Assuntos
Hidroximetil e Formil Transferases/química , Complexos Multienzimáticos/química , Nucleotídeo Desaminases/química , Sequência de Aminoácidos , Sítios de Ligação , Cristalização , Cristalografia por Raios X , Modelos Moleculares , Dados de Sequência Molecular , Thermotoga maritima/enzimologiaAssuntos
Proteínas de Bactérias/química , Modelos Moleculares , Proteínas Repressoras/química , Thermotoga maritima/química , Sequência de Aminoácidos , Proteínas de Bactérias/genética , Cristalografia por Raios X , Dados de Sequência Molecular , Proteínas Repressoras/genética , Análise de Sequência de DNA , Thermotoga maritima/genéticaAssuntos
Proteínas de Bactérias/química , Thermotoga maritima/enzimologia , Sequência de Aminoácidos , Proteínas de Bactérias/isolamento & purificação , Cristalografia por Raios X , Modelos Moleculares , Dados de Sequência Molecular , Dobramento de Proteína , Estrutura Secundária de Proteína , Proteínas de Saccharomyces cerevisiae/química , Thermotoga maritima/química , Proteína ran de Ligação ao GTP/químicaRESUMO
Glutathione S-transferases (GSTs) comprise a diverse superfamily of enzymes found in organisms from all kingdoms of life. GSTs are involved in diverse processes, notably small-molecule biosynthesis or detoxification, and are frequently also used in protein engineering studies or as biotechnology tools. Here, we report the high-resolution X-ray structure of Atu5508 from the pathogenic soil bacterium Agrobacterium tumefaciens (atGST1). Through use of comparative sequence and structural analysis of the GST superfamily, we identified local sequence and structural signatures, which allowed us to distinguish between different GST classes. This approach enables GST classification based on structure, without requiring additional biochemical or immunological data. Consequently, analysis of the atGST1 crystal structure suggests a new GST class, distinct from previously characterized GSTs, which would make it an attractive target for further biochemical studies.
Assuntos
Agrobacterium tumefaciens/enzimologia , Proteínas de Bactérias/química , Glutationa Transferase/química , Agrobacterium tumefaciens/química , Agrobacterium tumefaciens/citologia , Sequência de Aminoácidos , Proteínas de Bactérias/classificação , Cristalografia por Raios X , Dimerização , Glutationa Transferase/classificação , Modelos Moleculares , Dados de Sequência Molecular , Filogenia , Estrutura Secundária de ProteínaAssuntos
Fosfatase Ácida/química , Clostridium acetobutylicum/enzimologia , Fosfatase Ácida/isolamento & purificação , Sequência de Aminoácidos , Sítios de Ligação , Clostridium acetobutylicum/química , Cristalografia por Raios X , Modelos Moleculares , Dados de Sequência Molecular , Conformação Proteica , Dobramento de ProteínaAssuntos
Dioxigenases/química , Sequência de Aminoácidos , Animais , Sítios de Ligação , Cristalização , Bases de Dados de Proteínas , Dioxigenases/genética , Dioxigenases/metabolismo , Metais/química , Camundongos , Modelos Moleculares , Dados de Sequência Molecular , Estrutura Molecular , Ligação Proteica , Estrutura Secundária de Proteína , Estrutura Terciária de ProteínaAssuntos
Proteínas de Bactérias/química , Proteínas de Bactérias/metabolismo , Ciclofilinas/química , Ciclofilinas/metabolismo , Peptidilprolil Isomerase/química , Peptidilprolil Isomerase/metabolismo , Thermotoga maritima/enzimologia , Sequência de Aminoácidos , Proteínas de Bactérias/genética , Sítios de Ligação , Cristalografia por Raios X , Humanos , Modelos Moleculares , Dados de Sequência Molecular , Peptidilprolil Isomerase/classificação , Polietilenoglicóis , Dobramento de Proteína , Estrutura Quaternária de Proteína , Estrutura Terciária de ProteínaAssuntos
Carbono-Nitrogênio Ligases com Glutamina como Doadora de N-Amida/química , Carbono-Nitrogênio Ligases com Glutamina como Doadora de N-Amida/metabolismo , Thermotoga maritima/enzimologia , Sequência de Aminoácidos , Sítios de Ligação , Cristalografia por Raios X , Modelos Moleculares , Dados de Sequência Molecular , Estrutura Quaternária de Proteína , Estrutura Terciária de Proteína , Homologia Estrutural de ProteínaAssuntos
Proteínas de Ligação a DNA/química , Thermotoga maritima/metabolismo , Sequência de Aminoácidos , Anisotropia , Cristalografia por Raios X , DNA de Cadeia Simples , Escherichia coli/metabolismo , Mitocôndrias/metabolismo , Modelos Moleculares , Dados de Sequência Molecular , Plasmídeos/metabolismo , Estrutura Secundária de Proteína , Fatores de Transcrição/química , Difração de Raios XRESUMO
The production of large numbers of highly purified proteins for X-ray crystallography is a significant bottleneck in structural genomics. At the Joint Center for Structural Genomics (JCSG; http://www.jcsg.org), specific automated protein expression, purification, and analytical methods are being utilized to study the proteome of Thermotoga maritima. Anion exchange and size exclusion chromatography (SEC), intended for the production of highly purified proteins, have been automated and the procedures are described here in detail. Analytical SEC has been included as a standard quality control test. A biological unit (BU) is the macromolecule that has been proven or is presumed to be functional. Correct assignment of BUs from protein structures can be difficult. BU predictions obtained via the Protein Quaternary Structure file server (PQS; http://pqs.ebi.ac.uk/) were compared to SEC data for 16 representative T. maritima proteins whose structures were solved at the JCSG, revealing an inconsistency in five cases. Herein, we report that SEC can be used to validate or disprove PQS-derived oligomeric models. A substantial amount of associated SEC and structural data should enable us to use certain PQS parameters to gauge the accuracy of these computational models and to generally improve their predictions.
