Core collection of common bean formed from traditional Brazilian germplasm / Coleção nuclear de feijão comum formada por germoplasma tradicional de coletas brasileiras

The aim of this study was to select traditional accessions, compose a core collection of common bean, and assess the representativeness of the collection in relation to the base collection accommodated in the BAG of Embrapa using analysis strategies for multivariate models. We used data characterizing 2903 accessions from collections representing all geographic areas of Brazil regarding three morphologic descriptors (seed color, growth habit type, and seed size) and four ecogeographic descriptors (geographical areas, states, altitudes, and soil classes). A set of 400 accessions were selected using multivariate models applied to the data transformed in multibinary values. The accessions sampled had maximum similarity (100%) to the traditional collection, phenotypic diversity, and representative heterogeneity in relation to the traditional collection. In the core collection, the accessions represented 9.5% of the traditional accessions and were equivalent to 3% of the accessions of the base collection. Thus, it is possible to form a core collection that is representative of the base collection regarding genetic diversity and the conservation of rare alleles.

O objetivo deste trabalho foi selecionar acessos tradicionais, compor uma coleção nuclear de feijoeiro comum e avaliar sua representatividade em relação à coleção base de coletas hospedadas no BAG da Embrapa. Utilizando dados de caracterização de 2903 acessos de coletas representando todas as regiões geográficas do Brasil quanto a três descritores morfológicos (cor de semente, tipos de crescimento e tamanho de semente) e quatro descritores ecogeográficos (regiões geográficas, unidades federativas, altitudes e classes de solos), foram selecionados 400 acessos utilizando modelos multivariados aplicados aos dados transformados em valores multibinários. Os acessos amostrados apresentaram similaridade máxima (100%) com a coleção tradicional, diversidade fenotípica e heterogeneidade representativa em relação à coleção tradicional. Na coleção nuclear, os acessos representaram 9,5% dos acessos tradicionais e equivalem a 3% dos acessos da coleção base. Com isso conclui-se que é possível formar uma coleção nuclear representativa da coleção base, no que diz respeito à diversidade genética e a conservação de alelos raros.

Intratumor heterogeneity index of breast carcinomas based on DNA methylation profiles.

BACKGROUND: Cancer cells evolve and constitute heterogeneous populations that fluctuate in space and time and are subjected to selection generating intratumor heterogeneity. This phenomenon is determined by the acquisition of genetic/epigenetic alterations and their selection over time which has clinical implications on drug resistance. METHODS: DNA extracted from different tumor cell populations (breast carcinomas, cancer cell lines and cellular clones) were analyzed by MS-MLPA. Methylation profiles were used to generate a heterogeneity index to quantify the magnitude of epigenetic heterogeneity in these populations. Cellular clones were obtained from single cells derived of MDA-MB 231 cancer cell lines applying serial limiting dilution method and morphology was analyzed by optical microscopy and flow cytometry. Clones characteristics were examined through cellular proliferation, migration capacity and apoptosis. Heterogeneity index was also calculated from beta values derived from methylation profiles of TCGA tumors. RESULTS: The study of methylation profiles of 23 fresh breast carcinomas revealed heterogeneous allele populations in these tumor pieces. With the purpose to measure the magnitude of epigenetic heterogeneity, we developed an heterogeneity index based on methylation information and observed that all tumors present their own heterogeneity level. Applying the index calculation in pure cancer cell populations such as cancer cell lines (MDA-MB 231, MCF-7, T47D, HeLa and K-562), we also observed epigenetic heterogeneity. In addition, we detected that clones obtained from the MDA-MB 231 cancer cell line generated their own new heterogeneity over time. Using TCGA tumors, we determined that the heterogeneity index correlated with prognostic and predictive factors like tumor size (p = 0.0088), number of affected axillary nodes (p = 0.007), estrogen receptor expression (p < 0.0001) and HER2 positivity (p = 0.0007). When we analyzed molecular subtypes we found that they presented different heterogeneity levels. Interestingly, we also observed that all mentioned tumor cell populations shared a similar Heterogeneity index (HI) mean. CONCLUSIONS: Our results show that each tumor presents a unique epigenetic heterogeneity level, which is associated with prognostic and predictive factors. We also observe that breast tumor subtypes differ in terms of epigenetic heterogeneity, which could serve as a new contribution to understand the different prognosis of these groups.

High Diversity of Drosophilidae in High-Altitude Wet Forests in Northeastern Brazil.

The high-altitude wet forests of northeastern Brazil, locally known as "Brejos de Altitude," are enclaves of the Atlantic Forest situated above 500 m, surrounded by dryland vegetation, the Caatinga. The aim of this study was to characterize drosophilid communities in these upland forests, since few ecological studies on drosophilid communities have been conducted in northeastern Brazil. Four sites were investigated in three different times of the year throughout standardized traps. The results reveal the presence of 55 different species in a total of 13,064 specimens collected. The data were evaluated using ecological diversity measurements and compared with those obtained for other environments in the same geographic region. As for species composition, the Bonito upland forest, in a boundary forest location, stood out as having high species richness.

Tamanho e forma de parcela para pimentão em estufa plástica / Plot size and shape for chili pepper in plastic greenhouse

O interior de uma estufa pode ser considerado um ambiente heterogêneo, o que se reflete numa grande variabilidade na produção, sendo necessário o uso de técnicas experimentais para a melhoria da precisão das inferências estatísticas. Dentre as formas de redução do erro experimental, está a busca do tamanho ótimo de parcela, que apresenta especial importância em experimentos com estufa plástica, visto que usualmente a área experimental é restrita às instalações já existentes. Este trabalho teve como objetivos: estimar o tamanho ótimo para a fitomassa fresca de frutos de pimentão cultivado em estufa plástica e relacionar os parâmetros das equações que determinam o tamanho ótimo de parcela. Conduziram-se quatro experimentos em branco sob cobertura plástica, cada um com oito fileiras de cultivo úteis de 70 plantas. Coletou-se em cada planta a fitomassa fresca dos frutos acumulada nas colheitas, identificando sua posição dentro da estufa pelo número da fileira e a sua posição dentro da fileira. Estimou-se o tamanho ótimo de parcela (X0) e se relacionaram estatísticas descritivas e os parâmetros usados para sua estimativa através do coeficiente de correlação de Pearson. Recomendou-se o uso de parcelas de 10 plantas na fileira ou fileiras duplas, com tendência a diminuir de tamanho com a permanência do experimento no campo. Não houve consistência na determinação das variáveis mais relacionadas com o tamanho ótimo da parcela.

The interior of a plastic greenhouse can be considered a heterogeneous environment due high variability in the production, being necessary the use of experimental techniques for improvement of the statistical inferences precision. Between the main forms to obtain experimental error reduction is the use of the optimal plot size that has special importance in experiments inside plastic greenhouse, where the experimental area is normally restricted to the preexisting installations. The aim of this work is to estimate the optimal plot size for fruit fresh biomass of chili pepper cultivated in plastic greenhouse and the relation of the equations parameters that determine it. It was conducted four blank experiments under plastic covering, each one with eight lines of 70 plants. The fruit fresh biomass was evaluated in each plant, identifying its position inside the greenhouse, by the line number, and its position in the line in each harvest. The optimal plot size was estimated and related with the parameters used for its estimate by the Pearson correlation coefficient. It was recommended the use of parcels with ten plants in the line or double line, tending to decrease. There wasn't consistency in the relation of the variables with the plot size.

Tamanho e forma de parcela para pimentão em estufa plástica

The interior of a plastic greenhouse can be considered a heterogeneous environment due high variability in the production, being necessary the use of experimental techniques for improvement of the statistical inferences precision. Between the main forms to obtain experimental error reduction is the use of the optimal plot size that has special importance in experiments inside plastic greenhouse, where the experimental area is normally restricted to the preexisting installations. The aim of this work is to estimate the optimal plot size for fruit fresh biomass of chili pepper cultivated in plastic greenhouse and the relation of the equations parameters that determine it. It was conducted four blank experiments under plastic covering, each one with eight lines of 70 plants. The fruit fresh biomass was evaluated in each plant, identifying its position inside the greenhouse, by the line number, and its position in the line in each harvest. The optimal plot size was estimated and related with the parameters used for its estimate by the Pearson correlation coefficient. It was recommended the use of parcels with ten plants in the line or double line, tending to decrease. There wasn't consistency in the relation of the variables with the plot size.

O interior de uma estufa pode ser considerado um ambiente heterogêneo, o que se reflete numa grande variabilidade na produção, sendo necessário o uso de técnicas experimentais para a melhoria da precisão das inferências estatísticas. Dentre as formas de redução do erro experimental, está a busca do tamanho ótimo de parcela, que apresenta especial importância em experimentos com estufa plástica, visto que usualmente a área experimental é restrita às instalações já existentes. Este trabalho teve como objetivos: estimar o tamanho ótimo para a fitomassa fresca de frutos de pimentão cultivado em estufa plástica e relacionar os parâmetros das equações que determinam o tamanho ótimo de parcela. Conduziram-se quatro experimentos em branco sob cobertura plástica, cada um com oito fileiras de cultivo úteis de 70 plantas. Coletou-se em cada planta a fitomassa fresca dos frutos acumulada nas colheitas, identificando sua posição dentro da estufa pelo número da fileira e a sua posição dentro da fileira. Estimou-se o tamanho ótimo de parcela (X0) e se relacionaram estatísticas descritivas e os parâmetros usados para sua estimativa através do coeficiente de correlação de Pearson. Recomendou-se o uso de parcelas de 10 plantas na fileira ou fileiras duplas, com tendência a diminuir de tamanho com a permanência do experimento no campo. Não houve consistência na determinação das variáveis mais relacionadas com o tamanho ótimo da parcela.

Tamanho e forma de parcela para pimentão em estufa plástica

The interior of a plastic greenhouse can be considered a heterogeneous environment due high variability in the production, being necessary the use of experimental techniques for improvement of the statistical inferences precision. Between the main forms to obtain experimental error reduction is the use of the optimal plot size that has special importance in experiments inside plastic greenhouse, where the experimental area is normally restricted to the preexisting installations. The aim of this work is to estimate the optimal plot size for fruit fresh biomass of chili pepper cultivated in plastic greenhouse and the relation of the equations parameters that determine it. It was conducted four blank experiments under plastic covering, each one with eight lines of 70 plants. The fruit fresh biomass was evaluated in each plant, identifying its position inside the greenhouse, by the line number, and its position in the line in each harvest. The optimal plot size was estimated and related with the parameters used for its estimate by the Pearson correlation coefficient. It was recommended the use of parcels with ten plants in the line or double line, tending to decrease. There wasn't consistency in the relation of the variables with the plot size.

O interior de uma estufa pode ser considerado um ambiente heterogêneo, o que se reflete numa grande variabilidade na produção, sendo necessário o uso de técnicas experimentais para a melhoria da precisão das inferências estatísticas. Dentre as formas de redução do erro experimental, está a busca do tamanho ótimo de parcela, que apresenta especial importância em experimentos com estufa plástica, visto que usualmente a área experimental é restrita às instalações já existentes. Este trabalho teve como objetivos: estimar o tamanho ótimo para a fitomassa fresca de frutos de pimentão cultivado em estufa plástica e relacionar os parâmetros das equações que determinam o tamanho ótimo de parcela. Conduziram-se quatro experimentos em branco sob cobertura plástica, cada um com oito fileiras de cultivo úteis de 70 plantas. Coletou-se em cada planta a fitomassa fresca dos frutos acumulada nas colheitas, identificando sua posição dentro da estufa pelo número da fileira e a sua posição dentro da fileira. Estimou-se o tamanho ótimo de parcela (X0) e se relacionaram estatísticas descritivas e os parâmetros usados para sua estimativa através do coeficiente de correlação de Pearson. Recomendou-se o uso de parcelas de 10 plantas na fileira ou fileiras duplas, com tendência a diminuir de tamanho com a permanência do experimento no campo. Não houve consistência na determinação das variáveis mais relacionadas com o tamanho ótimo da parcela.

Tamanho e forma de parcela para pimentão em estufa plástica

The interior of a plastic greenhouse can be considered a heterogeneous environment due high variability in the production, being necessary the use of experimental techniques for improvement of the statistical inferences precision. Between the main forms to obtain experimental error reduction is the use of the optimal plot size that has special importance in experiments inside plastic greenhouse, where the experimental area is normally restricted to the preexisting installations. The aim of this work is to estimate the optimal plot size for fruit fresh biomass of chili pepper cultivated in plastic greenhouse and the relation of the equations parameters that determine it. It was conducted four blank experiments under plastic covering, each one with eight lines of 70 plants. The fruit fresh biomass was evaluated in each plant, identifying its position inside the greenhouse, by the line number, and its position in the line in each harvest. The optimal plot size was estimated and related with the parameters used for its estimate by the Pearson correlation coefficient. It was recommended the use of parcels with ten plants in the line or double line, tending to decrease. There wasn't consistency in the relation of the variables with the plot size.

O interior de uma estufa pode ser considerado um ambiente heterogêneo, o que se reflete numa grande variabilidade na produção, sendo necessário o uso de técnicas experimentais para a melhoria da precisão das inferências estatísticas. Dentre as formas de redução do erro experimental, está a busca do tamanho ótimo de parcela, que apresenta especial importância em experimentos com estufa plástica, visto que usualmente a área experimental é restrita às instalações já existentes. Este trabalho teve como objetivos: estimar o tamanho ótimo para a fitomassa fresca de frutos de pimentão cultivado em estufa plástica e relacionar os parâmetros das equações que determinam o tamanho ótimo de parcela. Conduziram-se quatro experimentos em branco sob cobertura plástica, cada um com oito fileiras de cultivo úteis de 70 plantas. Coletou-se em cada planta a fitomassa fresca dos frutos acumulada nas colheitas, identificando sua posição dentro da estufa pelo número da fileira e a sua posição dentro da fileira. Estimou-se o tamanho ótimo de parcela (X0) e se relacionaram estatísticas descritivas e os parâmetros usados para sua estimativa através do coeficiente de correlação de Pearson. Recomendou-se o uso de parcelas de 10 plantas na fileira ou fileiras duplas, com tendência a diminuir de tamanho com a permanência do experimento no campo. Não houve consistência na determinação das variáveis mais relacionadas com o tamanho ótimo da parcela.

Heterogeneidade do solo e de tamanho de amostra antes e após cultivos com abobrinha italiana em estufa plástica

This research was aimed at evaluating the heterogeinity index the most important chemical characteristics (phosphorus, effective cation exchange capacity, potassium, organic matter, magnesium, H+Al and pH) of a soil inside a plastic greenhouse and to determine the sample size, fallow and immediately after two cropping. The heterogeinity index was estimated through the Smith method. For all vaiables analised the heterogeinity index was low and the optimum sampling size was equal to one basic unit, that is, one sampling point for both cropping systems. Considering a half amplitude of the confidence interval in percentage of the mean equal to 20% and a 5% error confidence level, the sampling size is equal to 11 sampling points as representative for all variables analyzed for a soil both under fallow or after cropping.

O presente trabalho teve por objetivo avaliar o índice de heterogeneidade através das seguintes características químicas do solo: fósforo, potássio, percentagem de matéria orgânica, cálcio, capacidade de troca de cátions efetiva, magnésio, alumínio e pH em água 1:1, em estufa plástica, e determinar o tamanho de amostra para o solo em pousio e após cultivos. O índice de heterogeneidade foi estimado pelo método de Smith. Para todas as variáveis analisadas, o índice de heterogeneidade foi baixo e o respectivo tamanho ótimo de parcela foi igual a uma unidade básica, ou seja, um ponto amostral para as duas condições do solo. Considerando uma semi-amplitude do intervalo de confiança em percentagem da média igual a 20%, em nível 5% de probabilidade de erro, o tamanho de amostra é igual a 11 pontos amostrais, como representativo para todas as variáveis analisadas para o solo em pousio, e de nove pontos após cultivos.

Índice de heterogeneidade, coeficiente de variação e tamanho ótimo de parcela em batata

This research was aimed at evaluating the relationship between one plot coefficient variation and heterogeneity index with the optimal potato plot size. Tuber yield data was gotten from 12 potato homogeneity trials. Each trial had 12 rows and 24 hills, from which 18 plot sizes, differing in row and hill numbers, were designed. The functions CV(x)=A/X B and VU(x)=V1/Xb were adjusted, where X is the plot size in number of basic units (BU), CV(x) is the coefficient of variation between plots with X BU, and VU(x) is the BU variation between plots with X BU. Optimal plot size estimated by three different methods and the results were correlated with the parameter estimations of the above two functions. Based upon path analysis, the variation coefficient between plots of the basic unit affects more the estimation of optimal plot size than the heterogeneity index in potato uniformity trials.

O objetivo deste trabalho foi avaliar a relação entre o coeficiente de variação das parcelas de uma cova e o índice de heterogeneidade com o tamanho ótimo de parcela para experimentos com batata. Foram coletados os dados da produção de tubérculos de batata em doze ensaios. Em cada ensaio, de 12 linhas com 24 covas, foram planejados 18 tipos de parcelas com variações no número de linhas e de comprimentos. Foram ajustadas as funções CV(x)=A/X B e VU(x)=V1/Xb, sendo X o tamanho da parcela em número de unidades básicas, CV(x) o coeficiente de variação entre as parcelas com X unidades básicas e VU(x) a variância por unidade básica entre as parcelas com X unidades básicas. A estimativa do tamanho ótimo de parcela foi procedida por três métodos e os resultados foram correlacionados com as estimativas dos respectivos parâmetros das duas funções. A aplicação da análise de causa e efeito permitiu concluir que o tamanho ótimo de parcela obtido em ensaios em branco, com a cultura da batata, é mais influenciado pelo valor do coeficiente de variação entre as parcelas de uma unidade básica do que pelo índice de heterogeneidade da produtividade.

Índice de heterogeneidade, coeficiente de variação e tamanho ótimo de parcela em batata

This research was aimed at evaluating the relationship between one plot coefficient variation and heterogeneity index with the optimal potato plot size. Tuber yield data was gotten from 12 potato homogeneity trials. Each trial had 12 rows and 24 hills, from which 18 plot sizes, differing in row and hill numbers, were designed. The functions CV(x)=A/X B and VU(x)=V1/Xb were adjusted, where X is the plot size in number of basic units (BU), CV(x) is the coefficient of variation between plots with X BU, and VU(x) is the BU variation between plots with X BU. Optimal plot size estimated by three different methods and the results were correlated with the parameter estimations of the above two functions. Based upon path analysis, the variation coefficient between plots of the basic unit affects more the estimation of optimal plot size than the heterogeneity index in potato uniformity trials.

O objetivo deste trabalho foi avaliar a relação entre o coeficiente de variação das parcelas de uma cova e o índice de heterogeneidade com o tamanho ótimo de parcela para experimentos com batata. Foram coletados os dados da produção de tubérculos de batata em doze ensaios. Em cada ensaio, de 12 linhas com 24 covas, foram planejados 18 tipos de parcelas com variações no número de linhas e de comprimentos. Foram ajustadas as funções CV(x)=A/X B e VU(x)=V1/Xb, sendo X o tamanho da parcela em número de unidades básicas, CV(x) o coeficiente de variação entre as parcelas com X unidades básicas e VU(x) a variância por unidade básica entre as parcelas com X unidades básicas. A estimativa do tamanho ótimo de parcela foi procedida por três métodos e os resultados foram correlacionados com as estimativas dos respectivos parâmetros das duas funções. A aplicação da análise de causa e efeito permitiu concluir que o tamanho ótimo de parcela obtido em ensaios em branco, com a cultura da batata, é mais influenciado pelo valor do coeficiente de variação entre as parcelas de uma unidade básica do que pelo índice de heterogeneidade da produtividade.

Heterogeneidade do solo e de tamanho de amostra antes e após cultivos com abobrinha italiana em estufa plástica

This research was aimed at evaluating the heterogeinity index the most important chemical characteristics (phosphorus, effective cation exchange capacity, potassium, organic matter, magnesium, H+Al and pH) of a soil inside a plastic greenhouse and to determine the sample size, fallow and immediately after two cropping. The heterogeinity index was estimated through the Smith method. For all vaiables analised the heterogeinity index was low and the optimum sampling size was equal to one basic unit, that is, one sampling point for both cropping systems. Considering a half amplitude of the confidence interval in percentage of the mean equal to 20% and a 5% error confidence level, the sampling size is equal to 11 sampling points as representative for all variables analyzed for a soil both under fallow or after cropping.

O presente trabalho teve por objetivo avaliar o índice de heterogeneidade através das seguintes características químicas do solo: fósforo, potássio, percentagem de matéria orgânica, cálcio, capacidade de troca de cátions efetiva, magnésio, alumínio e pH em água 1:1, em estufa plástica, e determinar o tamanho de amostra para o solo em pousio e após cultivos. O índice de heterogeneidade foi estimado pelo método de Smith. Para todas as variáveis analisadas, o índice de heterogeneidade foi baixo e o respectivo tamanho ótimo de parcela foi igual a uma unidade básica, ou seja, um ponto amostral para as duas condições do solo. Considerando uma semi-amplitude do intervalo de confiança em percentagem da média igual a 20%, em nível 5% de probabilidade de erro, o tamanho de amostra é igual a 11 pontos amostrais, como representativo para todas as variáveis analisadas para o solo em pousio, e de nove pontos após cultivos.