Percepción de médicos especialistas sobre la usabilidad de una aplicación móvil de dengue en zonas rurales: un estudio cualitativo / Perception of medical specialists on the usability of a dengue mobile application in rural areas: a qualitative study

RESUMEN Introducción. Las aplicaciones móviles representan una alternativa prometedora para brindar soporte en la gestión de pacientes con dengue. Sin embargo, se desconoce la usabilidad de estas herramientas en el Perú. Objetivo. Evaluar la usabilidad y las recomendaciones de uso de la aplicación Dengue ONQOY en la gestión de pacientes con dengue en zonas rurales de Perú. Métodos. Se realizó un estudio cualitativo que incluyó entrevistas semiestructuradas a 8 expertos en el tratamiento del dengue, los datos fueron codificados mediante el programa Atlas. Ti. Fueron evaluadas tres categorías: (1) usabilidad informativa, (2) usabilidad de diseño y (3) recomendaciones para su mejoramiento. Resultados. Se destacaron tres aspectos clave: (1) la aplicación es percibida como valiosa para los médicos de primer nivel en áreas periféricas con poca experiencia en dengue debido a su enfoque personalizado y valor académico; (2) se destacó su facilidad de uso y practicidad, aunque se señaló la limitación de la conectividad en algunas áreas; y, (3) se recomendó la inclusión de diagnósticos diferenciales, factores de riesgo adicionales, referencias actualizadas, guías de hidratación y dosis de medicamentos para mejorar la aplicación. Conclusión. Dengue ONQOY fue considerado altamente utilizable por médicos que atienden casos de dengue en el primer nivel de atención en Perú. A pesar de las limitaciones relacionadas con la conectividad y las posibles mejoras en su diseño, su desarrollo e implementación ofrecen una alternativa prometedora para el manejo de pacientes con Dengue en el país.

ABSTRACT Introduction. Mobile applications represent a promising alternative for providing support in the management of Dengue patients. However, the usability of these tools in Peru is unknown. Objectives. To evaluate the usability and usage recommendations of the Dengue ONQOY application in managing Dengue patients in rural areas of Peru. Methods. A qualitative study was conducted, which included semi-structured interviews with 8 experts in Dengue management. Data were coded using Atlas. Ti software. Three categories were assessed: (1) informative usability (2) design usability, and (3) recommendations for improvement. Results. Three key aspects were highlighted. (1) The application is perceived as valuable for first- level doctors in peripheral areas with limited Dengue experience due to its personalized approach and academic value. (2) Its ease of use and practicality were emphasized, although connectivity limitations in some areas were noted. (3) Recommendations for improvement included the inclusion of differential diagnoses, additional risk factors, updated references, hydration guidelines, and medication dosages. Conclusions. Dengue ONQOY is considered highly usable by doctors treating Dengue cases at the primary care level in Peru. Despite connectivity limitations and potential design improvements, its development and implementation offer a promising alternative for managing Dengue patients in the country in this field.

Características clínicas y laboratoriales de los diez primeros pacientes con diagnóstico de Guillain-Barré en Piura, 2023

El síndrome de Guillain Barré es una enfermedad derivada del compromiso en las neuronas del sistema nervioso periférico por una respuesta descontrolada del sistema inmune que conduce daño axonal y/o desmielinización. El objetivo de este reporte fue describir los 10 primeros casos sospechosos de Síndrome de Guillain Barré en Piura. Se logró identificar la presencia de Campylobacter jejuni en las muestras de heces del 80% de los pacientes reportados. Es muy importante reconocer rápida y oportunamente al paciente con diagnóstico sospechoso de Guillain Barré, y realizar los estudios necesarios en un brote para identificar los agentes desencadenantes del cuadro.

Guillain Barré syndrome is a disease derived from compromise in neurons of the peripheral nervous system by an uncontrolled response from the immune system that leads to axonal damage and/or demyelination. The objective of this report was to describe the first 10 suspected cases of Guillain Barre Syndrome in Piura. It was possible to identify the presence of Campylobacter jejuni in the stool samples of 80% of the reported patients. It is very important to quickly and opportunely recognize the patient with a suspected diagnosis of Guillain Barré, and to carry out the necessary studies in an outbreak to identify the triggering agents of the condition.

Factores sociodemográficos y socioculturales que influyen en la donación de sangre en el Perú: resultados de una encuesta nacional, 2022 / Sociodemographic and sociocultural factors that influence blood donation in Perú: results of a national survey, 2022

RESUMEN Introducción: Los factores sociodemográficos y socioculturales influyen en la donación de sangre en diversos países, nuestro objetivo de estudio fue determinar cuáles son los factores que influyen en la donación de sangre en el Perú. El estudio: Se realizó un estudio observacional, transversal en personas entre 18 a 60 años a nivel nacional, se analizaron los datos mediante SPSS v.20 Hallazgos: La muestra de estudio fue de 739 personas, el 50,4% hombres; se determinó que hay buen conocimiento acerca de la donación de sangre con un porcentaje mayor al 50% de preguntas contestadas correctamente, así mismo existe una actitud positiva frente a la donación de sangre Conclusiones: Los factores socioculturales que influyen en la donación de sangre es el desconocimiento, un 40% de los participantes desconoce los requisitos básicos para ser donante de sangre, otro factor es la falsa creencia que al estar tomando medicamentos no se puede donar sangre (47%).

ABSTRACT Background: Sociodemographic and sociocultural factors influence blood donation in various countries, our objective of study was to determine what are the factors that influence blood donation in Peru. The study: An observational, crosssectional study was conducted in people between 18 and 60 years at the national level, the data were analyzed using SPSS v.20 Findings: The study sample was 739 people, 50.4% men; It was determined that there is good knowledge about blood donation with a percentage greater than 50% of questions answered correctly, likewise there is a positive attitude towards blood donation Conclusions: The sociocultural factors that influence blood donation is ignorance, 40% of the participants do not know the basic requirements to be a blood donor, another factor is the false belief. because they are taking medication, they cannot donate blood (47%).

IgG antibody response by ELISA using Wuhan and Lambda variant antigens in BBIBP-CORV vaccinated health care workers. / Anticuerpos IgG determinados mediante ELISA desarrollados con antígenos de linajes Wuhan y Lambda en trabajadores de salud vacunados con BBIBP-CORV.

OBJECTIVES: . To evaluate the IgG antibody response by ELISA using Wuhan and Lambda antigens in health care workers with and without history of SARS-CoV-2 infection prior to immunization with the first and second doses of Sinopharm vaccine (BBIBP-CorV). MATERIALS AND METHODS: . An analytical study was carried out in health care workers over 18 years of age. Fifty-one participants with history and 100 participants without history of SARS-CoV-2 infection, who received two doses of Sinopharm vaccine, were included. IgG antibodies were assessed 21 days after the first dose, 21 days after the second dose and 3 months after the second dose by in-house ELISA using the complete antigen of the Wuhan variant (B.1.1) and lambda variant (C-37) of SARS-CoV-2 virus. RESULTS: . Both groups showed a large increase in the percentage of people with antibodies after the second dose, however, this percentage decreased 3 months after the second dose. The difference between the antibody index measured by ELISA with Wuhan variant antigen versus the ELISA with lambda variant was significant (p<0.001). CONCLUSIONS: . There is a significant increase in the presence of IgG type antibodies after 15 days of the second dose of BBIBP-CorV vaccination in participants without previous infection and a decrease after 3 months of the second dose in the ratio of IgG antibody reactivity indexes in ELISAs with the variant antigen as with ELISAs with the lambda variant.

OBJETIVOS.: Evaluar la respuesta de anticuerpos IgG determinada mediante ELISA utilizando antígenos de los linajes Wuhan y Lambda en trabajadores de la salud con y sin antecedente de infección por SARS-CoV-2 previa a la inmunización con la primera y segunda dosis de la vacuna Sinopharm (BBIBP-CorV). MATERIALES Y MÉTODOS.: Se realizó un estudio analítico en trabajadores de salud mayores de 18 años. Se incluyeron 51 participantes con antecedente y 100 participantes sin antecedente de infección por SARS-CoV-2, quienes recibieron dos dosis de la vacuna Sinopharm. Los anticuerpos IgG se evaluaron 21 días después de la primera dosis, 21 días después de la segunda dosis y 3 meses después de la segunda dosis mediante una prueba de ELISA in house desarrollado utilizando el antígeno completo del linaje Wuhan (B) y del linaje Lambda(C.37) del virus de SARS-CoV-2. RESULTADOS.: En ambos grupos se observó un incremento del porcentaje de personas con anticuerpos luego de la segunda dosis, sin embargo, este porcentaje disminuyó luego de 3 meses de la segunda dosis. Se halló una diferencia significativa entre el índice de anticuerpos medido por ELISA con el antígeno del linaje Wuhan versus el ELISA con el linaje Lambda (p<0,001). CONCLUSIONES.: Existe un aumento significativo de la presencia de anticuerpos tipo IgG luego de 15 días de la segunda dosis de la vacunación con BBIP-CORV en los participantes sin infección previa y una disminución, luego de 3 meses de la segunda dosis, de la razón de índices de reactividad de anticuerpos IgG en los ELISA desarrollados con el antígeno de la variante como en los ELISA desarrollados con la variante Lambda.

Immunogenicity and reactogenicity of a third dose of BNT162b2 vaccine for COVID-19 after a primary regimen with BBIBP-CorV or BNT162b2 vaccines in Lima, Peru.

BACKGROUND: The administration of a third (booster) dose of COVID-19 vaccines in Peru initially employed the BNT162b2 (Pfizer) mRNA vaccine. The national vaccination program started with healthcare workers (HCW) who received BBIBP-CorV (Sinopharm) vaccine as primary regimen and elderly people previously immunized with BNT162b2. This study evaluated the reactogenicity and immunogenicity of the "booster" dose in these two groups in Lima, Peru. METHODS: We conducted a prospective cohort study, recruiting participants from November to December of 2021 in Lima, Peru. We evaluated immunogenicity and reactogenicity in HCW and elderly patients previously vaccinated with either two doses of BBIBP-CorV (heterologous regimen) or BTN162b2 (homologous regimen). Immunogenicity was measured by anti-SARS-CoV-2 IgG antibody levels immediately before boosting dose and 14 days later. IgG geometric means (GM) and medians were obtained, and modeled using ANCOVA and quantile regressions. RESULTS: The GM of IgG levels increased significantly after boosting: from 28.5±5.0 AU/mL up to 486.6±1.2 AU/mL (p<0.001) which corresponds to a 17-fold increase. The heterologous vaccine regimen produced higher GM of post-booster anti-SARS-CoV-2 IgG levels, eliciting a 13% increase in the geometric mean ratio (95%CI: 1.02-1.27) and a median difference of 92.3 AU/ml (95%CI: 24.9-159.7). Both vaccine regimens were safe and well tolerated. Previous COVID-19 infection was also associated with higher pre and post-booster IgG GM levels. CONCLUSION: Although both boosting regimens were highly immunogenic, two doses of BBIBP-CorV boosted with BTN162b2 produced a stronger IgG antibody response than the homologous BNT162b2 regimen in the Peruvian population. Additionally, both regimens were mildly reactogenic and well-tolerated.

Anticuerpos IgG determinados mediante ELISA desarrollados con antígenos de linajes Wuhan y Lambda en trabajadores de salud vacunados con BBIBP-CORV / IgG antibody response by ELISA using Wuhan and Lambda variant antigens in BBIBP-CORV vaccinated health care workers

RESUMEN Objetivos. Evaluar la respuesta de anticuerpos IgG determinada mediante ELISA utilizando antígenos de los linajes Wuhan y Lambda en trabajadores de la salud con y sin antecedente de infección por SARS-CoV-2 previa a la inmunización con la primera y segunda dosis de la vacuna Sinopharm (BBIBP-CorV). Materiales y métodos. Se realizó un estudio analítico en trabajadores de salud mayores de 18 años. Se incluyeron 51 participantes con antecedente y 100 participantes sin antecedente de infección por SARS-CoV-2, quienes recibieron dos dosis de la vacuna Sinopharm. Los anticuerpos IgG se evaluaron 21 días después de la primera dosis, 21 días después de la segunda dosis y 3 meses después de la segunda dosis mediante una prueba de ELISA in house desarrollado utilizando el antígeno completo del linaje Wuhan (B) y del linaje Lambda(C.37) del virus de SARS-CoV-2. Resultados. En ambos grupos se observó un incremento del porcentaje de personas con anticuerpos luego de la segunda dosis, sin embargo, este porcentaje disminuyó luego de 3 meses de la segunda dosis. Se halló una diferencia significativa entre el índice de anticuerpos medido por ELISA con el antígeno del linaje Wuhan versus el ELISA con el linaje Lambda (p<0,001). Conclusiones. Existe un aumento significativo de la presencia de anticuerpos tipo IgG luego de 15 días de la segunda dosis de la vacunación con BBIP-CORV en los participantes sin infección previa y una disminución, luego de 3 meses de la segunda dosis, de la razón de índices de reactividad de anticuerpos IgG en los ELISA desarrollados con el antígeno de la variante como en los ELISA desarrollados con la variante Lambda.

ABSTRACT Objectives . To evaluate the IgG antibody response by ELISA using Wuhan and Lambda antigens in health care workers with and without history of SARS-CoV-2 infection prior to immunization with the first and second doses of Sinopharm vaccine (BBIBP-CorV). Materials and methods . An analytical study was carried out in health care workers over 18 years of age. Fifty-one participants with history and 100 participants without history of SARS-CoV-2 infection, who received two doses of Sinopharm vaccine, were included. IgG antibodies were assessed 21 days after the first dose, 21 days after the second dose and 3 months after the second dose by in-house ELISA using the complete antigen of the Wuhan variant (B.1.1) and lambda variant (C-37) of SARS-CoV-2 virus. Results . Both groups showed a large increase in the percentage of people with antibodies after the second dose, however, this percentage decreased 3 months after the second dose. The difference between the antibody index measured by ELISA with Wuhan variant antigen versus the ELISA with lambda variant was significant (p<0.001). Conclusions . There is a significant increase in the presence of IgG type antibodies after 15 days of the second dose of BBIBP-CorV vaccination in participants without previous infection and a decrease after 3 months of the second dose in the ratio of IgG antibody reactivity indexes in ELISAs with the variant antigen as with ELISAs with the lambda variant.

Características de los primeros casos reportados como sospechosos de Monkeypox en el Perú / Characteristics of the first cases reported as suspected Monkeypox in Peru

RESUMEN Se presenta el caso de 9 pacientes reportados en el contexto de la alerta sanitaria por el aumento de casos de infección por el virus de Monkeypox en el mundo en países no endémicos. Es importante conocer de forma práctica los criterios epidemiológicos y clínicos más importantes para el descarte de viruela símica en el actual contexto de trasmisión en el Perú. Se discute los criterios de los casos confirmados respecto a otras enfermedades que son parte del diagnóstico diferencial como varicela, síndrome mano pie boca, entre otros.

ABSTRACT The case of 9 patients reported in the context of the health alert due to the increase in cases of Monkeypox virus infection in the world in non-endemic countries is presented. It is important to know in a practical way the most important epidemiological and clinical criteria that make us think about ruling out Monkeypox in the current context of transmission in Peru. The characteristics of the confirmed cases are discussed versus those of other diseases that are part of the differential diagnosis such as chickenpox, hand-foot-mouth syndrome, etc.

Estado de los programas de optimización del uso de antimicrobianos en hospitales: resultados de una Encuesta Nacional 2022 en Perú

Introducción: Los programas de Optimización de Antimicrobianos (PROA) en Instituciones Sanitarias son una estrategia implementada en diversos países. El estudio: Nuestro objetivo fue realizar una encuesta electrónica en los establecimientos de salud que cuentan con servicios de hospitalización en el Perú. Hallazgos: Ciento setenta establecimientos (38.4%) respondieron la encuesta entre MINSA (90%), ESSALUD (4.2%), FFAA PNP (2.9%) y Privados (2.9%). Solo 49 (28.8%) contaba con PROA funcionando dentro de su institución. El 83.7% contaban con una Resolución directoral que respalda sus funciones y el 38.8% referían contar con un plan de actividades PROA. Los problemas más frecuentemente identificados son la falta de recursos humanos capacitados (24.6%), la falta de capacitación y asistencia técnica (13.1%) y la falla en la prescripción de antibióticos (11.5%). Conclusión: Es prioritario seguir fortaleciendo los PROA en hospitales en el corto plazo con actividades que estimulen el uso racional de antimicrobianos.

Background: The Antimicrobial Optimization Programs (PROA in Spanish) in Health Institutions are a strategy implemented in different countries. The study: Our objective was to carry out an electronic survey in health establishments that have hospitalization services in Peru. Findings: One hundred seventy establishments (38.4%) responded to the survey between MINSA (90%), ESSALUD (4.2%), Armed Forces PNP (2.9%) and Private (2.9%). Only 49 (28.8%) had PROA working within their institution. 83.7% had a Director Resolution that supported their functions and 38.8% reported having a PROA activity plan. The most frequent problems identified are the lack of trained human resources (24.6%), the lack of training and technical assistance (13.1%) and the failure to prescribe antibiotics (11.5%). Conclusion: It is a priority to continue strengthening the PROA in hospitals in the short term with activities that stimulate the rational use of antimicrobials.

Confirmed Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Reinfections After a Second Wave With Predominance of Lambda in Lima and Callao, Peru.

Background: Coronavirus disease 2019 (COVID-19) infection is a major public health problem in the world and reinfections are becoming more frequent. Our main objective was to describe the epidemiological, clinical, and genomic characteristics of the confirmed cases of reinfection by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in the capital of Lima and Callao, Peru. Methods: We searched in the Peruvian laboratory information system from April 2020 up to May 2021, looking for cases having 2 positive molecular tests for SARS-CoV-2 with more than 90 days between them. We performed genomic sequencing to the available pairs of samples and described the clinical characteristics, epidemiological impact, and genomic analysis of the confirmed reinfections. Results: There were 1 694 164 people with a positive diagnostic test for SARS-CoV-2 in Lima/Callao during the study period. Of these, 1695 had 2 positive molecular tests with more than 90 days between them. Two hundred eleven had both samples available for genomic analysis according to our selection criteria, and these were retrieved and submitted to sequencing. Thirty cases were confirmed to be SARS-CoV-2 reinfections with 2 different lineages in the 2 episodes. The variant Lambda (C.37) was the most common during the second infection and accounted for 19 (63.3%) of the 30 cases. Conclusions: We report 30 cases of confirmed SARS-CoV-2 reinfections. The Lambda variant was the most common cause of the second infections, in concordance with its predominant circulation during Peru's second wave. This report describes the largest series of confirmed reinfections by SARS-CoV-2 in Latin America.We describe the epidemiological, clinical, and genomic characteristics of the confirmed cases of reinfection by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 in Lima and Callao, durante la segunda ola en Peru. The Lambda variant (C.37) was the most common cause of the second infections.

Reinfecciones por SARS-CoV-2 durante la segunda ola pandémica en Iquitos, Perú / SARS-CoV-2 reinfections during the second pandemic wave in Iquitos, Peru

Señor editor: La infección por SARS-CoV-2 ha ocasionado gran impacto en todo el mundo estimándose en más de 439 millones de casos y más de 5,9 millones de muertes. El Perú ha sido uno de los países en donde la mortalidad de su población ha descrito cifras muy elevadas llegando hasta una tasa de letalidad de 9.14%. Iquitos ha sido una de las ciudades más afectadas desde el inicio de la pandemia en el Perú, en donde se describió una seroprevalencia COVID-19 de 70% una de las más altas reportadas después de la primera ola pandémica de COVID-19. Es de esperar que esta seroprevalencia haya aumentado luego de la segunda ola. La duración de la inmunidad frente al SARS-CoV-2 ya sea por infección previa o por vacunación efectiva continúa siendo una de las interrogantes más importantes, en ese contexto, reportamos 4 casos de reinfecciones confirmadas en Iquitos Perú.

Dear Editor: SARS-CoV-2 infection has caused great impact worldwide, estimated at more than 439 million cases and more than 5.9 million deaths. Peru has been one of the countries where the mortality of its population has described very high figures reaching a case fatality rate of 9.14%. Iquitos has been one of the most affected cities since the beginning of the pandemic in Peru, where a COVID-19 seroprevalence of 70% was described, one of the highest reported after the first COVID-19 pandemic wave. It is to be expected that this seroprevalence has increased after the second wave. The duration of immunity against SARS-CoV-2 either by previous infection or by effective vaccination continues to be one of the most important questions, in that context, we report 4 cases of confirm reinfections in Iquitos Peru.

Uso de Corticoides en COVID-19 y posibles daños de su inadecuada prescripción / Use of Corticosteroids in COVID-19 and possible damages of its inadequate prescription

La infección por COVID-19 es un grave problema de salud pública en el Perú. Uno de los medicamentos del cual tenemos evidencia clara de su uso en COVID-19 son los corticoesteroides;sonfármacoslipofílicosdeacciónnuclear.Seindicanen enfermedades inflamatorias y autoinmunes en donde el propio sistema inmune ataca las células de nuestro organismo

COVID-19 infection is a serious public health problem in Peru. One of the drugs for which we have clear evidence of their use in COVID-19 is corticosteroids; these are lipophilic, nuclear-acting drugs that are indicated in inflammatory and autoimmune diseases where the immune system itself attacks the cells of our organism the cells of our organism the cells of our body the cells of our body the cells of our body the cells of our body the cells of our body the cells of our body.

Molecular characterization of carbapenemases in Peru during 2019. / Caracterización molecular de carbapenemasas en el Perú durante el 2019.

Resistance to carbapenems is a public health problem. This study presents the identification of carbapenemase enzymes in Enterobacteriaceae, Pseudomonas spp. and Acinetobacter spp. present in strains from 30 institutions that provide health services in Peru as part of the quality control process in diagnoses. Phenotypic confirmation and enzymatic identification were performed using the Blue CARBA test and the synergy test with phenylboronic acid and ethylenediaminetetraacetic acid/sodium mercaptoacetic acid discs. 185 strains with carbapenemases were identified: 78 in Enterobacteriaceae, 61 in P. aeruginosa and 46 in Acinetobacter spp. The types of carbapenemases identified were: blaKPC, blaNDM, blaIMP, blaVIM, blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51 and the blaVIM/IMP co-production. It is important to strengthen the promotion of the rational use of antimicrobials and epidemiological surveillance in the country's hospitals.

La resistencia a los carbapenémicos es un problema de salud pública. Este estudio presenta la identificación de enzimas carbapenemasas en Enterobacteriaceae, Pseudomonas spp. y Acinetobacter spp. presentes en cepas de 30 instituciones prestadoras de servicios de salud del Perú como parte del proceso de control de calidad en diagnósticos. La confirmación fenotípica e identificación enzimática se realizó utilizando la prueba de Blue CARBA y la prueba de sinergia con discos de ácido fenilborónico y ácido etilendiaminotetraacético/ácido mercaptoacético de sodio. Se identificaron 185 cepas con carbapenemasas: 78 en Enterobacteriaceae, 61 en P. aeruginosa y 46 en Acinetobacter spp. Los tipos de carbapenemasas identificadas fueron: blaKPC, blaNDM, blaIMP, blaVIM, blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51 y la coproducción de blaVIM/IMP. Es importante reforzar la promoción del uso racional de antimicrobianos y la vigilancia epidemiológica en los nosocomios del país.

Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2. / Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2.

OBJECTIVES: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. MATERIALS AND METHODS: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. RESULTS: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/µL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 µL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). CONCLUSIONS: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

OBJETIVOS: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. MATERIALES Y MÉTODOS: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. RESULTADOS: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). CONCLUSIONES: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

Caracterización molecular de carbapenemasas en el Perú durante el 2019 / Molecular characterization of carbapenemases in Peru during 2019

RESUMEN La resistencia a los carbapenémicos es un problema de salud pública. Este estudio presenta la identificación de enzimas carbapenemasas en Enterobacteriaceae, Pseudomonas spp. y Acinetobacter spp. presentes en cepas de 30 instituciones prestadoras de servicios de salud del Perú como parte del proceso de control de calidad en diagnósticos. La confirmación fenotípica e identificación enzimática se realizó utilizando la prueba de Blue CARBA y la prueba de sinergia con discos de ácido fenilborónico y ácido etilendiaminotetraacético/ácido mercaptoacético de sodio. Se identificaron 185 cepas con carbapenemasas: 78 en Enterobacteriaceae, 61 en P. aeruginosa y 46 en Acinetobacter spp. Los tipos de carbapenemasas identificadas fueron: blaKPC, blaNDM, blaIMP, blaVIM, blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51 y la coproducción de blaVIM/IMP. Es importante reforzar la promoción del uso racional de antimicrobianos y la vigilancia epidemiológica en los nosocomios del país.

ABSTRACT Resistance to carbapenems is a public health problem. This study presents the identification of carbapenemase enzymes in Enterobacteriaceae, Pseudomonas spp. and Acinetobacter spp. present in strains from 30 institutions that provide health services in Peru as part of the quality control process in diagnoses. Phenotypic confirmation and enzymatic identification were performed using the Blue CARBA test and the synergy test with phenylboronic acid and ethylenediaminetetraacetic acid/sodium mercaptoacetic acid discs. 185 strains with carbapenemases were identified: 78 in Enterobacteriaceae, 61 in P. aeruginosa and 46 in Acinetobacter spp. The types of carbapenemases identified were: blaKPC, blaNDM, blaIMP, blaVIM, blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51 and the blaVIM/IMP co-production. It is important to strengthen the promotion of the rational use of antimicrobials and epidemiological surveillance in the country's hospitals.

Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2 / Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2 / Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

Caracterización molecular de carbapenemasas en el Perú durante el 2019 / Molecular characterization of carbapenemases in Peru during 2019

RESUMEN La resistencia a los carbapenémicos es un problema de salud pública. Este estudio presenta la identificación de enzimas carbapenemasas en Enterobacteriaceae, Pseudomonas spp. y Acinetobacter spp. presentes en cepas de 30 instituciones prestadoras de servicios de salud del Perú como parte del proceso de control de calidad en diagnósticos. La confirmación fenotípica e identificación enzimática se realizó utilizando la prueba de Blue CARBA y la prueba de sinergia con discos de ácido fenilborónico y ácido etilendiaminotetraacético/ácido mercaptoacético de sodio. Se identificaron 185 cepas con carbapenemasas: 78 en Enterobacteriaceae, 61 en P. aeruginosa y 46 en Acinetobacter spp. Los tipos de carbapenemasas identificadas fueron: blaKPC, blaNDM, blaIMP, blaVIM, blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51 y la coproducción de blaVIM/IMP. Es importante reforzar la promoción del uso racional de antimicrobianos y la vigilancia epidemiológica en los nosocomios del país.

ABSTRACT Resistance to carbapenems is a public health problem. This study presents the identification of carbapenemase enzymes in Enterobacteriaceae, Pseudomonas spp. and Acinetobacter spp. present in strains from 30 institutions that provide health services in Peru as part of the quality control process in diagnoses. Phenotypic confirmation and enzymatic identification were performed using the Blue CARBA test and the synergy test with phenylboronic acid and ethylenediaminetetraacetic acid/sodium mercaptoacetic acid discs. 185 strains with carbapenemases were identified: 78 in Enterobacteriaceae, 61 in P. aeruginosa and 46 in Acinetobacter spp. The types of carbapenemases identified were: blaKPC, blaNDM, blaIMP, blaVIM, blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51 and the blaVIM/IMP co-production. It is important to strengthen the promotion of the rational use of antimicrobials and epidemiological surveillance in the country's hospitals.