Genetic Analysis Algorithm for the Study of Patients with Multiple Congenital Anomalies and Isolated Congenital Heart Disease.

Congenital anomalies (CA) affect 3-5% of newborns, representing the second-leading cause of infant mortality in Argentina. Multiple congenital anomalies (MCA) have a prevalence of 2.26/1000 births in newborns, while congenital heart diseases (CHD) are the most frequent CA with a prevalence of 4.06/1000 births. The aim of this study was to identify the genetic causes in Argentinian patients with MCA and isolated CHD. We recruited 366 patients (172 with MCA and 194 with isolated CHD) born between June 2015 and August 2019 at public hospitals. DNA from peripheral blood was obtained from all patients, while karyotyping was performed in patients with MCA. Samples from patients presenting conotruncal CHD or DiGeorge phenotype (n = 137) were studied using MLPA. Ninety-three samples were studied by array-CGH and 18 by targeted or exome next-generation sequencing (NGS). A total of 240 patients were successfully studied using at least one technique. Cytogenetic abnormalities were observed in 13 patients, while 18 had clinically relevant imbalances detected by array-CGH. After MLPA, 26 patients presented 22q11 deletions or duplications and one presented a TBX1 gene deletion. Following NGS analysis, 12 patients presented pathogenic or likely pathogenic genetic variants, five of them, found in KAT6B, SHH, MYH11, MYH7 and EP300 genes, are novel. Using an algorithm that combines molecular techniques with clinical and genetic assessment, we determined the genetic contribution in 27.5% of the analyzed patients.

Análisis de anomalías cromosómicas, desbalances genómicos y variantes de secuencia como causa de cardiopatías congénitas / Analysis of chromosomal abnormalities, genomic imbalances, and sequence variants as cause of congenital heart defects

INTRODUCCIÓN: Las cardiopatías congénitas (CC) son causadas por el desarrollo anómalo del corazón durante el período embriofetal. Abarcan un amplio espectro de anomalías estructurales de las cavidades cardíacas o de los grandes vasos, con una prevalencia mundial de 6 a 9 por 1000 nacimientos. En Argentina constituyen un tercio de las anomalías congénitas (AC) al nacimiento. Si bien su etiología es heterogénea, se ha observado recurrencia familiar acorde con la influencia de factores genéticos. El objetivo del estudio fue evaluar la presencia de anomalías cromosómicas, desbalances genómicos o variantes de secuencias en una muestra de niños afectados con CC en Argentina. MÉTODOS: Se incluyó a 289 pacientes con CC de hasta 16 años. Se realizó un cariotipo para pacientes con otras AC y análisis por amplificación múltiple de sondas dependiente de ligación (MLPA) de regiones genómicas asociadas a CC para aquellos con CC conotroncales. En muestras seleccionadas, se analizaron desbalances genómicos por microarreglos de ADN (array-CGH) o variantes de secuencia en el gen NKX2-5. RESULTADOS: Hubo 9 pacientes que presentaron anomalías cromosómicas, 21 desbalances por MLPA y 8 por array-CGH. No se hallaron variantes patogénicas en NKX2-5 en los casos estudiados. DISCUSIÓN: Se halló la causa de la afección en el 13% de los casos analizados. El estudio de pacientes con CC aisladas o asociadas a otras AC no había sido abordado previamente en Argentina mediante este algoritmo

Red Nacional en Citogenética y Citogenómica Clínica / National Network on Cytogenetics and Clinical Cytogenetics

INTRODUCCIÓN Los estudios citogenéticos y citogenómicos son un pilar en el diagnóstico de anomalías congénitas y adquiridas a nivel postnatal y prenatal. Sin embargo, nuestro país aún no ha logrado consolidar un modelo que garantice la equidad en el acceso certero y oportuno. OBJETIVOS Emprender un proceso para la gestión de una red de diagnóstico citogenético y citogenómico en Argentina. MÉTODOS Investigación descriptiva de profesionales y laboratorios e intervenciones mediante capacitaciones y organizaciones de trabajo en comisiones. RESULTADOS Se identificaron 194 profesionales, 22 técnicos y 68 laboratorios, más del 60% en CABA y Buenos Aires. El diagnóstico postnatal mediante técnicas de bandeo y FISH es el área más desarrollada mientras que el acceso a técnicas citogenómicas, diagnóstico prenatal y oncohematológico es muy Limitado. Se implementó un ciclo anual de ateneos y otro de cursos para fortalecer competencias profesionales y promover el intercambio de experiencias y conocimientos. Participaron más de 150 profesionales que manifestaron la importancia de esas intervenciones como medio de capacitación y articulación entre colegas. Se constituyó la "Red Colaborativa de Profesionales Especializados en Diagnóstico Genético" y se impulsó la conformación de 4 comisiones de trabajo sobre evaluación externa de desempeño, guías de buenas prácticas, formación de recursos humanos y articulación en microarrays. DISCUSION La información generada permite visualizar recursos, necesidades y oportunidades para gestionar acciones sistemáticas y formales en torno a las problemáticas identificadas. Las intervenciones desarrolladas permitieron originar un proceso de integración y cooperación de profesionales especializados en citogenética y citogenómica generando un marco que promueve la continuidad tanto en el área de capacitación continua como de articulación de profesionales.

Implementation of chromosomal microarrays in a cohort of patients with intellectual disability at the Argentinean public health system.

Intellectual disability is a neurodevelopmental disorder in which genetic, epigenetic and environmental factors are involved. In consequence, the determination of its etiology is usually complex. Though many countries have migrated from conventional cytogenetic analysis to chromosomal microarrays as the first-tier genetic test for patients with this condition, this last technique was implemented in our country a few years ago. We report on the results of the implementation of chromosomal microarrays in a cohort of 133 patients with intellectual disability and dysmorphic features, normal karyotype and normal subtelomeric MLPA results in an Argentinean public health institution. Clinically relevant copy number variants were found in 12% of the patients and one or more copy number variants classified as variants of uncertain significance were found in 5.3% of them. Although the diagnostic yield of chromosomal microarrays is greater than conventional cytogenetics for these patients, there are financial limitations to adopt this technique as a first-tier test in our country, especially in the public health system.

Double Autosomal/Gonosomal Mosaic Trisomy 47,XXX/47,XX,+14 in a Newborn with Multiple Congenital Anomalies.

Chromosomal trisomies are the most frequent major chromosomal anomalies in humans and can be present in a mosaic or a non-mosaic constitution. We report the first case of a newborn girl presenting with multiple congenital anomalies and a double mosaic trisomy involving chromosome 14 and the X chromosome detected by array CGH. Karyotype analysis revealed a double mosaic with 2 independent abnormal cell lines and the absence of 46,XX and 48,XXX,+14 cell lineages. The patient showed most of the clinical characteristics of mosaic trisomy 14. Analysis of autosomal DNA markers in the proband's blood sample did not support the presence of chimerism. Further analysis of chromosome X DNA markers suggests that the extra X chromosome most probably arose as a consequence of nondisjunction in meiosis II in the maternal lineage.

Genetics and genomic medicine in Argentina.

In this letter, we want to add information to the paper "Genetics and genomic medicine in Argentina" that we considered it was lacking. Argentina is a big country with inequalities in the access to public health care, especially in medical genetics and genomics.

Genetic Imbalances in Argentinean Patients with Congenital Conotruncal Heart Defects.

Congenital conotruncal heart defects (CCHD) are a subset of serious congenital heart defects (CHD) of the cardiac outflow tracts or great arteries. Its frequency is estimated in 1/1000 live births, accounting for approximately 10⁻30% of all CHD cases. Chromosomal abnormalities and copy number variants (CNVs) contribute to the disease risk in patients with syndromic and/or non-syndromic forms. Although largely studied in several populations, their frequencies are barely reported for Latin American countries. The aim of this study was to analyze chromosomal abnormalities, 22q11 deletions, and other genomic imbalances in a group of Argentinean patients with CCHD of unknown etiology. A cohort of 219 patients with isolated CCHD or associated with other major anomalies were referred from different provinces of Argentina. Cytogenetic studies, Multiplex-Ligation-Probe-Amplification (MLPA) and fluorescent in situ hybridization (FISH) analysis were performed. No cytogenetic abnormalities were found. 22q11 deletion was found in 23.5% of the patients from our cohort, 66% only had CHD with no other major anomalies. None of the patients with transposition of the great vessels (TGV) carried the 22q11 deletion. Other 4 clinically relevant CNVs were also observed: a distal low copy repeat (LCR)D-E 22q11 duplication, and 17p13.3, 4q35 and TBX1 deletions. In summary, 25.8% of CCHD patients presented imbalances associated with the disease.

Caracterización citogenética de anomalías cromosómicas estructurales / Cytogenetic characterization of structural chromosomal abnormalities

INTRODUCCIÓN Las AC son alteraciones en el número o estructura de los cromosomas y su diagnóstico se basa en la determinación del cariotipo. Las técnicas de bandeo clásicas tienen limitaciones para la identificación precisa de muchas anomalías y en la actualidad, las técnicas de citogenética molecular como FISH, MLPA y SKY, sumadas a la técnica de arrayCGH han permitido establecer nuevas estrategias para su caracterización. OBJETIVOS Caracterizar ACE en pacientes con anomalías congénitas y poner a prueba un sistema de trabajo en red en el sistema público. MÉTODOS De un total de 57 pacientes con ACE analizados mediante técnicas de bandeo, FISH, MLPA y SKY, se seleccionaron 23 para su caracterización por arrayCGH. Un 42% de los casos fueron derivados de otros laboratorios públicos de diferentes puntos del país. RESULTADOS Se caracterizaron 6 materiales adicionales, 3 CMS, 5 deleciones, 2 rearreglos intracromosómicos, 2 ACE balanceadas, y se definieron 2 de los 3 hallazgos citogenéticos. 2 muestras debieron ser excluidas por mala calidad. DISCUSIÓN El protocolo aplicado fue adecuado para establecer con elevada especificidad y sensibilidad el cariotipo de todos los casos analizados. Asimismo permitió la identificación de los genes implicados, reconocer regiones críticas y genes candidatos que contribuyen al fenotipo. Una combinación adecuada de técnicas de citogenética clásica y molecular fue necesaria para interpretar la información en cada caso. Se destaca la importancia de implementar técnicas citogenómicas y establecer circuitos de derivación en el sistema público

Microdeleción 16p11. 2: primeros casos reportados en Argentina / 16p11. 2 Microdeletion: first report in Argentina

La microdeleción 16p11.2 se relaciona, habitualmente, con discapacidad intelectual y trastornos del espectro autista. El rango fenotípico incluye un espectro que se extiende desde discapacidad intelectual con o sin autismo, alteraciones del aprendizaje y del lenguaje hasta fenotipos normales. El diagnóstico de la microdeleción se realiza mediante estudios genómicos capaces de identificar variación en número de copias, como la hibridación genómica comparativa en microarreglos, conocida como arrayCGH. Sin embargo, la predicción del fenotipo de un individuo basada únicamente en la localización de dicha deleción sigue siendo un desafío, ya que la existencia de un gran número de variantes en el genoma dificulta la interpretación de posibles efectos funcionales de los genes que contribuyen a dicha región. Se describen dos casos clínicos de pacientes con microdeleción heterocigota en 16p11.2 y se destacan los hallazgos fenotípicos y conductuales que dificultaron la estrategia diagnóstica. También se discuten las implicancias del diagnóstico para el asesoramiento genético familiar.

The 16p11.2 recurrent microdeletion phenotype is characterized by developmental delay, intellectual disability, and/or autism spectrum disorder. This microdeletion is associated with variable clinical outcome, the phenotypical spectrum ranges from intellectual disability and/or multiple congenital anomalies, autism, learning and speech problems, to a normal phenotype. Genomic testing that determines copy number of sequences, such as chromosomal microarray, is used to identify this microdeletion. However, the prediction of the individual phenotype of a patient based only on the location of such deletion remains a challenge, regarding the existence of many genomic variants that might hinder the interpretation of possible functional effects between most of the contributing genes to that region. We describe the clinical findings in two subjects with heterozygous microdeletions at 16p11.2, highlighting the phenotypic and behavioural findings that conditioned the diagnostic strategy. We also discuss the implications of diagnosis, in practical counselling situations.

[16p11.2 Microdeletion: first report in Argentina]. / Microdeleción 16p11.2: primeros casos reportados en Argentina.

The 16p11.2 recurrent microdeletion phenotype is characterized by developmental delay, intellectual disability, and/or autism spectrum disorder. This microdeletion is associated with variable clinical outcome, the phenotypical spectrum ranges from intellectual disability and/or multiple congenital anomalies, autism, learning and speech problems, to a normal Microdeleción 16p11.2: primeros casos reportados en Argentina 16p11.2 Microdeletion: first report in Argentina phenotype. Genomic testing that determines copy number of sequences, such as chromosomal microarray, is used to identify this microdeletion. However, the prediction of the individual phenotype of a patient based only on the location of such deletion remains a challenge, regarding the existence of many genomic variants that might hinder the interpretation of possible functional effects between most of the contributing genes to that region. We describe the clinical findings in two subjects with heterozygous microdeletions at 16p11.2, highlighting the phenotypic and behavioural findings that conditioned the diagnostic strategy. We also discuss the implications of diagnosis, in practical counselling situations.

La microdeleción 16p11.2 se relaciona, habitualmente, con discapacidad intelectual y trastornos del espectro autista. El rango fenotípico incluye un espectro que se extiende desde discapacidad intelectual con o sin autismo, alteraciones del aprendizaje y del lenguaje hasta fenotipos normales. El diagnóstico de la microdeleción se realiza mediante estudios genómicos capaces de identificar variación en número de copias, como la hibridación genómica comparativa en microarreglos, conocida como arrayCGH. Sin embargo, la predicción del fenotipo de un individuo basada únicamente en la localización de dicha deleción sigue siendo un desafío, ya que la existencia de un gran número de variantes en el genoma dificulta la interpretación de posibles efectos funcionales de los genes que contribuyen a dicha región. Se describen dos casos clínicos de pacientes con microdeleción heterocigota en 16p11.2 y se destacan los hallazgos fenotípicos y conductuales que dificultaron la estrategia diagnóstica. También se discuten las implicancias del diagnóstico para el asesoramiento genético familiar.

Caracterización de anomalías cromosómicas en pacientes con anomalías congénicas / Characterization of chromosomal abnormalities in patients with congenital anomalies

INTRODUCCIÓN Las anomalías cromosómicas son alteraciones en el número o estructura de los cromosomas y su diagnóstico se basa en la determinación del cariotipo. Se detectan en aproximadamente el 10% de las anomalías congénitas y afectan al 0,8-1% de los recién nacidos vivos. En general, las que afectan a los autosomas tienen consecuencias más severas que las de los cromosomas sexuales. Las de más compleja caracterización son el material cromosómico adicional y los cromosomas marcadores supernumerarios. Las técnicas de bandeo clásicas tienen limitaciones para la identificación precisa de muchas anomalías y en la actualidad, las técnicas de citogenética molecular como FISH, MLPA y SKY, sumadas a la técnica de arrayCGH han permitido establecer estrategias para su caracterización. OBJETIVO Caracterizar anomalías cromosómicas estructurales e identificar cromosomas marcadores en pacientes con anomalías congénitas. MÉTODOS Se seleccionaron al azar 30 pacientes estudiados en el laboratorio de citogenética entre los años 2010-2016, quienes presentaban anomalías estructurales o marcadores que no se pudieron caracterizar por citogenética clásica. Se aplicaron técnicas de citogenética clásica y molecular (FISH, MLPA y SKY). RESULTADOS Se resolvieron 5 pacientes con duplicaciones intracromosómicas, 7 con translocaciones desbalanceadas de novo, 2 con cromosomas en anillo, 6 con marcadores autosómicos, 2 con marcadores derivados de un cromosoma sexual y 5 con otras anomalías. Se excluyeron 3 pacientes por no cumplir con los criterios de inclusión. DISCUSIÓN La identificación y caracterización de anomalías cromosómicas y la determinación del cariotipo requieren de una combinación adecuada de técnicas de citogenética clásica y molecular. Se destaca la importancia de conocer la aplicabilidad y limitaciones de las mismas como herramienta para un diagnóstico certero, lo que constituye en definitiva la base del asesoramiento genético

Estudios genómicos en retardo mental idiopático / Genomic studies on idiopathic mental retardation

INTRODUCCIÓN El retardo mental (RM) afecta al 1-3% de la población, y la causa es desconocida en el 50% de los casos. Recientemente se evidenció la importancia de pequeños desbalances genómicos en su etiología. OBJETIVOS Identificar reordenamientos genómicos asociados a RM y establecer la correlación genotipo/fenotipo en una muestra de pacientes del Centro Nacional de Genética Médica. MÉTODOS Se analizaron 80 pacientes con RM y dismorfias, en los que se descartaron anomalías cromosómicas y mutaciones en el gen FMR1 por PCR y Southern Blot. En los pacientes negativos para estas anomalías, se evaluó la presencia de reordenamientos complejos debidos a microdeleciones y/o microduplicaciones por medio de MLPA, FISH y/o array de hibridación genómica comparada (aCGH). RESULTADOS Se detectó una anomalía cromosómica en 3 pacientes y mutación en FMR1 en 4. En 6/80 pacientes se detectaron por MLPA duplicaciones subteloméricas, sin deleciones. En 14/24 pacientes se identificaron duplicaciones y/o deleciones por aCGH. En 5 se identificaron variantes benignas (CNVs) y en 7, variantes de significado incierto (VOUS). Hubo 2 casos de deleciones consideradas patogénicas, una deleción de 525Kb en 16p11.2 y una de 9,2 Mb en 10q26.12-q26.3. DISCUSIÓN La incorporación de la técnica de aCGH y la correlación genotipo/fenotipo es esencial para caracterizar nuevas entidades clínicas y avanzar en el conocimiento de la etiología del RM. A medida que aumente el número de estudios, se podrá esclarecer el rol causal de nuevas variantes genómicas.

[A census of medical genetics services in Argentina]. / Censo de servicios de genética médica en Argentina.

OBJECTIVE: To describe the medical genetics services in Argentina, in order to help organize a network to coordinate those services, decrease inequity in access to them, and promote the comprehensive development of medical genetics in the country. METHODS: In April-August 2004 a survey was conducted of centers providing medical genetics services in Argentina, looking at their human resources, diagnostic procedures, the services that patients use, and funding. The survey covered service centers that conduct genetic assessment, cytogenetic diagnostic testing, molecular biology testing, and biochemical testing to detect birth defects or genetic disorders. Centers that were devoted exclusively to research were not surveyed. RESULTS: A total of 134 centers fulfilled the selection criteria for the survey; 84 of them were private services, and the other 50 were publicly managed services, at universities and hospitals. The 50 public facilities had a total of 67 physicians who had studied clinical genetics, plus 133 non-medical laboratory professionals. A majority of the 50 centers performed clinical and cytogenetic diagnoses, with a smaller number performing molecular, biochemical, and prenatal diagnoses. More than 70% of the centers and human resources were located in an area that includes the city of Buenos Aires, the province of Buenos Aires, and the nearby north-central provinces of Córdoba and Santa Fe. The 50 public centers were found mainly in large cities; 10 of the country's 23 provinces had no public services. CONCLUSIONS: There is a great geographic disparity in the availability of resources as well as wide variability in the diagnostic procedures that are provided in the different service centers. The unequal distribution of the facilities is an organizational problem that will require the application of policies to guarantee minimum services for people in all regions of the country, as well as access to more complex diagnostic procedures.

Censo de servicios de genética médica en Argentina / A census of medical genetics services in Argentina

OBJETIVO: Caracterizar los servicios de genética médica de Argentina, con el propósito de contribuir a la organización de una red que coordine la actividad asistencial, disminuya la inequidad en el acceso y promueva el desarrollo integral de la genética médica en el país. MÉTODOS: Se realizó un padrón (abril-agosto de 2004) de los servicios de genética médica de Argentina, por medio de una encuesta sobre recursos humanos, procedimientos diagnósticos, utilización de servicios y financiamiento. El criterio de inclusión fue que los servicios realizaran asesoramiento genético o pruebas diagnósticas citogenéticas, de biología molecular o bioquímicas para la detección de defectos congénitos o enfermedades genéticas. No se consideraron los centros dedicados exclusivamente a la investigación. RESULTADOS: Cumplieron el criterio de inclusión 134 servicios. De ellos, 84 eran servicios privados y los demás 50 eran servicios públicos en universidades y hospitales. Trabajaban en los servicios públicos un total de 67 médicos con formación en genética y 133 profesionales de laboratorio. La mayor parte de los servicios realizaban diagnóstico clínico y citogenético, con un menor desarrollo del diagnóstico molecular, bioquímico y prenatal. La región Centro tuvo más de 70 por ciento de los servicios y de los recursos humanos. En 10 de 23 provincias no se identificaron servicios de gestión pública, los cuales se concentran más bien en las grandes ciudades. CONCLUSIONES: Los servicios existentes muestran una notable heterogeneidad en su distribución geográfica y amplia variabilidad en cuanto a los procedimientos de diagnóstico ofrecidos. La distribución desigual de los servicios es un problema de organización que requiere la aplicación de políticas que garanticen las prestaciones mínimas para la población de todas las regiones del país, así como el acceso a procedimientos diagnósticos de mayor complejidad.

Prevención primaria de defectos congénitos: educación de médicos tocoginecólogos y obstétricas sobre riesgos de exposición a agentes teratogénicos

Evaluar cambios en conocimientos, actitudes y prácticas en una población de profesionales de atención primaria, posteriormente a actividades de promoción y prevención de defectos congénitos por agentes teratogénicos. Investigación operativa, encuesta transversal CAP antes y después de la intervención. El estudio consistió en una intervención a través de actividades de educación a médicos tocoginecólogos y obstétricas que pertenecen a los Servicios de Obstetricia de los hospitales públicos de la Ciudad de Buenos Aires. Se pone de manifiesto la necesidad de promover actividades educativas para los profesionales de la salud orientadas a la prevención de los defectos congénitos. En este sentido el presente trabajo ha mostrado ser una intervención educativa útil. Sin embargo se debe tener en cuenta que los cambios en los conocimientos, actitudes y prácticas de los profesionales deben ser abordados desde diferentes actividades formativas tanto en el postgrado como en el grado. Para lograr un efectivo impacto en la salud las actividades de formación y difusión deberían estar acompañadas de programas de salud que incluyan entre sus objetivos la prevención de los defectos congénitos O

Prevención primaria de defectos congénitos: educación de médicos tocoginecólogos y obstétricas sobre riesgos de exposición a agentes teratogénicos

Evaluar cambios en conocimientos, actitudes y prácticas en una población de profesionales de atención primaria, posteriormente a actividades de promoción y prevención de defectos congénitos por agentes teratogénicos. Investigación operativa, encuesta transversal CAP antes y después de la intervención. El estudio consistió en una intervención a través de actividades de educación a médicos tocoginecólogos y obstétricas que pertenecen a los Servicios de Obstetricia de los hospitales públicos de la Ciudad de Buenos Aires. Se pone de manifiesto la necesidad de promover actividades educativas para los profesionales de la salud orientadas a la prevención de los defectos congénitos. En este sentido el presente trabajo ha mostrado ser una intervención educativa útil. Sin embargo se debe tener en cuenta que los cambios en los conocimientos, actitudes y prácticas de los profesionales deben ser abordados desde diferentes actividades formativas tanto en el postgrado como en el grado. Para lograr un efectivo impacto en la salud las actividades de formación y difusión deberían estar acompañadas de programas de salud que incluyan entre sus objetivos la prevención de los defectos congénitos O

Prevención primaria de defectos congénitos: educación de médicos tocoginecólogos y obstétricas sobre riesgos de exposición a agentes teratogénicos

Evaluar cambios en conocimientos, actitudes y prácticas en una población de profesionales de atención primaria, posteriormente a actividades de promoción y prevención de defectos congénitos por agentes teratogénicos. Investigación operativa, encuesta transversal CAP antes y después de la intervención. El estudio consistió en una intervención a través de actividades de educación a médicos tocoginecólogos y obstétricas que pertenecen a los Servicios de Obstetricia de los hospitales públicos de la Ciudad de Buenos Aires. Se pone de manifiesto la necesidad de promover actividades educativas para los profesionales de la salud orientadas a la prevención de los defectos congénitos. En este sentido el presente trabajo ha mostrado ser una intervención educativa útil. Sin embargo se debe tener en cuenta que los cambios en los conocimientos, actitudes y prácticas de los profesionales deben ser abordados desde diferentes actividades formativas tanto en el postgrado como en el grado. Para lograr un efectivo impacto en la salud las actividades de formación y difusión deberían estar acompañadas de programas de salud que incluyan entre sus objetivos la prevención de los defectos congénitos O