Micoteca del Instituto Nacional de Higiene “Rafael Rangel”: 60 años preservando la biodiversidad fúngica de interés médico / Fungal collection of the National Institute of Hygiene “Rafael Rangel”: 60 years preserving fungal biodiversity of medical interest in Venezuela

La Micoteca del Instituto Nacional de Higiene “Rafael Rangel” (INHRR) fue creada en el año 1955 y es la colección de hongos microscópicos autóctonos más grande y representativa del país. Cuenta con 2.500 cepas pertenecientes a 77 géneros y 165 especies de hongos y actinomicetos, de importancia médica, epidemiológica, industrial e histórica, preservados por duplicado bajo los métodos de agua por Castellani y aceite mineral. La colección tiene presencia a nivel internacional a través del catálogo y la página web del Centro Venezolano de Colecciones de Microorganismos (CVCM), que a su vez está afiliada a la Federación Mundial de Colecciones de Cultivos (WFCC). Además, a través de su membresía a la Federación Latinoamericana de Colecciones de Cultivos (FELACC), sus datos están disponibles en la página web de la Asociación Argentina de Microbiología (AAM). La conservación de hongos microscópicos es fundamental, debido a su importancia en el funcionamiento de los ecosistemas y a su impacto en la vida del hombre. Esta Micoteca garantiza la preservación ex situ de la biodiversidad fúngica. Sus características la consolidan como una unidad cónsona con las exigencias de los ámbitos científico, tecnológico y docente, para el desarrollo de investigaciones científicas, particularmente en el área de medicina.

The fungal collection (Mycothec) of the National Institute of Hygiene “Rafael Rangel” (INHRR) was created in 1,955 and is the largest and more representative collection of the country’s indigenous microscopic fungi. It has 2,500 strains belonging to 77 genera and 165 species of fungi and actinomycetes retaining medical, epidemiological, industrial and historical importance, preserved by duplicate under water by Castellani and mineral oil methods. The collection has international presence through the catalog and the website of the Venezuelan Center of Microorganism Collections (CVCM), which in turn belongs to the World Federation of Culture Collections (WFCC). In addition, through its membership to the Latin American Federation of Culture Collections (FELACC) the data are accessible on the website of the Argentinian Association of Microbiology (AAM). The conservation of microscopic fungi is essential, due to its importance in the ecosystems functioning and their impact on human life. This Mycothec guarantee the ex situ conservation of fungal biodiversity. Its characteristics consolidate it as a consonant unit with the requirements of scientific, technological, and educational areas for the development of scientific research, particularly in the ​​medicine area.

Identificación bioquímica y PCR especie-específica de cepas de Burkholderia cepacia de origen hospitalario y ambiental en Venezuela / Biochemical and specie-specific PCR identification of Burkholderia cepacia strains from hospital and environmental sources in Venezuela

Burkholderia cepacia es un bacilo gramnegativo no fermentador (BGNNF) reconocido como un patógeno oportunista para humanos y como agente causante de daño en cultivos vegetales. Su identificación es difícil y laboriosa confundiéndose a menudo con taxones relacionados. En este trabajo se examina, mediante técnicas bioquímicas y PCR especie-específica, una colección de 74 cepas de BGNNF de origen hospitalario y ambiental, con el objetivo de evaluar las condiciones para la identificación de rutina de B. cepacia en el medio hospitalario. El empleo de métodos comerciales automatizados, pruebas bioquímicas convencionales y una selección de pruebas complementarias permitió la identificación satisfactoria de 28 (37,8%) como B. cepacia, 15 (20,3%) S. maltophilia, 9 (12.2 %) A. xylosoxidans, 19 (25.6%) especies de Pseudomonas, 1 Ralstonia (1,4%) y 2 no identificadas. El empleo de PCR permitió confirmar la identificación del género Burkholderia y la caracterización de las especies o genomovares dentro del Complejo B. cepacia (CBc). La mayoría (12) pertenece al genomovar I (B. cepacia), 5 al II (B. multivorans); 3 al III (B. cenocepacia), 1 al IV (B. stabilis), y 7 al grupo V (B. vietnamiensis). El uso combinado de estas metodologías permitió la identificación precisa de miembros del CBc en muestras de origen hospitalario y ambiental.

Burkholderia cepacia is a non fermentative grannegative bacilli (NFGNB) known as an opportunists pathogen for human beings and associated with plant diseases. Its identification is a difficult task, being usually confused with related genera. In this work a collection of 74 NFGNB from environmental and hospital sources were examined by biochemical and PCR methods in order to evaluate the conditions for hospital identification of B. cepacia. The use of conventional biochemical methods, and a selection of complementary tests allowed a satisfactory identification of 28 (37,8%) as B. cepacia, 15 (20,3%) S. maltophilia, 9 (12.2 %) A. xylosoxidans, 19 (25,6%) other Pseudomonas, 1 Ralstonia (1,4%) and 2 non identified ((2.7%). By PCR B. cepacia identification was confirmed and the genomovars or species of the B. cepacia complex (BcC) were differenciated. The majority (12) belongs to the genomovar I (B. cepacia), 5 to II (B. multivorans), 3 to III (B. cenocepacia), 1 to IV (B. stabilis), and 7 to the B. vietnamiensis group. The use of biochemical and molecular methods allowed us the identification of BcC members from environmental and hospital sources.

Antibiotic resistance patterns and SDS-PAGE protein profiles of Burkholderia cepacia complex isolates from nosocomial and environmental sources in Venezuela.

BACKGROUND: Antibiotic resistance and SDS-PAGE protein patterns were determined in nosocomial and environmental isolates of the Burkholderia cepacia complex to assess similarities between them and to identify common protein bands that could be associated with resistance to certain antimicrobial agents. MATERIAL/METHODS: Antibiotic resistance patterns were determined by the disk diffusion method on Mueller-Hinton medium and minimum inhibitory concentrations were obtained by the dilution method on agar. Electrophoresis of whole-cell protein extracts and purified external membrane proteins were performed by SDS-PAGE. Based on resistance to nine antibiotics and the presence or absence of specific protein bands, dendrograms were constructed by the unweighted pair-group using the average linkage clustering method. RESULTS: Both environmental and nosocomial Bcc isolates showed resistance to multiple antibiotics; however, clinical isolates demonstrated two times higher resistance levels than environmental isolates. The Dice index similarity coefficients between environmental and nosocomial strains ranged from 72% to 91.4%. Comparative analysis between common protein bands and antibiotic resistance patterns revealed close association of Mr 135, 76, 72, 53, and 50 kDa with imipenem and aztreonam, Mr 53 and 31 kDa with trimethoprim/sulfamethoxazole, and Mr 50 kDa with ceftazidime resistance. CONCLUSIONS: 1. The environmental and nosocomial Bcc isolates showed a high degree of similarity in their protein profiles. 2. Three common protein bands, i.e. Mr of 31, 50, and 53 kDa, detected in the Bcc isolates from both clinical and natural sources could be associated with resistance to the antimicrobial agents trimethoprim/sulfamethoxazole, ceftazidime, and aztreonam, respectively.

Actividad antibiótico y antifúngica de B. cepacia provenientes de ambientes nosocomiales: Servicio Autónomo Hospital Universitario Antonio Patricio Alcalá Cumaná Venezuela / Antibiotic and antifungi activity of B. cepacia originating of nosocomial environmental: Independent Service Universitary Hospital

Burkholderia cepacia, es un bacilo Gram negativo, no fermentador, reconocido como causal de infecciones oportunistas; además de producir compuestos con actividad antimicrobiana. En el presente estudio se evaluó el antagonismo de nueve (9) aislados nosocomiales de B. cepacia contra hongos filamentosos, levaduras y bacterias de ambientes hospitalarios. La detección antibacteriana y antifúngica, se determinó según la técnica de la doble capa y de los cortes cilíndricos en agar, respectivamente. Cuatro aislados de B. cepacia (CVCM: 626,1328, 1331 y 1332) inhibieron los diferentes géneros bacterianos analizados. B. cepacia CVCM 1332, inhibió a cinco (5) de las seis (6) especies de bacterias indicadoras, con halos de inhibición entre 11 y 22 mm; a excepción de P. fluorescens. Tres (3) aislados de B. cepacia no presentaron actividad antibacteriana. Dos aislados de B. cepacia inhibieron los hongos estudiados (Fusarium solani, Penicillium citrinum, Penicillium frequentans, Aspergillus niger, Aspergillus ochoraceus, Penicillium echinulatum, Candida tropicalis, Candida famata). Las cepas CVCM 626, 1328 y 1331 presentaron tanto actividad antibacteriana como antifúngica. Se comprobó el antagonismo de aislados nosocomiales de B. cepacia contra bacterias y hongos de ambientes hospitalarios, representando un factor importante en la colonización de áreas críticas, facilitando la aparición de cuadros infecciosos en pacientes allí recluidos.

Uso de un sistema experto en ambiente web para facilitar la identificación de géneros de bacilos gramnegativos no fermentadores de la glucosa / Use of a web expert system to facilitate the identification of glucose non fermentative gram-negative bacillus

Resumen La identificación de bacilos gramnegativos no fermentadores de la glucosa (BGNNF) es una tarea compleja y laboriosa que exige la participación de expertos. Para facilitar la toma de decisiones se desarrolló y puso a prueba un Sistema Experto (SE) con una base de conocimientos construida aplicando el algoritmo C4.5 modificado, capaz de inducir un árbol de decisión (reglas primarias) para un conjunto de géneros, y la diferenciación entre éstos (reglas complementarias) para la identificación de géneros específicos. La incertidumbre del sistema es tratada mediante el esquema de factores de certeza. En este trabajo se sometió a prueba el SE con una selección de cultivos de BGNNF de diferente origen, identificados y preservados en el Centro Venezolano de Colecciones de Microorganismos (CVCM): géneros Achromobacter, Acinetobacter, Alcaligenes, Brevundimonas, Burkholderia, Chryseobacterium, Comamonas, Delftia, Moraxella, Myroides, Ochrobactrum, Oligella, Pseudomonas, Shewanella, Sphingobacterium y Stenotrophomonas. Mediante la aplicación de 11 pruebas (características primarias) se obtuvo una aproximación entre varios de los géneros posibles. Las pruebas complementarias sugeridas (entre 1 y 9), permitieron una mayor aproximación al género posible. Los resultados muestran una coincidencia del 95.8% con los reportados por el CVCM. En base a estos resultados se estudia la ampliación de la base conocimiento para la identificación de especies de BGNNF, y de otros grupos de bacterias.

Abstract The identification of glucose non fermentative gram-negative bacilli (NFGNB) is a complex and laborious task. In order to facilitate genera identification an Expert System (ES) was developed applying a modified C4.5 algorithm able to induce a decision tree (primary rules) for a set of genera, and the differentiation between these (complementary rules) for the identification of specific genera- The uncertainty of the system is treated by means of a certainty factors scheme. In this work the ES was put on approval using a selection of cultures of NFGNB of different origin, identified and preserved in the Venezuelan Center for Microbial Collections (CVCM): genera Achromobacter, Acinetobacter, Alcaligenes, Brevundimonas, Burkholderia, Chryseobacterium, Comamonas, Delftia, Moraxella, Myroides, Ochrobactrum, Oligella, Pseudomonas, Shewanella, Sphingobacterium y Stenotrophomonas. By means of the application of 11 tests (primary characteristics) an approach between several of possible genera was obtained, The suggested complementary testes (between 1 to 9) allowed great approach to the possible generas.-.The results show a coincidence of the 95.8% with the reported ones by the CVCM. An extent of the ES for the identification of other genera is under study.

Caracterización de plásmidos de resistencia a antibióticos en aislados nosocomiales del Hospital Universitario de Caracas / Characterization of antibiotic resistance plasmids from nosocomial isolates at the Caracas University Hospital

La presencia de plásmidos transmisibles confiere a las bacterias propiedades que complementan su capacidad para colonizar ambientes adversos, favorece el intercambio genético intracelular, y garantiza la diseminación horizontal de genes de resistencia a antibióticos, y de otras funciones, entre géneros distintos. En este trabajo se determinó, en aislados nosocomiales, la presencia de plásmidos auto-transmisibles y co-transferibles que exhiben complejos patrones de resistencia a antibióticos. El análisis del contenido plasmídico reveló la coexistencia de moléculas de diferentes tamaños. Entre las de mayor tamaño se establecieron cinco patrones de restricción diferentes, dos de los cuales se encontraron con alta frecuencia. Estos resultados sugieren que, entre los plásmidos identificados, un grupo bien definido es responsable de la diseminación de un amplio conjunto de genes de resistencia entre la muestra nosocomial estudiada. Plásmidos como los descritos permiten explicar el flujo de genes entre bacterias, y la adaptabilidad de las poblaciones para colonizar nuevos ambientes

Pathogenic effects of bacteria isolated from larvae of Hylesia metabus Crammer (Lepidoptera: Saturniidae).

Hylesia metabus larvae are susceptible to several pathogens indigenous to the area in which they are found. Some larvae show symptoms characteristic of bacterial infection; they become flaccid and lethargic, and show a marked loss of appetite. We isolated and identified 29 bacterial strains from live, dead and experimentally infected H. metabus larvae, and evaluated their pathogenic activity. The bacteria which caused mortality in the larvae were: Pseudomonas aeruginosa (60-93.3%), Proteus vulgaris (20%), Alcaligenes faecalis, Planococcus sp. and Bacillus megaterium (10%), at doses of 3-4 x 10(7). Although P. aeruginosa is a well-known insect pathogen, this is the first report of its pathogenic activity on H. metabus. The potential risk to humans and low virulence make it unlikely that P. aeruginosa could be used in an augmentative biological control programme. However its natural incidence may be enhanced using parasites and predators of H. metabus as carriers.