Correlation between API 20 STREP and multiplex PCR for identification of Enterococcus spp. isolated from Brazilian foods

We evaluated the suitability of API 20 STREP and multiplex PCR to speciate 52 Enterococcus spp. obtained from Brazilian foods. A high percentage of isolates (78.9%) presented discrepant results between evaluated tests. Similar results were obtained for six E. faecalis and five E. faecium. The PCR multiplex was more effective than API 20 STREP for complete identification of the isolates.

A identificação das espécies de 52 Enterococcus spp. isolados de amostras de alimentos foi realizada empregando-se duas metodologias: sistema API 20 STREP e PCR multiplex. Os resultados obtidos revelaram que 78,9% dos isolados apresentaram resultados diferentes nos dois testes utilizados. Apenas seis E. faecalis e cinco E. faecium apresentaram resultados concordantes pelos dois métodos. PCR multiplex permitiu a identificação completa de um número significantemente maior de enterococos do que o sistema API 20 STREP.

Pulsed field gel electrophoresis use in bacteriology - a technical review / Eletroforese em campo pulsante em bacteriologia - uma revisão técnica

PFGE ("pulsed field gel electrophoresis") is an electrophoresis technique suitable for separating large fragments of DNA by means of DNA reorientation in agarose gel from the effects of alternated electric fields. This technique is considered as gold standard for performing bacteria, yeast and protozoa strains identification. The main objective of the present review is to update the PFGE technical basis for being suitable for bacteria studies. Its resolution depends on a series of factors such as agarose concentration, temperature, buffer solution, pulse time, and running time. Understanding the involved molecular mechanisms in this type of electrophoresis technique is fundamental for maximizing and attaining accurate analysis results.

PFGE ("pulsed field gel eletrophoresis") é a sigla usada para indicar qualquer técnica de eletroforese apropriada para separar grandes fragmentos de DNA, por meio da reorientação do DNA em gel pela ação de campos elétricos alternados. Esta técnica é reconhecida como padrão ouro para identificação de linhagens bacterianas, fúngicas e de protozoários. O principal objetivo deste estudo de revisão é o da elucidação dos fundamentos da técnica de PFGE ou eletroforese de campo pulsante aplicada em estudo com bactéria. Sua resolução depende de uma série de fatores como: voltagem, concentração de agarose, temperatura, solução tamponante, tempo de pulso e de corrida eletroforética. A compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos nesse tipo de eletroforese é fundamental para a otimização e obtenção dos resultados apropriados.