Identificação de transcritos diferencialmente expressos por Pasteurella multocida em condições de privação de ferro / Identification of differentially expressed transcripts by Pasteurella multocida iron-starved condition

Iron (Fe) is an essential element and the ability to acquire it in vivo has been described in several pathogens as virulence factors. Global analyses of transcripts during iron deprivation have been described by microarray studies, however recently RNA-seq analysis showed superior results. The high pathogenic swine strain of Pasteurella multocida (BRMSA 1113) was grown in two conditions with different concentrations of Fe (control and deprivation) in order to analyze the differentially expressed transcripts. The total RNA of the two conditions was extracted and sequenced by new generation Ion Torrent plataform. Data were analyzed in Ion Reporter(tm) Software and processed in Rockhopper software. Sequence analysis shows 1,341,615 readings with median length of 81pb, with 96% of alignment to the reference genome Pasteurella multocida strain 3489, and 98.8% accuracy. Reads mapping to genome of P. multocida in these two conditions detected 2,652 transcripts, which 177 (6.7%) were differentially expressed, with 93 in the control condition (Fe+) and 84 provided with iron deprivation condition (Fe-). In condition (Fe-), differential expressed transcript profile were associated to function of cellular transport (fbpABC, high-affinity Fe2+/Pb2+ permease and periplasmic protein probably involved in hight-affinity Fe2+ ), transcptional regulators and hypothetical proteins. The control condition (Fe+) shows differential expressed transcripts profile associated to RNA anti-sense (asRNA) energetic metabolism genes (fructose-1,6-bisphosphatase). The study showed that the Fe restriction increases the expression of genes involved in cellular transport, transcriptional regulators, hypothetical and unknown proteins, and also allowed the identification of High-affinity Fe2+/Pb2+ permease e Periplasmic protein probably involved in high-affinity Fe2+, that constitute a possible alternative route for Fe absorption.(AU)

Ferro (Fe) é um elemento essencial e a capacidade de adquiri-lo in vivo têm sido descrita em diversos agentes patogênicos através de fatores de virulência. Análises de transcritos durante a privação de Fe tem sido descritos através da técnica de "microarray", entretanto a técnica de RNA-seq recentemente tem demonstrado resultados superiores. Neste trabalho, o isolado de Pasteurella multocida (Pm 16759) altamente patogênico em suínos foi cultivado em duas condições com diferentes concentrações de Fe (controle e privação) com o objetivo de analisar transcritos diferencialmente expressos. O RNA total das duas condições foi extraído e sequenciado através da plataforma de nova geração Ion Torrent. Os dados foram analisados no Software Ion Reporter(tm) e processados no programa Rockhopper. Foram obtidas 1.341.615 leituras com tamanho médio de 81pb, com 96% de alinhamento com o genoma de Pasteurella multocida subsp. multocida 3480 e 98,8% de acurácia. No mapeamento das leituras das duas condições, observou-se 2,652 transcritos e destes, 177 (6,7%) foram diferencialmente expressos, sendo 93 na condição controle (Fe+) e 84 na condição de privação (Fe-). Na condição de privação de Fe, o perfil de transcritos foram associados a função de transporte celular (fbp ABC, permease de alta afinidade com Fe2+/Pb2+ e proteína periplasmática de alta afinidade com Fe2+ ), reguladores transcricionais e proteínas hipotéticas. O perfil na condição controle (Fe+) apresentou transcritos diferencialmente expressos associados ao RNAs anti-sense (asRNA) e genes do metabolismo energético (fructose-1,6-bisfosfatase). O estudo comprovou que a restrição de Fe aumenta a expressão de genes envolvidos no transporte celular, reguladores transcricionais, proteínas hipotéticas e desconhecidas e permitiu ainda a identificação de novos genes como a permease de alta afinidade com Fe2+/Pb2+ e [...](AU)

Molecular diagnosis of canine visceral leishmaniasis through the technique of probe gold nanoparticles (AuNPprobes) / Diagnóstico molecular da leishmaniose visceral canina através da técnica de sonda de nanopartículas de ouro (AuNPprobes)

The aim of this study was to comparatively evaluate the diagnostic methods of Canine Visceral Leishmaniasis (CVL), using the indirect immunofluorescence assay (IFA), the probe Gold Nanoparticles (AuNPprobes) and PCR in liver samples. We analyzed 25 samples of animals positive by IFA and 10 samples from animals negative to PCR. The probe AUNP used was based on specific sequence for Leishmania infantum kDNA. The results showed that when compared to the IFA sorology the AuNPprobe showed a sensitivity and specificity of 56% and 80%, respectively. When compared to PCR method, the AuNPprobe had a sensitivity of 68% and specificity of 81%. The AuNPprobe can be an alternative to traditional diagnostic methods (PCR and IFA) due to its ease of implementation, immediate result, low cost and little need for laboratory infrastructure.

O objetivo da presente pesquisa foi avaliar comparativamente os métodos diagnósticos da Leishmaniose Visceral Canina (LVC), utilizando-se a reação de imunofluorescência indireta (RIFI), a sonda de Nanopartículas de Ouro (AuNPprobes) e a PCR em amostras de fígado. Foram analisadas 25 amostras de animais positivos pela RIFI e 10 amostras de animais negativos à PCR. A AuNPprobes utilizada baseou-se na sequência de kDNA específico para Leishmania infantum. Os resultados demonstraram que ao ser comparada com a RIFI a AuNPprobes apresentou sensibilidade e especificidade de 56% e 80%, respectivamente. Já ao ser comparada à PCR, a AuNPprobes apresentou sensibilidade de 68% e especificidade de 81%. A AuNPprobes pode ser uma alternativa aos métodos de diagnósticos tradicionais (PCR e RIFI), devido a sua facilidade de execução, rapidez, baixo custo e necessidade de pouca infraestrutura laboratorial.

Molecular diagnosis of canine visceral leishmaniasis through the technique of probe gold nanoparticles (AuNPprobes) / Diagnóstico molecular da leishmaniose visceral canina através da técnica de sonda de nanopartículas de ouro (AuNPprobes)

The aim of this study was to comparatively evaluate the diagnostic methods of Canine Visceral Leishmaniasis (CVL), using the indirect immunofluorescence assay (IFA), the probe Gold Nanoparticles (AuNPprobes) and PCR in liver samples. We analyzed 25 samples of animals positive by IFA and 10 samples from animals negative to PCR. The probe AUNP used was based on specific sequence for Leishmania infantum kDNA. The results showed that when compared to the IFA sorology the AuNPprobe showed a sensitivity and specificity of 56% and 80%, respectively. When compared to PCR method, the AuNPprobe had a sensitivity of 68% and specificity of 81%. The AuNPprobe can be an alternative to traditional diagnostic methods (PCR and IFA) due to its ease of implementation, immediate result, low cost and little need for laboratory infrastructure.

O objetivo da presente pesquisa foi avaliar comparativamente os métodos diagnósticos da Leishmaniose Visceral Canina (LVC), utilizando-se a reação de imunofluorescência indireta (RIFI), a sonda de Nanopartículas de Ouro (AuNPprobes) e a PCR em amostras de fígado. Foram analisadas 25 amostras de animais positivos pela RIFI e 10 amostras de animais negativos à PCR. A AuNPprobes utilizada baseou-se na sequência de kDNA específico para Leishmania infantum. Os resultados demonstraram que ao ser comparada com a RIFI a AuNPprobes apresentou sensibilidade e especificidade de 56% e 80%, respectivamente. Já ao ser comparada à PCR, a AuNPprobes apresentou sensibilidade de 68% e especificidade de 81%. A AuNPprobes pode ser uma alternativa aos métodos de diagnósticos tradicionais (PCR e RIFI), devido a sua facilidade de execução, rapidez, baixo custo e necessidade de pouca infraestrutura laboratorial.