Diagnóstico molecular de SARS-CoV-2 / Molecular diagnosis of SARS-CoV-2

Resumen El diagnóstico de COVID-19 se basa tanto en aspectos clínicos como en pruebas de detección, pero los síntomas y signos clínicos de los pacientes infectados son altamente atípicos y, por lo tanto, las pruebas moleculares son indispensables para su diagnóstico. La reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-qPCR) se lleva a cabo en laboratorios nivel BSL II; asimismo, los principales blancos moleculares para la detección viral son el gen E (envoltura), y el gen RdRP (ARN polimerasa dependiente de ARN). Los falsos negativos en este diagnóstico se deben a la calidad y cantidad de la muestra, condiciones de transporte, almacenamiento, y manejo de estas antes y después de la extracción (el ARN es termolábil y abundantes las RNasas), fase de la infección, mutaciones del virus y presencia de inhibidores de la PCR. En estos casos, se recomienda una nueva toma de muestra, especialmente de vías respiratorias bajas, para aumentar la carga viral. Se debe tener en cuenta la sensibilidad analítica de la RT-qPCR (5,2 copias de ARN/reacción) y que, una vez el RNA se extrae, se va degradando progresivamente afectando la sensibilidad diagnóstica de la prueba. Un diagnóstico oportuno permite optimizar el manejo (aislamiento y tratamiento) y monitorización de los pacientes, así como la aplicación de medidas de prevención y control de la expansión, y la vigilancia epidemiológica de la enfermedad.

ABSTRACT COVID-19 diagnosis is based on both clinical aspects and screening tests. However, clinical symptoms and signs in infected patients are highly atypical; hence, molecular tests are essential for diagnosis. RT-qPCR is carried out at BSL II level laboratories; the main molecular targets for viral detection are E gene (envelope), and RdRP gene (RNA-dependent RNA polymerase). False negatives in this diagnosis are due to sample quality and quantity, transport conditions, storage and handling before and after extraction (RNA is heat-labile and RNases are abundant); infection phase; virus mutations and presence of CRP inhibitors. Taking into account analytical sensitivity of RT-qPCR (5.2 copies of RNA / reaction) and the fact that once RNA it is extracted, it progressively degrades and affects test diagnostic sensitivity, a new sample -specifically taken from the lower respiratory tract in order to increase viral load- is recommended in the abovementioned cases. Timely diagnosis allows optimizing management (isolation and treatment), patient monitoring, implementing prevention and control measures as well as epidemiological surveillance of the disease.

Determinación de los genes, 16S ADNr, polA, y TpN47, en la detección de Treponema pallidum subsp. pallidum para el diagnóstico de sífilis congénita / Determination of genes, 16S ADNr, polA, and TpN47, in the detection of Treponema pallidum subsp. pallidum in the diagnosis of congenital syphilis

Objetivo. Comparar el comportamiento de tres genes diana 16S ADNr, polA, y TpN47, para la detección de T. pallidum subsp. pallidum. Métodos. Se usaron técnicas moleculares como la reacción en cadena de la polimerasa en muestras de cordón umbilical. Mediante PCR convencional, PCR anidada y PCR en tiempo real se amplificaron blancos moleculares del microorganismo. Resultados. Se evidenció que con los tres genes por PCR convencional se obtienen similares resultados, pero por con PCR anidada y PCR en Tiempo Real, el gen TpN47 tiene mayor sensibilidad en comparación con los genes polA y 16S ADNr. Se concluye que el gen TpN47 se puede usar como blanco molecular para el diagnóstico oportuno de sífilis congénita por medio de PCR anidada y en tiempo real, ya que alcanzó la máxima sensibilidad y especificidad en este estudio.

Objective. To compare the behavior of the three target genes (16S rDNA, polA, and TpN47) for the detection of T. pallidum subsp. Pallidum. Methods. Molecular techniques such as polymerase chain reaction were used on samples of an umbilical cord. Molecular targets of the microorganism were amplified by means of conventional PCR, nested PCR and real-time PCR. Results. Similar results for the three genes were obtained by conventional PCR; but in the case of nested PCR and real-time PCR, the gen TpN47 exhibited higher sensitivity in comparison to the genes polA and 16S rDNA. In conclusion, the gen TpN47 can be used as a molecular target for the prompt diagnosis of congenital syphilis through nested PCR and real-time PCR due to its high sensitivity and specificity shown in this study.

Isolation and characterisation of an antifolate insensitive (afi1) mutant of Arabidopsis thaliana.

Antifolates can impair the synthesis and/or function of folates in living organisms. Mechanisms of resistance or tolerance to antifolates have been mainly described in plants using the drug methotrexate. In this work, the antifolate trimethoprim (TMP) was used with the aim of revealing a novel mechanism of resistance. EMS mutagenised seeds from Arabidopsis were screened to isolate individuals insensitive to TMP. Genetic analysis revealed a homozygous recessive mutation that segregates with the phenotype of tolerance to 50 µm TMP. Mapping analysis localised the mutation at the end of the short arm of chromosome 3. Preliminary characterisation demonstrated up-regulation of several genes from the folate biosynthetic pathway in the TMP insensitive mutant, and a slight increase in total folate content in the mutant as compared with the Col-0 control. Moreover, sequence analysis of the DHFR (dihydrofolate reductase) genes, which encode a known target for resistance to antifolates, did not reveal any changes. This study is the first report of a stable mutant insensitive (afi1) to the antifolate trimethoprim in plants, and suggests the existence of a novel mechanism of resistance to antifolates.

Del alotransplante al xenotransplante: la compatibilidad antigenica donante-receptor por medio del Complejo Mayor de Histocompatibilidad CMH / From alotransplant to xenotransplant: antigenic donor-receptor compatibility by means of Histocompatibility Major Complex of HMC

Los transplantes de órganos han sido una herramienta del área clínica para la búsqueda del mejoramiento de la calidad en la salud humana e igualmente brinda al paciente una nueva oportunidad de vida. Esta soluciónse ha visto obstaculizada por el déficit de órganos suficientes ya que para su obtención se han encontradograndes dificultades, dentro de las cuales se pueden nombrar la negativa de las familias, los costos, la demoraen la captación del órgano, la falta de infraestructura logística que permita realizarlo en un tiempo óptimo, lasfallas en el transporte del órgano poniendo en riesgo el éxito del transplante, entre otras. Por todo lo anteriory teniendo en cuenta el posible rechazo a causa de la compatibilidad de los complejos reconocedores de antígeno entre donante y receptor, se ha fijado la mirada en órganos de animales denominados xenogénicos que puedan suplir esta problemática y nos permita tener una alternativa fácil de obtención de órganos para laspersonas que así lo requieran. Esta publicación tiene como objeto realizar una revisión amplia de las temáticasrelacionadas con el transplante, con el fin de analizar desde el punto de vista molecular e inmunológico lasventajas y desventajas de un transplante xenogénico.

[Recurrent hemoptysis secondary to an aortobronchial fistula]. / Hemoptisis recurrente secundaria a una fístula aortobronquial.

Aortobronchial fistula is a rare but serious cause of hemoptysis. It can develop from an aneurysm of the descending thoracic aorta in the context of infections or it may appear as a sequel of surgical repair of congenital heart defects. Presenting symptoms include mild bronchial hemorrhages and recurrent chest pain, culminating in a normally fatal massive hemorrhage. Diagnosis by imaging is not always conclusive and clinical suspicion based on medical history is essential. Surgical placement of an endovascular stent graft is the treatment of choice. Post-surgical prognosis is good although there is a risk of recurrence in the case of superinfection.

Hemoptisis recurrente secundaria a una fístula aortobronquial / Recurrent hemoptysis secondary to an aortobronchial fistula

La fístula aortobronquial es una causa rara pero grave de hemoptisis. Se produce como evolución de un aneurisma de la aorta torácica descendente en procesos infecciosos o tras la reparación quirúrgica de cardiopatías congénitas. Se suele manifestar con episodios de hemorragia bronquial leve y dolor torácico recurrentes, hasta la aparición de una hemoptisis masiva, mortal en la mayoría de los casos. El diagnóstico definitivo por técnicas de imagen no siempre es posible, por lo que es fundamental la sospecha clínica tras una anamnesis adecuada. El tratamiento de elección es quirúrgico, mediante la colocación de una prótesis endovascular. El pronóstico tras la intervención es bueno, aunque con riesgo de recurrencia si se produce una sobreinfección

Aortobronchial fistula is a rare but serious cause of hemoptysis. It can develop from an aneurysm of the descending thoracic aorta in the context of infections or it may appear as a sequel of surgical repair of congenital heart defects. Presenting symptoms include mild bronchial hemorrhages and recurrent chest pain, culminating in a normally fatal massive hemorrhage. Diagnosis by imaging is not always conclusive and clinical suspicion based on medical history is essential. Surgical placement of an endovascular stent graft is the treatment of choice. Post-surgical prognosis is good although there is a risk of recurrence in the case of superinfection