Population structure and phylogenetic relationships in Brassica rapa L. subspecies by using isozyme markers / Estrutura populacional e relações filogenéticas em subespécies de Brassica rapa L. utilizando marcadores isoenzimáticos

The present study aimed to assess population structure and phylogenetic relationships of nine subspecies of Brassica rapa L. represented with thirty-five accessions cover a wide range of species distribution area using isozyme analysis in order to select more diverse accessions as supplementary resources that can be utilized for improvement of B. napus. Enzyme analysis resulted in detecting 14 putative polymorphic loci with 27 alleles. Mean allele frequency 0.04 (rare alleles) was observed in Cat4A and Cat4B in sub species Oleifera accession CR 2204/79 and in subspecies trilocularis accessions CR 2215/88 and CR 2244/88. The highest genetic diversity measures were observed in subspecies dichotoma, accession CR 1585/96 (the highest average of observed (H0) and expected heterozygosity (He), and number of alleles per locus (Ae)). These observations make this accession valuable genetic resource to be included in breeding programs for the improvement of oilseed B. napus. The average fixation index (F) is significantly higher than zero for the analysis accessions indicating a significant deficiency of heteozygosity. The divergence among subspecies indicated very great genetic differentiation (FST = 0.8972) which means that about 90% of genetic diversity is distributed among subspecies, while 10% of the diversity is distributed within subspecies. This coincides with low value of gene flow (Nm = 0.0287). B. rapa ssp. oleifera (turnip rape) and B. rapa ssp. trilocularis (sarson) were grouped under one cluster which coincides with the morphological classification.(AU)

O presente estudo teve como objetivo avaliar a estrutura populacional e as relações filogenéticas de nove subespécies de Brassica rapa L. representadas com 35 acessos, cobrindo uma ampla gama de áreas de distribuição de espécies usando análise isoenzimática, a fim de selecionar acessos mais diversos como recursos suplementares que podem ser utilizados para melhoria de B. napus. A análise enzimática resultou na detecção de 14 loci polimórficos putativos com 27 alelos. A frequência média de 0,04 alelo (alelos raros) foi observada em Cat4A e Cat4B, nas subespécies Oleifera CR 2204/79 e nas subespécies trilocularis CR 2215/88 e CR 2244/88. As maiores medidas de diversidade genética foram observadas na subespécie dicotômica CR 1585/96 (a média mais alta observada (H0) e heterozigosidade esperada (He) e número de alelos por locus (Ae). Essas observações tornam esse acesso um valioso recurso genético a ser incluído em programas de melhoramento de oleaginosas B. napus. O índice médio de fixação (F) é significativamente maior que 0 para os acessos à análise, indicando uma deficiência significativa de heterozigose. A divergência entre as subespécies indicou uma grande diferenciação genética (FST = 0,8972), o que significa que cerca de 90% da diversidade genética é distribuída entre as subespécies, enquanto 10% da diversidade é distribuída nas subespécies. Isso coincide com o baixo valor do fluxo gênico (Nm = 0,0287). B. rapa ssp. oleifera (nabo) e B. rapa ssp. trilocularis (sarson) foram agrupados conforme a classificação morfológica.(AU)

Population structure and phylogenetic relationships in Brassica rapa L. subspecies by using isozyme markers / Estrutura populacional e relações filogenéticas em subespécies de Brassica rapa L. utilizando marcadores isoenzimáticos

Abstract The present study aimed to assess population structure and phylogenetic relationships of nine subspecies of Brassica rapa L. represented with thirty-five accessions cover a wide range of species distribution area using isozyme analysis in order to select more diverse accessions as supplementary resources that can be utilized for improvement of B. napus. Enzyme analysis resulted in detecting 14 putative polymorphic loci with 27 alleles. Mean allele frequency 0.04 (rare alleles) was observed in Cat4A and Cat4B in sub species Oleifera accession CR 2204/79 and in subspecies trilocularis accessions CR 2215/88 and CR 2244/88. The highest genetic diversity measures were observed in subspecies dichotoma, accession CR 1585/96 (the highest average of observed (H0) and expected heterozygosity (He), and number of alleles per locus (Ae)). These observations make this accession valuable genetic resource to be included in breeding programs for the improvement of oilseed B. napus. The average fixation index (F) is significantly higher than zero for the analysis accessions indicating a significant deficiency of heteozygosity. The divergence among subspecies indicated very great genetic differentiation (FST = 0.8972) which means that about 90% of genetic diversity is distributed among subspecies, while 10% of the diversity is distributed within subspecies. This coincides with low value of gene flow (Nm = 0.0287). B. rapa ssp. oleifera (turnip rape) and B. rapa ssp. trilocularis (sarson) were grouped under one cluster which coincides with the morphological classification.

Resumo O presente estudo teve como objetivo avaliar a estrutura populacional e as relações filogenéticas de nove subespécies de Brassica rapa L. representadas com 35 acessos, cobrindo uma ampla gama de áreas de distribuição de espécies usando análise isoenzimática, a fim de selecionar acessos mais diversos como recursos suplementares que podem ser utilizados para melhoria de B. napus. A análise enzimática resultou na detecção de 14 loci polimórficos putativos com 27 alelos. A frequência média de 0,04 alelo (alelos raros) foi observada em Cat4A e Cat4B, nas subespécies Oleifera CR 2204/79 e nas subespécies trilocularis CR 2215/88 e CR 2244/88. As maiores medidas de diversidade genética foram observadas na subespécie dicotômica CR 1585/96 (a média mais alta observada (H0) e heterozigosidade esperada (He) e número de alelos por locus (Ae). Essas observações tornam esse acesso um valioso recurso genético a ser incluído em programas de melhoramento de oleaginosas B. napus. O índice médio de fixação (F) é significativamente maior que 0 para os acessos à análise, indicando uma deficiência significativa de heterozigose. A divergência entre as subespécies indicou uma grande diferenciação genética (FST = 0,8972), o que significa que cerca de 90% da diversidade genética é distribuída entre as subespécies, enquanto 10% da diversidade é distribuída nas subespécies. Isso coincide com o baixo valor do fluxo gênico (Nm = 0,0287). B. rapa ssp. oleifera (nabo) e B. rapa ssp. trilocularis (sarson) foram agrupados conforme a classificação morfológica.

Diversity and antimicrobial resistance of Salmonellaentericaserovars in surface river water and sediment / Diversidade e resistência antimicrobiana de sorovares de Salmonella enterica em águas superficiais de rios e sedimentos

This study aimedto evaluate the contamination by Salmonellasp. in the Capinzal River, to determinethe prevalent serovars, patterns of antimicrobial resistance, and the genetic relationships between the serovars identified. A total of 108 samples were collected from 2016 to 2018. The isolation of Salmonellaspp. was conducted accordingto InternationalOrganization for Standardization (ISO) standards. The antimicrobial resistance profile of the Salmonella isolates was evaluated, and isolates were selected for serotyping and verification of genetic similarity using the Pulsed-FieldGel Electrophoresis (PFGE) Technique. Of the 108 samples collected, 35 (32.4%) were positive for Salmonella; 17.2% of the isolates were from the rural area; and 88.6% were from the urban area. Salmonellawas isolated from all collect points along the river, with a higher incidence at the beginning of the urban area, indicating that contamination starts in the rural area and intensifies in the urban area of the city. A percentageof 35.1% of the Salmonellaisolates were resistant to at least two antibiotics, while 18.9% were considered multidrug-resistant (resistant to at least two antibiotics of different classes). Seven serovars were distinguished from the serotyped isolates, with a prevalence rate of 23.5% for S.Infantis, S.Orion, and S. Javiana; 11.8% forS.Senfterberg, and 5.9% forS. Montevideo, S.Heidelberg, and S.entericasubsp. enterica(O: 6.8). The variability in specific restriction sites generated by PFGE resulted in 10 pulsotypes, separating mainly different serotypes.

O objetivo deste estudo foi avaliar a contaminação por Salmonellasp. no rio Capinzal, para determinar os sorovares prevalentes, padrões de resistência antimicrobiana e as relações genéticas entre os sorovaresidentificados. Um total de 108 amostras foram coletadas de 2016 a 2018. O isolamento de Salmonellaspp. foi conduzido de acordo com os padrões da International Organization for Standardization (ISO). O perfil de resistência antimicrobiana dos isolados de Salmonellafoi avaliado, e os isolados foram selecionados para sorotipagem e verificação de similaridade genética por meio da Técnica de Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (PFGE). Das 108 amostras coletadas, 35 (32,4%) foram positivaspara Salmonella; 17,2% dos isolados eram da área rural; e 88,6% da área urbana. Salmonellafoi isolada em todos os pontos de coleta ao longo do rio, com maior incidência no início da área urbana, indicando que a contaminação começa na área rural e se intensifica na área urbana da cidade. Um percentual de 35,1%dos isolados de Salmonellaforam resistentes a pelo menos dois antibióticos, enquanto 18,9% foram considerados multirresistentes (resistentes a pelo menos dois antibióticos de classes diferentes). Sete sorovares foram diferenciadosdos isolados sorotipados, com uma taxa de prevalência de 23,5% para S.Infantis,S.Orion e S.Javiana; 11,8% para S.Senfterberg e 5,9% para S.Montevidéu, S.Heidelberg e S.enterica subsp. enterica (O: 6,8). A variabilidade emlocais de restrição específicos gerados por PFGE resultou em 10 pulsotipos, separando principalmente diferentes sorotipos.

Diversity and antimicrobial resistance of Salmonellaentericaserovars in surface river water and sediment / Diversidade e resistência antimicrobiana de sorovares de Salmonella enterica em águas superficiais de rios e sedimentos

This study aimedto evaluate the contamination by Salmonellasp. in the Capinzal River, to determinethe prevalent serovars, patterns of antimicrobial resistance, and the genetic relationships between the serovars identified. A total of 108 samples were collected from 2016 to 2018. The isolation of Salmonellaspp. was conducted accordingto InternationalOrganization for Standardization (ISO) standards. The antimicrobial resistance profile of the Salmonella isolates was evaluated, and isolates were selected for serotyping and verification of genetic similarity using the Pulsed-FieldGel Electrophoresis (PFGE) Technique. Of the 108 samples collected, 35 (32.4%) were positive for Salmonella; 17.2% of the isolates were from the rural area; and 88.6% were from the urban area. Salmonellawas isolated from all collect points along the river, with a higher incidence at the beginning of the urban area, indicating that contamination starts in the rural area and intensifies in the urban area of the city. A percentageof 35.1% of the Salmonellaisolates were resistant to at least two antibiotics, while 18.9% were considered multidrug-resistant (resistant to at least two antibiotics of different classes). Seven serovars were distinguished from the serotyped isolates, with a prevalence rate of 23.5% for S.Infantis, S.Orion, and S. Javiana; 11.8% forS.Senfterberg, and 5.9% forS. Montevideo, S.Heidelberg, and S.entericasubsp. enterica(O: 6.8). The variability in specific restriction sites generated by PFGE resulted in 10 pulsotypes, separating mainly different serotypes.(AU)

O objetivo deste estudo foi avaliar a contaminação por Salmonellasp. no rio Capinzal, para determinar os sorovares prevalentes, padrões de resistência antimicrobiana e as relações genéticas entre os sorovaresidentificados. Um total de 108 amostras foram coletadas de 2016 a 2018. O isolamento de Salmonellaspp. foi conduzido de acordo com os padrões da International Organization for Standardization (ISO). O perfil de resistência antimicrobiana dos isolados de Salmonellafoi avaliado, e os isolados foram selecionados para sorotipagem e verificação de similaridade genética por meio da Técnica de Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (PFGE). Das 108 amostras coletadas, 35 (32,4%) foram positivaspara Salmonella; 17,2% dos isolados eram da área rural; e 88,6% da área urbana. Salmonellafoi isolada em todos os pontos de coleta ao longo do rio, com maior incidência no início da área urbana, indicando que a contaminação começa na área rural e se intensifica na área urbana da cidade. Um percentual de 35,1%dos isolados de Salmonellaforam resistentes a pelo menos dois antibióticos, enquanto 18,9% foram considerados multirresistentes (resistentes a pelo menos dois antibióticos de classes diferentes). Sete sorovares foram diferenciadosdos isolados sorotipados, com uma taxa de prevalência de 23,5% para S.Infantis,S.Orion e S.Javiana; 11,8% para S.Senfterberg e 5,9% para S.Montevidéu, S.Heidelberg e S.enterica subsp. enterica (O: 6,8). A variabilidade emlocais de restrição específicos gerados por PFGE resultou em 10 pulsotipos, separando principalmente diferentes sorotipos.(AU)

Population structure and phylogenetic relationships in Brassica rapa L. subspecies by using isozyme markers

Abstract The present study aimed to assess population structure and phylogenetic relationships of nine subspecies of Brassica rapa L. represented with thirty-five accessions cover a wide range of species distribution area using isozyme analysis in order to select more diverse accessions as supplementary resources that can be utilized for improvement of B. napus. Enzyme analysis resulted in detecting 14 putative polymorphic loci with 27 alleles. Mean allele frequency 0.04 (rare alleles) was observed in Cat4A and Cat4B in sub species Oleifera accession CR 2204/79 and in subspecies trilocularis accessions CR 2215/88 and CR 2244/88. The highest genetic diversity measures were observed in subspecies dichotoma, accession CR 1585/96 (the highest average of observed (H0) and expected heterozygosity (He), and number of alleles per locus (Ae)). These observations make this accession valuable genetic resource to be included in breeding programs for the improvement of oilseed B. napus. The average fixation index (F) is significantly higher than zero for the analysis accessions indicating a significant deficiency of heteozygosity. The divergence among subspecies indicated very great genetic differentiation (FST = 0.8972) which means that about 90% of genetic diversity is distributed among subspecies, while 10% of the diversity is distributed within subspecies. This coincides with low value of gene flow (Nm = 0.0287). B. rapa ssp. oleifera (turnip rape) and B. rapa ssp. trilocularis (sarson) were grouped under one cluster which coincides with the morphological classification.

Resumo O presente estudo teve como objetivo avaliar a estrutura populacional e as relações filogenéticas de nove subespécies de Brassica rapa L. representadas com 35 acessos, cobrindo uma ampla gama de áreas de distribuição de espécies usando análise isoenzimática, a fim de selecionar acessos mais diversos como recursos suplementares que podem ser utilizados para melhoria de B. napus. A análise enzimática resultou na detecção de 14 loci polimórficos putativos com 27 alelos. A frequência média de 0,04 alelo (alelos raros) foi observada em Cat4A e Cat4B, nas subespécies Oleifera CR 2204/79 e nas subespécies trilocularis CR 2215/88 e CR 2244/88. As maiores medidas de diversidade genética foram observadas na subespécie dicotômica CR 1585/96 (a média mais alta observada (H0) e heterozigosidade esperada (He) e número de alelos por locus (Ae). Essas observações tornam esse acesso um valioso recurso genético a ser incluído em programas de melhoramento de oleaginosas B. napus. O índice médio de fixação (F) é significativamente maior que 0 para os acessos à análise, indicando uma deficiência significativa de heterozigose. A divergência entre as subespécies indicou uma grande diferenciação genética (FST = 0,8972), o que significa que cerca de 90% da diversidade genética é distribuída entre as subespécies, enquanto 10% da diversidade é distribuída nas subespécies. Isso coincide com o baixo valor do fluxo gênico (Nm = 0,0287). B. rapa ssp. oleifera (nabo) e B. rapa ssp. trilocularis (sarson) foram agrupados conforme a classificação morfológica.

Population structure and phylogenetic relationships in Brassica rapa L. subspecies by using isozyme markers

Abstract The present study aimed to assess population structure and phylogenetic relationships of nine subspecies of Brassica rapa L. represented with thirty-five accessions cover a wide range of species distribution area using isozyme analysis in order to select more diverse accessions as supplementary resources that can be utilized for improvement of B. napus. Enzyme analysis resulted in detecting 14 putative polymorphic loci with 27 alleles. Mean allele frequency 0.04 (rare alleles) was observed in Cat4A and Cat4B in sub species Oleifera accession CR 2204/79 and in subspecies trilocularis accessions CR 2215/88 and CR 2244/88. The highest genetic diversity measures were observed in subspecies dichotoma, accession CR 1585/96 (the highest average of observed (H0) and expected heterozygosity (He), and number of alleles per locus (Ae)). These observations make this accession valuable genetic resource to be included in breeding programs for the improvement of oilseed B. napus. The average fixation index (F) is significantly higher than zero for the analysis accessions indicating a significant deficiency of heteozygosity. The divergence among subspecies indicated very great genetic differentiation (FST = 0.8972) which means that about 90% of genetic diversity is distributed among subspecies, while 10% of the diversity is distributed within subspecies. This coincides with low value of gene flow (Nm = 0.0287). B. rapa ssp. oleifera (turnip rape) and B. rapa ssp. trilocularis (sarson) were grouped under one cluster which coincides with the morphological classification.

Resumo O presente estudo teve como objetivo avaliar a estrutura populacional e as relações filogenéticas de nove subespécies de Brassica rapa L. representadas com 35 acessos, cobrindo uma ampla gama de áreas de distribuição de espécies usando análise isoenzimática, a fim de selecionar acessos mais diversos como recursos suplementares que podem ser utilizados para melhoria de B. napus. A análise enzimática resultou na detecção de 14 loci polimórficos putativos com 27 alelos. A frequência média de 0,04 alelo (alelos raros) foi observada em Cat4A e Cat4B, nas subespécies Oleifera CR 2204/79 e nas subespécies trilocularis CR 2215/88 e CR 2244/88. As maiores medidas de diversidade genética foram observadas na subespécie dicotômica CR 1585/96 (a média mais alta observada (H0) e heterozigosidade esperada (He) e número de alelos por locus (Ae). Essas observações tornam esse acesso um valioso recurso genético a ser incluído em programas de melhoramento de oleaginosas B. napus. O índice médio de fixação (F) é significativamente maior que 0 para os acessos à análise, indicando uma deficiência significativa de heterozigose. A divergência entre as subespécies indicou uma grande diferenciação genética (FST = 0,8972), o que significa que cerca de 90% da diversidade genética é distribuída entre as subespécies, enquanto 10% da diversidade é distribuída nas subespécies. Isso coincide com o baixo valor do fluxo gênico (Nm = 0,0287). B. rapa ssp. oleifera (nabo) e B. rapa ssp. trilocularis (sarson) foram agrupados conforme a classificação morfológica.