Epidemic trends, public health response and health system capacity: the Chilean experience in four months of the COVID-19 pandemic.

OBJECTIVES: To report the surveillance of COVID-19 pandemic in Chile and analyse the response to public health interventions implemented from 3 March to 30 June 2020 and to assess the risks of collapse of the health care system. METHODS: We analysed the effective reproductive number, underreporting of cases, burden of critical beds, case fatality ratio and number of diagnostic RT-PCR for SARS-CoV-2. RESULTS: After an accelerated onset, the COVID-19 pandemic seemed to be relatively controlled in Chile (late April 2020), with reproductive numbers close to 1.00. However, at this time, the load of infected patients was high, with an important number of underreported cases; the diagnostic effort was still limited and heterogeneous across regions. After 1 May up to 30 June a marked exponential increase in the number of cases was observed with a peak on June 14. In this last period the occupation of intensive care unit beds increased to saturation level (89% nationally; 95% in the Metropolitan Region). CONCLUSIONS: Our findings suggest that the implemented public health interventions have been initially effective in decreasing the spread of the pandemic. Premature decisions to relax these interventions may have resulted in a rebound in cases with a rapid saturation of the health care system.

OBJETIVOS: Informar sobre la vigilancia de la pandemia por COVID-19 en Chile, analizar la respuesta a las intervenciones de salud pública implementadas desde el 3 de marzo hasta el 30 de junio de 2020 y evaluar los riesgos de colapso del sistema de salud. MÉTODOS: Se analizó el número reproductivo efectivo, el subregistro de casos, la carga sobre las camas de cuidados intensivos disponibles, la tasa de letalidad y el número de pruebas diagnósticas de RT-PCR efectuadas para el SARS-CoV-2. RESULTADOS: Tras un inicio acelerado, la pandemia por COVID-19 parecía estar relativamente controlada en Chile a finales de abril de 2020, con números reproductivos cercanos a 1,00. Sin embargo, en ese momento, la carga de pacientes infectados activos era elevada, con un número importante de casos no notificados; la capacidad diagnóstica era todavía limitada y heterogénea entre las regiones del país. Desde el 1 de mayo hasta el 30 de junio se observó un marcado incremento exponencial en el número de casos, con un pico el 14 de junio. En este último período la ocupación de camas en las unidades de cuidados intensivos aumentó hasta el nivel de saturación (89% a nivel nacional; 95% en la Región Metropolitana). CONCLUSIONES: Nuestros hallazgos sugieren que las intervenciones de salud pública implementadas parecen haber sido efectivas inicialmente para disminuir la propagación de la pandemia. Las decisiones prematuras de relajar estas intervenciones pueden haber ocasionado un rebote en los casos con una rápida saturación del sistema de atención de salud.

Epidemic trends, public health response and health system capacity: the Chilean experience in four months of the COVID-19 pandemic

[ABSTRACT]. Objectives. To report the surveillance of COVID-19 pandemic in Chile and analyse the response to public health interventions implemented from 3 March to 30 June 2020 and to assess the risks of collapse of the health care system. Methods. We analysed the effective reproductive number, underreporting of cases, burden of critical beds, case fatality ratio and number of diagnostic RT-PCR for SARS-CoV-2. Results. After an accelerated onset, the COVID-19 pandemic seemed to be relatively controlled in Chile (late April 2020), with reproductive numbers close to 1.00. However, at this time, the load of infected patients was high, with an important number of underreported cases; the diagnostic effort was still limited and heterogeneous across regions. After 1 May up to 30 June a marked exponential increase in the number of cases was observed with a peak on June 14. In this last period the occupation of intensive care unit beds increased to saturation level (89% nationally; 95% in the Metropolitan Region). Conclusions. Our findings suggest that the implemented public health interventions have been initially effective in decreasing the spread of the pandemic. Premature decisions to relax these interventions may have resulted in a rebound in cases with a rapid saturation of the health care system.

[RESUMEN]. Objetivos. Informar sobre la vigilancia de la pandemia por COVID-19 en Chile, analizar la respuesta a las intervenciones de salud pública implementadas desde el 3 de marzo hasta el 30 de junio de 2020 y evaluar los riesgos de colapso del sistema de salud. Métodos. Se analizó el número reproductivo efectivo, el subregistro de casos, la carga sobre las camas de cuidados intensivos disponibles, la tasa de letalidad y el número de pruebas diagnósticas de RT-PCR efectuadas para el SARS-CoV-2. Resultados. Tras un inicio acelerado, la pandemia por COVID-19 parecía estar relativamente controlada en Chile a finales de abril de 2020, con números reproductivos cercanos a 1,00. Sin embargo, en ese momento, la carga de pacientes infectados activos era elevada, con un número importante de casos no notificados; la capacidad diagnóstica era todavía limitada y heterogénea entre las regiones del país. Desde el 1 de mayo hasta el 30 de junio se observó un marcado incremento exponencial en el número de casos, con un pico el 14 de junio. En este último período la ocupación de camas en las unidades de cuidados intensivos aumentó hasta el nivel de saturación (89% a nivel nacional; 95% en la Región Metropolitana). Conclusiones. Nuestros hallazgos sugieren que las intervenciones de salud pública implementadas parecen haber sido efectivas inicialmente para disminuir la propagación de la pandemia. Las decisiones prematuras de relajar estas intervenciones pueden haber ocasionado un rebote en los casos con una rápida saturación del sistema de atención de salud.

Antigenemia y reacción de polimerasa en cadena en tiempo real en el diagnóstico de enfermedad por citomegalovirus en adultos con virus de inmunodeficiencia adquirida / Antigenemia and real time polymerase chain reaction for diagnosis of cytomegal ovirus disease in HIV infected adults

Background: Cytomegalovirus (CMV) infection is frequent in HIV adults. It is unknown usefulness of quantitative methods for diagnosing the CMV disease in Chilean patients. Aim: To determine the performance of antigenemia and real time polymerase chain reaction (rtPCR) in the diagnosis of CMV disease in Chilean HIV adults. Method: Detection of CMV by viral isolation (AVR), antigenemia and quantitative rtPCR in HIV adults. Results: The 102 adults with suspected CMV disease had lower LTCD4 count and higher HIV viral load than 77 patients without suspicion (p < 0.05). Antigenemia and PCR were positive in 47 (46.1%) and 37 (36.3%) adults with clinical suspicion and in 2 (2.6%) and 4 (5.2%) of 77 without suspicion. The sensitivity, specificity, positive and negative predictive value of antigenemia and RPCtr were 92%, 80%, 72% and 95% and 72%, 95%, 92% and 80%, respectively. The cutoff values were ≥ lcell (+) and ≥ 5.5 log10 copies/2 x 10(6) cells. CMV was isolated in 6/179 patients (3.4%), all symptomatic. Conclusión: Positivity of antigenemia and rtPCR are similar for diagnosing CMV disease in Chilean HIV adults. AVR is inappropriate as a gold standard for its low performance.

Introducción: La infección por citomegalovirus (CMV) es frecuente en adultos con virus de inmunodeficiencia humana (VIH). No se ha establecido la utilidad de los métodos cuantitativos para diagnosticar enfermedad por CMV en pacientes chilenos. Objetivo: Determinar la positividad de antigenemia y reacción de polimerasa en cadena en tiempo real (RPC-TR) en el diagnóstico de enfermedad por CMV en adultos chilenos con infección por VIH. Metodología: Se detectó CMV mediante aislamiento viral rápido (AVR), antigenemia y reacción de polimerasa en cadena en tiempo real (RPC-TR) cuantitativa en adultos infectados por VIH, con y sin sospecha de enfermedad por CMV. Resultados: El recuento de LT CD4 fue menor y mayor la carga de VIH en 102 sintomáticos respecto a 77 asintomáticos (p < 0,05). La antigenemia y la RPC-TR fueron positivas en 46 y 36% de los enfermos y en 3 y 5% de los asintomáticos respectivamente. La sensibilidad, especificidad, valor predictor positivo y negativo de la antigenemia y la RPC-TR fueron 92%, 80%, 72% y 95% y 72%, 95%, 92% y 80%, respectivamente. Los valores de corte fueron ≥ 1 núcleo (+) y ≥ 5,5 log10 copias/2 x 10(6) céls. Se aisló CMV en 3,4%, todos los sintomáticos. Conclusión: La antigenemia y la RPC-TR tienen una positividad similar para diagnosticar enfermedad por CMV en adultos chilenos con infección por VIH. El AVR es inapropiado como referencia por su baja positividad.

[Antigenemia and real time polymerase chain reaction for diagnosis of cytomegalovirus disease in HIV infected adults]. / Antigenemia y reacción de polimerasa en cadena en tiempo real en el diagnóstico de enfermedad por citomegalovirus en adultos con virus de inmunodeficiencia adquirida.

BACKGROUND: Cytomegalovirus (CMV) infection is frequent in HIV adults. It is unknown usefulness of quantitative methods for diagnosing the CMV disease in Chilean patients. AIM: To determine the performance of antigenemia and real time polymerase chain reaction (rtPCR) in the diagnosis of CMV disease in Chilean HIV adults. METHOD: Detection of CMV by viral isolation (AVR), antigenemia and quantitative rtPCR in HIV adults. RESULTS: The 102 adults with suspected CMV disease had lower LTCD4 count and higher HIV viral load than 77 patients without suspicion (p < 0.05). Antigenemia and PCR were positive in 47 (46.1%) and 37 (36.3%) adults with clinical suspicion and in 2 (2.6%) and 4 (5.2%) of 77 without suspicion. The sensitivity, specificity, positive and negative predictive value of antigenemia and RPCtr were 92%, 80%, 72% and 95% and 72%, 95%, 92% and 80%, respectively. The cutoff values were ≥ lcell (+) and ≥ 5.5 log10 copies/2 x 10(6) cells. CMV was isolated in 6/179 patients (3.4%), all symptomatic. CONCLUSION: Positivity of antigenemia and rtPCR are similar for diagnosing CMV disease in Chilean HIV adults. AVR is inappropriate as a gold standard for its low performance.