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Transcriptome characterization elucidates signaling networks that control human ES cell growth and differentiation.

Brandenberger, Ralph; Wei, Henry; Zhang, Sally; Lei, Shirley; Murage, Jaji; Fisk, Gregory J; Li, Yan; Xu, Chunhui; Fang, Rixun; Guegler, Karl; Rao, Mahendra S; Mandalam, Ramumkar; Lebkowski, Jane; Stanton, Lawrence W.

Nat Biotechnol ; 22(6): 707-16, 2004 Jun.

Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-15146197

RESUMO

Human embryonic stem (hES) cells hold promise for generating an unlimited supply of cells for replacement therapies. To characterize hES cells at the molecular level, we obtained 148,453 expressed sequence tags (ESTs) from undifferentiated hES cells and three differentiated derivative subpopulations. Over 32,000 different transcripts expressed in hES cells were identified, of which more than 16,000 do not match closely any gene in the UniGene public database. Queries to this EST database revealed 532 significantly upregulated and 140 significantly downregulated genes in undifferentiated hES cells. These data highlight changes in the transcriptional network that occur when hES cells differentiate. Among the differentially regulated genes are several components of signaling pathways and transcriptional regulators that likely play key roles in hES cell growth and differentiation. The genomic data presented here may facilitate the derivation of clinically useful cell types from hES cells.

Assuntos

Diferenciação Celular/genética , Etiquetas de Sequências Expressas , Perfilação da Expressão Gênica , Transdução de Sinais/genética , Células-Tronco/metabolismo , Antígenos CD/genética , Antígenos CD/fisiologia , Diferenciação Celular/efeitos dos fármacos , Diferenciação Celular/fisiologia , Divisão Celular/efeitos dos fármacos , Divisão Celular/genética , Divisão Celular/fisiologia , Linhagem Celular , Receptor gp130 de Citocina , Dimetil Sulfóxido/farmacologia , Regulação para Baixo/efeitos dos fármacos , Regulação para Baixo/genética , Embrião de Mamíferos/citologia , Fatores de Crescimento de Fibroblastos/genética , Fatores de Crescimento de Fibroblastos/fisiologia , Expressão Gênica/efeitos dos fármacos , Biblioteca Gênica , Substâncias de Crescimento/farmacologia , Humanos , Peptídeos e Proteínas de Sinalização Intercelular/genética , Peptídeos e Proteínas de Sinalização Intercelular/fisiologia , Interleucina-6 , Fator Inibidor de Leucemia , Glicoproteínas de Membrana/genética , Glicoproteínas de Membrana/fisiologia , Proteína Nodal , Proteínas/genética , Proteínas/fisiologia , Proteínas Proto-Oncogênicas/genética , Proteínas Proto-Oncogênicas/fisiologia , RNA/genética , RNA/isolamento & purificação , Receptores de Fatores de Crescimento de Fibroblastos/genética , Receptores de Fatores de Crescimento de Fibroblastos/fisiologia , Receptores Acoplados a Proteínas G/genética , Receptores Acoplados a Proteínas G/fisiologia , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa , Análise de Sequência de DNA , Transdução de Sinais/fisiologia , Células-Tronco/citologia , Fatores de Transcrição/genética , Fatores de Transcrição/fisiologia , Transcrição Gênica/genética , Fator de Crescimento Transformador beta/genética , Fator de Crescimento Transformador beta/fisiologia , Tretinoína/farmacologia , Regulação para Cima/efeitos dos fármacos , Regulação para Cima/genética , Proteínas Wnt

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