DNA barcode regions for differentiating Cattleya walkeriana and C. loddigesii / Regiões de DNA barcode para diferenciar Cattleya walkeriana e C. loddigesii

ABSTRACT

Growers appreciate Cattleya walkeriana and C. loddigesii due to striking shape and rarity. Thus, this study aimed to evaluate the feasibility of DNA barcode regions, namely ITS1, ITS2 and rpoC1, to discriminate between C. walkeriana and C. loddigesii species. DNA barcode regions were successfully amplified using primers designed to amplify plants. We also included sequences from public databases in order to test if these regions were able to discriminate C. walkeriana and C. loddigesii from other Cattleya species. These regions, and their combinations, demonstrated that the ITS1+ITS2 had the highest average interspecific distance (11.1%), followed by rpoC1 (1.06%). For species discrimination, ITS1+ITS2 provided the best results. The combined data set of ITS1+ITS2+rpoC1 also discriminated both species, but did not result in higher rates of discrimination. These results indicate that ITS region is the best option for molecular identification of these two species and from some other species of this genus.

RESUMO

As espécies Cattleya walkeriana e C. loddigesii são apreciadas pelos colecionadores devido às suas impressionantes forma e raridade. Este estudo teve como objetivo avaliar a viabilidade das regiões DNA barcode, ou seja, ITS1, ITS2 e rpoC1, para discriminar as espécies C. walkeriana e C. loddigesii. Regiões DNA barcode foram amplificadas com êxito utilizando os iniciadores desenhados para plantas. Nós também incluímos sequências de bases públicas de dados, a fim de testar se estas regiões foram capazes de discriminar C. walkeriana e C. loddigesii de outras espécies de Cattleya. Estas regiões e suas combinações demonstraram que o ITS1 + ITS2 teve a maior distância média interespecífica (11,1%), seguido por rpoC1 (1,06%). Para a discriminação das espécies, ITS1 + ITS2 proporcionaram os melhores resultados. Os dados combinados dos ITS1 + ITS2 + rpoC1 também discriminaram ambas as espécies, mas não resultaram em maiores taxas de discriminação. Estes resultados indicam que a região ITS é a melhor opção para a identificação molecular destas duas espécies e a partir de algumas outras espécies deste gênero.