Transcriptome data from silica-preserved leaf tissue reveal gene flow patterns in a Caribbean bromeliad.

BACKGROUND AND AIMS: Transcriptome sequencing is a cost-effective approach that allows researchers to study a broad range of questions. However, to preserve RNA for transcriptome sequencing, tissue is often kept in special conditions, such as immediate ultracold freezing. Here, we demonstrate that RNA can be obtained from 6-month-old, field-collected samples stored in silica gel at room temperature. Using these transcriptomes, we explore the evolutionary relationships of the genus Pitcairnia (Bromeliaceae) in the Dominican Republic and infer barriers to gene flow. METHODS: We extracted RNA from silica-dried leaf tissue from 19 Pitcairnia individuals collected across the Dominican Republic. We used a series of macro- and micro-evolutionary approaches to examine the relationships and patterns of gene flow among individuals. KEY RESULTS: We produced high-quality transcriptomes from silica-dried material and demonstrated that evolutionary relationships on the island match geography more closely than species delimitation methods. A population genetic examination indicates that a combination of ecological and geographical features presents barriers to gene flow in Pitcairnia. CONCLUSIONS: Transcriptomes can be obtained from silica-preserved tissue. The genetic diversity among Pitcairnia populations does not warrant classification as separate species, but the Dominican Republic contains several barriers to gene flow, notably the Cordillera Central mountain range.

Phylogenetic status and diet of red fox (Vulpes vulpes griffithii) inhabiting Ayubia National Park, Pakistan

Abstract The red fox (Vulpes vulpes) is a medium-sized carnivore that occurs in different regions of Pakistan, however, still lacks scientific data on its ecology and distribution. The current study investigated the phylogenetic status and diet of the red fox (V.v. griffithii) occurring in Ayubia National Park, Pakistan. Through camera trapping and molecular analysis, we confirmed the occurrence of red fox in the study area. Based on mitochondrial cytochrome B (304 bp) and limited sampling, nearly all red foxes of Ayubia National Park and surrounding Himalayan ranges fall within Holarctic maternal lineage, whereas red foxes found in plains of Pakistan are part of the basal Palearctic maternal lineage. Using 32 scats, we found that red fox diet comprises of 80% animal-based prey species (both wild and domestic) and 19% plant matter. The wild animal prey species included Cape hare (Lepus capensis) and flying squirrel (Pteromyini sp.), which constituted 17% and 15% of diet, respectively. Red foxes infrequently consumed House mouse (Mus musculus), Himalayan Palm civet (Paguma larvata) and sheep (Ovis aries), each comprising around 6% to 9% of red fox diet. The fox species also scavenged on domestic donkey opportunistically. Based on our sampling, our study suggests that the red fox (V.v. griffithii) that occurs in Ayubia National Park and across the lesser Himalayan ranges belongs to Holarctic maternal lineage. The study also highlights consumption of plant seeds by red foxes, indicating it may play an important ecological role in seed dispersal in Ayubia National Park.

Resumo A raposa-vermelha (Vulpes vulpes) é um carnívoro de médio porte que ocorre em diferentes regiões do Paquistão, porém ainda carece de dados científicos sobre sua ecologia e distribuição. O presente estudo investigou o status filogenético e a dieta da raposa-vermelha (V.v. griffithii) que ocorre no Parque Nacional de Ayubia, Paquistão. Por meio de armadilhas fotográficas e análises moleculares, confirmamos a ocorrência de raposa-vermelha na área de estudo. Com base no citocromo B mitocondrial (304 bp) e amostragem limitada, quase todas as raposas-vermelhas do Parque Nacional de Ayubia e áreas circundantes do Himalaia se enquadram na linhagem materna holártica, enquanto as raposas-vermelhas encontradas nas planícies do Paquistão fazem parte da linhagem materna basal paleártica. Usando 32 fezes, descobrimos que a dieta da raposa-vermelha compreende 80% de espécies de presas de origem animal (selvagens e domésticas) e 19% de matéria vegetal. As espécies de presas de animais selvagens incluíram a lebre-do-cabo (Lepus capensis) e o esquilo-voador (Pteromyini sp.), que constituíram 17% e 15% da dieta, respectivamente. As raposas-vermelhas consumiam raramente ratos domésticos (Mus musculus), algas do Himalaia (Paguma larvata) e ovelhas (Ovis aries), cada um compreendendo cerca de 6% a 9% da dieta da raposa-vermelha. A espécie de raposa também se alimentava de burros domésticos de forma oportunista. Com base em nossa amostragem, nosso estudo sugere que a raposa-vermelha (V.v. griffithii) que ocorre no Parque Nacional de Ayubia e nas cordilheiras menores do Himalaia pertence à linhagem materna holártica. O estudo também destaca o consumo de sementes de plantas por raposas-vermelhas, indicando que pode desempenhar um papel ecológico importante na dispersão de sementes no Parque Nacional de Ayubia.

Indicators to monitor the status of the tree of life.

Following the failure to fully achieve any of the 20 Aichi biodiversity targets, the future of biodiversity rests in the balance. The Convention on Biological Diversity's Kunming-Montreal Global Biodiversity Framework (GBF) presents the opportunity to preserve nature's contributions to people (NCPs) for current and future generations by conserving biodiversity and averting extinctions. There is a need to safeguard the tree of life-the unique and shared evolutionary history of life on Earth-to maintain the benefits it bestows into the future. Two indicators have been adopted within the GBF to monitor progress toward safeguarding the tree of life: the phylogenetic diversity (PD) indicator and the evolutionarily distinct and globally endangered (EDGE) index. We applied both to the world's mammals, birds, and cycads to show their utility at the global and national scale. The PD indicator can be used to monitor the overall conservation status of large parts of the evolutionary tree of life, a measure of biodiversity's capacity to maintain NCPs for future generations. The EDGE index is used to monitor the performance of efforts to conserve the most distinctive species. The risk to PD of birds, cycads, and mammals increased, and mammals exhibited the greatest relative increase in threatened PD over time. These trends appeared robust to the choice of extinction risk weighting. EDGE species had predominantly worsening extinction risk. A greater proportion of EDGE mammals (12%) had increased extinction risk compared with threatened mammals in general (7%). By strengthening commitments to safeguarding the tree of life, biodiversity loss can be reduced and thus nature's capacity to provide benefits to humanity now and in the future can be preserved.

Indicadores para monitorear el estado del árbol de la vida Resumen El futuro de la biodiversidad peligra tras no haberse logrado ninguno de los 20 Objetivos de Aichi. El Marco Global de Biodiversidad (GBF) de Kunming-Montreal del Convenio sobre la Diversidad Biológica (CDB) representa la oportunidad de preservar las contribuciones de la naturaleza a las personas (PNC) para las generaciones actuales y futuras mediante la conservación de la biodiversidad y la prevención de las extinciones. Es necesario salvaguardar el árbol de la vida -la historia evolutiva única y compartida de la vida en la Tierra- para mantener en el futuro los beneficios que aporta. En el GBF se han adoptado dos indicadores para supervisar los avances hacia el cuidado del árbol de la vida: el indicador de diversidad filogenética y el índice de especies evolutivamente distintas y globalmente amenazadas (EDGE). Aplicamos ambos a los mamíferos, las aves y las cícadas del mundo para demostrar su utilidad a escala mundial y nacional. El indicador de diversidad filogenética puede utilizarse para supervisar el estado de conservación general de grandes partes del árbol evolutivo de la vida, una medida de la capacidad de la biodiversidad para mantener los PNC para las generaciones futuras. El índice EDGE se utiliza para supervisar el rendimiento de los esfuerzos por conservar las especies más distintivas. El riesgo para la diversidad filogenética de aves, cícadas y mamíferos aumentó, y los mamíferos mostraron el mayor aumento relativo de la diversidad filogenética amenazada a lo largo del tiempo. Estas tendencias parecieron sólidas a la hora de elegir la valoración del riesgo de extinción. Las especies EDGE tuvieron un riesgo de extinción predominante cada vez peor. Una mayor proporción de mamíferos EDGE (12%) presentó un riesgo de extinción creciente en comparación con los mamíferos amenazados en general (7%). Si se refuerza el compromiso de salvaguardar el árbol de la vida, se puede reducir la pérdida de biodiversidad y preservar así la capacidad de la naturaleza para proporcionar beneficios a la humanidad ahora y en el futuro.

A new Bolitoglossa (Amphibia, Caudata, Plethodontidae) from the Cordillera Oriental of Colombia.

A new salamander species of the genus Bolitoglossa is here described from the cloud forests of the western slopes of the Cordillera Oriental of Colombia, in the Cundinamarca department. The most salient characters of this new species are its numerous maxillary and vomerine teeth, its moderate webbing on hands and feet, its short and robust tail, and its chromatic variation. Based on molecular analyses this new species is assigned to the adspersa species group and its status established as the sister species of B.adspersa, with which it was previously confused. Lastly, the distribution, natural history, and conservation status of the new species are discussed.

ResumenDescribimos una nueva especie de salamandra del género Bolitoglossa proveniente de los bosques nublados de la vertiente occidental de la Cordillera Oriental de Colombia, en el departamento de Cundinamarca. Los caracteres más sobresalientes de esta nueva especie son sus numerosos dientes maxilares y vomerinos, su palmeadura moderada en pies y manos, su cola corta pero robusta, y su variación cromática. Basados en análisis moleculares asignamos esta nueva especie al grupo de especies adspersa y establecemos su estatus como especie hermana de B.adspersa, con la cual era previamente confundida. Finalmente, discutimos algunos aspectos de su distribución, historia natural y su estado de conservación.

Current understanding of an Emerging Coronavirus using in silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Current understanding of an Emerging Coronavirus usingin silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Current understanding of an Emerging Coronavirus using in silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2)

Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely SARS-CoV-2 is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the SARS-CoV-2 although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among SARS-CoV-2 and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that SARS-CoV-2 has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente SARS-CoV-2, foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o SARS-CoV-2, embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre SARS-CoV-2 e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que SARS-CoV-2 tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

A molecular and morphological study of Ascaris suum in a human-pig contact scenario in northeastern Brazil / Estudo molecular e morfológico de Ascaris suum em um cenário de contato entre suínos e humanos no nordeste brasileiro

The aim of the present study was to assess morphologic and genetic data on ascariasis in swine (Sus scrofa domesticus) and humans in low-resource rural and periurban communities in the state of Piauí, Brazil. Our cross-sectional survey included 100 fecal samples obtained from swine and 682 samples from humans. Fifteen pigs were necropsied. Human and porcine fecal samples were examined to identify Ascaris eggs. Parasites obtained in the swine necropsies were studied using scanning electron microscopy (SEM), and the mitochondrial gene encoding the cytochrome oxidase 1 (cox1) enzyme was partially amplified and sequenced for molecular taxonomy and phylogenetic analyses. The overall prevalence of Ascaris eggs in the swine fecal samples was 16/100 (16%). No Ascaris eggs were identified in the human fecal samples. SEM of six worms recovered from pigs demonstrated morphological characteristics of A. suum. Cox1 sequences were compatible with A. suum reference sequences. Original and reference (GenBank) nucleotide sequences were organized into clusters that did not segregate the parasites by host species or and region. The largest haplogroups were dominated by haplotypes H01, H02 and H31. In the communities studied, there was no epidemiological evidence of the zoonotic transmission of ascariasis at the human-swine interface.(AU)

O presente estudo teve como objetivo acessar dados morfológicos e genéticos sobre a ascaridíase em suínos (Sus scrofa domesticus) e humanos, em comunidades rurais e periurbanas no estado do Piauí. O estudo transversal incluiu 100 amostras fecais de suínos e 682 amostras obtidas de humanos. Quinze suínos foram necropsiados. Amostras fecais suínas e humanas foram examinadas para detecção de ovos de Ascaris. Os parasitas adultos, obtidos nas necropsias, foram estudados através de microscopia eletrônica de varredura (MEV), e o gene mitocondrial codificante da enzima citocromo oxidase 1 (cox1) foi parcialmente amplificado e sequenciado para análises filogenéticas e de taxonomia molecular. A prevalência de Ascaris em amostras fecais de suínos foi 16/100 (16%), não sendo identificado nenhum caso de infecção por este parasita em humanos. A análise por MEV de parasitas recuperados de suínos demonstrou características morfológicas de Ascaris suum. As sequências nucleotídicas de cox1 foram compatíveis com A. suum. As sequências originais e de referência (obtidas no GeneBank) foram organizadas em clusters que não segregaram os parasitas por hospedeiro ou região geográfica. Os maiores haplogrupos foram dominados pelos haplótipos H01, H02 e H31. Nas comunidades estudadas, não foi evidenciada transmissão zoonótica de A. suum na interface suíno-humana.(AU)

Floristic data to support conservation in the Amazonian canga / Dados florísticos para apoiar a conservação nas cangas amazônicas

Abstract Canga is an environment of great natural and economic value because it harbours a considerable number of endemic species on a substrate that is rich in iron ore. In the Amazon, this open vegetation type grows on top of isolated outcrops in a dense forest matrix found in the Carajás region, in southeastern Pará. Of these outcrops, the Parque Nacional dos Campos Ferruginosos (PNCF) is the only area of Amazonian canga with a strict protection status. Therefore, industrial activity in the region needs to implement mitigation actions to ensure species and habitat conservation. The objective of this study is to complement and review the floristic list of this recently created protected area, enabling us to compare the floristic similarity between it and other 14 Amazonian canga outcrops found outside the conservation units of full protection in the region. This data provides a basis to understand the floristic and phylogenetic complementarity of those patches to support conservation action. For this, six field trips were carried out in the Serra da Bocaina and two in the Serra do Tarzan, respectively, in order to increase the sampling efforts in PNCF and to obtain a more comprehensive plant list. Floristic composition was investigated using multivariate analyses (non-metric multidimensional scaling and unweighted pair group method with arithmetic mean) and phylogenetic structure across studied areas. We added 159 species to the floristic list of the PNCF and the results of the analyses showed that all 16 areas (n.b. PNCF comprises two of these sites) have an overall floristic similarity of 42%, with the least similar areas at 35% and the most similar at 50%. The different micro-habitats found in each study site highlight the high beta diversity of the Amazonian canga sites, making each area unique. Therefore, even if the Parque Nacional dos Campos Ferruginosos does not harbour all the species found in the other Amazonian canga sites, it is strategic for the conservation of the vegetation on ferruginous outcrops in the Amazon, protecting its biodiversity, different habitats, and associated ecosystem services.

Resumo Canga é um ambiente de grande valor natural e econômico por abrigar um número considerável de espécies endêmicas sobre substrato rico em minério de ferro. Na Amazônia, esse tipo de vegetação aberta cresce sobre afloramentos isolados em uma matriz de floresta densa encontrada na região de Carajás, no sudeste do Pará. Dentre esses afloramentos, o Parque Nacional dos Campos Ferruginosos (PNCF) é a única área de canga Amazônica que apresenta o status de proteção integral permanente. Dessa forma, a atividade industrial presente na região necessita implementar ações de mitigação para assegurar a conservação de espécies e habitats relacionados às cangas. O objetivo deste estudo é complementar e revisar a lista florística dessa área protegida, recentemente criada, permitindo comparar a sua similaridade florística com outros 14 afloramentos de cangas Amazônicas localizados fora de unidades de conservação de proteção integral encontradas na região. Tais dados fornecem subsídio para entender a complementaridade florística e filogenética desses fragmentos para apoiar ações de conservação. Para isso, foram realizadas seis viagens de coleta à Serra da Bocaina e à Serra do Tarzan, respectivamente, para aumentar o esforço amostral no PNCF e obter uma lista de plantas mais abrangente. A composição florística foi investigada por meio de análises multivariadas (non-metric multidimensional scaling and unweighted pair group method with arithmetic mean) e estrutura filogenética nas áreas estudadas. Nós adicionamos 159 espécies na lista florística do PNCF e os resultados das análises demonstraram que todas as 16 áreas (n.b. o PNCF compreende duas dessas áreas) têm uma similaridade florística total de 42%, com áreas menos similares de 35% e as mais similares de 50%. Os micro-habitats encontrados em cada área de estudo evidenciam a alta diversidade beta das áreas de cangas Amazônicas, o que as tornam únicas. Portanto, ainda que o Parque Nacional dos Campos Ferruginosos não abrigue todas as espécies encontradas em outras áreas de cangas Amazônicas, ele é estratégico para a conservação dos afloramentos ferruginosos na Amazônia, protegendo a sua biodiversidade, os diferentes habitats e os serviços ecossistêmicos associados.

Phylogeny-based conservation priorities for Australian freshwater fishes.

Conservation scientists are increasingly interested in the question of how extinction prunes the tree of life. This question is particularly important for Australian freshwater fishes because there is a broad mix of ∼300 old and young species, many of which are severely threatened. We used a complete species-level phylogeny of Australian freshwater fishes to examine phylogenetic nonrandomness of extinction risk. We computed the potential loss of phylogenetic diversity by simulating extinction across the tree under a pattern weighted based on International Union for Conservation of Nature extinction risk category and compared this loss to projected diversity loss under a random null model of extinction. Finally, we calculated EDGE (evolutionary distinctiveness, global endangerment) scores for 251 freshwater and 60 brackish species and compiled a list of high-priority species for conservation actions based on their extinction risk and evolutionary uniqueness. Extinction risk was not random and was clustered in both diversity cradles (recently diversifying, species-rich clades, such as Galaxiidae and Percichthyidae) and museums (older, species-poor groups, such as freshwater chondrichthyans). Clustered extinction made little difference to the average expected loss of phylogenetic diversity. However, the upper bound of loss was higher under a selective model of extinction, particularly when the counts of species lost were low. Thus, the loss of highly threatened species would diminish the tree of life more than a null model of randomly distributed extinction.  High priority species included both widely recognized and charismatic ones, such as the Queensland lungfish (Neoceratodus forsteri), river sharks, and freshwater sawfishes, and lesser-known species that receive less public attention, including the salamanderfish (Lepidogalaxias salamandroides), cave gudgeons, and many galaxiids, rainbowfishes, and pygmy perches.

Prioridades de Conservación Basadas en la Filogenia para Peces de Agua Dulce de Australia Resumen Los científicos de la conservación cada vez están más interesados en el tema de cómo la extinción poda al árbol de la vida. Esta cuestión es particularmente importante para los peces de agua dulce de Australia ya que existe una mezcla amplia de ∼300 especies antiguas y recientes, muchas de las cuales se encuentran seriamente amenazadas. Usamos una filogenia completa a nivel de especie de los peces de agua dulce de Australia para examinar la no aleatoriedad filogenética del riesgo de extinción. Computamos la pérdida potencial de la diversidad filogenética mediante la simulación de la extinción en todo el árbol bajo un patrón ponderado con base en la categoría de riesgo de extinción de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza y la comparamos con la pérdida proyectada de diversidad bajo un modelo aleatorio nulo de la extinción. Por último, calculamos los puntajes EDGE (peculiaridad evolutiva, riesgo global) para 251 especies de agua dulce y 60 especies de agua salobre y recopilamos una lista de especies de alta prioridad para las acciones de conservación basada en su riesgo de extinción y su singularidad evolutiva. El riesgo de extinción no fue aleatorio y estuvo agrupado tanto en cunas de diversidad (clados ricos en especies con diversificación reciente, como Galaxiidae y Percichthyidae) como en museos (grupos más viejos con pocas especies, como los condrictios de agua dulce). La extinción agrupada no trajo grandes diferencias para la pérdida promedio esperada de la diversidad filogenética. Sin embargo, el límite superior de la pérdida fue más alto bajo un modelo selectivo de extinción, particularmente cuando los conteos de especies perdidas fueron bajos. Por lo tanto, la pérdida de especies en grave peligro de extinción disminuiría el árbol de la vida más que un modelo nulo de extinción distribuida aleatoriamente. Las especies de mayor prioridad incluyeron tanto a las más conocidas y carismáticas, como el pez pulmonado de Queensland (Neoceratodus forsteri), los tiburones de río y los peces sierra de agua dulce, como a las especies menos conocidas que reciben menos atención del público, incluyendo al pez salamandra (Lepidogalaxias salamandroides), los gobios de las cuevas y a muchos galaxiidos, peces arcoiris y percas pigmeas.

Nextstrain: una herramienta que analiza la epidemiología molecular del SARS-CoV-2 / Nextstrain: a tool to analyze the molecular epidemiology of SARS-CoV-2

La preocupación mundial por el nuevo coronavirus (2019-nCoV), como una amenaza global para la salud pública, fue el motor para que los análisis filogenéticos sufrieran un crecimiento exponencial. El objetivo de esta revisión fue describir el modo de funcionamiento y las bondades de la herramienta Nextstrain, así como el secuenciamiento del virus SARS-CoV-2 en el mundo. Se uso la interfaz de la página de Nextstrain para mostrar sus funcionalidades y los modos de visualización de datos, y se descargaron estos de la web GISAID para mostrar la cantidad de secuenciamientos del SARS-CoV-2 hasta la fecha. Nextstrain es un proyecto de código abierto creado por biólogos bioinformáticos, para aprovechar el potencial científico y de salud pública de los datos de genomas de patógenos. Nextstrain consiste en un conjunto de herramientas que toman secuencias sin procesar (en formato FASTA). Nextstrain realiza una alineación de secuencia de los datos de entrada en alineación de secuencia múltiple basada en la transformación rápida de Fourier. Se basa en el uso de dos softwares: Augur y Auspice. Nextstrain es una herramienta eficaz para mostrar datos epidemiológicos de manera simple para un público no especializado. Puede ser usado en la salud pública, ya que muestra datos en tiempo real de las epidemias y su distribución geográfica. Se puede usar para dar seguimiento a los brotes como es el caso del COVID-19(AU)

Worldwide concern about the novel coronavirus (2019-nCoV) as a global threat to public health is the reason for the exponential growth of phylogenetic analyses. The purpose of this review was to describe the mode of operation and advantages of the tool Nextstrain, as well as the sequencing of the SARS-CoV-2 virus worldwide. The interface of the Nextstrain page was used to show its functions and data visualization modes. These were downloaded from the website GISAID to show the number of SARS-CoV-2 sequencing processes performed so far. Nextstrain is an open code project created by bioinformatics biologists to make good use of the scientific and public health potential of data about genomes of pathogens. Nextstrain consists in a set of tools operating with unprocessed sequences (in FASTA format). Nextstrain performs a sequence alignment of the input data into a multiple sequence alignment based on fast Fourier transform. Its use is based on two software applications: Augur and Auspice. Nextstrain is an efficient tool by which lay people may obtain epidemiological data in a simple manner. It may be used in the public health sector, since it shows real time data about epidemics and their geographic distribution. It may also be used to follow-up outbreaks, as is the case with COVID-19(AU)

The effectiveness of protected areas in the Paraná-Paraguay basin in preserving multiple facets of freshwater fish diversity under climate change

Our objective was to evaluate the effectiveness of protected areas (PAs) in the Paraná-Paraguay basin on multiple facets of ichthyofauna, both currently and in future climate change scenarios, based on reaching the 17% of conserved terrestrial and inland water defined by Aichi Target 11. Analyses were carried out vis-à-vis a distribution of 496 native species, modeling for the present and for the future, and in moderate and pessimistic scenarios of greenhouse gases. We calculated species richness, functional richness, and phylogenetic diversity, overlapping the combination of these facets with the PAs. The results indicate that the current PAs of the Paraná-Paraguay basin are not efficient in protecting the richest areas of ichthyofauna in their multiple facets. While there is a larger overlap between PAs and the richest areas in phylogenetic diversity, the values are too low (2.37%). Currently, the overlap between PAs and areas with larger species richness, functional richness, and phylogenetic diversity is only 1.48%. Although this value can increase for future projections, the values of the indices decrease substantially. The relevant aquatic environments, biological communities, and climate change should be considered as part of the systematic planning of PAs that take into consideration the terrestrial environments and their threats.(AU)

Nosso objetivo foi avaliar a efetividade das áreas protegidas da bacia Paraná-Paraguai sobre múltiplas facetas da ictiofauna, atualmente e em cenários futuros de mudanças climáticas baseado em alcançar 17% de áreas protegidas, de acordo com os objetivos de Aichi. Análises foram feitas a partir da distribuição de 496 espécies para o presente e futuro, em diferentes cenários climáticos. Foram calculadas a riqueza de espécies, a riqueza funcional e a diversidade filogenética, sobrepondo a combinação destas facetas com as áreas protegidas. Os resultados indicaram que as áreas protegidas da bacia Paraná-Paraguai não são eficientes em proteger as áreas mais ricas em ictiofauna considerando diversas facetas. A maior sobreposição se dá entre as áreas protegidas e as áreas mais ricas em diversidade filogenética, mas os valores são muito baixos (2,37%). A sobreposição entre as áreas protegidas e os 17% das áreas com maior riqueza de espécies, riqueza funcional e diversidade filogenética é de apenas 1,48%. Para o futuro as projeções indicaram que a sobreposição pode aumentar, mas os valores dos índices caem consideravelmente. Os ambientes aquáticos e as mudanças climáticas são componentes que devem ser considerados no planejamento sistemático de áreas protegidas que consideram essencialmente ambientes terrestres e suas ameaças.(AU)

Molecular characterization of goose parvovirus in geese of Turkey / Caracterização molecular de parvovírus de ganso em gansos da Turquia

Goose parvovirus (GPV), also called Derzsy's disease, is a viral pathogen that causes high morbidity and mortality in goslings and ducklings. In this study, we perform the molecular characterization of the GPV in Turkey. The definition of similarity to the world of GPV isolates in Turkey and construction of a phylogenetic tree was aimed. For this purpose, the presence of GPV in the liver, spleen, and intestine tissues of nine goslings with symptoms such as dysphagia, bilateral ocular swelling, eye discharge, diarrhea, and fatigue were investigated by real-time PCR method and all samples were detected as positive. According to the data obtained by molecular characterization, phylogenetic analysis of GPV has been presented in Turkey. As a result of this study, it was determined that the GPVs available in Turkey are virulent strains.(AU)

O parvovírus do ganso (GPV), também chamado de doença de Derzsy, é um patógeno viral que causa alta morbidade e mortalidade em gansos e patinhos. Neste estudo, objetivou-se a determinação da caracterização molecular do GPV na Turquia, a definição da similaridade com o mundo dos isolados de GPV na Turquia e a construção de uma árvore filogenética. Para tanto, a presença de GPV no fígado, baço e tecidos do intestino de nove gansos com sintomas como disfagia, edema ocular bilateral, secreção ocular, diarreia e fadiga foram investigados pelo método de PCR em tempo real e todas as amostras foram detectadas tão positivo. À luz dos dados obtidos por caracterização molecular, a análise filogenética do GPV foi apresentada na Turquia. Como resultado deste estudo, foi determinado que os GPVs disponíveis na Turquia são cepas virulentas.(AU)

Molecular characterization of goose parvovirus in geese of Turkey

ABSTRACT: Goose parvovirus (GPV), also called Derzsys disease, is a viral pathogen that causes high morbidity and mortality in goslings and ducklings. In this study, we perform the molecular characterization of the GPV in Turkey. The definition of similarity to the world of GPV isolates in Turkey and construction of a phylogenetic tree was aimed. For this purpose, the presence of GPV in the liver, spleen, and intestine tissues of nine goslings with symptoms such as dysphagia, bilateral ocular swelling, eye discharge, diarrhea, and fatigue were investigated by real-time PCR method and all samples were detected as positive. According to the data obtained by molecular characterization, phylogenetic analysis of GPV has been presented in Turkey. As a result of this study, it was determined that the GPVs available in Turkey are virulent strains.

RESUMO: O parvovírus do ganso (GPV), também chamado de doença de Derzsy, é um patógeno viral que causa alta morbidade e mortalidade em gansos e patinhos. Neste estudo, objetivou-se a determinação da caracterização molecular do GPV na Turquia, a definição da similaridade com o mundo dos isolados de GPV na Turquia e a construção de uma árvore filogenética. Para tanto, a presença de GPV no fígado, baço e tecidos do intestino de nove gansos com sintomas como disfagia, edema ocular bilateral, secreção ocular, diarreia e fadiga foram investigados pelo método de PCR em tempo real e todas as amostras foram detectadas tão positivo. À luz dos dados obtidos por caracterização molecular, a análise filogenética do GPV foi apresentada na Turquia. Como resultado deste estudo, foi determinado que os GPVs disponíveis na Turquia são cepas virulentas.

Molecular detection of trypanosomatids in neotropical primates in the state of Mato Grosso, Midwest, Brazil / Detecção molecular de tripanossomatídeos em primatas neotropicais no estado de Mato Grosso, Centro-Oeste, Brasil

Abstract Trypanosomatids are uniflagellate protozoa belonging to the Trypanosomatidae family. The genera Trypanosoma and Leishmania are of paramount importance as they contain species that cause serious diseases, such as Chagas disease and Leishmaniasis, respectively. The objective of the present study was to identify trypanosomatids present in the whole blood of free-living and captive neotropical primates in Mato Grosso State, Midwest Brazil. Between 2017 and 2019, 38 blood samples were collected from seven different neotropical primate species in seven cities in the state. Through molecular techniques, including polymerase chain reaction (PCR) to amplify a fragment of the kinetoplast DNA (kDNA) and 18S ribosomal RNA (18S rRNA) gene, sequencing, and phylogenetic analysis, nine Leishmania spp. [seven L. infantum and two L. (Leishmania) amazonensis] and two Trypanosoma spp. (T. minasense and T. rangeli) were identified. This study contributes to understanding the occurrence and epidemiology of trypanosomatids in Mato Grosso State and the importance of neotropical primates as trypanosome hosts and possible infection sources for other animals and humans. Future identification of other blood pathogens in neotropical primates will assist in disease control and prevention strategies.

Resumo Tripanossomatídeos são protozoários uniflagelados pertencentes à família Trypanosomatidae. Os gêneros Trypanosoma e Leishmania são de suma importância por conterem espécies causadoras de doenças graves, como doença de Chagas e Leishmaniose, respectivamente. O objetivo do presente estudo foi identificar tripanossomatídeos presentes no sangue total de primatas neotropicais de vida livre e cativos no Estado de Mato Grosso, Centro-Oeste do Brasil. Entre 2017 e 2019, foram coletadas 38 amostras de sangue de sete diferentes espécies de primatas neotropicais em sete cidades do Estado. Foram identificados por meio de técnicas moleculares, incluindo reação em cadeia da polimerase (PCR), para amplificar um fragmento do DNA do cinetoplasto (kDNA) e do gene do RNA ribossômico 18S (rRNA 18S), sequenciamento e análise filogenética, nove Leishmania spp. [sete L. infantum e dois L. (Leishmania) amazonensis] e dois Trypanosoma spp. (T. minasense e T. rangeli). Este estudo contribui para o entendimento da ocorrência e epidemiologia dos tripanossomatídeos no Estado de Mato Grosso e a importância dos primatas neotropicais como hospedeiros tripanossômicos e possíveis fontes de infecção para outros animais e humanos. A identificação futura de outros patógenos do sangue em primatas neotropicais ajudará no controle de doenças e em estratégias de prevenção.

Avipoxvirus detected in tumor-like lesions in a white-faced whistling duck (Dendrocygna viduata) / Avipoxvirus detectado em lesões tipo tumorais em uma marreca-irerê (Dendrocygna viduata)

Avipoxvirus is the etiological agent of the avian pox, a well-known disease of captive and wild birds, and it has been associated with tumor-like lesions in some avian species. A white-faced whistling duck (Dendrocygna viduata) raised in captivity was referred to a Veterinary Teaching Hospital in Northeast due to cutaneous nodules present in both wings. A few days after the clinical examination, the animal died naturally. Once submitted to necropsy, histopathological evaluation of the lesions revealed clusters of proliferating epithelial cells expanding toward the dermis. Some of these cells had round, well-defined, intracytoplasmic eosinophilic material suggestive of poxvirus inclusion (Bollinger bodies). PCR performed on the DNA extracted from tissue samples amplified a fragment of the 4b core protein gene (fpv167), which was purified and sequenced. This fragment of Avipoxvirus DNA present in these tumor-like lesions showed high genetic homology (100.0%) with other poxviruses detected in different avian species in several countries, but none of them were related to tumor-like lesions or squamous cell carcinoma. This is the first report of Avipoxvirus detected in tumor-like lesions of a white-faced whistling duck with phylogenetic analysis of the virus.(AU)

Avipoxvirus é o agente etiológico da varíola (bouba) aviária, uma doença bem descrita em aves de cativeiro e selvagens, tendo sido associada a lesões semelhantes a tumores em algumas dessas espécies. Uma marreca piadeira (Dendrocygna viduata), criada em cativeiro, foi atendida em um Hospital Veterinário na região nordeste devido à presença de nódulos cutâneos em ambas as asas. Alguns dias após o exame clínico, o animal veio a óbito naturalmente. A ave foi submetida à necropsia e coletados fragmentos das lesões para análise histopatológica, que revelou proliferação de células epiteliais expandindo para a derme. Algumas dessas células possuíam material eosinofílico intracitoplasmático e bem definido, sugestivo de inclusão de poxvírus (corpúsculos de Bollinger). A PCR realizada a partir do DNA extraído de amostras das lesões amplificou um fragmento do gene da proteína do núcleo 4b (fpv 167), que foi purificado e sequenciado. Esse fragmento de DNA de Avipoxvirus presente nas lesões relevou alta homologia genética (100,0%) com outros poxvírus detectados em diferentes espécies de aves em vários países, mas nenhum deles estava relacionado a lesões tumorais ou carcinoma espinocelular. Este é o primeiro relato de Avipoxvirus detectado em lesões semelhantes a tumores em uma marreca piadeira com caracterização molecular do vírus.(AU)

Evaluación de una clave taxonómica, para la identificación de los géneros de helechos (Monilophyta), en Guatemala / Evaluation of a taxonomic key, for the identification of fern genera (Monilophyta), in Guatemala

El desarrollo de las tecnologías de la información y la comunicación han llevado a un cambio en la manera en que se realizan las actividades de diferentes disciplinas, incluso de las más tradicionalistas, como la taxonomía botánica. Se documentó la revisión y validación colaborativa de la primera versión de una clave dicotómica para la identificación taxonómica de los géneros de helechos en Guatemala. Con este esfuerzo, se fundamentó la elaboración de una clave mejorada, su segunda versión, la cual se espera sea accesible para usuarios entrenados en morfología botánica, pero no especializados en la taxonomía específica de los helechos. La segunda versión supera las dificultades que fueron analizadas sobre la primera, y agrega contenido útil para la identificación más precisa de los géneros. Se presentan, además, los siguientes documentos suplementarios en versión electrónica: la versión más actualizada de la clave dicotómica, una lista anotada de la taxonomía supra específica de helechos en Guatemala y una lista de algunos sinónimos taxonómicos de los nombres científicos actuales, respecto a los utilizados en la Flora Mesoamericana. Esta experiencia representa un avance en la transformación de la botánica taxonómica, ya que trasciende de ser una disciplina practicada por pocos, donde prevalece sobre todo el criterio de una autoridad casi incuestionable, a una práctica colaborativa, donde el conocimiento se difunde desde la formulación y revisión de los instrumentos taxonómicos. Se espera que todos estos documentos puedan continuar siendo actualizados de manera dinámica, como un avance de la aplicación de las nuevas tecnologías a la taxonomía botánica.

The procedures of several scientific disciplines are changing with the spreading of new information and communication technologies, even the most traditional, like botanical taxonomy. Here we document the review and validation, by collaborative efforts, on the first version of the taxonomic key for the identification of the fern genera in Guatemala. An upgraded version was composed which is easier to follow and more precise. It is intended to be accessible for a wide range of interested people, more than just the fern specialists. Along with this paper, electronic supplementary documents are published too, including the most recent version of the key, an annotated list of taxonomic categories of ferns of Guatemala in the supra-specific levels, and some lists of taxonomic synonymy of the currently valid names, with reference to the old names used in Flora Mesoamericana. With this experience a new milestone has been reached by the national taxonomy, getting over the old paradigm in which taxonomy was an exclusive practice, endeavored by few authorities, to become a more inclusive discipline, embracing the development and revision of its instruments. In the future, we hope to maintain updated all these documents in a more dynamic way, applying new technologies to the taxonomic botany practices.

Anthropogenic threats to evolutionary heritage of angiosperms in the Netherlands through an increase in high-competition environments.

Present biodiversity comprises the evolutionary heritage of Earth's epochs. Lineages from particular epochs are often found in particular habitats, but whether current habitat decline threatens the heritage from particular epochs is unknown. We hypothesized that within a given region, humans threaten specifically habitats that harbor lineages from a particular geological epoch. We expect so because humans threaten environments that dominated and lineages that diversified during these epochs. We devised a new approach to quantify, per habitat type, diversification of lineages from different epochs. For Netherlands, one of the floristically and ecologically best-studied regions, we quantified the decline of habitat types and species in the past century. We defined habitat types based on vegetation classification and used existing ranking of decline of vegetation classes and species. Currently, most declining habitat types and the group of red-listed species are characterized by increased diversification of lineages dating back to Paleogene, specifically to Paleocene-Eocene and Oligocene. Among vulnerable habitat types with large representation of lineages from these epochs were sublittoral and eulittoral zones of temperate seas and 2 types of nutrient-poor, open habitats. These losses of evolutionary heritage would go unnoticed with classical measures of evolutionary diversity. Loss of heritage from Paleocene-Eocene became unrelated to decline once low competition, shade tolerance, and low proportion of non-Apiaceae were accounted for, suggesting that these variables explain the loss of heritage from Paleocene-Eocene. Losses of heritage from Oligocene were partly explained by decline of habitat types occupied by weak competitors and shade-tolerant species. Our results suggest a so-far unappreciated human threat to evolutionary heritage: habitat decline threatens descendants from particular epochs. If the trends persist into the future uncontrolled, there may be no habitats within the region for many descendants of evolutionary ancient epochs, such as Paleogene.

Amenazas Antropogénicas para la Herencia Evolutiva de las Angiospermas en los Países Bajos a partir del Incremento en los Ambientes de Competencia Elevada Resumen La biodiversidad actual abarca la herencia evolutiva de las épocas de la Tierra. Los linajes de épocas particulares se encuentran con frecuencia en hábitats particulares pero desconocemos si la declinación contemporánea de los hábitats amenaza a la herencia de una época en particular. Nuestra hipótesis supone que dentro de una región determinada, los humanos son una amenaza específica para los hábitats que albergan linajes de una época geológica particular. Suponemos esto pues los humanos amenazan a los ambientes y a los linajes que se diversificaron durante estas épocas. Diseñamos una nueva estrategia para cuantificar, por tipo de hábitat, la diversificación de los linajes de épocas distintas. Cuantificamos para los Países Bajos, una de las regiones mejor estudiada florística y ecológicamente, la declinación de los tipos de hábitat y de especies durante el siglo pasado. Definimos los tipos de hábitat con base en la clasificación de la vegetación y usamos las jerarquías existentes de la declinación de clases y especies de vegetación. Hoy en día, la mayoría de los tipos de hábitat en declinación y el grupo de especies en lista roja se caracterizan por la diversificación incrementada de los linajes que datan del Paleógeno, específicamente el Paleoceno-Eoceno y el Oligoceno. Entre los tipos de hábitat vulnerables con una gran representación de los linajes de estas épocas encontramos a la zona sublitoral e intermareal de los mares templados y dos tipos de hábitats abiertos con deficiencia de nutrientes. Estas pérdidas de linaje evolutivo pasarían desapercibidas con las medidas clásicas de la diversidad evolutiva. La pérdida de la herencia del Paleoceno-Eoceno dejó de estar relacionada con la declinación una vez que contabilizamos la baja competencia, la tolerancia a la sombra y la baja proporción de especies no pertenecientes a la familia Apiaceae, lo que sugiere que estas variables explican la pérdida de herencia del Paleoceno-Eoceno. La pérdida de herencia del Oligoceno estuvo explicada en parte por la declinación de los tipos de hábitat ocupados por competidores débiles y especies tolerantes a la sombra. Nuestros resultados sugieren una amenaza humana para la herencia evolutiva que todavía no ha sido apreciada: la declinación del hábitat amenaza a los descendientes de épocas particulares. Si en el futuro las tendencias siguen sin ser controladas, puede que no haya hábitats en la región para muchos de los descendientes evolutivos de épocas antiguas, como el Paleógeno.

A new giant velvet worm from Costa Rica suggests absence of the genus Peripatus (Onychophora: Peripatidae) in Central America

Introduction: Neotropical onychophoran taxonomy and diversity has been poorly investigated. Recent studies have discovered problems in species classification: they have questioned the accepted genera and the actual number of species. This is true in Costa Rica, where several unidentified species have been reported. Objective: The objective of this investigation was to evaluate the occurrence of the accepted genera in this country, and to describe a new genus and species from Central America. Methods: In 2017, we collected one onychophoran in the Keköldi Indigenous Reserve in Talamanca, Limón, Costa Rica. The specimen gave birth to several offspring. Therefore, seven organisms were analyzed. Light microscopy was used to observe the gross morphology in all samples. The detailed morphology was studied in the biggest specimen with scanning electron microscopy; after that, we performed a phylogenetic analysis with the corresponding sequence of COI. Results: According to our results, a new genus and species of giant onychophoran was found. The genus was identified by its giant size, apical piece of seven scale ranks, large conical primary papillae, dorso-median furrow flanked by two-three accessory papillae, the absence of hyaline organs and a marked sexual dimorphism with respect to the number of legs. The new species presents a particular head pattern, as well as novel structures like cephalic papillae, accessory papillae with rudimentary apical pieces, and a lack of antennal chemoreceptors. Phylogenetic analysis rendered our genus as monophyletic and includes Peripatus solorzanoi, which is grouped within the Central American clade.As our species is clustered inside the Costa Rica-Panamanian group, it is not related to the Caribbean Island nor Guyanan Shield samples, home of Epiperipatus and Peripatus respectively. Therefore, we suggest that those genera do not occur in Central America, and a new genus exists: Mongeperipatus, gen. nov. Conclusion: We concluded that Costa Rica is home to a diversity of undescribed onychophorans that requires specific studies to help clarify the taxonomy and evolutionary relationships of the group to justify their protection.

Introducción: Los onicóforos del neotrópico han sido poco estudiados, especialmente en cuanto a taxonomía y diversidad. Sin embargo, estudios recientes sugieren que los géneros actuales son obsoletos y el número de especies existentes es desconocido. Por ejemplo, en Costa Rica, se han reportado diversos onicóforos que no han sido identificados exitosamente. Objetivo: El objetivo de este trabajo fue evaluar la presencia de los géneros aceptados en el país, y describir un nuevo género y especie para Centroamérica. Métodos: En el 2017, recolectamos un espécimen de onicóforo en la reserva indígena de Keköldi en Talamanca, Limón, Costa Rica, el cual dio a luz a varias crías. Incluyendo a este animal, estudiamos un total de siete especímenes. Mediante el uso de microscopía de luz, observamos las características morfológicas macroscópicas en todas las muestras. Asimismo, utilizamos la microscopía electrónica para analizar detalladamente la morfología en una de estas. Finalmente, realizamos un análisis filogenético con la secuencia correspondiente de COI. Resultados: Un nuevo onicóforo gigante fue descrito. Se propuso un nuevo género, el cual se distingue por su tamaño gigante, el número de filas de escamas en la pieza apical de las papilas primarias, sus grandes papilas primarias cónicas, la línea media flanqueada por dos-tres papilas accesorias, la ausencia de órganos hialinos y el dimorfismo sexual marcado respecto al número de patas. Esta especie presenta un patrón particular de papilas en su cabeza, además de estructuras nuevas como papilas modificadas en la cabeza (papilas cefálicas), papilas accesorias con piezas apicales rudimentarias y la ausencia de quimiorreceptores en las antenas. Los análisis filogenéticos lo sitúan como un género monofilético que incluye a Peripatus solorzanoi, tal clado se encuentra dentro del grupo de especies centroamericanas. Por lo tanto, la nueva especie se agrupa dentro de las muestras pertenecientes a Costa Rica-Panamá. Este grupo no se relaciona con los especímenes de las islas caribeñas ni del Escudo Guyanés, hogares de las especies tipo de Epiperipatus y Peripatus respectivamente. De modo que sugerimos que estos géneros no están presentes en Centroamérica. Así entonces, describimos el nuevo género Mongeperipatus para Costa Rica. Conclusión: Este país alberga una diversidad de onicóforos sin describir, que se requieren estudios puntuales que ayuden a aclarar la taxonomía y relaciones evolutivas del grupo para justificar la protección del filo.