Scott test associated with multivariate image analysis: A more selective alternative for cocaine research in forensic laboratories.

Scott test is a simple, rapid, and low-cost preliminary test used extensively to suggest the presence of cocaine in drug seizures due to the development of a blue color. However, the presence of cutting agents can compromise the test result and may suggest the presence of cocaine when the drug is absent. This study evaluated the frequency of these results and the spectral behavior and color development of false positive substances. Furthermore, this study proposes the application of the partial least squares discriminant analysis (PLS-DA) method associated with photographic images obtained by a smartphone camera to increase the selectivity of the Scott test. For the first time, a study considered a diverse set of 173 samples, 126 of them from police drug seizures. The multivariate model presented a 100% hit rate for both the set of training samples and the test set. Thus, zero false positive (classified as positive in the absence of cocaine) and false negative (negative in the presence of cocaine) rates were achieved. Therefore, the proposed methodological alternative is promising, simple, low-cost, portable, and considerably increases the assertiveness of the preliminary test for researching cocaine.

New HPV-16 European and non-European variants in Central Brazil.

HPV-16 is the most prevalent human papillomavirus genotype found in cervical intraepithelial neoplasias. The regulatory region of the HPV genome, LCR, has several binding sites for cellular and viral transcription factors, and nucleotide substitutions in this genomic region can interfere with the viral oncogenic expression. The present study aims to determine the LCR variability of European and non-European HPV-16 variants found in Brazil. Through automated sequencing, it was possible to characterize the LCR of ten non-European (eight Asian-American, one African 1, one African 2) and twelve European isolates. Among the 22 isolates analyzed, nine may be new variants of HPV-16, with different combinations of previously reported nucleotide substitutions, and three showed new substitutions not previously reported. Two new nucleotide substitutions, the insertion of T at position 7621 and the substitution of A to G at position 7836, were found in a single isolate, Bsb-14, a putative new African 1 variant. The characterization of the LCR of human papillomaviruses can be of pivotal importance to the understanding of the viral replication and pathogenicity.

Enzootic transmission of Trypanosoma cruzi and T. rangeli in the Federal District of Brazil

O Distrito Federal (DF) do Brasil está localizado no bioma Cerrado, um complexo de fisionomias savânicas incluindo matas de galeria e campos úmidos permanentes (veredas). Triatomíneos silvestres infectados por Trypanosoma cruzi ocorrem na área, mas a transmissão enzoótica de tripanossomatídeos permanece insuficientemente caracterizada. Um estudo parasitológico envolvendo triatomíneos silvestres (166 Rhodnius neglectus coletados em palmeiras da espécie Mauritia flexuosa) e pequenos mamíferos (98 marsupiais e 70 roedores, totalizando 18 espécies) foi conduzido em 18 áreas, principalmente matas de galeria e veredas. Os parasitas foram isolados, identificados morfologicamente e caracterizados por PCR do DNA do cinetoplasto (kDNA) e núcleo (gene mini-exon). Seis R. neglectus, sete Didelphis albiventris e um Akodon cursor estavam infectados por tripanossomatídeos; a infecção em reservatórios silvestres é documentada pela primeira vez no DF. O PCR do kDNA detectou T. cruzi em cinco R. neglectus e o PCR do gene mini-exon revelou T. cruzi I nos isolados de D. albiventris. Um dos insetos mostrou estar infectado por T. rangeli KP1+. Apesar da ocorrência de D. albiventris (um importante reservatório silvestre e peridoméstico) e R. neglectus (um vetor secundário capaz de invadir domicílios) infectados por T. cruzi, um baixo risco de transmissão da doença de Chagas humana seria esperado no DF, considerando a baixa prevalência da infecção apresentada neste trabalho. A evidência molecular apresentada neste trabalho confirma a circulação de T. rangeli KP1+ com R. neglectus como vetor, amplia a distribuição geográfica deste parasita no Brasil e reforça a hipótese de adaptação de populações de T. rangeli (KP1+ e KP1-) a diferentes linhagens evolutivas de espécies de Rhodnius.

HIV-1 subtypes and mutations associated to antiretroviral drug resistance in human isolates from Central Brazil

A detecção de polimorfismos do HIV-1 que estejam associados à resistência às drogas anti-retrovirais e aos subtipos genéticos é importante para o controle e tratamento da infecção pelo HIV-1. A pressão exercida pela terapia anti-retroviral seleciona variantes resistentes com mutações nos genes virais da transcriptase reversa (RT) e da protease (PR). Assim, visando contribuir com as autoridades de saúde pública na perspectiva de planejar a disponibilidade de um tratamento terapêutico, nós descrevemos a variabilidade genética e a prevalência de mutações associadas à resistência aos anti-retrovirais em isolados do HIV-1 de indivíduos infectados no Distrito Federal. Dezenove amostras de RNA do HIV-1 provenientes de um laboratório de Saúde Pública do Distrito Federal foram transcritas reversamente e os cDNAs obtidos foram amplificados por nested PCR. Um fragmento de 297 pb correspondente ao gene completo da protease e outro de 647 pb, correspondente à parte do gene da transcriptase reversa (códons 19 a 234), foram obtidos. O seqüenciamento automático e análise de homologia revelaram a presença de 17 subtipos B e 2 subtipos F1 do HIV-1. As seqüências de aminoácidos foram analisadas com relação à presença de mutações associadas à resistência. Um total de 6 mutações na PR, 2 primárias e 4 secundárias e 8 mutações relacionadas à resistência na RT foram encontradas. Nossos dados sugerem uma elevada prevalência do subtipo B do HIV-1 na população estudada do Distrito Federal, assim como a presença de variantes virais geneticamente resistentes em indivíduos que não respondem ao tratamento.

[Spatial distribution of Triatominae populations (Hemiptera: Reduviidae) in Mauritia flexuosa palm trees in Federal District of Brazil]. / Distribuição espacial de populações de triatomíneos (Hemiptera: Reduviidae) em palmeiras da espécie Mauritia flexuosa no Distrito Federal, Brasil.

To determine and analyze the distribution of Triatominae sylvatic populations in the Federal District of Brazil, 150 Mauritia flexuosa palm trees were sampled in six veredas of different landscapes (sylvatic, rural and peri-urban) in the rainy season. Triatomines were morphologically identified and grouped by sex and nymphal stage and were examined to verify infection by Trypanosoma cruzi and Trypanosoma rangeli. Twenty eight (18.6%) palm trees were infested by Rhodnius neglectus and fourteen (9.5%) by Psammolestes tertius. The frequency of Triatominae in palm trees with and without nests was significantly different being higher in palm trees with bird and mammal nests in the crown. The higher average number of insects/palm tree was observed in rural areas with estimates of up to 838 insects/hectare. The species age makeup presented a different pattern, with nymphs predominant for Rhodnius neglectus and adults predominant for Psammolestes tertius. Also, many Rhodnius neglectus eggs were collected, which indicates a reproductive event in February 2003. Among the nests found in palm trees, that of the Phacellodomus ruber (Furnariidae) bird had the greatest abundance of Triatominae, occurring on 42% of palm trees. The relative abundance of Rhodnius neglectus and Psammolestes tertius was greater in rural areas which contained higher number of nests in palm trees and lesser density of palms per hectare. None of the 96 triatomines examined were infected by Trypanosoma cruzi or Trypanosoma rangeli, despite our finding of Rhodnius neglectus infection by those parasites in former studies.

Distribuição espacial de populações de triatomíneos (Hemiptera: Reduviidae) em palmeiras da espécie Mauritia flexuosa no Distrito Federal, Brasil / Spatial distribution of Triatominae populations (Hemiptera: Reduviidae) in Mauritia flexuosa palm trees in Federal District of Brazil

Para determinar e analisar a distribuição espacial de populações silvestres de triatomíneos no Distrito Federal, Brasil, foram amostradas 150 palmeiras da espécie Mauritia flexuosa em seis veredas de diferentes paisagens (silvestre, rural e periurbana) na estação chuvosa. Os triatomíneos foram identificados morfologicamente, separados por sexo e estadio ninfal e examinados para verificar infecção por Trypanosoma cruzi e Trypanosoma rangeli. Vinte e oito (18,6 por cento) palmeiras estavam infestadas por Rhodnius neglectus e 14 (9,5 por cento) por Psammolestes tertius. A freqüência dessas espécies em palmeiras com e sem ninhos foi significativamente diferente, sendo superior nas palmeiras com ninhos de aves e mamíferos na copa. O maior número médio de insetos/palmeira foi observado nas áreas rurais, com estimativas de até 838 insetos/hectare. A composição etária das espécies apresentou um padrão diferente, Rhodnius neglectus com predomínio de ninfas e Psammolestes tertius com predomínio de adultos, sendo que muitos ovos de Rhodnius neglectus foram coletados indicando um evento reprodutivo em fevereiro de 2003. Entre os ninhos encontrados nas palmeiras, o do pássaro Phacellodomus ruber (Furnariidae) apresentou as maiores abundâncias de triatomíneos, ocorrendo em 42 por cento das palmeiras. A abundância relativa de Rhodnius neglectus e Psammolestes tertius foi maior em áreas rurais que possuíram maior número de ninhos nas palmeiras e menor densidade de palmeiras por hectare. Nenhum dos 96 triatomíneos examinados estava infectado por Trypanosoma cruzi ou Trypanosoma rangeli, apesar de encontrarmos infecção de Rhodnius neglectus por esses parasitas em estudos anteriores.

Enzootic transmission of Trypanosoma cruzi and T. rangeli in the Federal District of Brazil.

The Federal District of Brazil (DF) lies within the Cerrado biome, where open shrubland (savannas) is interspersed with riverside gallery forests and permanent swamps (veredas). Trypanosoma cruzi-infected native triatomines occur in the area, but the enzootic transmission of trypanosomatids remains poorly characterized. A parasitological survey involving sylvatic triatomines (166 Rhodnius neglectus collected from Mauritia flexuosa palms) and small mammals (98 marsupials and 70 rodents, totaling 18 species) was conducted in 18 sites (mainly gallery forests and veredas) of the DF. Parasites were isolated, morphologically identified, and characterized by PCR of nuclear (mini-exon gene) and kinetoplast DNA (kDNA). Six R. neglectus, seven Didelphis albiventris and one Akodon cursor were infected by trypanosomes; wild reservoir infection is documented for the first time in the DF. kDNA PCR detected T. cruzi in five R. neglectus and mini-exon gene PCR revealed T. cruzi I in isolates from D. albiventris. Parasites infecting one bug yielded T. rangeli KP1+ kDNA amplicons. In spite of the occurrence of T. cruzi-infected D. albiventris (an important wild and peridomestic reservoir) and R. neglectus (a secondary vector displaying synanthropic behavior), a low-risk of human Chagas disease transmission could be expected in the DF, considering the low prevalence infection recorded in this work. The detection of T. rangeli KP1+ associated with R. neglectus in the DF widens the known range of this parasite in Brazil and reinforces the hypothesis of adaptation of T. rangeli populations (KP1+ and KP1-) to distinct evolutionary Rhodnius lineages.