RESUMO
Background: Since 2014, Brazil has gradually implemented the Xpert MTB/RIF (Xpert) test to enhance early tuberculosis (TB) and drug-resistant (DR-TB) detection and control, yet its nationwide impact remains underexplored. Our study conducts an intervention time-series analysis (ITSA) to evaluate how the Xpert's implementation has improved TB and DR-TB detection nationwide. Methods: 1,061,776 cases from Brazil's National TB Registry (2011-2022) were reviewed and ITSA (2011-2019) was used to gauge the impact of the Xpert's adoption on TB and DR-TB notification. Granger Causality and dynamic regression modelling determined if incorporating Xpert testing as an external regressor enhanced forecasting accuracy for Brazil's future TB trends. Findings: Xpert implementation resulted in a 9.7% increase in TB notification and substantial improvements in DR-TB (63.6%) and drug-susceptible TB (92.1%) detection compared to expected notifications if it had not been implemented. Xpert testing counts also presented a time-dependent relationship with DR-TB detection post-implementation, and improved predictions in forecasting models, which depicted a potential increase in TB and DR-TB detection in the next six years. Interpretation: This study underscores the critical role of Xpert's adoption in boosting TB and DR-TB detection in Brazil, reinforcing the case for its widespread use in disease control. Improvements in prediction accuracy resulting from integrating Xpert data are crucial for allocating resources and reducing the incidence of TB. By acknowledging Xpert's role in both disease control and improving predictions, we advocate for its expanded use and further research into advanced molecular diagnostics for effective TB and DR-TB control. Funding: FIOCRUZ.
RESUMO
Resumen: Introducción: En 2020 y 2021 la pandemia por COVID-19 tuvo repercusiones a nivel mundial. Los pacientes EPOC constituyen un grupo de riesgo para sufrir enfermedad grave por COVID-19. Las medidas sanitarias recomendadas por la OMS resultaron eficaces para disminuir tanto la propagación del SARS-CoV2 como la de otros virus respiratorios. Objetivo: Determinar las repercusiones de las medidas sanitarias tomadas para mitigar los efectos de la pandemia COVID-19 en una población de pacientes EPOC durante el año 2020. Metodología: Estudio observacional, analítico, longitudinal, retrospectivo de cohorte histórica. Incluyó a los 126 pacientes asistidos en la policlínica de EPOC entre el 13 de marzo de 2018 y el 12 de marzo de 2021. Se seleccionó una muestra por conveniencia que consideró a aquellos pacientes con diagnóstico espirométrico de EPOC, que se hubieran atendido al menos una vez en el período intra-pandemia (13/03/2020 - 12/03/2021) y que tuvieran al menos una consulta constatada en la historia clínica electrónica en el período pre-pandemia (13/03/2018 - 12/03/2020). Se obtuvieron datos mediante la revisión de historias clínicas y una encuesta telefónica. Resultados: 43 pacientes cumplieron los criterios de inclusión. La media de exacerbaciones por paciente pre-pandemia e intra-pandemia fue 2.14 y 1.53 respectivamente, existiendo una diferencia estadísticamente significativa (p=0.016). En ambos períodos predominó la causa infecciosa y las exacerbaciones leves. En el período intra-pandemia no hubo exacerbaciones severas. De los 36 pacientes encuestados, la gran mayoría cumplió con las medidas sanitarias recomendadas y se manifestó satisfecho con la atención telefónica recibida. Conclusiones: Las medidas sanitarias implementadas durante la pandemia por COVID-19 impresionan ser efectivas para disminuir las exacerbaciones de enfermedades crónicas como la EPOC debidas a la transmisión de patógenos respiratorios. La asistencia telefónica resulta una buena opción en términos de satisfacción asistencial.
Abstract: Introduction: In 2020 and 2021 the COVID-19 pandemic had worldwide consequences. COPD patients are at risk of suffering severe COVID-19 disease. The WHO´s public health recommended measures were successful in reducing the spread of both SARS-CoV2 and other respiratory viruses. Objective: To determine the consequences of the implementation of public health measures to mitigate the effects of the COVID-19 pandemic in a population of COPD patients assisted at Hospital Pasteur during 2020. Methodology: Observational, analytical, longitudinal, retrospective historic cohort study. It included the 126 patients assisted at Hospital Pasteur´s COPD clinic between March 13th 2018 and March 12th 2021. A sample was selected by convenience; it considered those patients with spirometric COPD diagnosis, assisted at least once in the intrapandemic period (13/03/2020 - 12/03/2021) and with at least one registered visit in the electronic medical record in the prepandemic period (13/03/2018 - 12/03/2020). Data was obtained by the revision of medical records and through a telephone survey. Results: 43 patients met the inclusion criteria. The mean of exacerbations per patient in the prepandemic and intrapandemic periods was 2.14 and 1.53 respectively, establishing a statistically significant difference (p=0.016). The infectious cause and mild exacerbations prevailed in both periods. In the intrapandemic period no severe exacerbations were registered. 36 patients answered the survey; the vast majority had complied with the public health recommended measures and were satisfied with the telephone assistance received. Conclusions: Public health measures implemented during the COVID-19 pandemic seem effective in reducing chronic diseases´ exacerbations produced by respiratory pathogens, like those due to COPD. Telephone assistance might be a good option where medical assistance satisfaction is concerned.
Resumo: Introdução: Em 2020 e 2021, a pandemia do COVID-19 teve repercussões globais. Os pacientes com DPOC constituem um grupo de risco para doença grave por COVID-19. As medidas de saúde recomendadas pela OMS foram eficazes na redução da propagação do SARS-CoV2 e de outros vírus respiratórios. Meta. Determinar as repercussões das medidas sanitárias adotadas para mitigar os efeitos da pandemia de COVID-19 em uma população de pacientes com DPOC durante o ano de 2020. Metodologia. Estudo observacional, analítico, longitudinal e retrospectivo de uma coorte histórica. incluiu todos os 126 pacientes atendidos na policlínica de DPOC entre 13 de março de 2018 e 12 de março de 2021. Foi selecionada uma amostra de conveniência que considerou aqueles pacientes com diagnóstico espirométrico de DPOC, que haviam sido atendidos pelo menos uma vez no período intra-pandemia (03/13 /2020 - 12/03/2021) e que teve pelo menos uma consulta verificada no prontuário eletrônico no período pré-pandemia (13/03/2018 - 12/03/2020). Os dados foram obtidos por meio de revisão de prontuários e inquérito telefônico. Resultados. 43 pacientes preencheram os critérios de inclusão. O número médio de exacerbações por paciente pré-pandêmico e intra-pandêmico foi de 2,14 e 1,53, respectivamente, com diferença estatisticamente significante (p=0,016). Em ambos os períodos, prevaleceu a causa infecciosa e as exacerbações leves. No período intrapandêmico não houve exacerbações graves. Dos 36 pacientes pesquisados, a grande maioria cumpriu as medidas de saúde preconizadas e manifestou satisfação com o atendimento telefônico recebido. Conclusões. As medidas de saúde implementadas durante a pandemia de COVID-19 parecem ser eficazes na redução das exacerbações de doenças crônicas, como a DPOC, devido à transmissão de patógenos respiratórios. O suporte telefônico é uma boa opção em termos de satisfação com o atendimento.
RESUMO
Resumen La detección de SARS-CoV-2 y su implicancia en el diagnóstico de COVID-19 han sido muy debatidas en la pandemia. El objetivo de este estudio fue evaluar el costo/beneficio de la detección de SARS-CoV-2 en contactos estrechos asintomáticos (CE) mediante el uso de distintas pruebas de diagnóstico molecular. Se estudiaron 51 CE de personas con diagnóstico de SARS-CoV-2 confirmado por RTqPCR, clasificadas por el umbral de ciclos (Ct) (<20, entre 20 y 30 y >30) en hospitales públicos de la provincia de Buenos Aires. Del total de contactos estudiados el 15,7% resultó confirmado para SARS-CoV-2; no hubo contactos positivos de casos con Ct>30. La cantidad de contactos positivos de casos con Ct<20 fue significativamente mayor que la de casos con Ct>20. Las muestras con Ct<20 se asociaron a una carga viral estimada de entre uno a cuatro órdenes de magnitud de diferencia con los rangos de Ct>20. Un 13,7% de contactos positivos fueron casos con Ct<20. De las muestras positivas confirmadas por PCR, correspondientes a la semana epidemiológica 1 de 2021 (SE1), sólo un 19,35% correspondían a muestras con Ct<20 y un 50,7% con Ct entre 20 y 30. Estos datos muestran un incremento de sólo un 3,7% de casos detectados. El esfuerzo por parte del sistema de salud pública para esta estrategia, con bajo poder predictivo, puede tener un efecto negativo para el cumplimiento del aislamiento de los contactos y podría generar una demora en los resultados de los casos sospechosos, sin aportar significativamente en el control de la pandemia.
Abstract The detection of SARS-CoV-2 and its implication in the diagnosis of COVID-19 have been highly debated in the pandemic. The objective of this study was to evaluate the cost/benefit of detecting SARS-CoV-2 in asymptomatic close contacts (CC) using different molecular diagnostic tests. A total of 51 CC of people with a diagnosis of SARS-CoV-2 confirmed by RTqPCR, classified by the cycle threshold (Ct) (<20, between 20 and 30 and >30), were studied in public hospitals in the Province of Buenos Aires. Of the total contacts studied, 15.7% were confirmed for SARS-CoV-2; there were no positive contacts of cases with Ct>30 positive. The number of positive contacts of cases with Ct<20 was significantly higher than that of cases with Ct>20. Samples with Ct<20 were associated with an estimated viral load of one to four orders of magnitude difference with Ct ranges >20. A total of 13.7% of positive close contacts were from cases with Ct<20. When studying positive samples with confirmed diagnosis by PCR, corresponding to 1 epidemiological week of 2021 (EW1), only 19.35% corresponded to samples with Ct<20 and 50.7% with Ct between 20 and 30. From these data it is shown that with the CC test only 3.7% of the cases were detected. The effort by the public health system for this strategy, with low predictive power, may have a negative effect on the fulfillment of the isolation of contacts and could generate a delay in the results of suspected cases, without contributing significantly to controlling the pandemic.
Resumo A detecção do SARS-CoV-2 e seu envolvimento no diagnóstico da COVID-19 têm sido muito discutidos durante a pandemia. O objetivo desse estudo foi avaliar a relação custo/benefício na detecção de SARSCoV- 2 em casos de contatos próximos assintomático (CP), por meio do uso de diferentes testes de diagnóstico molecular. Foram estudados 51 casos de CP de pessoas com diagnóstico de SARS-CoV-2 confirmado pelo RTqPCR, sendo classificados pelo limiar de ciclos (Ct) (<20, entre 20 e 30 e >30), em hospitais públicos da província de Buenos Aires. Do total de contatos estudados, 15,7% foram confirmados para SARS-CoV-2, não houve contatos positivos de casos com Ct>30. O número de contatos positivos de casos com Ct<20, foi significativamente maior que os casos com Ct>20. As amostras com Ct<20 foram associadas a uma carga viral estimada de uma a quatro ordens de magnitude de diferença com os intervalos de Ct>20. Dos casos positivos, 13,7% foram com Ct<20. Das amostras positivas confirmadas por PCR, correspondentes à semana epidemiológica 1 de 2021 (SE1), apenas 19,35% correspondiam a amostras com Ct>20 e 50,7% com Ct entre 20 e 30. Esses dados mostram incremento de apenas 3,7% de casos detectados. O esforço por parte do sistema de saúde pública para essa estratégia, com baixo poder preditivo, pode ter um efeito negativo no cumprimento do isolamento dos contatos e poderia gerar uma demora nos resultados dos casos suspeitos, sem contribuir significativamente para o controle da pandemia.