Reproducibility of the Development and Validation Process of Standard Area Diagram by Two Laboratories: An Example Using the Botrytis cinerea/Gerbera jamesonii Pathosystem.

Standard area diagrams (SADs) are plant disease severity assessment aids demonstrated to improve the accuracy and reliability of visual estimates of severity. Knowledge of the sources of variation, including those specific to a lab such as raters, specific procedures followed including instruction, image analysis software, image viewing time, etc., that affect the outcome of development and validation of SADs can help improve standard operating practice of these assessment aids. As reproducibility has not previously been explored in development of SADs, we aimed to explore the overarching question of whether the lab in which the measurement and validation of a SAD was performed affected the outcome of the process. Two different labs (Lab 1 and Lab 2) measured severity on the individual diagrams in a SAD and validated them independently for severity of gray mold (caused by Botrytis cinerea) on Gerbera daisy. Severity measurements of the 30 test images were performed independently at the two labs as well. A different group of 18 raters at each lab assessed the test images first without, and secondly with SADs under independent instruction at both Lab 1 and 2. Results showed that actual severity on the SADs as measured at each lab varied by up to 5.18%. Furthermore, measurement of the test image actual values varied from 0 to up to 24.29%, depending on image. Whereas at Lab 1 an equivalence test indicated no significant improvement in any measure of agreement with use of the SADs, at Lab 2, scale shift, generalized bias, and agreement were significantly improved with use of the SADs (P ≤ 0.05). An analysis of variance indicated differences existed between labs, use of the SADs aid, and the interaction, depending on the agreement statistic. Based on an equivalence test, the interrater reliability was significantly (P ≤ 0.05) improved at both Lab 1 and Lab 2 as a result of using SADs as an aid to severity estimation. Gain in measures of agreement and reliability tended to be greatest for the least able raters at both Lab 1 and Lab 2. Absolute error was reduced at both labs when raters used SADs. The results confirm that SADs are a useful tool, but the results demonstrated that aspects of the development and validation process in different labs may affect the outcome.

Comparison of protocols for the extraction of genomic DNA from Sharpshooters (Hemiptera: Cicadellidae) for the detection of Xylella fastidiosa / Comparação de protocolos para a extração de DNA genômico de cigarrinhas (Hemiptera: Cicadellidae) para a detecção de Xylella fastidiosa

The bacterium Xylella fastidiosa, the causal agent of citrus variegated chlorosis (CVC), is dependent on vector insects for its spread and infection of citrus hosts. The insects, leafhoppers (Hemiptera: Cicadellidae) transmit the bacteria to healthy plants after feeding on infected plants. The objective of this study was to develop and compare methods for extracting genomic DNA from sharpshooters to detect X. fastidiosa. The DNA extraction from insects was performed according to a phenol-chloroform based DNA extraction in conjunction with two commercial kits, Dneasy® Plant Mini Kit and blood & tissue Dneasy® Handbook (Qiagen Inc., Valencia, CA, USA). The heads of the following species of sharpshooter were used: Dilobopterus costalimai, Acrogonia citrina, Oncometopia facialis, Bucephalogonia xanthophis, Macugonalia leucomelas and Homalodisca ignorata. Based on the numeric differences between independent samples, the results showed the use of the phenol:chloroform extraction method (36/50 positives) and the DNeasy® Plant Mini Kit (33/50) resulting in the most detections of X. fastidiosa from leafhopper samples. As these two methods detected Xylella in the greatest number of infected samples, they may be more efficient to use for detection purposes in leafhoppers.(AU)

A bactéria Xylella fastidiosa, agente causal da clorose variegada dos citros, é dependente da ação de insetos vetores para sua disseminação e infecção em plantas cítricas hospedeiras. Os insetos cigarrinhas (Hemiptera: Cicadellidae) transmitem a bactéria para plantas sadias depois de se alimentarem das plantas contaminadas. O objetivo deste trabalho foi desenvolver e comparar métodos de extração de DNA genômico de cigarrinhas a fim de detectar a bactéria X. fastidiosa. A extração de DNA foi realizada de acordo com protocolo à base de fenol-clorofórmio em conjunto com dois kits comerciais: Dneasy® Plant Mini Kit and Blood & Tissue Dneasy® Handbook (Qiagen Inc., Valencia, CA, USA). Utilizou-se a cabeça das seguintes espécies de cigarrinhas: D. costalimai, A. citrina, O. facialis, B. xanthophis, M. leucomelas e H. ignorata. Com base nas diferenças numéricas entre as amostras independentes, os resultados mostraram o uso do método de extração fenol-clorofórmio (36/50 positivos) e o kit comercial DNeasy® Plant Mini Kit (33/50) resultando nas maiores detecções de X. fastidiosa nas amostras de cigarrinhas. Como esses dois métodos detectaram a presença de X. fastidiosa no maior número de amostras infectadas, eles podem ser mais eficientes para o uso na detecção em cigarrinhas.(AU)

Comparison of protocols for the extraction of genomic DNA from Sharpshooters (Hemiptera: Cicadellidae) for the detection of Xylella fastidiosa / Comparação de protocolos para a extração de DNA genômico de cigarrinhas (Hemiptera: Cicadellidae) para a detecção de Xylella fastidiosa

The bacterium Xylella fastidiosa, the causal agent of citrus variegated chlorosis (CVC), is dependent on vector insects for its spread and infection of citrus hosts. The insects, leafhoppers (Hemiptera: Cicadellidae) transmit the bacteria to healthy plants after feeding on infected plants. The objective of this study was to develop and compare methods for extracting genomic DNA from sharpshooters to detect X. fastidiosa. The DNA extraction from insects was performed according to a phenol-chloroform based DNA extraction in conjunction with two commercial kits, Dneasy® Plant Mini Kit and blood & tissue Dneasy® Handbook (Qiagen Inc., Valencia, CA, USA). The heads of the following species of sharpshooter were used: Dilobopterus costalimai, Acrogonia citrina, Oncometopia facialis, Bucephalogonia xanthophis, Macugonalia leucomelas and Homalodisca ignorata. Based on the numeric differences between independent samples, the results showed the use of the phenol:chloroform extraction method (36/50 positives) and the DNeasy® Plant Mini Kit (33/50) resulting in the most detections of X. fastidiosa from leafhopper samples. As these two methods detected Xylella in the greatest number of infected samples, they may be more efficient to use for detection purposes in leafhoppers.(AU)

A bactéria Xylella fastidiosa, agente causal da clorose variegada dos citros, é dependente da ação de insetos vetores para sua disseminação e infecção em plantas cítricas hospedeiras. Os insetos cigarrinhas (Hemiptera: Cicadellidae) transmitem a bactéria para plantas sadias depois de se alimentarem das plantas contaminadas. O objetivo deste trabalho foi desenvolver e comparar métodos de extração de DNA genômico de cigarrinhas a fim de detectar a bactéria X. fastidiosa. A extração de DNA foi realizada de acordo com protocolo à base de fenol-clorofórmio em conjunto com dois kits comerciais: Dneasy® Plant Mini Kit and Blood & Tissue Dneasy® Handbook (Qiagen Inc., Valencia, CA, USA). Utilizou-se a cabeça das seguintes espécies de cigarrinhas: D. costalimai, A. citrina, O. facialis, B. xanthophis, M. leucomelas e H. ignorata. Com base nas diferenças numéricas entre as amostras independentes, os resultados mostraram o uso do método de extração fenol-clorofórmio (36/50 positivos) e o kit comercial DNeasy® Plant Mini Kit (33/50) resultando nas maiores detecções de X. fastidiosa nas amostras de cigarrinhas. Como esses dois métodos detectaram a presença de X. fastidiosa no maior número de amostras infectadas, eles podem ser mais eficientes para o uso na detecção em cigarrinhas.(AU)

Zero-inflated beta regression model for leaf citrus canker incidence in orange genotypes grafted onto different rootstocks / Modelo de regressão beta inflacionado de zeros para a incidência de cancro cítrico foliarem genótipos de laranja enxertados sobre diferentes porta-enxertos

Data with excess zeros are frequently found in practice, and the recommended analysis is to use models that adequately address the counting of zero observations. In this study, the Zero Inflated Beta Regression Model (BeZI) was used on experimental data to describe the mean incidence of leaf citrus canker in orange groves under the influence of genotype and rootstocks of origin. Based on the model, it was possible to quantify the odds that a null observation to mean incidence comes from a particular plant according to genotype and rootstock, and estimate its expected value according to this combination. Laranja Caipira rootstock proved to be the most resistant to leaf citrus canker as well as Limão Cravo proved to be the most fragile. The Ipiguá IAC, Arapongas, EEL and Olímpia genotypes have statistically equivalent chances.(AU)

Dados com excesso de zeros são encontrados muitas vezes na prática, e a análise recomendada é utilizar modelos que suportem adequadamente a contagem de observações nulas. Neste artigo, o Modelo de Regressão Beta Inflacionado de Zeros (BeZI) foi aplicado a dados experimentais para descrever a incidência média de cancro cítrico foliar em pomares de laranja sob a influência do genótipo e do portaenxerto de origem. Com base no modelo, foi possível quantificar as chances de que uma observação nula para a incidência média seja proveniente de uma determinada planta, de acordo com o genótipo e o portaenxerto, além de estimar o seu valor esperado conforme essa combinação. O porta-enxerto Laranja Caipira mostrou ser o mais resistente ao cancro cítrico foliar, assim como o Limão Cravo mostrou ser o mais suscetível. Os genótipos Ipiguá IAC, Arapongas, EEL e Olímpia apresentaram chances estatisticamente equivalentes.(AU)

Zero-inflated beta regression model for leaf citrus canker incidence in orange genotypes grafted onto different rootstocks / Modelo de regressão beta inflacionado de zeros para a incidência de cancro cítrico foliar em genótipos de laranja enxertados sobre diferentes porta-enxertos

Data with excess zeros are frequently found in practice, and the recommended analysis is to use models that adequately address the counting of zero observations. In this study, the Zero Inflated Beta Regression Model (BeZI) was used on experimental data to describe the mean incidence of leaf citrus canker in orange groves under the influence of genotype and rootstocks of origin. Based on the model, it was possible to quantify the odds that a null observation to mean incidence comes from a particular plant according to genotype and rootstock, and estimate its expected value according to this combination. Laranja Caipira rootstock proved to be the most resistant to leaf citrus canker as well as Limão Cravo proved to be the most fragile. The Ipiguá IAC, Arapongas, EEL and Olímpia genotypes have statistically equivalent chances.

Dados com excesso de zeros são encontrados muitas vezes na prática, e a análise recomendada é utilizar modelos que suportem adequadamente a contagem de observações nulas. Neste artigo, o Modelo de Regressão Beta Inflacionado de Zeros (BeZI) foi aplicado a dados experimentais para descrever a incidência média de cancro cítrico foliar em pomares de laranja sob a influência do genótipo e do porta-enxerto de origem. Com base no modelo, foi possível quantificar as chances de que uma observação nula para a incidência média seja proveniente de uma determinada planta, de acordo com o genótipo e o porta-enxerto, além de estimar o seu valor esperado conforme essa combinação. O porta-enxerto Laranja Caipira mostrou ser o mais resistente ao cancro cítrico foliar, assim como o Limão Cravo mostrou ser o mais suscetível. Os genótipos Ipiguá IAC, Arapongas, EEL e Olímpia apresentaram chances estatisticamente equivalentes.

First Report of Citrus Aleurocanthus woglumi Ashby (Hemiptera: Aleyrodidae) in the State of Paraná, Brazil

The citrus blackfly Aleroucanthus woglumi Ashby, (Hemiptera Aleyrodidae) is an important pest that occurs in citrus groves, native to south-east Asia. In Brazil, according to the Ministry of Agriculture, this is a quarantine pest (A2) under official control IN 52, 2007 (MAPA) and is not widespread in the country. The insect can infest more than 300 host plants, including cultivated plants, ornamentals and weeds, but mostly occurs in the plants of the genus citrus. This paper is the first report of citrus blackfly in the State of Paraná.

Monitoramento populacional das cigarrinhas vetoras de Xylella fastidiosa, através de armadilhas adesivas amarelas em pomares comerciais de citros / Population monitoring of leafhopper vectors of Xylella fastidiosa, through yellow sticky traps in commercial citrus orchards

A Clorose variegada dos citros (CVC) é uma doença causada pela bactéria de xilema Xylella fastidiosa Wells. A disseminação ocorre por meio de insetos vetores pertencente à ordem Hemiptera, família Cicadellidae (subfamília Cicadellinae), os quais transmitem a bactéria depois de se alimentarem em plantas contaminadas. Neste trabalho, objetivou-se identificar e monitorar as espécies de cigarrinhas vetoras em um pomar comercial no município de Paranavaí, Paraná. O experimento foi realizado em um talhão comercial de laranja doce (Citrus sinensis (L.) Osbeck), variedade Pera, com 1.000 plantas de dez anos de idade. A amostragem foi realizada por meio de armadilhas adesivas amarelas, distribuídas na área periférica e central do pomar, com duas repetições por rua amostrada. As etiquetas foram distribuídas entre a 5ª e 30ª plantas em 10 ruas, totalizando 20 armadilhas que foram renovadas no pomar, a cada trinta dias, durante o período de avaliação que foi entre junho de 2005 e setembro de 2006. As principais espécies de Cicadellinae capturadas foram Acrogonia citrina Marucci & Cavichioli, Dilobopterus costalimai Young e Macugonalia cavifrons Stal. Essas espécies apresentaram ocorrência constante e frequência de 3,97 por cento, 4,2 por cento, 13,0 por cento respectivamente, em relação ao total de cigarrinhas coletadas.

Citrus variegated chlorosis (CVC) is the disease caused by the bacteria Xylella fastidiosa Wells. Dissemination occurs through insect vectors belonging to the order Hemiptera, family Cicadellidae (subfamily Cicadellinae), which transmit the bacteria after feeding on infected plants. The objective of this study was to identify the species of insect vectors in an orchard in the municipality of Paranavaí, in the State of Paraná. The experiment was conducted in a commercial stand of sweet orange (Citrus sinensis (L.) Osbeck), Pêra variety with 1,000 10-year-old plants. Monitoring was performed using yellow sticky traps, distributed in the central and peripheral areas of the orchard with two traps on each one. The stickers were distributed between the 5th and 30th plant in each 10 rows, totaling 20 traps in the orchard and renewed every thirty days during the evaluation period, which was between June 2005 and September 2006. The main species caught were Cicadellinae Acrogonia citrina Marucci & Cavichioli Dilobopterus costalimai Young and Macugonalia cavifrons Stal. These species occurred constantly, with frequencies of 3.97 percent, 4.2 percent, and 13.0 percent respectively, compared to the total leafhoppers collected.

Populational fluctuation of vectors of Xylella fastidiosa, wells in sweet orange [Citrus sinensis (L. ) Osbeck] varieties of northwest Paraná State, Brazil

The aim of the present study was to assess the population flutuation of the sharpshooters species subfamily Cicadellinae belonging to the tribes Cicadellini and Proconiini, in sweet orange [Citrus sinensis( L). Osbeck] commercial orchards of the northwest region of Paraná State , Brazil. Samplings were carried out the employing every time 24 yellow sticky cards. Identification of the species showed that the most representative were Dilobopterus costalimai of the Cicadellini tribe and Acrogonia citrina of the Proconiini tribe.

A Clorose variegada dos citros (CVC) é uma importante doença que ocorre nos citros, cujo agente causal é a bactéria Xylella fastidiosa, Wells. A bactéria depende, obrigatoriamente, de insetos vetores para sua disseminação, que são as cigarrinhas sugadoras do xilema (Hemiptera: Cicadellidae, Cicadellinae). No presente estudo objetivou-se avaliar a flutuação populacional de espécies de cigarrinhas nas diferentes variedades de laranja doce [Citrus sinensis (L.) Osbeck], Natal, Pêra, Valência e Folha Murcha, em um pomar comercial localizado na região Noroeste do Paraná, no período de janeiro de 2000 a dezembro de 2002. Amostragens quinzenais foram realizadas com o uso de armadilhas adesivas amarelas, num total de 24 armadilhas em cada avaliação. Após a identificação das espécies observou-se, que as mais representativas foram Dilobopterus costalimai da tribo Cicadellini e Acrogonia citrina da tribo Proconiini, sendo que a variedade de laranja Pêra apresentou o maior número de espécies vetoras durante os anos avaliados.