[IgE reactivity of sera from patients with autoimmune diseases against a multi-epitope protein constructed from T epitopes of Ascaris lumbricoides allergens]. / Reactividad IgE de sueros en pacientes con enfermedades autoinmunes, frente a una proteína multi-epítopes construida a partir de epítopes T de alérgenos de Ascaris lumbricoides.

OBJECTIVE: To evaluate the IgE reactivity of sera in patients suffering from type 1 diabetes (T1D), lupus nephritis (LN) and juvenile idiopathic arthritis (JIA) against a molecule constructed from T epitopes of A. lumbricoides allergens. METHODS: We designed and expressed a synthetic multi-epítope protein named MP1 from A. lumbricoides and house dust mites allergens. By indirect ELISA, we evaluated IgE-reactivity to MP1 and to the whole-body extract of Ascaris lumbricoides in 45 sera from Colombian Caribbean patients with lupus nephritis (LN; n=25), type 1 diabetes (T1D; n=10) and Juvenil idiopathic arthritis (JIA; n=10). Individuals with poly autoimmunity were excluded. All patients were referred to the study by their specialist doctor. RESULTS: IgE to whole-body extract of A. lumbricoides showed the following median concentrations.484.2 ng/ml (IQR: 203.4) in JIA patients, 325.6 ng/ml (IQR: 179.3) in individuals with LN, and 424.7 ng/ml (IQR: 80.1) in the T1D group. On the other hand, IgE-reactivity to MP1 was 126.4 ng/ml (IQR: 90.9) in JIA patients, 130.7 ng/ml (IQR: 94.8) in an individual with LN, and 148.8 ng/ml (IQR: 102.1) in the T1D group. Although no statistical differences were observed between patient groups, the IgE to MP1 in all patients (n: 45) (IgE median: 134.2 ng/ml; IQR: 100) were significantly less compared to Ascaris extract (IgE median: 380.7 ng/ml; IQR: 175.8); (W: 0.732; p-value: 1.034x10-7). CONCLUSIONS: These preliminary results suggest that MP1 showed antigenic properties with low IgE- reactivity, compared to Ascaris lumbricoides extracted in individuals with autoimmune diseases. Further studies are needed to understand better the immune response induced by this molecule.

OBJETIVO: Evaluar la reactividad IgE de sueros en pacientes que padecen diabetes tipo 1 (DT1), nefritis lúpica (NL) y artritis idiopática juvenil (AIJ) frente a una molécula construida a partir de epítopes T de alérgenos de A. lumbricoides. MÉTODOS: Se diseñó y expresó una proteína multi-epítopes sintética (MP1), a partir de alérgenos de A. lumbricoides y ácaros del polvo doméstico. Mediante ELISA indirecto, se evaluaron las reactividades IgE anti-MP1 y al extracto de cuerpo entero de Ascaris lumbricoides, en sueros de pacientes con nefritis lúpica (NL; n=25), diabetes tipo 1 (T1D; n=10) y artritis idiopática juvenil (AIJ; n=10), procedentes del Caribe colombiano. Se excluyeron los individuos con poliautoinmunidad. Todos los pacientes fueron remitidos al estudio por su médico especialista. RESULTADOS: La IgE frente al extracto de cuerpo completo de A. lumbricoides mostró concentraciones de 484,2 ng/ml (RIQ: 203,4) en pacientes con AIJ; 325,6 ng/ml (RIQ: 179,3) en individuos con NL; y 424,7 ng/ml (RIQ: 80,1) en el grupo con DT1. Por otra parte, la reactividad de IgE anti-MP1 fue de 126,4 ng/ml (RIQ: 90,9) en los pacientes con AIJ; 130,7 ng/ml (RIQ: 94,8) en los individuos con NL; y 148,8 ng/ml (RIQ: 102,1) en el grupo con DT1. Aunque no se observaron diferencias estadísticas entre los grupos de pacientes, la reactividad IgE anti- MP1 en todos los pacientes (n: 45) (mediana de IgE: 134,2 ng/ml; RIQ: 100), fue significativamente inferior en comparación con el extracto de Ascaris (mediana de IgE: 380,7 ng/ml; RIQ: 175,8); (W: 0,732; p-valor: 1,034x10-7). CONCLUSIONES: Estos resultados preliminares sugieren que MP1 mostró propiedades antigénicas con baja reactividad IgE, en comparación con el extracto de Ascaris lumbricoides en individuos con enfermedades autoinmunes. Se necesitan más estudios para comprender mejor la respuesta inmunitaria inducida por esta molécula.

[Ige reactivity of a recombinant multi-epitope protein designed from allergens of interest in the tropics - preliminary findings]. / Reactividad IgE de una proteína multi-epítope recombinante diseñada a partir de alérgenos de interés en el trópico - hallazgos preliminares.

OBJECTIVE: The objective of the present study was to design a multi-epitope protein from A. lumbricoides and APD allergens and to evaluate its IgE reactivity preliminarily. METHODS: Using computational tools, a molecule containing multiple "T" epitopes of allergens derived from A. lumbricoides and APD was designed "in silico" This multi-epitope protein (MP1) was expressed using an E. coli system and purified by affinity chromatography using Ni-NTA agarose. Anti-MP1 and anti-HDM extract IgE reactivity was evaluated by Dot-Blot and indirect ELISA from sera of HDM-allergic patients and non-allergic individuals from Barranquilla-Colombia. Allergic individuals had a positive skin test to a standardized battery of inhaled allergens (EUROLINE - Ref: DP 3704-1601-1 E) and mite- specific IgE. RESULTS: Multi-epitope (MP1) protein was expressed and purified with high purity. Dot-Blot result showed that all sera from allergic patients showed lower IgE reactivity to MP1 compared to HDM extract. By ELISA, significantly lower concentrations of anti-MP1 IgE (Median: 270.86 ng/ml; IQR: 90.3) were observed in contrast to anti-HDM IgE levels (Median: 988.5 ng/ml; IQR: 1117.6) in sera of patients allergic to HDM. CONCLUSIONS: A protein composed of multiple epitopes of A. lumbricoides and HDM allergens was designed, expressed, and purified. Preliminary Dot-Blot results suggest that this molecule shows hypoallergenic properties with very low IgE reactivity compared to mite extract. Further functional studies are needed to understand better the immune response induced by this molecule.

OBJETIVO: Diseñar una proteína multiepítope a partir de alérgenos de A. lumbricoides y APD; y evaluar preliminarmente su reactividad IgE. MÉTODOS: Mediante herramientas computacionales se diseñó In Silico, una molécula que contiene múltiples epítopos T, de alérgenos derivados de A. lumbricoides y APD. Esta proteína multiepítope (MP1) se expresó utilizando un sistema de E. coli, y se purificó mediante cromatografía de afinidad, empleando agarosa Ni-NTA. La reactividad IgE anti-MP1 y anti-extracto de APD, se evaluó mediante Dot-Blot y ELISA indirecta, a partir de suero de pacientes alérgicos a APD, e individuos no alérgicos procedentes de Barranquilla, Colombia. Los individuos alérgicos contaron con prueba cutánea positiva a una batería estandarizada de alérgenos inhalados (EUROLINE - Ref: DP 3704-1601-1 E) e IgE específica para ácaros. RESULTADOS: La proteína multiepítope MP1 se expresó y purificó con alta pureza. El resultado del Dot-Blot, mostró que todos los sueros de pacientes alérgicos tuvieron una reactividad IgE menor a MP1 en comparación al extracto de APD. Por ELISA, se observaron concentraciones significativamente menores de IgE anti-MP1 (Mediana: 270,86 ng/ml; RIQ: 90,3), en contraste a los niveles de IgE anti-APD (Mediana: 988,5 ng/ml; RIQ: 1117,6), en suero de pacientes alérgicos a APD. CONCLUSIONES: Se diseñó, expresó y purificó una proteína compuesta por múltiples epítopes de alérgenos de A. lumbricoides y APD. Los resultados preliminares de Dot-Blot sugieren que esta molécula muestra propiedad hipoalergénica con una reactividad IgE muy baja, en comparación con el extracto de ácaros. Se necesita continuar con estudios funcionales para comprender mejor la respuesta inmune inducida por esta molécula.

[Novel tropomyosin consensus B and T epitopes involved in cross-reactivity between 10 different species. An in silico study]. / Nuevos epítopes B y T, consenso de tropomiosina involucradas en reactividad cruzada entre diez especies diferentes. Un estudio in silico.

OBJECTIVE: This study aimed to identify by in silico methods tropomyosin consensus B and T epitopes of shrimp species, house dust mites, insects, and nematodes associated with allergic diseases in tropical countries. METHODS: In silico analysis included tropomyosin from mites (Der p 10, Der f 10, Blo t 10), insects (Aed a 10, Per a 7, Bla g 7), shrimp (Lit v 1, Pen m 1, Pen a 1), and nematode (Asc l 3) all sequences were taken from the UniProt database. Linear IgE epitopes were predicted with AlgPred 2.0 and validated with BepiPred 3.0. MHC-II binding T cell epitopes were predicted using the IEDB server, which implements nine predictive methods (consensus method, combinatorial library, NN-align-2.3, NN- align-2.2, SMM-align, Sturniolo, NetMHCIIpan 3.1, and NetMHCIIpan 3.2) these predictions focused on 10 HLA-DR and 2 HLA-DQ alleles associated with allergic diseases. Subsequently, consensus B and T epitopes present in all species were identified. RESULTS: We identified 12 sequences that behaved as IgE-epitopes and B-cell epitopes, three of them: 160RKYDEVARKLAMVEA174, 192ELEEELRVVGNNLKSLEVSEEKAN215, 251KEVDRLEDELV261 were consensus in all species. Eleven peptides (T-epitopes) showed strong binding (percentile rank ≤ 2.0) to HLA-DRB1*0301, *0402, *0411, *0701, *1101, *1401, HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02, and HLA- DQA1*05:01/DQB1*02:01. Only two T-epitopes were consensus in all species: 167RKLAMVEADLERAEERAEt GEsKIVELEEELRV199, and 218EEeY KQQIKT LTaKLKEAEARAEFAERSV246. Subsequently, we identified 2 B and T epitope sequences and reached a consensus between species 167RKLAMVEA174 and 192ELEEELRV199. CONCLUSIONS: These data describe three sequences that may explain the IgE cross-reactivity between the analyzed species. In addition, the consensus B and T epitopes can be used for further in vitro investigations and may help to design multiple-epitope protein-based immunotherapy for tropomyosin-related allergic diseases.

OBJETIVO: Este estudio tuvo como objetivo identificar mediante métodos in silico epítopes B y T consenso de tropomiosina de especies de camarón, ácaros del polvo doméstico, insectos y nematodos asociados a enfermedades alérgicas en países tropicales. MÉTODOS: El análisis in silico incluyó tropomiosina de ácaros (Der p 10, Der f 10, Blo t 10), insectos (Aed a 10, Per a 7, Bla g 7), camarones (Lit v 1, Pen m 1, Pen a 1), y nematodo (Asc l 3). Todas las secuencias se tomaron de la base de datos UniProt. Los epítopes IgE lineales se predijeron con AlgPred 2.0 y se validaron con BepiPred 3.0. Los epítopes de células T de unión a MHC-II se predijeron utilizando el servidor IEDB, que implementa nueve métodos predictivos (método de consenso, biblioteca combinatoria, NN-align-2.3, NN-align-2.2, SMM-align, Sturniolo, NetMHCIIpan 3.1 y NetMHCIIpan 3.2). Estas predicciones se centraron en diez alelos HLA-DR y 2 HLA-DQ asociados con enfermedades alérgicas. Posteriormente, se identificaron epítopes consenso B y T presentes en todas las especies. RESULTADOS: Se identificaron 12 secuencias que se comportaron como epítopes de IgE y, también, como epítopes de células B. Tres de ellas: 160RKYDEVARKLAMVEA174, 192ELEEELRVVGNNLKSLEVSEEKAN213 y 251KEVDRLEDELV261, fueron consenso en todas las especies. Once péptidos mostraron una fuerte unión (rango percentil ≤ 2,0) a HLA-DRB1*0301, *0402, *0411, *0701, *1101, *1401 y a HLA HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02, o HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01. Solo se encontraron dos secuencias: 167RKLAMVEADLERAEERAEtGEsKIVELEEELRV199 con fuerte afinidad por HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02, y HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01. Se identificaron dos secuencias que son epítopos B y T, y son consenso entre especies: 167RKLAMVEA174 y 192ELEEELRV199. CONCLUSIONES: Estos datos describen tres secuencias que pueden explicar la reactividad cruzada de IgE entre las especies analizadas. Además, los epítopos B y T consenso se pueden usar para investigaciones in vitro adicionales, y pueden ayudar a diseñar inmunoterapia basada en proteínas de múltiepítopes para enfermedades alérgicas relacionadas con la tropomiosina.

Distribution of polymorphism rs693 of ApoB gene in a sample of Colombian Caribbeans / Distribución del polimorfismo rs693 en el gen de la apolipoproteína B en una muestra caribeños colombianos

Abstract Introduction: Several studies have reported that the single nucleotide polymorphism rs693 of Apo lipoprotein B gene is associated with high levels of plasma lipids and high body mass index, which are risk factors for cardiovascular diseases. The distribution of this single nucleotide polymorphism and its association with the phenotype depend on the genetic background of each population. Objective: To evaluate the distribution of single nucleotide polymorphism rs693 and its association with lipid profile and body mass index in a sample of Colombian Caribbeans. Methods: 108 non-related adult subjects of both gender were included in this study. Body mass index and lipid profile that included total cholesterol, triglycerides, Low Density Lipoprotein and High Density Lipoprotein were determined. The single nucleotide polymorphism rs693 was determined by Polymerase Chain Reaction/Restriction Fragment Length Polymorphism from genomic DNA followed by digestion with the restriction enzyme XbaI. The chi-square test was used to analyze the genotype distribution of rs693 and the genotype-phenotype association was evaluated through different inheritance model. Results: The genotype frequencies for single nucleotide polymorphism rs693 were CC (45.0%), TT (16.5%) and CT (38.5%). The allele frequencies were C (64.0%) and T (36.0%). The single nucleotide polymorphism was in Hardy-Weinberg equilibrium in the studied sample. No association of the single nucleotide polymorphism rs693 with lipid profile nor the body mass index was found (p >0.05). Conclusion: There is no significant association between single nucleotide polymorphism rs693 and body mass index nor lipid profile, in a sample of Colombian Caribbeans.

Resumen Introducción: Varios estudios han informado que el polimorfismo de un solo nucleótido rs693 del gen de la apolipoproteína B se asocia con altos niveles de lípidos plasmáticos e índice de masa corporal, los cuales son factores de riesgo para enfermedades cardiovasculares. La distribución de este polimorfismo y su asociación con el fenotipo dependen del antecedente genético de cada población. La población caribeña colombiana es producto de la mezcla de tres grupos étnicos principales: africano, amerindio y caucásico. Objetivo: Evaluar la distribución del polimorfismo rs693 y su asociación con el perfil lipídico y el índice de masa corporal en una muestra de sujetos caribeños colombianos. Métodos: Fueron incluidos en este estudio 108 sujetos adultos de ambos sexos y no relacionados. Se determinaron el índice de masa corporal y el perfil lipídico; de éste se incluyó colesterol total, triglicéridos, lipoproteínas de baja densidad y lipoproteína de alta densidad. El polimorfismo rs693 se determinó mediante Reacción en Cadena de la Polimerasa del ADN genómico seguida por digestión con la enzima de restricción XbaI. Se utilizó la prueba de ji cuadrado para analizar la distribución del genotipo de rs693 y se evaluó la asociación genotipo-fenotipo a través de diferentes modelos de herencia. Resultados: Las frecuencias genotípicas para rs693 fueron CC (45.0%), TT (16.5%) y TC (38.5%). Las frecuencias alélicas fueron C (64.0%) y T (36.0%). El polimorfismo rs693 estaba en equilibrio de Hardy-Weinberg en la muestra estudiada y no presentó asociación con el perfil lipídico ni con el índice de masa corporal (p >0.05). Conclusión: No existe asociación significativa del polimorfismo rs693 con el índice de masa corporal ni con el perfil lipídico en una muestra de caribeños colombianos.

Distribution of polymorphism rs693 of ApoB gene in a sample of Colombian Caribbeans.

INTRODUCTION: Several studies have reported that the single nucleotide polymorphism rs693 of Apo lipoprotein B gene is associated with high levels of plasma lipids and high body mass index, which are risk factors for cardiovascular diseases. The distribution of this single nucleotide polymorphism and its association with the phenotype depend on the genetic background of each population. OBJECTIVE: To evaluate the distribution of single nucleotide polymorphism rs693 and its association with lipid profile and body mass index in a sample of Colombian Caribbeans. METHODS: 108 non-related adult subjects of both gender were included in this study. Body mass index and lipid profile that included total cholesterol, triglycerides, Low Density Lipoprotein and High Density Lipoprotein were determined. The single nucleotide polymorphism rs693 was determined by Polymerase Chain Reaction/Restriction Fragment Length Polymorphism from genomic DNA followed by digestion with the restriction enzyme XbaI. The chi-square test was used to analyze the genotype distribution of rs693 and the genotype-phenotype association was evaluated through different inheritance model. RESULTS: The genotype frequencies for single nucleotide polymorphism rs693 were CC (45.0%), TT (16.5%) and CT (38.5%). The allele frequencies were C (64.0%) and T (36.0%). The single nucleotide polymorphism was in Hardy-Weinberg equilibrium in the studied sample. No association of the single nucleotide polymorphism rs693 with lipid profile nor the body mass index was found (p >0.05). CONCLUSION: There is no significant association between single nucleotide polymorphism rs693 and body mass index nor lipid profile, in a sample of Colombian Caribbeans.

INTRODUCCIÓN: Varios estudios han informado que el polimorfismo de un solo nucleótido rs693 del gen de la apolipoproteína B se asocia con altos niveles de lípidos plasmáticos e índice de masa corporal, los cuales son factores de riesgo para enfermedades cardiovasculares. La distribución de este polimorfismo y su asociación con el fenotipo dependen del antecedente genético de cada población. La población caribeña colombiana es producto de la mezcla de tres grupos étnicos principales: africano, amerindio y caucásico. OBJETIVO: Evaluar la distribución del polimorfismo rs693 y su asociación con el perfil lipídico y el índice de masa corporal en una muestra de sujetos caribeños colombianos. MÉTODOS: Fueron incluidos en este estudio 108 sujetos adultos de ambos sexos y no relacionados. Se determinaron el índice de masa corporal y el perfil lipídico; de éste se incluyó colesterol total, triglicéridos, lipoproteínas de baja densidad y lipoproteína de alta densidad. El polimorfismo rs693 se determinó mediante Reacción en Cadena de la Polimerasa del ADN genómico seguida por digestión con la enzima de restricción XbaI. Se utilizó la prueba de ji cuadrado para analizar la distribución del genotipo de rs693 y se evaluó la asociación genotipo-fenotipo a través de diferentes modelos de herencia. RESULTADOS: Las frecuencias genotípicas para rs693 fueron CC (45.0%), TT (16.5%) y TC (38.5%). Las frecuencias alélicas fueron C (64.0%) y T (36.0%). El polimorfismo rs693 estaba en equilibrio de Hardy-Weinberg en la muestra estudiada y no presentó asociación con el perfil lipídico ni con el índice de masa corporal (p >0.05). CONCLUSIÓN: No existe asociación significativa del polimorfismo rs693 con el índice de masa corporal ni con el perfil lipídico en una muestra de caribeños colombianos.

Aislamiento microbiológico de Salmonella spp. y herramientas moleculares para su detección / Microbiological Isolation of Salmonella spp. And Molecular tools for detection

Salmonella spp, es uno de los principales agentes causales de intoxicaciones alimentarías a nivel mundial, coloniza a la mayoría de los animales y el ser humano. No es detectable en muestras que tienen un bajo número de células y los métodos tradicionales para su aislamiento tienen baja especificidad, baja sensibilidad y consumen mucho tiempo. Esta revisión presenta un análisis sobre los métodos para la detección de Salmonella spp. y se profundiza en los estudios moleculares encaminados al diagnóstico de este microorganismo de importancia en salud pública. En los últimos años se han desarrollado diferentes protocolos utilizando métodos moleculares para la detección de Salmonella spp. a partir de muestras clínicas y alimentos. Los costos para la detección molecular de Salmonella spp. son elevados en comparación con los métodos tradicionales, pero la alta sensibilidad y especificidad que ofrece la PCR, los beneficios al sector salud al lograr un diagnóstico rápido y preciso, la relación costo beneficio que otorga al sector productivo permitiendo liberar productos alimenticios al mercado con mayor rapidez, justifican la implementación de estas técnicas. La revisión de las ventajas y desventajas de los métodos microbiológicos tradicionales y moleculares para detectar Salmonella spp. en diferentes matrices, permite establecer la mejor estrategia a seguir en la detección y diagnóstico de microorganismos de difícil aislamiento. Dada la complejidad de las diferentes metodologías que existen para la detección de Salmonella spp, dichas técnicas serán presentadas en forma independiente.