Desarrollo de una PCR en tiempo real para la cuantificación de leishmania SP en muestras de pacientes con leishmaniasis tegumentaria americana / Development of a real time PCR assay for the quantification of leishmania SP in samples from patients with american tegumentary leishmaniasis

RESUMEN

INTRODUCCION: La leishmaniasis tegumentaria americana (LTA) es una enfermedad endémica reemergente en la provincia de Salta. Los recursos terapéuticos disponibles presentan serias limitaciones. Se han detectado numerosos casos de fallas terapéuticas debido a que el criterio de curación se basa en la evolución clínica de las lesiones.OBJETIVO: A fin de contar con un sistema adecuado para monitorear la enfermedad, se propuso optimizar una PCR en tiempo real (RT-PCR) basada en el uso de un agente intercalante y oligonucleótidos que amplifican secuencias del ADN del kinetoplasto (KADN), directamente de muestras de raspados de lesiones (en pacientes con LTA) contenidas en buffer TE (Tris-EDTA), sin extracción de ADN.METODOS: Para obtener una curva estándar (CE) se realizaron diluciones seriadas de parásitos (p) de cepas de referencia de especies que circulan en la zona. También se compararon 3 métodos de procesamiento de muestras (PM) Buffer de lisis, Insta-GeneTM Matrix (BIO-RAD) y TE. Luego se analizaron negativos para evaluar la especificidad y sensibilidad del sistema. Estas muestras provenían de raspados de lesiones cutáneas o mucocutáneas, tomados con palillos de madera en 300 μl TE.RESULTADOS: El límite de detección fue de 0,001 p/300 μl TE. La CE construida a partir de una cepa de Leishmania Viannia braziliensis mostró una pendiente de -3,40, eficiencia de amplificación de 96,66%, coeficiente de Pearson (R2) de 0,997 e intersección en la ordenada de 44,079. Al comparar los PM, el método de buffer TE fue el más eficiente. La RT-PCR desarrollada mostró un 100% de especificidad frente a muestras controles negativos y un 100% de sensibilidad frente a controles positivos.CONCLUSIONES: El sistema analizado es altamente sensible y permite detectar parásitos de Leishmania sp directamente de muestras clínicas provenientes de raspados de lesiones.

ABSTRACT

INTRODUCTION: The american tegumentary leishmaniasis (ATL) is an endemic, re-emergent disease in the Province of Salta. The therapeutic resources which are available have serious limitations. Numerous treatment failures have been detected due to the fact that the evaluation of chemotherapy is based on the clinical outcome of lesionsOBJECTIVE: In order to find a system for the correct follow-up of the disease, the study aimed at optimized the real time PCR (RT-PCR) based on intercalating agent and primers that amplify kinetoplastic DNA sequences (KDNA), directly on samples from skin lesion scrappings (from patients with ATL) contained in buffer TE, without DNA purification..METHODS: To obtain a stardard curve (SC) serial dilutions of parasites (p) were made (from reference strains of species that circulate in the region). 3 different methods of sample processing (SP) were compared Lysis buffer, Insta-GeneTM Matrix (BIO-RAD) and TE (Tris-EDTA). The study evaluated the specificity and sensibility of the system by analyzing positive (by conventional PCR) and negative clinical samples. These samples were from cutaneous or mucocutaneous lesion scrapings, taken with toothpicks in 300 μl TE.RESULTS: The detection limit was 0.001 p/300 μl TE. The SC built with a Leishmania Viannia braziliensis strain showed a slope of -3.40, amplification efficiency of 96.66%, Pearson coefficient (R2) of 0.997 and 44.079 x-intersection. When comparing the SP, the buffer TE method was the most efficient one. With respect to positive and negative control samples, this RT-PCR showed a sensitivity and specificity of 100% respectively.CONCLUSIONS: This system is highly sensitive and allows to detect Leishmania sp parasites directly from clinical samples of lesion scrapings.