A new cryptic species of terrestrial breeding frog of the Pristimantisdanae Group (Anura, Strabomantidae) from montane forests in Ayacucho, Peru.

Based on morphological and molecular characters, we describe a new species of terrestrial breeding frog of the Pristimantisdanae Group from montane forests of La Mar Province, Ayacucho Department in southern Peru, at elevations from 1200 to 2000 m a.s.l. The phylogenetic analysis, based on concatenated sequences of gene fragments of 16S rRNA, RAG1, COI and TYR suggests that the new species is a sister taxon of a clade that includes one undescribed species of Pristimantis from Cusco, Pristimantispharangobates and Pristimantisrhabdolaemus. The new species is most similar to P.rhabdolaemus, which differs by lacking scapular tubercules and by its smaller size (17.0-18.6 mm in males [n = 5], 20.8-25.2 mm in females [n = 5] in the new species vs. 22.8-26.3 mm in males [n = 19], 26.0-31.9 mm in females [n = 30] of P.rhabdolaemus). Additionally, we report the prevalence of Batrachochytriumdendrobatidis (Bd) in this species.

ResumenDescribimos una nueva especie de rana terrestre de desarrollo directo del grupo Pristimantisdanae de bosques montanos procedentes de la provincia de La Mar, departamento de Ayacucho al sur de Perú con rango de distribución altitudinal entre los 1200­2000 msnm, en base a caracteres morfológicos y moleculares. El análisis filogenético basado en las secuencias concatenadas de los fragmentos de genes ARNr 16S, COI, RAG1 y TYR sugiere que la nueva especie es un taxón hermano del clado que incluye a una especie de Pristimantis no descrita de Cusco, Pristimantispharangobates y Pristimantisrhabdolaemus. La nueva especie se asemeja más a P.rhabdolaemus; de la cual difiere por la ausencia de tubérculos escapulares y su menor tamaño corporal (17.0­18.6 mm en machos [n=5], 20.8­25.2 mm en hembras [n=5] en la nueva especie vs 22.8­26.3 mm en machos [n=19], 26.0­31.9 mm en hembras [n=30] de P.rhabdolaemus). Adicionalmente, reportamos la prevalencia de Batrachochytriumdendrobatidis (Bd) en esta especie de Terrarana.

Aspergillosis by cryptic Aspergillus species: A case series and review of the literature.

BACKGROUND: The cryptic Aspegillus species are rare, these microorganisms are usually more resistant to common antifungal therapies. Therefore, a correct identification is important when evaluating the impact of such species in aspergillosis. AIMS: We aimed to describe the frequency, clinical and microbiological characteristics, and the outcomes of those cases of aspergillosis caused by cryptic species in a tertiary hospital. METHODS: We retrospectively identified all microbiologically documented cases of aspergillosis between January 2013 and December 2018. Definitive species identification of clinically significant isolates was achieved via sequencing methods. The polymerase chain reaction (PCR) products were sequenced, and the results obtained were compared to sequences deposited in GenBank. Antifungal susceptibility testing was performed using the Sensititre® YeastOne® panel. RESULTS: A total of 679 Aspergillus isolates were recovered from 489 patients, of which 109 were clinically relevant. Ten (9.2%) isolates were identified as cryptic species: Aspergillus arcoverdensis (2), Aspergillus lentulus (2), Aspergillus ellipticus (2), Aspergillus alliaceus (1), Aspergillus nomius (1), Aspergillus tubingensis (1) and Aspergillus montevidensis (1). Most patients already suffered some type of immunosuppression. Half of these patients had required intensive care before the infection showed up, and most of them had a pulmonary infection. Mortality at the 100-day follow-up was 40%. Antifungal susceptibility testing was performed on three of the isolates (A. arcoverdensis, A. tubingensis and A. nomius), which showed high minimum inhibitory concentrations (MIC) for azoles and amphotericin B. CONCLUSIONS: The frequency of cryptic species in our centre was 9.2%. Most patients had some degree of immunosuppression, and the mortality rate was 40%.

Aspergillosis by cryptic Aspergillus species: A case series and review of the literature

Background:The cryptic Aspegillus species are rare, these microorganisms are usually more resistant to common antifungal therapies. Therefore, a correct identification is important when evaluating the impact of such species in aspergillosis.Aims:We aimed to describe the frequency, clinical and microbiological characteristics, and the outcomes of those cases of aspergillosis caused by cryptic species in a tertiary hospital.Methods:We retrospectively identified all microbiologically documented cases of aspergillosis between January 2013 and December 2018. Definitive species identification of clinically significant isolates was achieved via sequencing methods. The polymerase chain reaction (PCR) products were sequenced, and the results obtained were compared to sequences deposited in GenBank. Antifungal susceptibility testing was performed using the Sensititre® YeastOne® panel.Results:A total of 679 Aspergillus isolates were recovered from 489 patients, of which 109 were clinically relevant. Ten (9.2%) isolates were identified as cryptic species: Aspergillus arcoverdensis (2), Aspergillus lentulus (2), Aspergillus ellipticus (2), Aspergillus alliaceus (1), Aspergillus nomius (1), Aspergillus tubingensis (1) and Aspergillus montevidensis (1). Most patients already suffered some type of immunosuppression. Half of these patients had required intensive care before the infection showed up, and most of them had a pulmonary infection. Mortality at the 100-day follow-up was 40%. Antifungal susceptibility testing was performed on three of the isolates (A. arcoverdensis, A. tubingensis and A. nomius), which showed high minimum inhibitory concentrations (MIC) for azoles and amphotericin B.Conclusions:The frequency of cryptic species in our centre was 9.2%. Most patients had some degree of immunosuppression, and the mortality rate was 40%. (AU)

Antecedentes:Las especies crípticas dentro del género Aspergillus son poco habituales, pero suelen mostrar una mayor resistencia al tratamiento antifúngico convencional. Por tanto, una correcta identificación de la especie es necesaria para evaluar el impacto de estas especies crípticas en el desarrollo de la aspergilosis.Objetivos:El objetivo de este estudio fue describir las características clínicas, epidemiológicas y microbiológicas, así como la evolución clínica, de los casos de aspergilosis por especies crípticas en un hospital de tercer nivel.Métodos:Se analizaron de forma retrospectiva todos los casos documentados de aspergilosis con identificación microbiológica entre enero de 2013 y diciembre de 2018. La identificación definitiva de los aislamientos clínicos se realizó mediante métodos de secuenciación. Los productos de amplificación obtenidos por la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) fueron secuenciados, y los resultados se analizaron utilizando la base de datos del GenBank. Para el análisis de susceptibilidad a los antifúngicos de los aislamientos identificados se utilizó el panel Sensititre® YeastOne®.Resultados:Se identificaron un total de 679 aislamientos de Aspergillus de 489 pacientes, de los cuales un total de 109 eran clínicamente relevantes. Diez (9,2%) de los aislamientos correspondían a especies crípticas: Aspergillus arcoverdensis (2), Aspergillus lentulus (2), Aspergillus ellipticus (2), Aspergillus alliaceus (1), Aspergillus nomius (1), Aspergillus tubingensis (1) y Aspergillus montevidensis (1). La mayoría de los pacientes tenían algún tipo de inmunosupresión previa. La mitad de estos pacientes habían requerido de cuidados intensivos antes de la infección, y la mayoría sufría una infección pulmonar. La mortalidad a los 100 días de seguimiento fue del 40%. (AU)

Identification of the taxonomic status of Scinax nebulosus and Scinax constrictus (Scinaxinae, Anura) based on molecular markers / Identificação do status taxonômico de Scinax nebulosus e Scinax constrictus (Scinaxinae, Anura), baseado em marcadores moleculares

Abstract The validation of many anuran species is based on a strictly descriptive, morphological analysis of a small number of specimens with a limited geographic distribution. The Scinax Wagler, 1830 genus is a controversial group with many doubtful taxa and taxonomic uncertainties, due a high number of cryptic species. One example is the pair of species Scinax constrictus and Scinax nebulosus, which share a similar morphology. Scinax constrictus is restricted to the Brazilian Cerrado savanna, while S. nebulosus is widely distributed throughout northern South America. Despite the validation of many anuran species, discriminations based only on morphological traits is quite difficult due to the high conservative morphology of some groups. In this context, the present study uses mitochondrial and nuclear genes to provide a more consistent diagnosis and test the validity of S. constrictus as a distinct species from S. nebulosus, as well as evaluate the position of these taxa within the Scinax genus. The topologies obtained herein uphold the monophyletic status of Scinax based on all molecular markers assessed in this study, in all analytical approaches, with high levels of statistical support.

Resumo A validação de muitas espécies de anuros é baseada em uma análise morfológica e descritiva de um pequeno número de espécimes com uma distribuição geográfica limitada. O gênero Scinax Wagler, 1830 é um grupo controverso com muitos táxons duvidosos e incertezas taxonômicas devido ao grande número de espécies crípticas. Um exemplo são as espécies, Scinax constrictus e Scinax nebulosus, que compartilham uma morfologia similar. Scinax constrictus é restrito à savana do Cerrado brasileiro, enquanto S. nebulosus é amplamente distribuído pelo norte da América do Sul. Apesar da validação de muitas espécies de anuros, a discriminação baseada apenas em características morfológicas é bastante difícil, devido à alta morfologia conservadora de alguns grupos. Neste contexto, o presente estudo utiliza genes mitocondriais e nucleares para fornecer um diagnóstico mais consistente e para testar a validade de S. constrictus como uma espécie distinta de S. nebulosus, bem como avaliar a posição destes táxons dentro do gênero Scinax. As topologias obtidas confirmaram o status monofilético de Scinax com base em todos os marcadores moleculares, em todas as abordagens analíticas, com altos níveis de suporte estatístico.

Molecular species delimitation of the genera Anodus, Argonectes, Bivibranchia and Micromischodus (Ostariophysi: Characiformes)

ABSTRACT A good taxonomic assessment of specimens is an essential task to many biological studies and DNA data have provided additional sources of information to assist in the disentanglement of taxonomic problems among living organisms, as has been the case of some taxa of the megadiverse Neotropical ichthyofauna. Here we assessed all valid species in the Neotropical freshwater fish genera Anodus, Argonectes, Bivibranchia and Micromischodus of the family Hemiodontidae to establish molecular species boundaries among them. All species delimitation methods defined exactly only one MOTU for Anodus elongatus, Argonectes longiceps, A. robertsi, Bivibranchia bimaculata, B. notata, B. velox, and Micromischodus sugillatus, resulting in total congruence between nominal species and MOTUs for these seven taxa. The three species having discordant results across analyses: Anodus orinocensis, Bivibranchia fowleri, and Bivibranchia simulata, matched more than one MOTU per species in some methods, meaning that cryptic diversity may exist within these taxa. Overall, this great correspondence among morphological and molecular boundaries for thae species analysed seem to be indicative of a reasonably stable taxonomy within these Hemiodontidae genera.

RESUMO Uma avaliação taxonômica adequada dos espécimes é uma tarefa essencial para muitos estudos biológicos, e os dados de DNA têm fornecido fontes adicionais de informações para auxiliar no desemaranhamento de muitos grupos taxonômicos, como tem sido o caso de alguns táxons da megadiversa ictiofauna Neotropical. Aqui examinamos todas as espécies válidas dos gêneros de peixes Neotropicais de água doce Anodus, Argonectes, Bivibranchia e Micromischodus (família Hemiodontidae) para estabelecer limites moleculares entre elas. Todos os métodos de delimitação definiram exatamente apenas uma MOTU para Anodus elongatus, Argonectes longiceps, A. robertsi, Bivibranchia bimaculata, B. notata, B. velox e Micromischodus sugillatus, resultando em congruência total entre espécies nominais e MOTUs para estes sete táxons. As três espécies com resultados divergentes entre as análises, a saber, Anodus orinocensis, Bivibranchia fowleri e Bivibranchia simulata, corresponderam a mais de um MOTU por espécie em alguns métodos, mostrando que pode existir uma diversidade críptica dentro desses taxa. No geral, esta grande correspondência entre os limites morfológicos e moleculares para as espécies analisadas parece indicar uma taxonomia relativamente estável para esses gêneros de Hemiodontidae.

A new species of Rain Frog (Brevicipitidae, Breviceps) endemic to Angola.

Recent molecular phylogenetic work has found that Breviceps Merrem, 1820 comprises two major clades, one of which, the B. mossambicus group, is widely distributed across southern sub-Saharan Africa. This group is notable for harboring abundant cryptic diversity. Of the four most recently described Breviceps species, three are members of this group, and at least five additional lineages await formal description. Although Breviceps has long been known to occur in Angola, no contemporary material has been collected until recently. The three most widespread taxa, B. adspersus, B. mossambicus, and B. poweri, may all occur in Angola, but accurate species assignment remains challenging given the rampant morphological similarity between these taxa, and, until recently, the lack of genetic resources. Phylogenetic, morphological, and acoustic analyses of recently collected samples from disparate localities within Angola provide evidence for an undescribed species that is sister to B. poweri. The new species can be diagnosed from its sister taxon by lacking pale spots along the flanks, a pale patch above the vent, and a short, dark band below the nares (all present in B. poweri). Additionally, the male advertisement call differs from the three other Breviceps that might occur in Angola in having both a longer interval between consecutive calls and a higher average dominant frequency. We here describe this lineage as a distinct species, currently only known from Angola, and discuss the presence of other Breviceps taxa within Angola.

ResumoInvestigações moleculares recentes revelaram que o género Breviceps Merrem, 1820, é composto por duas linhagens principais, uma das quais, o grupo B. mossambicus, é amplamente distribuído na região sul da África subsaariana. Este grupo é notável por albergar uma abundante diversidade críptica. Das quatro espécies de Breviceps recentemente descritas, três pertencem a este grupo, e pelo menos outras cinco linhagens adicionais aguardam a sua descrição formal. Apesar de o género ser conhecido de Angola desde há muito tempo, só muito recentemente foram colhidos novos espécimes. Os três taxa mais amplamente distribuídos, B. adspersus, B. mossambicus e B. poweri podem todos, porventura, ocorrer em Angola, no entanto a correta identificação destas espécies têm sido problemática devido às semelhanças morfológicas extremas entre este taxa, e, até muito recente, a completa ausência de material genético. Análises filogenéticas, morfológicas e acústicas dos espécimes recentemente colhidos em diferentes locais de Angola apontam para a existência de uma espécie nova para a ciência, irmã de B. poweri. A nova espécie pode ser diferenciada do seu táxon irmão pela falta de marcas pálidas nos flancos, mancha pálida acima do ventre e pequena banda negra abaixo do nariz (presentes em B. poweri). Para além destas características, o chamamento dos machos difere das outras três espécies de Breviceps que podem ocorrer em Angola por ter um maior intervalo entre chamamentos consecutivos e uma maior frequência média dominante. Descrevemos aqui esta linhagem como uma espécie distinta, atualmente apenas conhecida de Angola, e discutimos a presença de outras espécies de Breviceps em Angola.

How oogenesis analysis combined with DNA barcode can help to elucidate taxonomic ambiguities: a polychaete study-based approach / Como análises de oogênese combinadas com DNA barcode podem elucidar ambiguidades taxonômicas: uma abordagem baseada em estudos com poliquetas

Abstract: Polychaetes are common in coastal and estuarine environments worldwide and constitute one of the most complex groups of marine invertebrates. The morpho-physiology of the female reproductive system (FRS) can be understood by using histological tools to describe reproductive cycle and gametogenesis paths and, among other purposes, aiming to identify and differentiate polychaete species. However, this histology-based approach is rarely combined with molecular tools, which is known to accurately delimitate species. In the same way, the description and understanding of oogenesis and vitellogenesis paths within polychaetes are lacking for most families, narrowing the range of its utility. Therefore, the present study aims to describe the oogenesis in three polychaete species common and abundant on the South American Atlantic coast (Laeonereis culveri, Scolelepis goodbodyi and Capitella biota) and investigate the utility of reproductive features and gametogenesis as a relevant associate knowledge to discriminate species, particularly useful for putative cryptic species, integrated with morphological and molecular data. In a first attempt, the results obtained herein allow the authors to describe two new subtypes of oogenesis, dividing it in extraovarian oogenesis type I and II and intraovarian type I and II. The results also demonstrate that the following histological characters of the FRS can be relevant for the separation of related species: a) oogenesis type, b) occurrence or absence of a true ovary, c) ovary tissue organization, d) type of accessory cells present, and e) oocyte morphology. Additionally, these histological features of FRS, when compared with correlated species studied under this scope, converge with the genetic data. The analysis of cytochrome oxidase I (COI) barcode sequences differentiates between North and South American Atlantic populations of L. culveri (16.78% genetic distance), while in S. goodbodyi and C. biota it discriminates them from their congeneric species. These results highlight the importance of multi-tool approach and shows that both FRS histology and histo-physiology, and DNA barcoding can be used to identify and discriminate cryptic species, which is usually not possible when using morphological characters. Besides, these characters may also be useful in differentiating related species, and/or geographically distinct populations among polychaetes.

Resumo: Os poliquetas são comuns em ambientes costeiros e estuarinos em todo o mundo e constituem um dos grupos mais complexos de invertebrados marinhos. A morfo-fisiologia do sistema reprodutor feminino (FRS) pode ser compreendida por meio de ferramentas histológicas para identificar e diferenciar estes anelídeos. No entanto, essa abordagem histológica raramente é combinada com ferramentas moleculares, amplamente conhecidas por delimitar espécies congenéricas ou crípticas com maior precisão. Do mesmo modo, a descrição e o entendimento da oogênese e vitelogênese dentre os poliquetas, para a maioria das famílias, é ainda limitado. Portanto, o presente estudo tem como objetivo descrever a oogênese em três espécies de poliquetas comuns e abundantes na costa sul-americana (Laeonereis culveri, Scolelepis goodbodyi e Capitella biota) e investigar a utilidade das características reprodutivas e da gametogênese como um conhecimento associado relevante para discriminar espécies, particularmente útil para espécies crípticas putativas, integradas a dados morfológicos e moleculares. Os resultados aqui obtidos permitiram descrever dois novos subtipos de oogênese, dividindo-a em oogênese extra-ovariana dos tipos I e II e intra-ovariana dos tipos I e II. Os resultados também demonstram que os seguintes caracteres histológicos do FRS podem ser relevantes para a separação de espécies relacionadas: a) tipo de oogênese, b) presença ou ausência de um ovário verdadeiro, c) organização tissular ovariana, d) tipo de células acessórias presentes e, e) morfologia do ovócito. Além disso, essas características histológicas do FRS, quando comparadas às espécies correlatas estudadas sob esse escopo, convergem com os dados genéticos separando espécies putativas e congenéricas. As análises com DNA barcode demonstraram que em L. culveri é possível diferenciar as populações atlânticas Norte e Sul-americanas (16,78% de distância genética), enquanto para S. goodbodyi e C. biota fica evidente sua distinção com espécies congenéricas. Esses resultados destacam a importância da abordagem com múltiplas ferramentas e mostram que tanto a histologia quanto a histo-fisiologia do FRS e o DNA barcode podem ser usados para identificar e discriminar espécies crípticas e potencialmente crípticas, o que geralmente não é possível quando se utilizam apenas caracteres morfológicos. Além disso, esses caracteres também podem ser úteis na diferenciação de espécies relacionadas e / ou populações geograficamente distintas desses poliquetas.

Morphological and molecular differences between the Amphiamerican populations of Antillesoma (Sipuncula: Antillesomatidae), with the description of a new species

Introduction: The sipunculans are a group of marine invertebrates that have been little studied in the tropical eastern Pacific (TEP). Antillesoma antillarum is a species belonging to the monospecific family Antillesomatidae, considered widely distributed in tropical and subtropical localities across the globe. Objective: The main objective of this work was to examine the morphological and molecular differences between specimens from both coasts of tropical America to clarify the taxonomy of this species. Methods: We examined the morphology with material from the Mexican Caribbean and southern Mexican Pacific. To perform molecular analyses, two sequences of the COI molecular marker were obtained from specimens collected in Panteón Beach, Oaxaca, southern Mexican Pacific, and compared with four sequences identified as A. antillarum in GenBank, all of them from different localities. A phylogenetic reconstruction was performed with the maximum likelihood method and genetic distances were calculated with the Kimura 2P model and compared to reference values. Results: The phylogenetic analysis revealed three different lineages of Antillesoma that are well supported by bootstrap values: Antillesoma antillarum sensu stricto from the Caribbean Sea and Florida; a sister group to the one represented by our samples from the Mexican Pacific; and a third group from Thailand. Conclusion: Based on morphological traits and molecular data, Antillesoma mexicanum sp. nov. is described from the Mexican Pacific, differing from A. antillarum in the trunk papillae, color patterns and, additionally, the specimens from the Caribbean attain significantly bigger trunk sizes than the ones Pacific.

Introducción: Los sipúnculos son un grupo de gusanos marinos sin segmentación poco estudiados en el Pacífico oriental tropical (POT). Antillesoma antillarum es una especie perteneciente a la familia monoespecífica Antillesomatidae la cual se consideraba que se distribuía ampliamente en distintas localidades tropicales y subtropicales del mundo. Objetivo: El objetivo principal del trabajo fue examinar las diferencias morfológicas y moleculares entre ejemplares de ambas costas de América. Métodos: Para el análisis morfológico se revisó material del Caribe mexicano y del Pacífico sur de México. Para los análisis moleculares se obtuvieron secuencias del marcador mitocondrial COI de ejemplares de A. mexicanum sp. nov. de la playa de Panteón en Puerto Ángel, Oaxaca del Pacífico sur de México; también se incluyeron cuatro secuencias de GenBank de A. antillarum de diferentes localidades para la comparación filogenética con el método de Máxima Verosimilitud. Se calcularon las distancias genéticas con el modelo Kimura 2P y fueron comparadas con valores de referencia. Resultados: El análisis filogenético evidenció tres linajes diferentes: Antillesoma antillarum sensu stricto del Mar Caribe y Florida, el grupo hermano representado por nuestra recolecta en el Pacífico mexicano y un tercer grupo de Tailandia. Conclusión: Basados en datos morfológicos y moleculares, Antillesoma mexicanum sp. nov. fue descrita para el Pacífico mexicano, que difiere de A. antillarum en las papilas del tronco, el patrón de coloración y, adicionalmente, los ejemplares del Caribe fueron significativamente más grandes que los del Pacífico mexicano.

Prevalence and in vitro antifungal susceptibility of cryptic species of the genus Aspergillus isolated in clinical samples.

INTRODUCTION: The genus Aspergillus contains more than 300 species, which are divided into closely related groups called sections. Molecular studies have revealed numerous cryptic species within different sections of this genus, which have different profiles of antifungal susceptibility and lack diagnostic morphological features. However, there are few studies on the prevalence and in vitro antifungal susceptibility of the cryptic species of this genus. The aim of this study was to investigate the distribution of Aspergillus spp. among clinical samples, and to study their in vitro susceptibility to different antifungal drugs. METHOD: Over a period of 2-years (2014-2015), a total of 379 strains of the genus Aspergillus were isolated. Most of the isolates were classified as respiratory colonizations; no cases of invasive aspergillosis were found. The strains were identified by MALDI-TOF mass spectrometry, and susceptibility testing was performed by the EUCAST reference procedure. RESULTS: Twenty species belonging to 8 sections were identified, being A. fumigatus the most prevalent (44.1%). The prevalence of cryptic species was 15.3%, with a clear predominance of A. tubingensis. Among the tested antifungal drugs, amphotericin B was the less active in vitro, followed by triazole drugs and echinocandins. The cryptic species had minimun inhibitory concentrations (MICs) higher than the corresponding type species. CONCLUSIONS: Accurate identification of the genus Aspergillus at the species level and in vitro antifungal susceptibility testing are necessary because, as it has been shown, some species of this genus may show resistance profiles against available antifungal drugs.

Comparative cytogenetics of Astyanax (Teleostei: Characidae) from the upper Paraguay basin

Astyanax is one of the most abundant and diverse taxa of fishes in the Neotropical region. In order to increase the amount of cytogenetic information for Astyanax as well as to exhibit data to subsidize future taxonomic studies, this work analyzed three species of Astyanax: two species are cryptic, and are here reported to live in syntopy (A. abramis and A. lacustris); the first karyotype description for A. pirapuan is also presented. Cytogenetic analyzes reveal a diploid number of 2n=50 chromosomes for three species, yet with differences in their karyotype morphology. The physical mapping of 18S rDNA showed up to thirteen sites in A. pirapuan and two in A. abramis and A. lacustris. The physical mapping of 5S rDNA has proven to be an effective marker for the characterization of species of Astyanax studied in this work.(AU)

Astyanax é um dos táxons mais representados e diversos na região Neotropical. Com o intuito de aumentar as informações citogenéticas para Astyanax e apresentar dados que possam subsidiar estudos taxonômicos futuros, este trabalho traz uma análise citogenética de três espécies de Astyanax: duas espécies consideradas crípticas, aqui reportadas em sintopia (A. abramis e A. lacustris) e a primeira descrição cariotípica de A. pirapuan. As análises citogenéticas revelaram 2n=50 cromossomos para as três espécies, com diferença na morfologia cariotípica de cada uma. Foram observados apenas dois sítios de rDNA 18S em A. abramis e A. lacustris e até 13 para A. pirapuan. O mapeamento físico do rDNA 5S se mostrou como um marcador efetivo para a caracterização das espécies de Astyanax abordadas neste estudo.(AU)

Identification of the taxonomic status of Scinax nebulosus and Scinax constrictus (Scinaxinae, Anura) based on molecular markers

Abstract The validation of many anuran species is based on a strictly descriptive, morphological analysis of a small number of specimens with a limited geographic distribution. The Scinax Wagler, 1830 genus is a controversial group with many doubtful taxa and taxonomic uncertainties, due a high number of cryptic species. One example is the pair of species Scinax constrictus and Scinax nebulosus, which share a similar morphology. Scinax constrictus is restricted to the Brazilian Cerrado savanna, while S. nebulosus is widely distributed throughout northern South America. Despite the validation of many anuran species, discriminations based only on morphological traits is quite difficult due to the high conservative morphology of some groups. In this context, the present study uses mitochondrial and nuclear genes to provide a more consistent diagnosis and test the validity of S. constrictus as a distinct species from S. nebulosus, as well as evaluate the position of these taxa within the Scinax genus. The topologies obtained herein uphold the monophyletic status of Scinax based on all molecular markers assessed in this study, in all analytical approaches, with high levels of statistical support.

Resumo A validação de muitas espécies de anuros é baseada em uma análise morfológica e descritiva de um pequeno número de espécimes com uma distribuição geográfica limitada. O gênero Scinax Wagler, 1830 é um grupo controverso com muitos táxons duvidosos e incertezas taxonômicas devido ao grande número de espécies crípticas. Um exemplo são as espécies, Scinax constrictus e Scinax nebulosus, que compartilham uma morfologia similar. Scinax constrictus é restrito à savana do Cerrado brasileiro, enquanto S. nebulosus é amplamente distribuído pelo norte da América do Sul. Apesar da validação de muitas espécies de anuros, a discriminação baseada apenas em características morfológicas é bastante difícil, devido à alta morfologia conservadora de alguns grupos. Neste contexto, o presente estudo utiliza genes mitocondriais e nucleares para fornecer um diagnóstico mais consistente e para testar a validade de S. constrictus como uma espécie distinta de S. nebulosus, bem como avaliar a posição destes táxons dentro do gênero Scinax. As topologias obtidas confirmaram o status monofilético de Scinax com base em todos os marcadores moleculares, em todas as abordagens analíticas, com altos níveis de suporte estatístico.

The genital atrium armature of some Brazilian sand fly females (Diptera: Phlebotominae) / Armadura do átrio genital de algumas fêmeas de flebotomíneos brasileiros (Diptera: Phlebotominae)

Phlebotomine sand flies are insects of medical importance. Species in the Neotropical region are highly diverse. Some of these species are considered cryptic species because of their morphological similarity between adult females of different species make identification especially difficult. The aim of this study was to analyze and describe the armature in the genital atrium (AGA) of some adult female sand flies, in order to discover new taxonomic characters that make it possible to distinguish between species that would otherwise be treated as cryptic by analysis of the AGA. The AGA of 16 Phlebotomine sand fly species are described. Distinct differences were found in relation to the shape and size of the armature, the presence or absence of spines on the armature, and the shape, size, and grouping patterns of the spines. These characters made it possible to distinguish between the species studied.

Os flebotomíneos são insetos de importância médica. Na região Neotropical existe grande diversidade de espécies. Algumas dessas espécies são consideradas espécies crípticas devido às semelhanças morfológicas entre fêmeas adultas de diferentes espécies, tornando a identificação especialmente difícil. O objetivo deste estudo foi analisar e descrever a armadura no átrio genital (AAG) de algumas fêmeas adultas de flebotomíneos, a fim de descobrir novos caracteres taxonômicos que tornem possível a distinção por análise da AAG entre as espécies que poderiam ser tratadas como espécies crípticas. Foram descritas a AAG de 16 espécies de flebotomíneos. Diferenças distintas foram encontradas em relação à forma e ao tamanho da armadura, a presença ou ausência de espinhos na armadura, e a forma, tamanho e padrões de agrupamento dos espinhos. Esses caracteres tornou possível a distinção entre as espécies estudadas.

Cryptic species and genetic structure in Didemnum granulatum Tokioka, 1954 (Tunicata: Ascidiacea) from the southern Brazilian coast / Espécies crípticas e estrutura genética em Didemnum granulatum Tokioka 1954 (Tunicata: Ascidiacea) na costa sul do Brasil

Didemnum granulatum is a colonial fouling ascidian that lives in subtidal substrates, worldwide. It exhibits two morphotypes, orange and beige. In this study, we verified if the color morphotypes and/or the spatial distribution of specimens in different islands might be associated to patterns of genetic structure of a single species, or if they represent distinct cryptic species. Specimens were collected in four islands, along the coast of the Santa Catarina state. A segment of 490 bp from the mitochondrial gene cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) was amplified from 45 samples. Twenty-one haplotypes were identified. The total haplotype diversity (0.912) and the total nucleotide diversity (0.044) were high. The global Fst of the populations analyzed was 0.97, with most of the variation occurring between orange and beige groups (82.19%). The variation found between populations within groups was 15.37%, and 2.45% within populations. Haplotype networks and the neighbor-joining tree showed clear genetic divergence between individuals of distinct colors, and between the islands. These evidences strongly support the presence of a complex of two cryptic species for D. granulatum occupying the studied area. Both species were also highly genetically structured between islands, suggesting that the conservation process of these populations is complex.

Didemnum granulatum é uma ascídia colonial incrustante de substratos consolidados infralitorâneos, e de ampla distribuição mundial. Variação na pigmentação é comum em invertebrados marinhos, e morfotipos de D. granulatum das cores laranja e bege foram detectados na região. Neste estudo, nós verificamos se os morfotipos de cor e/ou a distribuição espacial dos espécimens nas diferentes ilhas podem estar associados aos padrões de estruturação genética de uma única espécie, ou se eles representam espécies crípticas distintas. Os espécimens foram coletados em quatro ilhas ao longo da costa do estado de Santa Catarina. Um total de 45 amostras tiveram amplificados um segmento de 490pb do gene mitocondrial citocromo oxidase subunidade I (COI). Vinte e um haplótipos foram identificados. A diversidade haplotípica total (0.912) e a diversidade nucleotídica total (0.044) foram altas. O Fst global das populações analisadas foi 0.97, e a maior parte da variação ocorreu entre os grupos laranja e bege (82.19%). A variação encontrada entre as populações dentro dos grupos foi 15.37%, e 2.45% dentro das populações. A rede de haplótipos e a árvore de Neighbor-joining mostraram nítidas divergências genéticas entre os indivíduos de cores distintas, e entre as ilhas. Tais evidências sugerem a presença de um complexo de duas espécies crípticas de D. granulatum na região. Ambas as espécies foram fortemente estruturadas geneticamente entre as ilhas, o que reforça a necessidade de que tais atributos sejam considerados em medidas de conservação e proteção do ambiente marinho, mais especificamente nestas ilhas.

Investigación y conservación de la biodiversidad en Perú: importancia del uso de técnicas modernas y procedimientos administrativos eficientes

Este comentario resalta la importancia que el análisis de secuencias de ADN tiene en los estudios de biodiversidad y la necesidad de mejorar los procedimientos administrativos concernientes a las investigaciones de biodiversidad en el Perú. La rápida pérdida de la biodiversidad y recursos naturales del Perú justifican la urgencia de apoyar aquellas investigaciones que ayuden a identificar, describir y caracterizar a la biodiversidad en la brevedad posible, para que se puedan tomar las debidas medidas de conservación y mitigación. Enfatizamos la importancia del uso de técnicas modernas dentro del modelo de estudio de la taxonomía integradora, incluyendo el estudio de los procesos evolutivos asociados a áreas con mayor diversidad y endemismo y los efectos del cambio climático sobre la biodiversidad peruana. Asimismo, es esencial que las entidades gubernamentales encargadas de evaluar los planes, solicitudes y requisitos asociados a las investigaciones de la biodiversidad del Perú reconozcan y apoyen el enfoque de la taxonomía integradora. El uso de técnicas modernas dentro del modelo de la taxonomía integradora, junto a procedimientos administrativos eficientes, puede convertirse en la mejor herramienta para proteger la biodiversidad peruana.

This commentary focuses on the importance that DNA sequence analysis has in biodiversity studies and the need for improving administrative procedures regarding biodiversity research in Peru. Given the rapid loss of biodiversity and natural resources in many areas of Peru, research aimed at identifying, characterizing, and describing biodiversity is a priority for developing appropriate conservation and mitigation strategies. For current and future research on Peruvian biodiversity and conservation, we emphasize the importance of using an integrative taxonomy approach, including the study of evolutionary processes associated with areas of high biodiversity and endemism. Additionally, it is essential that governmental institutions responsible for reviewing permit applications and research plans, focusing on biodiversity research in Peru, recognize and support studies that incorporate an integrative taxonomy approach. The use of modern techniques in the integrative taxonomy model in conjunction with efficient administrative procedures will be the best method for protecting Peruvian biodiversity.

Variación morfométrica intra e interespecífica entre poblaciones de Odontophrynus (Anura: Cycloramphidae) del área central de Argentina / Intraand inter-specific morphometric variation between Odontophrynus populations (Anura: Cycloramphidae) of central Argentina

Morphometric analyses are particularly important, and for many years they have supported evolutionary and ecological phenomena, and have been useful for the classification of new species, mainly to the lowest taxonomic levels. In order to assess the degree of sexual dimorphism, the intra-specific morphometric variation and the inter-specific morphological differences, we performed morphometric analyses of two morphologically cryptic species, Odontophrynus cordobae (diploid) and O. americanus (tetraploid). For this, we measured 15 morphometric variables on 211 individuals from 18 localities of Córdoba province. We found sexual dimorphism in six and three parameters in O. cordobae and O. americanus, respectively. Diploid and tetraploid males significantly differed in six morphometric variables. Discriminant Function Analysis (DFA) including all populations correctly classified a 76.37% of individuals within their respective species. DFA based on four groups (1- allopatric O. cordobae, 2-syntopic O. cordobae; 3- allopatric O. americanus; 4- syntopic O. americanus) accurately classified a 73.45% of individuals within their respective groups. Allopatric individuals of each species and, allopatric and syntopic individuals within each species were clearly segregated. Syntopic individuals of O. cordobae and O. americanus showed the lowest percentages of correct classification. Morphometric differences between sympatric diploids and tetraploids were not greater than those observed in allopatry. These findings deviate from the expected results under the hypothesis of character displacement, and they suggest that external morphological characters would not have a major influence on the recognition and choice of conspecific males by females.

El análisis morfométrico ha servido como apoyo para explicar fenómenos ecológicos y evolutivos y para la clasificación de nuevas especies. Nosotros realizamos el análisis morfométrico de dos especies morfológicamente crípticas con el objeto de evaluar el grado de diferenciación intra e interespecífica. Se midieron 15 variables sobre 211 individuos pertenecientes a 18 localidades del centro de Argentina. Se encontró dimorfismo sexual en seis variables morfométricas en Odontophrynus cordobae y en tres variables en O. americanus. Se encontraron diferencias significativas entre especies en seis variables. El análisis discriminante incluyendo los individuos de todas las poblaciones relevadas para O. cordobae y O. americanus, mostró una clasificación positiva de los individuos dentro de su respectiva especie del 76.37%. En el análisis discriminante realizado con base en cuatro grupos (O. cordobae alopátrico y sintópico y O. americanus alopátrico y sintópico) se obtuvo una reclasificación de los individuos dentro de cada grupo del 73.45%. Las diferencias morfométricas entre especies fueron mayores en sintopía. Los resultados se alejan de los resultados esperados bajo la hipótesis del desplazamiento de caracteres y podrían sugerir que los caracteres morfológicos externos no tendrían una influencia importante en el reconocimiento y elección de machos coespecíficos por parte de las hembras.

Aproximación a la filogenia de Spodoptera (Lepidoptera: Noctuidae) con el uso de un fragmento del gen de la citocromo oxidasa I (COI) / Approach to Spodoptera (Lepidoptera: Noctuidae) phylogeny based on the sequence of the cytocrhome oxydase I (COI) mitochondrial gene

The genus Spodoptera includes 30 species of moths considered important pests worldwide, with a great representation in the Western Hemisphere. In general, Noctuidae species have morphological similarities that have caused some difficulties for assertive species identification by conventional methods. The purpose of this work was to generate an approach to the genus phylogeny from several species of the genus Spodoptera and the species Bombyx mori as an out group, with the use of molecular tools. For this, a total of 102 S. frugiperda larvae were obtained at random in corn, cotton, rice, grass and sorghum, during late 2006 and early 2009, from Colombia. We took ADN samples from the larval posterior part and we analyzed a fragment of 451 base pairs of the mitochondrial gene cytochrome oxydase I (COI), to produce a maximum likelihood (ML) tree by using 62 sequences (29 Colombian haplotypes were used). Our results showed a great genetic differentiation (K2 distances) amongst S. frugiperda haplotypes from Colombia and the United States, condition supported by the estimators obtained for haplotype diversity and polymorphism. The obtained ML tree clustered most of the species with bootstrapping values from 73-99% in the interior branches; with low values also observed in some of the branches. In addition, this tree clustered two species of the Eastern hemisphere (S. littoralis and S. litura) and eight species of the Western hemisphere (S. androgea, S. dolichos, S. eridania, S. exigua, S. frugiperda, S. latifascia, S. ornithogalli and S. pulchella). In Colombia, S. frugiperda, S. ornithogalli and S. albula represent a group of species referred as “the Spodoptera complex” of cotton crops, and our work demonstrated that sequencing a fragment of the COI gene, allows researchers to differentiate the first two species, and thus it can be used as an alternative method to taxonomic keys based on morphology. Finally, the ML tree did not cluster S. frugiperda with S. ornithogalli, suggesting that both species do not share the same recent ancestral even though they coexist in cotton. We suggest sequencing other genes (mitochondrial and nuclear) to increase our understanding of this genus evolution.

En este trabajo se secuenció un fragmento de 451pb del gen mitocondrial de la citocromo oxidasa I (COI) en 62 secuencias del género Spodoptera y una secuencia de Bombix mori (grupo externo). Los resultados mostraron gran diferenciación genética (distancia K2) entre los haplotipos de Spodoptera frugiperda de Colombia y Estados Unidos, según los estimadores de diversidad haplotípica, diversidad y polimorfismo nucleotídicos calculados. Un árbol de ML agrupó las especies con valores de bootstrap entre 73-99% en las ramas internas. No obstante algunas ramas presentaron bajos valores de bootstrap. Este árbol formó un grupo constituido por las especies del hemisferio oriental (S. littoralis y S. litura) y también agrupó las especies localizadas en el hemisferio occidental (S. androgea, S. dolichos, S. eridania, S. exigua, S. frugiperda, S. latifascia, S. ornithogalli y S. pulchella). Esto demuestra que el árbol agrupó las especies con base en su origen geográfico. Contrariamente, el árbol no agrupó a S. frugiperda con S. ornithogalli, demostrando que a pesar de que ambas coexisten en el cultivo de algodón, no comparten un ancestro común reciente. En Colombia, estas especies forman parte del “complejo Spodoptera” del algodón, y nuestros resultados demuestran que la secuenciación de este gen permite diferenciarlas sin necesidad del uso de claves taxonómicas de sus estadios larvales. Este trabajo es una aproximación a la filogenia de este género, por lo cual la inclusión de más genes (mitocondriales y nucleares) son necesarios para futuros trabajos.

Karyotype description of possible new species of the Hypostomus ancistroides complex (Teleostei: Loricariidae) and other Hypostominae / Descrição cariotípica de possíveis novas espécies do complexo Hypostomus ancistroides e outros Hypostominae

Cytogenetic analyses were performed in four species of the Hypostominae subfamily, three from Hypostomus (Hypostomini) genus and Rhinelepis aspera (Rhinelepini). Three populations of Hypostomus ancistroides were analyzed, which had 2n=68 chromosomes, but presented different karyotype formulas. Hypostomus regani and H. strigaticeps, both from Ivaí river, showed 2n=72 chromosomes with two distinct cytotypes. In turn, R. aspera of the upper Paraná river basin presented 2n=54 chromosome. Multiple Nucleolar Organizer Regions (NORs) have been evidenced by silver nitrate staining in species of Hypostomus and single NOR in R. aspera. The observed variation in the chromosome number and the marked variability in karyotype formulas and NORs reveal a certain amount of karyotype variation in the genus Hypostomus suggesting the probable existence of cryptic species with independent chromosome traits. Therefore, our data can be of great value in discriminating species and understanding their chromosomal evolution.

Foram analisadas três populações de peixes identificadas como Hypostomus ancistroides, as quais apresentaram 2n=68 cromossomos, com distintas fórmulas cariotípicas. Hypostomus regani e H. strigaticeps, ambas do rio Ivaí, apresentaram 2n=72 cromossomos com citótipos distintos. Rinelepis aspera da bacia do alto rio Paraná apresentou 2n=54 cromossomos. Nucleolar Organizer Regions (NORs) múltiplas foram evidenciadas por nitrato de Prata para as espécies do gênero Hypostomus e NOR simples para R. aspera. A variação de número cromossômico observada, como também a acentuada variação nas fórmulas cariotípicas e nas NORs, são discutidas, sugerindo a existência de possíveis espécies crípticas com caracteres cromossômicos independentes. Portanto, nossos dados podem ser de grande valia na discriminação das espécies e no entendimento de sua evolução cromossômica.

Indicadores morfométricos em cabeças de espécies brasileiras de Chrysoperla (Neuroptera, Chrysopidae) / Morphometric studies of the head of Brazilian species of Chrysoperla (Neuroptera, Chrysopidae)

As espécies do gênero Chrysoperla que ocorrem no Brasil -C. externa (Hagen, 1861), C. defreitasi (Brooks, 1994), C. raimundoi (Freitas & Penny, 2001) e C. genanigra (Freitas, 2003)-, que apresentam as principais diferenças nas genitálias, foram estudadas morfometricamente através das distâncias entre pontos da cabeça (oito medidas lineares) a fim de melhor identificá-las. Os resultados, analisados através da estatística multivariada, mostraram que é possível se identificarem medidas que as distinguem individualmente, muito embora algumas espécies sejam mais distinguíves através da morfometria. A análise canônica mostrou que três das quatro espécies, C. raimundoi; C. genanigra e C. externa, não apresentaram grandes sobreposições entre si, sendo possível sua discriminação dentro do grupo, somente C. defreitasi apresentou uma baixa resolução de acordo com esta análise, ficando sobreposta com C. externa e C. genanigra, no entanto, ela é totalmente discriminada de C. raimundoi. As medidas que mais contribuíram para a diferenciação estão relacionadas ao tamanho da cabeça e em especial ao comprimento do labro, na extremidade da cabeça, até o nível dos olhos e antena.

The species C. externa, C. defreitasi, C. raimundoi and C. genanigra (Neuroptera, Chrysopidae) have great differences in the genitalia. These species were studied morphometrically by the distances between points of the head (eight linear measurements) to better identify them. The results, analyzed by multivariate statistics, showed that it is possible to identify measures that distinguish the individual, although some species are more distinguishable by morphometry. The canonical analysis showed that three of the four species, C. raimundoi, C. genanigra and C. externa, showed no major overlap between them, and their possible discrimination within the group, only C. defreitasi presented a low resolution according to this analysis, being overlapped with C. externa and C. genanigra, however, it is totally broken in C. raimundoi. The measures that contributed most to differentiation are related to the size of the head and especially the length of wrasse on the edge of the head, until the level of the eyes and antenna.

Resurrection of the name Albula pacifica (Beebe, 1942) for the shafted bonefish (Albuliformes: Albulidae) from the eastern Pacific

The name Albula nemoptera (Fowler, 1911) is currently applied to the Shafted, or Threadfin, Bonefish (Albuliformes: Albulidae) inhabiting the tropical coastal waters of both the western Atlantic and eastern Pacific. In the present paper I provide a brief review of the taxonomy and nomenclature of A. nemoptera, and argue that the available morphological, biogeographical and molecular evidence supports resurrecting the name A. pacifica (Beebe, 1942) for the population of A. nemoptera from the eastern Pacific. Rev. Biol. Trop. 56 (2): 839-844. Epub 2008 June 30.

El nombre Albula nemoptera (Fowler, 1911) se aplica actualmente a las poblaciones del macabí de hebra (Albuliformes: Albulidae) de las aguas costeras tropicales del Atlántico Occidental y el Pacifico Oriental. En este artículo se presenta una revisión breve de la taxonomía y nomenclatura de A. nemoptera, y se sugiere que la evidencia morfológica, biogeográfica y molecular apoya el reestablecimiento del nombre A. pacifica (Beebe, 1942) para la población de A. nemoptera del Pacifico Oriental.