A benchmark of computational pipelines for single-cell histone modification data.

BACKGROUND: Single-cell histone post translational modification (scHPTM) assays such as scCUT&Tag or scChIP-seq allow single-cell mapping of diverse epigenomic landscapes within complex tissues and are likely to unlock our understanding of various mechanisms involved in development or diseases. Running scHTPM experiments and analyzing the data produced remains challenging since few consensus guidelines currently exist regarding good practices for experimental design and data analysis pipelines. RESULTS: We perform a computational benchmark to assess the impact of experimental parameters and data analysis pipelines on the ability of the cell representation to recapitulate known biological similarities. We run more than ten thousand experiments to systematically study the impact of coverage and number of cells, of the count matrix construction method, of feature selection and normalization, and of the dimension reduction algorithm used. This allows us to identify key experimental parameters and computational choices to obtain a good representation of single-cell HPTM data. We show in particular that the count matrix construction step has a strong influence on the quality of the representation and that using fixed-size bin counts outperforms annotation-based binning. Dimension reduction methods based on latent semantic indexing outperform others, and feature selection is detrimental, while keeping only high-quality cells has little influence on the final representation as long as enough cells are analyzed. CONCLUSIONS: This benchmark provides a comprehensive study on how experimental parameters and computational choices affect the representation of single-cell HPTM data. We propose a series of recommendations regarding matrix construction, feature and cell selection, and dimensionality reduction algorithms.

Tuning parameters of dimensionality reduction methods for single-cell RNA-seq analysis.

BACKGROUND: Many computational methods have been developed recently to analyze single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data. Several benchmark studies have compared these methods on their ability for dimensionality reduction, clustering, or differential analysis, often relying on default parameters. Yet, given the biological diversity of scRNA-seq datasets, parameter tuning might be essential for the optimal usage of methods, and determining how to tune parameters remains an unmet need. RESULTS: Here, we propose a benchmark to assess the performance of five methods, systematically varying their tunable parameters, for dimension reduction of scRNA-seq data, a common first step to many downstream applications such as cell type identification or trajectory inference. We run a total of 1.5 million experiments to assess the influence of parameter changes on the performance of each method, and propose two strategies to automatically tune parameters for methods that need it. CONCLUSIONS: We find that principal component analysis (PCA)-based methods like scran and Seurat are competitive with default parameters but do not benefit much from parameter tuning, while more complex models like ZinbWave, DCA, and scVI can reach better performance but after parameter tuning.

Prevalência e fatores associados à falha virológica em pacientes com HIV/AIDS assistidos em Teresina - Piauí / Prevalence and factors associated with virological failure in HIV/AIDS patients assisted in Teresina - Piauí

Ao longo dos anos, a caracterização de falha terapêutica em pacientes com HIV/AIDS tratados com antirretrovirais tem sido modificada. Na década de 90, os níveis de carga viral e contagem de linfócitos TCD4 eram tidos como parâmetros na caracterização da falha terapêutica. Atualmente, define-se falha virológica por carga viral plasmática detectável após 6 (seis) meses do início ou alteração do tratamento antirretroviral, ou ainda, pela detecção da carga viral nos pacientes que a mantinham indetectável na vigência de tratamento. O objetivo do presente estudo é avaliar a prevalência e os fatores associados à falha virológica em 2125 pacientes assistidos em Teresina e verificar a relação entre a ocorrência de falha virológica e imunológica nesses pacientes. Trata-se de um estudo transversal analítico, com amostragem não probabilística, composta por todos os pacientes portadores de HIV/AIDS assistidos no Instituto de Doenças Tropicais Natan Portela que realizaram exames laboratoriais de contagem de linfócitos TCD4 e carga viral no LACEN ­ PI nos anos de 2013 e 2014. Os dados foram obtidos através de planilha do SISCEL. A prevalência de falha virológica nos pacientes com HIV/AIDS em terapia antirretroviral foi de 16,8% (357). Somando-se às possíveis falhas virológicas, o quantitativo aumentou para 24,2% (515).

Verificou-se que houve um percentual de falha maior na faixa etária de 18 a 45 anos, 11,4%. O intervalo entre o início do tratamento e a identificação da falha foi, em média, de 7,4 (+- 4,3) anos, variando de 6,5 meses a 19,7 anos, sendo que a maioria foi identificada antes de um ano de tratamento 96,1% (343). A diferença entre as média da contagem de linfócitos TCD4 dos pacientes com falha virológica (mínima: 3; máxima: 1.290), conforme pós-teste de Tukey, dos paciente que não falharam foi de 262,9 células TCD4 (p<0,001), significativamente inferior em comparação à diferença das média entre os que falharam e (mínimo: 7; máximo: 3.840), e os que apresentaram uma possível falha (mínimo: 19; máximo: 1.654), em 230,5 células TCD4 (p<0,001). Contudo, verificou-se que a prevalência de falha virológica não difere dos dados da literatura e o tempo de diagnóstico de falha foi bastante superior à média encontrada em outros estudos. (AU)

Cirandas da vida: dialogismo e arte na gestão em saúde / Cirandas da vida: dialogism and art within health management

Este estudo tem como objeto as ações das Cirandas da Vida, em seu dialogismo entre o princípio da comunidade e a esfera institucional na formulação e implementação de políticas de saúde e tenta apreender como a perspectiva popular se expressa com arte na gestão em saúde. Busca capturar como as comunidades exprimem sua história de luta, mediante as linguagens da arte como fertilizadora do princípio de comunidade; analisar como os atores populares se inserem na formulação e implementação dessas políticas; compreender como os diferentes grupos geracionais expressam suas leituras da realidade, no dialogismo vivido na gestão em saúde e analisar como as linguagens da arte contribuem para a construção de atos limite como estratégias de superação das situações-limite apontadas nas rodas das Cirandas. Trabalhamos com a pesquisa ação, constituindo uma comunidade ampliada de pesquisa que procedeu à análise coletiva da experiência. A violência aponta como uma das situações limite, revelando o seu impacto na juventude em situação de conflito com a lei e as linguagens da artes surgem como potências, espaços de expressão, problematização e transgressão da realidade e do envolvimento desses jovens na construção de políticas. Revela ainda o enfoque de gênero e as estratégias de sócio-economia-solidária, bem como práticas de cuidado como atos-limite. O acesso aos serviços de saúde, outra situação limite apontada, revelou a necessidade de fortalecer a humanização da atenção. A arte e as práticas populares de cuidado surgem como potências dos atores populares que ocuparam rodas de gestão, incluindo seus saberes no cotidiano: o inédito viável.

Estudo do autorrelato de adesão e uso problemático de álcool em uma população de indivíduos com AIDS em uso de HAART / Study of self-report of adherence and problematic use of alcohol in a population of individuals with AIDS using HAART

OBJETIVO: O objetivo deste estudo foi analisar a força de associação entre as variáveis autorrelato de adesão à medicação e uso problemático de álcool em uma população de indivíduos com AIDS que fazem uso de HAART. MÉTODO: Foram entrevistados 103 pacientes com AIDS, em uso de HAART há pelo menos seis meses, que frequentavam o ambulatório do Instituto de Doenças Tropicais Natan Portela (IDTNP), localizado na cidade de Teresina, PI. A variável independente estudada foi o uso problemático de álcool, além de variáveis sociodemográficas. O questionário utilizado para avaliar o uso problemático de álcool foi o AUDIT (Alcohol Use Disorders Identification Test). A variável dependente avaliada neste estudo foi o autorrelato de adesão ao tratamento para o HIV. Para sua mensuração, optou-se por utilizar o QSAM (Questionário Simplificado de Adesão à Medicação), por tratar-se de um questionário bastante simples e de fácil aplicação. RESULTADOS: A frequência de AUDIT > 08 foi de 33 por cento; já o autorrelato de adesão, avaliado pelo QSAM, foi positivo em 45 por cento da amostra. Testada a associação entre a frequência de QSAM positivo e o AUDIT positivo, encontrou-se forte associação entre essas variáveis (p = 0,004). CONCLUSÃO: Conclui-se deste estudo que o autorrelato de falha na adesão ao HAART aferido por meio do QSAM é um fator de risco para a presença de uso problemático de álcool.

OBJECTIVE: The aim of this study was to analyze the strength of association between the variables self-report of adherence to medication and problematic use of alcohol in a population of individuals with AIDS making use of HAART. METHOD: 103 patients with AIDS, using HAART for at least six months and which visited the infirmary of the Natan Portela Institute for Tropical Diseases (DNPITD), located in the city of Teresina-PI, were interviewed. The independent variable studied was problematic use of alcohol, and sociodemographical variables. The questionnaire used to evaluate the problematic use of alcohol was the AUDIT (Alcohol Use Disorders Identification Test). The dependent variable evaluated in this study was the self-report of adherence to HIV treatment. For its measurement we chose to use the SQAM (Simplified Questionnaire of Adherence to Medication), for its simplicity and ease of application. RESULTS: The frequency of AUDIT > 08 was of 33 percent. The self-report of adherence, evaluated by the SQAM, was positive in 45 percent of the sample. Once tested the association between the frequency of positive SQAM and the positive AUDIT, a strong association was found between those variables (p = 0,004). CONCLUSION: We conclude from this study that the self-report of failure of adherence to HAART, gathered by the SQAM is a risk factor to the presence of problematic use of alcohol.