SSR and ISSR markers in assessing genetic diversity in Gallus gallus domesticus: a quantitative analysis of scientific production / Marcadores SSR e ISSR na avaliação da diversidade genética em Gallus gallus domesticus: uma análise quantitativa da produção científica

Poultry meat is a major source of animal protein in the world. Research indicates a high inbreeding rate derived from a relative absence of heterozygous subpopulations of chicken from different suppliers. Molecular markers can provide information for the genetic basis of chicken consumed in rural areas and help establishing a chicken database for product quality and warranty. The bibliometric research, comprises between 1994 and 2018, from five previously selected databases: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus and Web of Science, using the following descriptors: microsatellites, SSR, ISSR, genetic variability and genetic diversity, all of them coupled to chicken and/or birds results in 66 scientific publications. The publications were then categorized according to their titles to the use of ISSR or SSR markers. They were also addressed by countries according first author cited. The publications data appointed that countries with the height production of poultry meat and hens are the most interested in the genetic diversity study of these species. The SSR markers, due to its more specific characteristic, are more frequently applied to genetic diversity assignment, compared to ISSR.(AU)

A carne de frango é uma das principais fontes de proteína animal do mundo. Pesquisas indicam uma alta taxa de endogamia derivada de uma relativa ausência de subpopulações heterozigotas de frango de diferentes fornecedores. Marcadores moleculares podem fornecer informações para a base genética de frango consumido em áreas rurais, e ajudar a estabelecer um banco de dados de frango para qualidade e garantia do produto. A pesquisa bibliométrica compreende entre 1994 e 2018, a partir de cinco bancos de dados selecionados anteriormente: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus e Web of Science, usando os seguintes descritores: microssatélites, SSR, ISSR, variabilidade genética e diversidade genética, todos eles associados a resultados de galinha e / ou aves o que resultou em 66 publicações científicas. As publicações foram então categorizadas de acordo com seus títulos para o uso de marcadores ISSR ou SSR. Eles também foram abordados pelos países, segundo o primeiro autor citado. Os dados das publicações obtidas apontam que os países com grande produção de carnes de frangos são os mais interessados no estudo da diversidade genética dessas espécies. Os marcadores SSR, devido à sua característica mais específica, são frequentemente aplicados à atribuição de diversidade genética, em comparação com o ISSR.(AU)

SSR and ISSR markers in assessing genetic diversity in Gallus gallus domesticus: a quantitative analysis of scientific production / Marcadores SSR e ISSR na avaliação da diversidade genética em Gallus gallus domesticus: uma análise quantitativa da produção científica

ABSTRACT: Poultry meat is a major source of animal protein in the world. Research indicates a high inbreeding rate derived from a relative absence of heterozygous subpopulations of chicken from different suppliers. Molecular markers can provide information for the genetic basis of chicken consumed in rural areas and help establishing a chicken database for product quality and warranty. The bibliometric research, comprises between 1994 and 2018, from five previously selected databases: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus and Web of Science, using the following descriptors: 'microsatellites', 'SSR', 'ISSR', 'genetic variability' and 'genetic diversity', all of them coupled to 'chicken' and/or 'birds' results in 66 scientific publications. The publications were then categorized according to their titles to the use of ISSR or SSR markers. They were also addressed by countries according first author cited. The publications data appointed that countries with the height production of poultry meat and hens are the most interested in the genetic diversity study of these species. The SSR markers, due to its more specific characteristic, are more frequently applied to genetic diversity assignment, compared to ISSR.

RESUMO: A carne de frango é uma das principais fontes de proteína animal do mundo. Pesquisas indicam uma alta taxa de endogamia derivada de uma relativa ausência de subpopulações heterozigotas de frango de diferentes fornecedores. Marcadores moleculares podem fornecer informações para a base genética de frango consumido em áreas rurais, e ajudar a estabelecer um banco de dados de frango para qualidade e garantia do produto. A pesquisa bibliométrica compreende entre 1994 e 2018, a partir de cinco bancos de dados selecionados anteriormente: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus e Web of Science, usando os seguintes descritores: 'microssatélites', 'SSR', 'ISSR', 'variabilidade genética' e 'diversidade genética', todos eles associados a resultados de 'galinha' e / ou 'aves' o que resultou em 66 publicações científicas. As publicações foram então categorizadas de acordo com seus títulos para o uso de marcadores ISSR ou SSR. Eles também foram abordados pelos países, segundo o primeiro autor citado. Os dados das publicações obtidas apontam que os países com grande produção de carnes de frangos são os mais interessados no estudo da diversidade genética dessas espécies. Os marcadores SSR, devido à sua característica mais específica, são frequentemente aplicados à atribuição de diversidade genética, em comparação com o ISSR.

Detection and characterization of Cryptosporidium species and genotypes in three chicken production systems in Brazil using different molecular diagnosis protocols.

The objective of this study was to determine the occurrence of Cryptosporidium spp. in domestic chickens raised in different chicken production systems in Brazil using three nested PCR protocols. The purification and concentration of oocysts present in 190 fecal samples from chickens raised in extensive, semi-intensive and intensive production systems were accomplished by centrifugal flotation in Sheather's solution and were followed by the extraction of genomic DNA. The detection and molecular characterization of Cryptosporidium species and genotypes were performed using three nested polymerase chain reaction (nested PCR) protocols targeting the 18S rRNA gene followed by sequencing of the amplified fragments. Subgenotyping of C. meleagridis was performed using a nested PCR reaction targeting the gp60 gene. Sample identified as Cryptosporidium sp. genetically similar to Cryptosporidium xiaoi and Cryptosporidium bovis by 18S rRNA gene sequencing were further analyzed by nested PCR targeting the actin gene and subsequent sequencing of the amplified fragment. Positive amplification for Cryptosporidium spp. was observed in 12.6% (24/190) of the samples, including C. baileyi (9.8%; 18/190), C. meleagridis (0.5%, 1/190), C. parvum (2.1%; 4/190) and Cryptosporidium sp. (0.5%; 1/190). Subgenotyping of C. meleagridis revealed the presence of the zoonotic subtype IIIgA23G3R1. Sequencing of the 18S rRNA gene and the actin gene fragments revealed a Cryptosporidium genotype in an extensive poultry system genetically related to C. xiaoi and C. bovis. There was no significant difference in the frequency of positive results obtained by the three nested PCR protocols (p > 0.05); additionally, the agreement obtained by Kappa index ranged from substantial (0.70) to almost perfect (0.9).

Alterações bioquímicas, anatômicas e histopatológicas em fígado de Gallus gallus Linnaeus, 1758 experimentalmente infectados por Borrelia anserina Sakharoff, 1891 / Biochemical, anatomical and histopathological changes in the liver of Gallus gallus Linnaeus, 1758 experimentally infected by Borrelia anserine Sakharoff, 1891

A espiroquetose aviária é uma enfermidade septicêmica de curso agudo, cosmopolita, que acomete diversas espécies aviárias, causada por Borrelia anserina e transmitida pelo carrapato Argas miniatus. O experimento teve como objetivos avaliar as alterações bioquímicas e anátomo-histopatológicas no fígado de Gallus gallus, causadas pela infecção experimental por B. anserina. Quarenta aves da espécie G. gallus foram divididas em quatro grupos inteiramente casualizados com 10 animais cada: G1 - inoculado com soro infectado com B. anserina; G2 - inoculado com soro fisiológico a 0,9%; G3 - exposto a ninfas de terceiro ínstar de A. miniatus infectados por B. anserina; G4 - exposto a ninfas de terceiro ínstar de A. miniatus livres de B. anserina. As aves dos Grupos 1 e 3 manifestaram no 3º e 6º dias pós-inoculação (DPI) respectivamente, sintomatologia característica da doença como inapetência, perda de peso, sonolência, diarreia esverdeada, mucosas hipocoradas, penas arrepiadas e hipertermia. Os níveis de ALT do Grupo 1 mostraram-se significativamente mais elevados apenas no 12ºDPI e 24ºDPI em relação ao seu grupo controle (Grupo 2) e no Grupo 3 esses níveis se mantiveram elevados até o 20º DPI em comparação ao seu grupo controle (Grupo 4). Os níveis da enzima AST pouco oscilaram nos grupos experimentais, embora tenham sido encontradas elevações no 12ºDPI nos Grupos 1 e 3. Os fígados das aves dos Grupos 1 e 3 apresentaram à necropsia, moderada hepatomegalia, congestão, superfície irregular e coloração vermelha a cianótica; constataram-se ainda pequenos pontos esbranquiçados na superfície. A histopatologia do fígado revelou congestão, infiltrados inflamatórios mononucleares, focos de necrose fibrinoide, dilatação dos sinusoides e vacuolização de hepatócitos. A coloração de Warthin-Starry revelou, nos fígados das aves dos Grupos 1 e 3, a presença de espiroquetas compatíveis com B. anserina, frequentemente no interior de vasos sanguíneos.(AU)

Spirochetosis avian is a septicemic disease of acute course and cosmopolitan can affect various avian species, caused by Borrelia anserina and transmitted by Argas miniatus. The experiment aimed to evaluate the biochemical, anatomical and histopathological changes in the liver of Gallus gallus caused by experimental infection with B. anserina. A total of 40 fowls of the species G. gallus were divided into four randomized groups of ten fowls each: G1 - inoculated with serum infected with B. anserina; G2 - inoculated with 0.9% saline; G3 - exposed to nymphs of 3rd instar of A. miniatus infected with B. anserina; G4 - exposed to ticks nymphs of 3rd instar of A. miniatus free of B. anserina. The fowls of Groups 1 and 3 expressed at 3 and 6 days post-inoculation (DAI) respectively , symptoms characteristic of the disease as lack of appetite , weight loss , drowsiness, greenish diarrhea, pale mucous membranes , ruffled feathers and hyperthermia. ALT of group 1 levels were significantly higher only at the 12º and 24º day after inoculation (DAI) compared with its control group (group 2), and in group 3 these levels remained high until the 20º DAI as compared with its control group (group 4). AST enzyme fluctuated little in the experimental groups, although elevations at 12ºDAI has been found in group 1 and 3. The liver of fowls in groups 1 and 3, presented at necropsy moderate hepatomegaly, congestion, irregular surface and red color to cyanotic. If found even small whitish spots on the surface. The histopathology revealed congestion, mononuclear inflammatory infiltrates, fibrinoid necrotic foci, dilatation of sinusoids, and vacuolation of hepatocytes. The Warthin-Starry staining revealed in the liver of fowls in groups 1 and 3 the presence of spirochetes compatible with B. anserina, often within blood vessels.(AU)

Alterações bioquímicas, anatômicas e histopatológicas em fígado de Gallus gallus Linnaeus, 1758 experimentalmente infectados por Borrelia anserina Sakharoff, 1891 / Biochemical, anatomical and histopathological changes in the liver of Gallus gallus Linnaeus, 1758 experimentally infected by Borrelia anserine Sakharoff, 1891

A espiroquetose aviária é uma enfermidade septicêmica de curso agudo, cosmopolita, que acomete diversas espécies aviárias, causada por Borrelia anserina e transmitida pelo carrapato Argas miniatus. O experimento teve como objetivos avaliar as alterações bioquímicas e anátomo-histopatológicas no fígado de Gallus gallus, causadas pela infecção experimental por B. anserina. Quarenta aves da espécie G. gallus foram divididas em quatro grupos inteiramente casualizados com 10 animais cada: G1 - inoculado com soro infectado com B. anserina; G2 - inoculado com soro fisiológico a 0,9%; G3 - exposto a ninfas de terceiro ínstar de A. miniatus infectados por B. anserina; G4 - exposto a ninfas de terceiro ínstar de A. miniatus livres de B. anserina. As aves dos Grupos 1 e 3 manifestaram no 3º e 6º dias pós-inoculação (DPI) respectivamente, sintomatologia característica da doença como inapetência, perda de peso, sonolência, diarreia esverdeada, mucosas hipocoradas, penas arrepiadas e hipertermia. Os níveis de ALT do Grupo 1 mostraram-se significativamente mais elevados apenas no 12ºDPI e 24ºDPI em relação ao seu grupo controle (Grupo 2) e no Grupo 3 esses níveis se mantiveram elevados até o 20º DPI em comparação ao seu grupo controle (Grupo 4). Os níveis da enzima AST pouco oscilaram nos grupos experimentais, embora tenham sido encontradas elevações no 12ºDPI nos Grupos 1 e 3. Os fígados das aves dos Grupos 1 e 3 apresentaram à necropsia, moderada hepatomegalia, congestão, superfície irregular e coloração vermelha a cianótica; constataram-se ainda pequenos pontos esbranquiçados na superfície. A histopatologia do fígado revelou congestão, infiltrados inflamatórios mononucleares, focos de necrose fibrinoide, dilatação dos sinusoides e vacuolização de hepatócitos. A coloração de Warthin-Starry revelou, nos fígados das aves dos Grupos 1 e 3, a presença de espiroquetas compatíveis com B. anserina, frequentemente no interior de vasos sanguíneos.(AU)

Spirochetosis avian is a septicemic disease of acute course and cosmopolitan can affect various avian species, caused by Borrelia anserina and transmitted by Argas miniatus. The experiment aimed to evaluate the biochemical, anatomical and histopathological changes in the liver of Gallus gallus caused by experimental infection with B. anserina. A total of 40 fowls of the species G. gallus were divided into four randomized groups of ten fowls each: G1 - inoculated with serum infected with B. anserina; G2 - inoculated with 0.9% saline; G3 - exposed to nymphs of 3rd instar of A. miniatus infected with B. anserina; G4 - exposed to ticks nymphs of 3rd instar of A. miniatus free of B. anserina. The fowls of Groups 1 and 3 expressed at 3 and 6 days post-inoculation (DAI) respectively , symptoms characteristic of the disease as lack of appetite , weight loss , drowsiness, greenish diarrhea, pale mucous membranes , ruffled feathers and hyperthermia. ALT of group 1 levels were significantly higher only at the 12º and 24º day after inoculation (DAI) compared with its control group (group 2), and in group 3 these levels remained high until the 20º DAI as compared with its control group (group 4). AST enzyme fluctuated little in the experimental groups, although elevations at 12ºDAI has been found in group 1 and 3. The liver of fowls in groups 1 and 3, presented at necropsy moderate hepatomegaly, congestion, irregular surface and red color to cyanotic. If found even small whitish spots on the surface. The histopathology revealed congestion, mononuclear inflammatory infiltrates, fibrinoid necrotic foci, dilatation of sinusoids, and vacuolation of hepatocytes. The Warthin-Starry staining revealed in the liver of fowls in groups 1 and 3 the presence of spirochetes compatible with B. anserina, often within blood vessels.(AU)

Detection of anti: Rickettsia spp. antibodies in domestic chickens of extensive breeding in an endemic area for spotted fever in the state of Rio Grande do Sul, Brazil / Detecção de anticorpos anti: Rickettsia spp. em galinhas domésticas de criação extensiva em uma área endêmica para febre maculosa no estado do Rio Grande do Sul, Brasil

The goal of this study was to investigate anti-Rickettsia spp. antibodies in sera of domestic chickens (Gallus gallus domesticus) of extensive breeding in Cerro Largo county, considered an endemic area for spotted fever in the State of Rio Grande do Sul, Brazil. Three hundred blood samples were collected and anti-Rickettsia spp. antibodies were evaluated by indirect immunofluorescence assay (IFA) in the sera obtained. The occurrence of anti-Rickettsia spp. antibodies detected in this study was 1.33% (4/300), with endpoint titers ranging from 64 to 256 for Rickettsia rickettsiii, R. parkeri and/or R. bellii. The results suggest these domestic chickens do not participate as a reservoir and/or amplifying host in the epidemiology of spotted fever in that endemic area. The present study consists in the first serological survey in Gallus gallus domesticus to Rickettsiae-spotted fever group in Brazil.

Este estudo teve como objetivo pesquisar anticorpos anti-Rickettsia spp. em soros de galinhas domésticas (Gallus gallus domesticus) de criação extensiva, provenientes de área considerada endêmica para febre maculosa no estado do Rio Grande do Sul. Foram coletadas 300 amostras de sangue e os soros obtidos foram testados para anticorpos anti-Rickettsia spp. pela Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI). A ocorrência de anticorpos anti-Rickettsia spp. observada foi de 1,33% (4/300), com títulos variando de 64 a 256 para Rickettsia rickettsii, Rickettsia parkeri e/ou Rickettsia bellii. Os resultados sugerem que essas galinhas domésticas não participam como reservatório e/ou hospedeiro amplificador na epidemiologia da febre maculosa na área endêmica. O presente estudo consiste na primeira pesquisa sorológica em Gallus gallus domesticus para rickettsia do grupo da febre maculosa no Brasil.

Detection of anti: Rickettsia spp. antibodies in domestic chickens of extensive breeding in an endemic area for spotted fever in the state of Rio Grande do Sul, Brazil

The goal of this study was to investigate anti-Rickettsia spp. antibodies in sera of domestic chickens (Gallus gallus domesticus) of extensive breeding in Cerro Largo county, considered an endemic area for spotted fever in the State of Rio Grande do Sul, Brazil. Three hundred blood samples were collected and anti-Rickettsia spp. antibodies were evaluated by indirect immunofluorescence assay (IFA) in the sera obtained. The occurrence of anti-Rickettsia spp. antibodies detected in this study was 1.33% (4/300), with endpoint titers ranging from 64 to 256 for Rickettsia rickettsiii, R. parkeri and/or R. bellii. The results suggest these domestic chickens do not participate as a reservoir and/or amplifying host in the epidemiology of spotted fever in that endemic area. The present study consists in the first serological survey in Gallus gallus domesticus to Rickettsiae-spotted fever group in Brazil.

Este estudo teve como objetivo pesquisar anticorpos anti-Rickettsia spp. em soros de galinhas domésticas (Gallus gallus domesticus) de criação extensiva, provenientes de área considerada endêmica para febre maculosa no estado do Rio Grande do Sul. Foram coletadas 300 amostras de sangue e os soros obtidos foram testados para anticorpos anti-Rickettsia spp. pela Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI). A ocorrência de anticorpos anti-Rickettsia spp. observada foi de 1,33% (4/300), com títulos variando de 64 a 256 para Rickettsia rickettsii, Rickettsia parkeri e/ou Rickettsia bellii. Os resultados sugerem que essas galinhas domésticas não participam como reservatório e/ou hospedeiro amplificador na epidemiologia da febre maculosa na área endêmica. O presente estudo consiste na primeira pesquisa sorológica em Gallus gallus domesticus para rickettsia do grupo da febre maculosa no Brasil.

Detection of anti: Rickettsia spp. antibodies in domestic chickens of extensive breeding in an endemic area for spotted fever in the state of Rio Grande do Sul, Brazil

The goal of this study was to investigate anti-Rickettsia spp. antibodies in sera of domestic chickens (Gallus gallus domesticus) of extensive breeding in Cerro Largo county, considered an endemic area for spotted fever in the State of Rio Grande do Sul, Brazil. Three hundred blood samples were collected and anti-Rickettsia spp. antibodies were evaluated by indirect immunofluorescence assay (IFA) in the sera obtained. The occurrence of anti-Rickettsia spp. antibodies detected in this study was 1.33% (4/300), with endpoint titers ranging from 64 to 256 for Rickettsia rickettsiii, R. parkeri and/or R. bellii. The results suggest these domestic chickens do not participate as a reservoir and/or amplifying host in the epidemiology of spotted fever in that endemic area. The present study consists in the first serological survey in Gallus gallus domesticus to Rickettsiae-spotted fever group in Brazil.

Este estudo teve como objetivo pesquisar anticorpos anti-Rickettsia spp. em soros de galinhas domésticas (Gallus gallus domesticus) de criação extensiva, provenientes de área considerada endêmica para febre maculosa no estado do Rio Grande do Sul. Foram coletadas 300 amostras de sangue e os soros obtidos foram testados para anticorpos anti-Rickettsia spp. pela Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI). A ocorrência de anticorpos anti-Rickettsia spp. observada foi de 1,33% (4/300), com títulos variando de 64 a 256 para Rickettsia rickettsii, Rickettsia parkeri e/ou Rickettsia bellii. Os resultados sugerem que essas galinhas domésticas não participam como reservatório e/ou hospedeiro amplificador na epidemiologia da febre maculosa na área endêmica. O presente estudo consiste na primeira pesquisa sorológica em Gallus gallus domesticus para rickettsia do grupo da febre maculosa no Brasil.

Detection of anti: Rickettsia spp. antibodies in domestic chickens of extensive breeding in an endemic area for spotted fever in the state of Rio Grande do Sul, Brazil

The goal of this study was to investigate anti-Rickettsia spp. antibodies in sera of domestic chickens (Gallus gallus domesticus) of extensive breeding in Cerro Largo county, considered an endemic area for spotted fever in the State of Rio Grande do Sul, Brazil. Three hundred blood samples were collected and anti-Rickettsia spp. antibodies were evaluated by indirect immunofluorescence assay (IFA) in the sera obtained. The occurrence of anti-Rickettsia spp. antibodies detected in this study was 1.33% (4/300), with endpoint titers ranging from 64 to 256 for Rickettsia rickettsiii, R. parkeri and/or R. bellii. The results suggest these domestic chickens do not participate as a reservoir and/or amplifying host in the epidemiology of spotted fever in that endemic area. The present study consists in the first serological survey in Gallus gallus domesticus to Rickettsiae-spotted fever group in Brazil.

Este estudo teve como objetivo pesquisar anticorpos anti-Rickettsia spp. em soros de galinhas domésticas (Gallus gallus domesticus) de criação extensiva, provenientes de área considerada endêmica para febre maculosa no estado do Rio Grande do Sul. Foram coletadas 300 amostras de sangue e os soros obtidos foram testados para anticorpos anti-Rickettsia spp. pela Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI). A ocorrência de anticorpos anti-Rickettsia spp. observada foi de 1,33% (4/300), com títulos variando de 64 a 256 para Rickettsia rickettsii, Rickettsia parkeri e/ou Rickettsia bellii. Os resultados sugerem que essas galinhas domésticas não participam como reservatório e/ou hospedeiro amplificador na epidemiologia da febre maculosa na área endêmica. O presente estudo consiste na primeira pesquisa sorológica em Gallus gallus domesticus para rickettsia do grupo da febre maculosa no Brasil.

Some segmental structural features of the aortic wall of domestic chicken (Gallus domesticus) / Algumas características morfológicas segmentares da parede da aorta de galo doméstico (Gallus domesticus)

The segmental structure of the aortic wall at the thoracic and abdominal levels were studied in domestic chicken by light microscopy (LM) and scanning electron microscopy (SEM). Selected histological sections were submitted to histomorphometric studies using image analysis methods. The variables studied were the thickness of the aortic layers in the three segments investigated: ascendant thoracic, descendant thoracic and abdominal parts as well as the tubular diameters and the mean number of elastic lamellae in the medial layer of each analyzed segment. The aortic wall of the chicken had a predominately elastic structure in the thoracic portions, that decrease gradually in relative number of elastic lamellae towards the abdominal aorta in which smooth muscle cells predominated. Vascular diameters decreased gradually to the ascendant aorta from the descendant thoracic portion and to the last from the abdominal aorta.

A estrutura segmentar da parede aórtica foi estudada em galo doméstico, em níveis torácico e abdominal, nas dimensões de microscopias óptica e eletrônica de varredura. Secções histológicas selecionadas foram submetidas a estudos histomorfométricos usando métodos de análises de imagens. As variáveis analisadas foram as espessuras das túnicas da parede aórtica em três segmentos investigados, compreendendo as porções ascendente torácica; descendente torácica e abdominal, bem como os diâmetros tubulares, em cada porção, e o número médio de lamelas elásticas na túnica média de cada segmento analisado. A parede aórtica do galo doméstico apresenta estrutura predominantemente elástica nas porções torácicas, cujo número relativo de lamelas elásticas decresce gradualmente para a parte abdominal da aorta, onde células musculares lisas predominam. Os diâmetros aórticos decrescem também gradualmente, e progressivamente, da porção torácica ascendente para a porção torácica descendente, e desta para a porção abdominal da aorta.