Assuntos
Proteínas de Bactérias/metabolismo , Cloroplastos/genética , Cianobactérias/genética , Proteínas de Ligação a DNA/metabolismo , Regulação Bacteriana da Expressão Gênica , Regulação da Expressão Gênica de Plantas , Regulon , Rodófitas/genética , Transativadores/metabolismo , Fatores de Transcrição/metabolismo , Proteínas de Bactérias/genética , Sítios de Ligação , Proteínas de Ligação a DNA/genética , Análise de Sequência de DNA , Software , Transativadores/genética , Fatores de Transcrição/genéticaRESUMO
We performed a large-scale search for attenuation regulation in bacteria based on two original computer programs modeling attenuation regulation and multiple alignment along a phylogenetic tree. The programs are available from http://lab6.iitp.ru. Candidate attenuations are predicted in many bacteria from alpha-, beta-, gamma-, delta-proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes/Chlorobi, Firmicutes and Thermotogae; in Cloroflexi--upstream genes hisG, hisZ, hisS, pheA, pheST, trpEG, trpA, trpB, trpE, trpS, thrA, thrS, leuA, leuS, ilvB, ilvI, ilvA, ilvC, ilvD, ilvG. Other bacterial taxa were not predicted to have attenuation; searches were conducted across all bacterial genomes contained in GenBank, NCBI. Evolution of attenuation is discussed.
