The Impact of Low-Density Lipoprotein Equation Changes on Cholesterol Treatment in Canada.

Background: In cardiovascular disease prevention, low-density lipoprotein cholesterol (LDL-C) values guide treatment for lowering cholesterol level. After 50 years of clinical laboratories using the Friedewald LDL-C equation, the Canadian Society of Clinical Chemists recently recommended adoption of the new and more accurate Sampson / U.S. National Institutes of Health (NIH) LDL-C equation. Here, we estimate the anticipated population-level impact of this equation change. Methods: We compared lipid profiles from the Canadian Health Measures Survey (CHMS) year 2019 to those from the National Health and Nutrition Examination Survey (NHANES) years 2017 to 2020. Then, based on 10,828 participants in the latter, we calculated the impact of changing the LDL-C equation from the Friedewald to the Sampson. Results: Sampson- and Friedewald-equation LDL-C values are strongly correlated (r = 0.99, P < 0.001), but differences between them increase with both higher triglyceride and lower LDL-C values. We evaluated the impact of these discordances using LDL-C treatment thresholds from the 2021 Canadian Cardiovascular Society lipid guidelines. Among patients who take cholesterol-lowering medications, the Sampson equation reclassifies 3.3% more patients (95% confidence interval 2.2% to 4.9%), or about 123,000 individuals, as meeting the criteria for treatment intensification. Conclusion: Although changing the LDL-C equation used from the Friedewald to the Sampson affects only a small proportion of the population, an estimated 123,000 Canadians who are taking cholesterol-lowering medications may need to intensify treatment to lower their cholesterol level, due to small absolute changes around guideline threshold values of LDL-C.

Contexte: Dans la prévention des maladies cardiovasculaires, les valeurs de cholestérol à lipoprotéines de faible densité (cholestérol LDL) guident le traitement hypocholestérolémiant. Depuis 50 ans, la formule de Friedewald est utilisée par les biochimistes pour calculer le cholestérol LDL. Or, la Société canadienne des clinico-chimistes vient de recommander l'adoption d'une nouvelle équation plus précise pour évaluer le cholestérol LDL : l'équation Sampson (National Institutes of Health des États-Unis). Nous analysons ici les conséquences que pourrait avoir cette nouvelle méthode de calcul à l'échelle de la population. Méthodologie: Nous avons comparé les bilans lipidiques issus de l'Enquête canadienne sur les mesures de la santé (ECMS) de 2019 à ceux de la National Health and Nutrition Examination Survey (NHANES) de 2017 à 2020. En nous appuyant sur les données de 10 828 participants à cette dernière enquête, nous avons évalué l'effet qu'aurait l'utilisation de la méthode de Sampson sur la décision thérapeutique. Résultats: Les valeurs de cholestérol LDL obtenues avec les équations de Sampson et de Friedewald sont fortement corrélées (r = 0,99, P < 0,001), mais l'écart se creuse lorsque le taux de triglycérides est plus élevé ou que le taux de cholestérol LDL est plus faible. Nous avons évalué l'effet de cette divergence en appliquant les valeurs seuils de traitement du cholestérol LDL établies par les lignes directrices de 2021 sur la dyslipidémie de la Société cardiovasculaire du Canada. Parmi les patients prenant des médicaments pour abaisser leur taux de cholestérol, l'équation de Sampson reclasse 3,3 % plus de patients (intervalle de confiance à 95 % : 2,2 % à 4,9 %), soit environ 123 000 personnes, comme répondant au critère d'intensification du traitement. Conclusion: L'utilisation de la méthode de calcul de Sampson plutôt que de la méthode de Friedewald a une incidence uniquement sur une frange marginale de la population. Néanmoins, c'est quelque 123 000 Canadiens sous hypocholestérolémiants qui pourraient devoir intensifier leur traitement si, en raison d'une variation absolue minime, leur taux de cholestérol LDL atteint les valeurs cibles de traitement.

Genetic Determinants of Myocardial Infarction Risk in Familial Hypercholesterolemia.

BACKGROUND: Familial hypercholesterolemia (FH) is an inherited condition of elevated serum low-density lipoprotein (LDL) cholesterol leading to premature coronary heart disease. We evaluated whether FH mutations are independently associated with the development of myocardial infarction (MI), after adjusting for LDL cholesterol level and clinical risk factors. METHODS: In 182 unrelated patients from different families referred with clinically suspected FH, targeted next-generation DNA sequencing was performed on 73 lipid-related genes and 178 single nucleotide polymorphisms, at 300-times mean read depth, to identify monogenic mutations and high-risk single nucleotide polymorphisms. RESULTS: Pathogenic FH mutations were identified in 27% of patients. Patients with mutations, compared with those without, were 12 years younger when referred to the lipid clinic (P < 0.001) and had higher baseline and post-treatment LDL cholesterol by 1.11 mmol/L (P < 0.001) and 0.62 mmol/L (P = 0.01), respectively. The hazard ratio for premature MI with respect to having an FH mutation, controlling for sex, hypertension, body mass index, diabetes, LDL cholesterol, and smoking, was 4.51 (P = 0.002). CONCLUSION: FH is a genetically diverse condition. FH mutations are independently associated with higher risk of premature MI in patients referred for hypercholesterolemia. Therefore, genotyping could guide cardiovascular risk stratification in the personalized treatment of FH.

INTRODUCTION: L'hypercholestérolémie familiale (HF) est une maladie héréditaire caractérisée par des concentrations élevées de lipoprotéines de faible densité (LDL) qui entraîne de manière précoce la maladie coronarienne. Nous avons évalué si les mutations propres à la HF sont indépendamment associées au développement de l'infarctus du myocarde (IM) après l'ajustement des concentrations de cholestérol LDL et des facteurs de risque cliniques. MÉTHODES: Chez les 182 patients non apparentés de différentes familles envoyés en consultation en raison d'une suspicion clinique de HF, nous avons réalisé le séquençage ciblé de l'ADN de nouvelle génération de 73 gènes du métabolisme des lipides et 178 polymorphismes mononucléotidiques, à une profondeur de lecture moyenne de 300 fois, pour déterminer les mutations monogènes et les polymorphismes mononucléotidiques à haut risque. RÉSULTATS: Nous avons déterminé les mutations pathogènes à l'origine de la HF de 27 % des patients. Comparativement aux patients qui ne présentaient pas de mutations, les patients qui en présentaient étaient 12 ans plus jeunes lorsqu'ils étaient envoyés en consultation à la clinique des lipides (P < 0,001) et avaient des concentrations respectives plus élevées de cholestérol LDL de 1,11 mmol/l (P < 0,001) et de 0,62 mmol/l (P = 0,01), au début et après le traitement. Le rapport de risque d'IM prématuré par rapport à la présence d'une mutation à l'origine de la HF, qui tient compte du sexe, de l'hypertension, de l'indice de masse corporelle, du diabète, du cholestérol LDL et de la consommation du tabac, était de 4,51 (P = 0,002). CONCLUSION: La HF est une maladie diversifiée sur le plan génétique. Les mutations à l'origine de la HF sont indépendamment associées à un risque plus élevé d'IM prématuré chez les patients envoyés en consultation en raison d'une hypercholestérolémie. Par conséquent, le génotypage pourrait être utile à la stratification du risque cardiovasculaire dans le traitement personnalisé de la HF.

Comparative functional genomic screens of three yeast deletion collections reveal unexpected effects of genotype in response to diverse stress.

The Yeast Knockout (YKO) collection has provided a wealth of functional annotations from genome-wide screens. An unintended consequence is that 76% of gene annotations derive from one genotype. The nutritional auxotrophies in the YKO, in particular, have phenotypic consequences. To address this issue, 'prototrophic' versions of the YKO collection have been constructed, either by introducing a plasmid carrying wild-type copies of the auxotrophic markers (Plasmid-Borne, PBprot) or by backcrossing (Backcrossed, BCprot) to a wild-type strain. To systematically assess the impact of the auxotrophies, genome-wide fitness profiles of prototrophic and auxotrophic collections were compared across diverse drug and environmental conditions in 250 experiments. Our quantitative profiles uncovered broad impacts of genotype on phenotype for three deletion collections, and revealed genotypic and strain-construction-specific phenotypes. The PBprot collection exhibited fitness defects associated with plasmid maintenance, while BCprot fitness profiles were compromised due to strain loss from nutrient selection steps during strain construction. The repaired prototrophic versions of the YKO collection did not restore wild-type behaviour nor did they clarify gaps in gene annotation resulting from the auxotrophic background. To remove marker bias and expand the experimental scope of deletion libraries, construction of a bona fide prototrophic collection from a wild-type strain will be required.

Polygenic Versus Monogenic Causes of Hypercholesterolemia Ascertained Clinically.

OBJECTIVE: Next-generation sequencing technology is transforming our understanding of heterozygous familial hypercholesterolemia, including revision of prevalence estimates and attribution of polygenic effects. Here, we examined the contributions of monogenic and polygenic factors in patients with severe hypercholesterolemia referred to a specialty clinic. APPROACH AND RESULTS: We applied targeted next-generation sequencing with custom annotation, coupled with evaluation of large-scale copy number variation and polygenic scores for raised low-density lipoprotein cholesterol in a cohort of 313 individuals with severe hypercholesterolemia, defined as low-density lipoprotein cholesterol >5.0 mmol/L (>194 mg/dL). We found that (1) monogenic familial hypercholesterolemia-causing mutations detected by targeted next-generation sequencing were present in 47.3% of individuals; (2) the percentage of individuals with monogenic mutations increased to 53.7% when copy number variations were included; (3) the percentage further increased to 67.1% when individuals with extreme polygenic scores were included; and (4) the percentage of individuals with an identified genetic component increased from 57.0% to 92.0% as low-density lipoprotein cholesterol level increased from 5.0 to >8.0 mmol/L (194 to >310 mg/dL). CONCLUSIONS: In a clinically ascertained sample with severe hypercholesterolemia, we found that most patients had a discrete genetic basis detected using a comprehensive screening approach that includes targeted next-generation sequencing, an assay for copy number variations, and polygenic trait scores.