Prevalence and whole genome-based phylogenetic, virulence and antibiotic -resistance characteristics of nasal -Staphylococcus aureus in healthy Swiss horses.

INTRODUCTION: A total of 100 nasal swabs were collected from healthy horses in Switzerland between January 2020 and August 2020. The samples were taken from horses at 40 different stables in 12 different cantons and screened for both methicillin-resistant (MRSA) and methicillin-susceptible S. aureus (MSSA) using selective agar plates. S. aureus were tested for antibiotic susceptibility by measurement of the minimal inhibitory concentration (MIC) and for virulence factors, antibiotic resistance genes and phylogenetic characteristics using whole genome sequence analysis. Ten horses were found to be positive (10 %, CI: 95 %, 0,0552 - 0,1744) for S. aureus, and four of them harboured MRSA (4 %, CI: 95 %, CI: 1,5 % - 9 %). The MRSA were detected in horses from three different stables in the same region of one canton and MSSA were detected in horses from five different cantons. All the MRSA isolates were genetically related (ST398-t011-IVa), while the MSSA were diverse (ST1-t127/t398/t1508, ST816-t1294, ST133-t1403, ST30-t012). MRSA showed resistance to penicillin (blaZ), cefoxitin (mecA), trimethoprim (dfrK), gentamicin, kanamycin (aac(6')-Ie - aph(2'')-Ia), and tetracycline (tet(M)). MSSA were resistant to either none or one of the antibiotics tested like penicillin (blaZ) and erythromycin (erm(T)). Virulence genes were more abundant in MSSA than in MRSA. This study provides first insight into the prevalence and type of S. aureus in healthy Swiss horses and reveals a source of strains, which may cause infections in both horses and humans.

INTRODUCTION: Au total, 100 écouvillons nasaux ont été prélevés sur des chevaux sains en Suisse entre janvier 2020 et août 2020. Les échantillons ont été prélevés sur des chevaux de 40 écuries différentes dans 12 cantons différents et ont été soumis à un dépistage de S. aureus résistant à la méthicilline (MRSA) et de S. aureus sensible à la méthicilline (MSSA) à l'aide de plaques de gélose sélectives. Les S. aureus ont été testés pour leur sensibilité aux antibiotiques en mesurant la concentration minimale inhibitrice (CMI) et pour les facteurs de virulence, les gènes de résistance aux antibiotiques et les caractéristiques phylogénétiques en analysant la séquence du génome entier. Dix chevaux se sont révélés positifs (10 %, IC: 95 %, 0,0552 ­ 0,1744) pour S. aureus, et quatre d'entre eux étaient porteurs de MRSA (4 %, IC: 95 %, IC: 1,5 % ­ 9 %). Les MRSA ont été détectés chez des chevaux provenant de trois écuries différentes de la même région d'un canton et les MSSA ont été détectés chez des chevaux provenant de cinq cantons différents. Tous les isolats de MRSA étaient génétiquement apparentés (ST398-t011-IVa), tandis que les MSSA étaient divers (ST1-t127/t398/t1508, ST816-t1294, ST133-t1403, ST30-t012). Les MRSA étaient résistants à la pénicilline (blaZ), à la céfoxitine (mecA), au triméthoprime (dfrK), à la gentamicine, à la kanamycine (aac(6')-Ie ­ aph(2")-Ia) et à la tétracycline (tet(M)). Les MSSA étaient résistants à aucun ou à un des antibiotiques testés soit à la pénicilline (blaZ) ou à l'érythromycine (erm(T)). Les gènes de virulence étaient plus abondants chez les MSSA que chez les MRSA. Cette étude donne, pour la première fois, un aperçu de la prévalence et du type de S. aureus chez les chevaux suisses en bonne santé et révèle la présence de souches susceptibles de provoquer des infections chez les chevaux et les humains.

Prevalence and characterization of -methicillin-resistant Macrococcus spp. in food producing animals and meat in Switzerland in 2019.

INTRODUCTION: The prevalence of methicillin-resistant Macrococcus spp. in calves and pigs at slaughterhouses and in retail beef and pork meat was determined using samples taken in 2019 within the framework of the national monitoring of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in food producing animals in Switzerland. The isolates were submitted to antimicrobial susceptibility testing of 19 antibiotics and to molecular techniques (e.g. PCR, microarray, WGS) for the identification of resistance genes, elements containing the methicillin resistance genes mec and sequence type (ST). Methicillin-resistant Macrococcus spp. (M. caseolyticus (n=38), M. bohemicus (n=4) and Macrococcus spp. (n=2)) were isolated in 40 of 299 nasal swabs from calves representing a prevalence of 13,38 % (95 % CI, 9,98 % - 17,70 %), and in four of 303 nasal swabs from pigs [1,32 % (95 % CI, 0,36 % - 3,35 %)]. One of 311 samples of Swiss pork meat contained a Macrococcus sp. [0,32 % (95 % CI, 0,01 % - 1,78 %)], and four of 309 beef meat samples (260 domestic and 49 imported) contained M. caseolyticus [1,29 % (95 % CI, 0,35 % - 3,28 %)]. The M. caseolyticus strains belonged to diverse STs, with ST21 being the most common in both pigs and calves. The mecD gene was located on Macrococcus resistance island mecD (McRImecD) in 42 strains and on staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmecD) in three strains, while mecB was found on plasmids in four strains. In addition to resistance to ß-lactams, the strains also exhibited resistance to tetracycline (n=17; tet(L), tet(K), tet(M)), streptomycin (n=13; str, ant(6)-Ia, rpsL mutation [K56R in ribosomal protein S12]), kanamycin (n=10; aac(6')-Ie - aph(2'')-Ia, aph(2')-Ib, aph(2')-Ic, ant(4')-Ia), clindamycin (n=9; erm(B), erm(45)), erythromycin (n=9; erm(B), msr(G), erm(45)), fusidic acid (n=9; fusC) and gentamicin (n=1; aac(6')-Ie - aph(2'')-Ia). This study represents the first national prevalence study of methicillin-resistant Macrococcus spp. in pigs, calves, pork and beef meat in Switzerland and revealed a reservoir of genetically diverse strains carrying several resistance traits.

INTRODUCTION: La prévalence des macrococques résistants à la méthicilline chez les veaux et les porcs à l'abattoir et dans la viande de bœuf et de porc au détail a été déterminée à partir d'échantillons prélevés en 2019 dans le cadre du monitoring national des Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline chez les animaux de rente en Suisse. Les isolats ont été soumis à des tests de sensibilité à 19 antibiotiques et à des techniques moléculaires (par exemple PCR, microarray, WGS) pour l'identification des gènes de résistance, des éléments contenant les gènes mec responsible de la résistance à la méthicilline, ainsi que du type de séquence (ST). Des macocoques résistants à la méthicilline (M. caseolyticus (n=38), M. bohemicus (n=4) et Macrococcus spp. (n=2)) ont été isolés dans 40 des 299 écouvillons nasaux de veaux, ce qui représente une prévalence de 13,38 % (IC 95 %, 9,98 % ­ 17,70 %), et dans quatre des 303 écouvillons nasaux de porcs [1,32 % (IC 95 %, 0,36 % ­ 3,35 %)]. Un des 311 échantillons de viande de porc suisse contenait un Macrococcus sp. [0,32 % (IC 95 %, 0,01 % ­ 1,78 %)], et quatre des 309 échantillons de viande de bœuf (260 domestiques et 49 importés) contenaient M. caseolyticus [1,29 % (IC 95 %, 0,35 % ­ 3,28 %)]. Les souches de M. caseolyticus appartenaient à divers ST, le ST21 étant le plus fréquent chez les porcs et les veaux. Le gène mecD a été localisé sur des éléments du chromosome McRImecD dans 42 souches et SCCmecD dans trois souches, tandis que le gène mecB se trouvait sur des plasmides dans quatre souches. En plus de la résistance aux ß-lactamines, les souches étaient également résistantes à la tétracycline (n=17 ; tet(L), tet(K), tet(M)), à la streptomycine (n=13 ; str, ant(6)-Ia, mutation rpsL [K56R dans la protéine ribosomale S12]), à la kanamycine (n=10 ; aac(6')-Ie ­ aph(2'')-Ia, aph(2')-Ib, aph(2')-Ic, ant(4')-Ia), clindamycine (n=9 ; erm(B), erm(45)), érythromycine (n=9 ; erm(B), msr(G), erm(45)), acide fusidique (n=9 ; fusC) et gentamicine (n=1 ; aac(6')-Ie ­ aph(2'')-Ia). Cette étude est la première à déterminer prévalence des Macrococcus spp. résistants à la méthicilline chez les porcs, les veaux, la viande de porc et de bœuf en Suisse et a révélé un réservoir de souches génétiquement diverses et portant plusieurs traits de résistance.

Strain typing and antimicrobial susceptibility of methicillin-resistant coagulase-positive staphylococcal species in dogs and people associated with dogs in Thailand.

AIMS: This study was to investigate and to characterize methicillin-resistant coagulase-positive staphylococci (MRCoPS) harboring in dogs and people associated with dogs in Thailand. METHODS AND RESULTS: Staphylococci were collected from 100 dogs, 100 dog owners, 200 small animal veterinarians and 100 people without pet association. Species of MRCoPS were identified phenotypically and genotypically. Molecular characteristics were determined by multilocus sequence typing (MLST), pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and SCCmec typing, and antimicrobial susceptibility was assayed by broth microdilution and by microarray analysis for resistance genes. Methicillin-resistant Staphylococcus pseudintermedius (MRSP), methicillin-resistant Staphylococcus schleiferi subsp. coagulans (MRSSc) and methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) were isolated from dogs (45, 17 and 1%, respectively), veterinarians (8, 2 and 1·5%, respectively) and dog owners (3, 2 and 0%, respectively). Seventeen sequence types (STs) were identified among 83 MRSP isolates which specifically carried SCCmec V, II-III, ΨSCCmec57395 and three uncharacterized SCCmec types. MRSP ST 45, 68 and novel STs including 169, 178, 181 and 183 were shared among canine and human isolates. Most of MRSA ST398 and MRSSc carried SCCmec type V. The MRCoPS commonly displayed multiple resistances to tested antimicrobials and carried various resistance genes. CONCLUSION: Variety of MRCoPS, especially new MRSP clones, distributed in dogs and people in Thailand. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: The existence of MRCoPS circulating between dogs and humans in Thailand provides indirect evidence of interspecies transmission and represents a potential public health hazard.