production systems and countries, and will show how it is apportioned by people's socio-economic status and gender. The GBADs Programme will produce a cloud-based knowledge engine and data portal, through which users will access burden metrics and associated visualisations, support for decisionmaking in the form of future animal health scenarios, and the outputs of wider economic modelling. The vision of GBADs, strengthening the food system for the benefit of society and the environment, is an example of One Health thinking in action.

Les investissements réalisés en santé animale et dans les Services vétérinaires ont un impact mesurable sur la santé des personnes et de l'environnement. Le système de mesure appliqué à ces investissements doit reposer sur un référentiel de base décrivant l'impact de la santé et du bien-être animal de manière à justifier et classer par priorités les ressources allouées et à mesurer les effets des interventions. Les auteurs présentent une étude conduite dans le cadre d'une enquête scientifique destinée à identifier les problèmes et à rechercher des solutions de manière inclusive. L'étude pose la question de savoir à quoi devrait ressembler un système conçu pour mesurer l'impact sur la société des maladies animales, et quelle serait sa valeur ajoutée. En outre, l'étude est conduite de manière à être accessible à une large audience afin d'encourager cette dernière à participer aux discussions. Étant donné que les animaux d'élevage constituent une entité économique, y compris les animaux appartenant à des éleveurs pauvres, le système de mesure doit reposer sur des principes économiques. Les exploitants pratiquant une agriculture de subsistance subissent les effets négatifs des disparités entre les différentes technologies applicables à la santé animale, disparités auxquelles il est possible de remédier par le biais d'interventions associant des mesures dictées par l'offre et par la demande et en renforçant l'efficacité du soutien financier ciblé apporté par les organisations gouvernementales et non gouvernementales. Le Programme « L'impact mondial des maladies animales ¼ (GBADs) aura pour tâche de glaner les données existantes afin de mesurer les pertes associées à la santé animale au sein de systèmes de production qui auront été soigneusement caractérisés au préalable. Grâce à l'élucidation cohérente et transparente des pertes imputables à chaque problème de santé animale, des comparaisons pertinentes pourront être effectuées concernant l'impact des maladies animales par maladies, par systèmes de production et par pays, et la répartition de cet impact dans les populations concernées suivant le statut socio-économique et le genre des intéressés sera mieux comprise. Le Programme GBADs entend créer un moteur de recherche et un portail de données qui seront disponibles sur le Cloud et donneront aux utilisateurs l'accès à des outils de mesure de l'impact des maladies et à d'autres informations présentées sous forme graphique, ainsi qu'à des outils d'aide à la décision sous forme de scénarios prospectifs sur la santé animale et aux résultats d'études plus larges de modélisation économique. La vision du GBADs, renforcer le système de production de denrées alimentaires au profit de la société et de l'environnement, est un exemple de mise en oeuvre du concept Une seule santé.

Las inversiones en sanidad animal y en los Servicios Veterinarios pueden tener un efecto mensurable en la salud de las personas y el medio ambiente. Para efectuar estas inversiones se precisan parámetros que describan y cuantifiquen la situación de partida y el impacto de los problemas de sanidad y bienestar animales, a fin de poder, a partir de ahí, justificar y jerarquizar la asignación de recursos y medir los efectos de las intervenciones. Este artículo, inscrito en un proceso de indagación científica encaminado a detectar problemas y buscar soluciones de forma incluyente, plantea la cuestión general de cómo debería ser y qué valor añadido aportaría un sistema destinado a medir el impacto que imponen a la sociedad las enfermedades animales. Los autores, además, tratan de exponer la cuestión de manera que sea accesible a un público amplio, al que se alienta a participar en este debate. Dado que los animales de granja (incluidos los de pequeñas explotaciones) constituyen una entidad económica, tal sistema debería estar basado en principios económicos. Los productores que trabajan en régimen de subsistencia se ven negativamente afectados por las disparidades existentes en materia de tecnología zoosanitaria, disparidad que cabe corregir con una combinación de intervenciones marcadas por la oferta y otras marcadas por la demanda, dirigiendo así más selectivamente el apoyo económico de entidades gubernamentales y organizaciones no gubernamentales. El programa GBADs (El impacto global de las enfermedades animales) servirá para compilar datos ya existentes con el fin de medir las pérdidas zoosanitarias dentro de sistemas productivos cuidadosamente caracterizados. La atribución coherente y transparente de estas pérdidas zoosanitarias permitirá efectuar comparaciones significativas del impacto que representan las enfermedades animales en el caso de diferentes dolencias, sistemas productivos o países y pondrá de relieve cómo se distribuye este impacto en función del género y la condición socioeconómica de las personas. Por medio del programa GBADs se creará un motor de conocimiento y portal de datos ubicado en la nube que permita al usuario acceder a mediciones del impacto de enfermedades y representaciones gráficas conexas, a herramientas de apoyo a la adopción de decisiones, en forma de hipotéticas situaciones zoosanitarias futuras, y a los resultados de modelizaciones económicas más generales. La aspiración del programa GBADs ­ reforzar el sistema alimentario en beneficio de la sociedad y el medio ambiente ­ constituye un ejemplo de aplicación en la práctica del pensamiento en clave de Una sola salud.

Enhancing the value of meat inspection records for broiler health and welfare surveillance: longitudinal detection of relational patterns.

BACKGROUND: Abattoir data are under-used for surveillance. Nationwide surveillance could benefit from using data on meat inspection findings, but several limitations need to be overcome. At the producer level, interpretation of meat inspection findings is a notable opportunity for surveillance with relevance to animal health and welfare. In this study, we propose that discovery and monitoring of relational patterns between condemnation conditions co-present in broiler batches at meat inspection can provide valuable information for surveillance of farmed animal health and welfare. RESULTS: Great Britain (GB)-based integrator meat inspection records for 14,045 broiler batches slaughtered in nine, four monthly intervals were assessed for the presence of surveillance indicators relevant to broiler health and welfare. K-means and correlation-based hierarchical clustering, and association rules analyses were performed to identify relational patterns in the data. Incidence of condemnation showed seasonal and temporal variation, which was detected by association rules analysis. Syndrome-related and non-specific relational patterns were detected in some months of meat inspection records. A potentially syndromic cluster was identified in May 2016 consisting of infection-related conditions: pericarditis, perihepatitis, peritonitis, and abnormal colour. Non-specific trends were identified in some months as an unusual combination of condemnation reasons in broiler batches. CONCLUSIONS: We conclude that the detection of relational patterns in meat inspection records could provide producer-level surveillance indicators with relevance to broiler chicken health and welfare.

Identification of production chain risk factors for slaughterhouse condemnation of broiler chickens'.

Slaughterhouse condemnation of broiler chickens results from identification of polymorphic pathological conditions during meat inspection from arrival and on the slaughter line. While conditions that result in condemnation are multifactorial, identification of factors that are common for a number of categories could be valuable for developing strategies to reduce total condemnation. This study aimed to identify those condemnation categories that were most common in batches of broiler chickens and to determine and compare associated risk factors. In the first step, retrospective meat inspection records for 55,918 broiler batches from one large broiler integrator for 2015-2017 were used for association rules analysis. Results identified a network of nine associated condemnation categories: whole carcass condemnation for ascites, abnormal colour, perihepatitis, cellulitis, hard breast, tumours and dead on arrival, and liver only and heart only most often associated with hepatitis and pericarditis, respectively. Secondly, a longitudinal study collected data on 109 explanatory variables from broiler parental flocks to slaughterhouse characteristics between January 2015 and December 2017. Condemnation outcome data were obtained from meat inspection records for 539 broiler batches participating in the study. Parental flock-, rearing farm-, shed- and transport-level risk factors were assessed for each outcome using mixed-effects multivariable Poisson regression including shed and farm as random effects. A Poisson regression tree method was used as the first step to identify variables most relevant for analysis and comparison across the outcomes. No single production factor was associated with all nine of the condemnation outcomes investigated in this study, although some were shared across multiple outcomes: age of parental flock at time of lay, flock-level Campylobacter spp. frequency, broiler chick weight at seven days of age, weight at slaughter, type of broiler removal (i.e. thinning, final depopulation), catcher team, number of birds per transport crate, slaughterhouse shift number, and type of slaughterhouse line. Broiler chickens removed during final depopulation were at greatest risk of condemnation. Condemnation rates for cellulitis and tumours were found to be higher in broilers inspected by night shift at the slaughterhouse. Discovery of an apparent protective effect of a higher number of broilers per transport crate was unexpected. These findings provide information for the broiler industry on production chain factors that might be amenable to targeted intervention to improve future efforts for control of condemnation.