Ready for new waves: optimizing SARS-CoV-2 variants monitoring in pooled samples with droplet digital PCR.

Introduction: The declaration of the end of the Public Health Emergency for COVID-19 on May 11th, 2023, has shifted the global focus led by WHO and CDC towards monitoring the evolution of SARS-CoV-2. Augmenting these international endeavors with local initiatives becomes crucial to not only track the emergence of new variants but also to understand their spread. We present a cost-effective digital PCR-based pooled sample testing methodology tailored for early variant surveillance. Methods: Using 1200 retrospective SARS-CoV-2 positive samples, either negative or positive for Delta or Omicron, we assessed the sensitivity and specificity of our detection strategy employing commercial TaqMan variant probes in a 1:9 ratio of variant-positive to variant-negative samples. Results: The study achieved 100% sensitivity and 99% specificity in 10-sample pools, with an Area Under the Curve (AUC) exceeding 0.998 in ROC curves, using distinct commercial TaqMan variant probes. Discussion: The employment of two separate TaqMan probes for both Delta and Omicron establishes dual validation routes, emphasizing the method's robustness. Although we used known samples to model realistic emergence scenarios of the Delta and Omicron variants, our main objective is to demonstrate the versatility of this strategy to identify future variant appearances. The utilization of two divergent variants and distinct probes for each confirms the method's independence from specific variants and probes. This flexibility ensures it can be tailored to recognize any subsequent variant emergence, given the availability of its sequence and a specific probe. Consequently, our approach stands as a robust tool for tracking and managing any new variant outbreak, reinforcing our global readiness against possible future SARS-CoV-2 waves.

Epidemiological, clinical and pathological features of canine parvovirus 2c infection in dogs from southern Brazil / Aspectos epidemiológicos, clínicos e patológicos da infecção pelo parvovirus canino 2c em cães do Sul do Brasil

Canine parvovirus type 2c (CPV-2c) emerged in Europe in the early 2000's and rapidly spread out worldwide. Clinical and molecular data have demonstrated its circulation in Brazilian dogs, yet detailed descriptions of cases are still lacking. This article describes the epidemiological, clinical and pathological features of 24 cases of CPV-2c-associated disease in dogs submitted to veterinary clinics and laboratory diagnosis in southern Brazil (2014-2016). Most affected dogs presented signs/lesions suggestive of parvovirus enteritis: diarrhea, vomiting, hyperemia and hemorrhage of the serous membrane of the small intestine, diffuse segmental granulation, atrophy of the villi, necrosis and fusion of crypts, squamous metaplasia and epithelial syncytia. A number of cases presented features divergent from the classical presentations, including a wide variation in the color of feces (reddish and/or yellowish, light-brownish, orange-brown and brownish), involvement of adults (4/24) and vaccinated dogs (12/24), extensive involvement of the small intestine (8/20) and the presence of pulmonary edema (7/24) and convulsions (3/24). Feces and intestinal fragments submitted to PCR for the CPV-2 VP2 gene and to virus isolation in cell culture yielded positive results in 100% and 58.3% (14/24) of the cases, respectively. Nucleotide sequencing revealed a high nucleotide identity in VP2 (99.4 to 100%) and a consistent mutation at amino acid 426 (asparagine to glutamic acid), considered a signature of CPV-2c. These results confirm the involvement of CPV-2c in the described cases and demonstrate the importance of CPV-2c infection among Brazilian dogs, calling attention of veterinarians to correctly diagnose the disease, mainly considering the frequent atypical presentations.(AU)

O parvovírus canino tipo 2c (CPV-2c) surgiu na Europa no início do ano 2000 e rapidamente se espalhou pelas populações de cães ao redor do mundo. Dados clínicos e moleculares demonstraram a sua circulação em cães brasileiros, porém descrições detalhadas desses casos ainda são escassas. Este artigo descreve os aspectos epidemiológicos, clínicos e patológicos de 24 casos de doença gastroentérica associada com a infecção pelo CPV-2c em cães atendidos em clínicas veterinárias e submetidos ao diagnóstico laboratorial no Sul do Brasil (2014-2016). A maioria dos cães afetados apresentaram sinais e/ou lesões sugestivas de enterite por parvovírus: diarreia, vômitos, hiperemia e hemorragia na membrana serosa do intestino delgado, granulação segmentar difusa, atrofia das vilosidades, necrose e fusão de criptas, metaplasia escamosa e sincícios epiteliais. Alguns casos apresentaram características divergentes das apresentações clássicas, incluindo uma grande variação na cor das fezes (avermelhada e/ou amarelada, marrom-claro, marrom-alaranjada ou amarronzada), a participação dos adultos (4/24) e cães vacinados (12/24), um amplo envolvimento do intestino delgado (8/20), a presença de edema pulmonar (7/24) e convulsões (3/24). As fezes e fragmentos intestinais foram submetidos ao teste de PCR para o gene VP2 do CPV-2, e ao isolamento do vírus em cultura de células produziram resultados positivos em 100% e 58,3% (14/24) dos casos, respectivamente. O sequenciamento dos nucleótidos revelou uma alta identidade de nucleótidos na VP2 (99,4-100%) e uma mutação no aminoácido 426 (asparagina para ácido glutâmico), considerada uma assinatura de CPV-2c. Estes resultados confirmam o envolvimento do CPV-2c nos casos descritos e demonstra a importância da infecção pelo CPV-2c entre os cães do Brasil, chamando a atenção de veterinários para diagnosticar corretamente a doença, principalmente considerando-se as apresentações atípicas frequentes.(AU)

Epidemiological, clinical and pathological features of canine parvovirus 2c infection in dogs from southern Brazil / Aspectos epidemiológicos, clínicos e patológicos da infecção pelo parvovirus canino 2c em cães do Sul do Brasil

Canine parvovirus type 2c (CPV-2c) emerged in Europe in the early 2000's and rapidly spread out worldwide. Clinical and molecular data have demonstrated its circulation in Brazilian dogs, yet detailed descriptions of cases are still lacking. This article describes the epidemiological, clinical and pathological features of 24 cases of CPV-2c-associated disease in dogs submitted to veterinary clinics and laboratory diagnosis in southern Brazil (2014-2016). Most affected dogs presented signs/lesions suggestive of parvovirus enteritis: diarrhea, vomiting, hyperemia and hemorrhage of the serous membrane of the small intestine, diffuse segmental granulation, atrophy of the villi, necrosis and fusion of crypts, squamous metaplasia and epithelial syncytia. A number of cases presented features divergent from the classical presentations, including a wide variation in the color of feces (reddish and/or yellowish, light-brownish, orange-brown and brownish), involvement of adults (4/24) and vaccinated dogs (12/24), extensive involvement of the small intestine (8/20) and the presence of pulmonary edema (7/24) and convulsions (3/24). Feces and intestinal fragments submitted to PCR for the CPV-2 VP2 gene and to virus isolation in cell culture yielded positive results in 100% and 58.3% (14/24) of the cases, respectively. Nucleotide sequencing revealed a high nucleotide identity in VP2 (99.4 to 100%) and a consistent mutation at amino acid 426 (asparagine to glutamic acid), considered a signature of CPV-2c. These results confirm the involvement of CPV-2c in the described cases and demonstrate the importance of CPV-2c infection among Brazilian dogs, calling attention of veterinarians to correctly diagnose the disease, mainly considering the frequent atypical presentations.(AU)

O parvovírus canino tipo 2c (CPV-2c) surgiu na Europa no início do ano 2000 e rapidamente se espalhou pelas populações de cães ao redor do mundo. Dados clínicos e moleculares demonstraram a sua circulação em cães brasileiros, porém descrições detalhadas desses casos ainda são escassas. Este artigo descreve os aspectos epidemiológicos, clínicos e patológicos de 24 casos de doença gastroentérica associada com a infecção pelo CPV-2c em cães atendidos em clínicas veterinárias e submetidos ao diagnóstico laboratorial no Sul do Brasil (2014-2016). A maioria dos cães afetados apresentaram sinais e/ou lesões sugestivas de enterite por parvovírus: diarreia, vômitos, hiperemia e hemorragia na membrana serosa do intestino delgado, granulação segmentar difusa, atrofia das vilosidades, necrose e fusão de criptas, metaplasia escamosa e sincícios epiteliais. Alguns casos apresentaram características divergentes das apresentações clássicas, incluindo uma grande variação na cor das fezes (avermelhada e/ou amarelada, marrom-claro, marrom-alaranjada ou amarronzada), a participação dos adultos (4/24) e cães vacinados (12/24), um amplo envolvimento do intestino delgado (8/20), a presença de edema pulmonar (7/24) e convulsões (3/24). As fezes e fragmentos intestinais foram submetidos ao teste de PCR para o gene VP2 do CPV-2, e ao isolamento do vírus em cultura de células produziram resultados positivos em 100% e 58,3% (14/24) dos casos, respectivamente. O sequenciamento dos nucleótidos revelou uma alta identidade de nucleótidos na VP2 (99,4-100%) e uma mutação no aminoácido 426 (asparagina para ácido glutâmico), considerada uma assinatura de CPV-2c. Estes resultados confirmam o envolvimento do CPV-2c nos casos descritos e demonstra a importância da infecção pelo CPV-2c entre os cães do Brasil, chamando a atenção de veterinários para diagnosticar corretamente a doença, principalmente considerando-se as apresentações atípicas frequentes.(AU)

Epidemiological, clinical and pathological features of canine parvovirus 2c infection in dogs from southern Brazil

ABSTRACT: Canine parvovirus type 2c (CPV-2c) emerged in Europe in the early 2000s and rapidly spread out worldwide. Clinical and molecular data have demonstrated its circulation in Brazilian dogs, yet detailed descriptions of cases are still lacking. This article describes the epidemiological, clinical and pathological features of 24 cases of CPV-2c-associated disease in dogs submitted to veterinary clinics and laboratory diagnosis in southern Brazil (2014-2016). Most affected dogs presented signs/lesions suggestive of parvovirus enteritis: diarrhea, vomiting, hyperemia and hemorrhage of the serous membrane of the small intestine, diffuse segmental granulation, atrophy of the villi, necrosis and fusion of crypts, squamous metaplasia and epithelial syncytia. A number of cases presented features divergent from the classical presentations, including a wide variation in the color of feces (reddish and/or yellowish, light-brownish, orange-brown and brownish), involvement of adults (4/24) and vaccinated dogs (12/24), extensive involvement of the small intestine (8/20) and the presence of pulmonary edema (7/24) and convulsions (3/24). Feces and intestinal fragments submitted to PCR for the CPV-2 VP2 gene and to virus isolation in cell culture yielded positive results in 100% and 58.3% (14/24) of the cases, respectively. Nucleotide sequencing revealed a high nucleotide identity in VP2 (99.4 to 100%) and a consistent mutation at amino acid 426 (asparagine to glutamic acid), considered a signature of CPV-2c. These results confirm the involvement of CPV-2c in the described cases and demonstrate the importance of CPV-2c infection among Brazilian dogs, calling attention of veterinarians to correctly diagnose the disease, mainly considering the frequent atypical presentations.

RESUMO: O parvovírus canino tipo 2c (CPV-2c) surgiu na Europa no início do ano 2000 e rapidamente se espalhou pelas populações de cães ao redor do mundo. Dados clínicos e moleculares demonstraram a sua circulação em cães brasileiros, porém descrições detalhadas desses casos ainda são escassas. Este artigo descreve os aspectos epidemiológicos, clínicos e patológicos de 24 casos de doença gastroentérica associada com a infecção pelo CPV-2c em cães atendidos em clínicas veterinárias e submetidos ao diagnóstico laboratorial no Sul do Brasil (2014-2016). A maioria dos cães afetados apresentaram sinais e/ou lesões sugestivas de enterite por parvovírus: diarreia, vômitos, hiperemia e hemorragia na membrana serosa do intestino delgado, granulação segmentar difusa, atrofia das vilosidades, necrose e fusão de criptas, metaplasia escamosa e sincícios epiteliais. Alguns casos apresentaram características divergentes das apresentações clássicas, incluindo uma grande variação na cor das fezes (avermelhada e/ou amarelada, marrom-claro, marrom-alaranjada ou amarronzada), a participação dos adultos (4/24) e cães vacinados (12/24), um amplo envolvimento do intestino delgado (8/20), a presença de edema pulmonar (7/24) e convulsões (3/24). As fezes e fragmentos intestinais foram submetidos ao teste de PCR para o gene VP2 do CPV-2, e ao isolamento do vírus em cultura de células produziram resultados positivos em 100% e 58,3% (14/24) dos casos, respectivamente. O sequenciamento dos nucleótidos revelou uma alta identidade de nucleótidos na VP2 (99,4-100%) e uma mutação no aminoácido 426 (asparagina para ácido glutâmico), considerada uma assinatura de CPV-2c. Estes resultados confirmam o envolvimento do CPV-2c nos casos descritos e demonstra a importância da infecção pelo CPV-2c entre os cães do Brasil, chamando a atenção de veterinários para diagnosticar corretamente a doença, principalmente considerando-se as apresentações atípicas frequentes.

New variant of Creutzfeldt-Jakob (vCJD) disease and other human prion diseases under epidemiological surveillance in Brazil.

To increase the timeliness of detection of human cases of the new variant of Creutzfeldt-Jakob disease (vCJD) and to reduce the risk of transmission, the Brazilian Ministry of Health has established and standardized rules and control measures. These include the definition of criteria for suspect cases, reporting, monitoring, and control measures for illness prevention and transmission. Guidelines to be used by the team of health care staff were published and distributed to health workers. A detailed proposal for a simplified system of surveillance for prion diseases was developed and mandatory reporting introduced. Additional effort is necessary to increase vCJD case detection, thus making it necessary to establish a partnership with health care services for best identification of suspected cases and dissemination of information to all involved in the service dealing with vCJD investigation.

Com o objetivo de detectar de maneira oportuna casos humanos da nova variante da Doença de Creutzfeldt-Jakob (vDCJ) e de reduzir o risco de transmissão da doença, o Ministério da Saúde (MS) vem estabelecendo e padronizando normas e medidas de controle. Estas incluem critérios de suspeita diagnóstica, notificação, monitoramento e medidas de prevenção da doença e seus mecanismos de transmissão. Procedimentos a serem adotados pela área de assistência à saúde também foram produzidos e divulgados. Desenvolveu-se uma proposta detalhada do Sistema Simplificado de Vigilância Epidemiológica das Doenças Priônicas, estabelecendo a compulsoriedade de sua notificação. Muito esforço ainda será necessário para efetiva e rotineira captação da ocorrência de um caso suspeito de vDCJ, por isso faz-se necessário o estabelecimento de uma parceria com os profissionais da assistência por serem estes os que têm a capacidade de identificar suspeitos e remeter a informação a todos aqueles que devem conhecê-la.