Genotipagem, utilizando a seqüência de inserção IS6110, de cepas de Mycobacterium tuberculosis isoladas de pacientes portadores da infecção pelo HIV em Moçambique, África / IS6110 Polymorphism in Mycobacterium tuberculosis isolates from HIV infected patients living in Mozambique, África

RESUMO

A técnica do estudo do polimorfismo de fragmentos de restrição, com a pesquisa da seqüência de inserção IS6110 (IS6110-RFLP), é o método de genotipagem mais empregado mundialmente para a caracterização de isolados de M. tuberculosis. Ela pode ser empregada para o estudo de surtos, epidemias ou para estudos de genética populacional. Em Moçambique, onde a tuberculose tem uma elevada prevalência, não há informação suficiente sobre os padrões genotípicos obtidos com a IS6110-RFLP de cepas locais de M. tuberculosis. A descrição dos padrões obtidos com essa metodologia pode ser útil localmente para propósitos epidemiológicos ou, internacionalmente, para descrever o relacionamento de cepas isoladas em Moçambique com outras áreas do mundo. Neste estudo, uma coleção de 158 isolados de M. tuberculosis, identificados com o emprego da análise de fragmentos de restrição após a amplificação de trecho do gene hsp65 (hsp65-PRA), recuperados de pacientes infectados pelo HIV com tuberculose pulmonar e que residiam em Maputo, Moçambique, foram genotipados. O número de seqüências IS6110 obtido variou de 1 to 18, com 21.5% dos isolados exibindo menos de seis cópias. Um total de 10 “clusters” foram caracterizados, um com três isolados e os demais com dois cada. Os isolados que exibiram menos de seis seqüências não foram incluídos na análise...

ABSTRACT

IS6110 RFLP has been the most widely used genetic subtyping method for M. tuberculosis strains, to characterize disease outbreaks or for evolutionary genetics studies. In Mozambique, where tuberculosis exhibits a high prevalence, there is not enough information about IS6110-RFLP patterns of local M. tuberculosis strains. The description of the fingerprinting patterns obtained with this methodology can be useful locally for epidemiological purposes, and internationally to investigate the relatedness of strains isolated in Mozambique to other areas of the world. In this study, a collection of 158 isolates of M. tuberculosis strains, as identified by using hsp65-PRA, recovered from HIV-infected patients with pulmonary tuberculosis residing in Maputo, Mozambique, was genotyped. The number of IS6110 copies ranged from 1 to 18, with 21.5% of strains exhibiting less than six copies. A total of 10 clusters were found, one consisting of three strains and all the others of two strains. Isolates showing less than six bands were not included in the cluster analyses due to low discriminatory power of the analysis. Based on similarity coefficients 85% of strains had more than 65% homology. This data show that M. tuberculosis strains obtained in Mozambique, Africa can be analyzed for epidemiological...