Validación de una nueva estrategia para la identificación de variantes de SARS-CoV-2 mediante secuenciación del gen espiga por Sanger / Validation of a new strategy for the identification of SARS-CoV-2 variants by sequencing the spike gene by Sanger
Enferm. infecc. microbiol. clín. (Ed. impr.)
; 41(5): 284-289, May. 2023. tab, ilus
Article
in Spanish
| IBECS
| ID: ibc-219856
Responsible library:
ES1.1
Localization: ES15.1 - BNCS
RESUMEN
Introducción:
La aparición de múltiples variantes del SARS-CoV-2 durante la pandemia de COVID-19 es motivo de gran preocupación mundial. Hasta el momento, su análisis se ha centrado principalmente en la secuenciación de nueva generación. Sin embargo, esta técnica es costosa y requiere equipos sofisticados, largos tiempos de procesamiento y personal técnico altamente cualificado con experiencia en bioinformática. Para contribuir al análisis de variantes de interés y de preocupación, aumentar la capacidad diagnóstica y procesar muestras para realizar vigilancia genómica, proponemos una metodología rápida y fácil de aplicar, basada en la secuenciación Sanger de 3 fragmentos del gen que codifica para la proteína espiga.Métodos:
Se secuenciaron 15 muestras positivas para SARS-CoV-2 con un valor de umbral de ciclo inferior a 25 por metodologías Sanger y secuenciación de nueva generación. Los datos obtenidos fueron analizados en las plataformas Nextstrain y PANGO Lineages.Resultados:
Ambas metodologías permitieron identificar las variantes de interés reportadas por la OMS. Se identificaron 2 muestras como alfa, 3 gamma, una delta, tres mu, una ómicron y 5 cepas cercanas al aislado inicial del virus Wuhan-Hu-1. Según el análisis in silico, también se pueden detectar mutaciones clave para identificar y clasificar otras variantes no evaluadas en el estudio.Conclusión:
Los diferentes linajes de interés y preocupación de SARS-CoV-2 se clasifican de forma rápida, ágil y fiable con la metodología de secuenciación de Sanger.(AU)
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Collection:
National databases
/
Spain
Database:
IBECS
Main subject:
Coronavirus Infections
/
Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus
/
Pandemics
/
Mutation
Limits:
Female
/
Humans
/
Male
Language:
Spanish
Journal:
Enferm. infecc. microbiol. clín. (Ed. impr.)
Year:
2023
Document type:
Article
Institution/Affiliation country:
Universidad de Antioquia/Colombia