Metodología de los estudios de asociación genética / Methodology for genetic association studies

RESUMEN

Los estudios de “asociación genética” buscan establecer la relación estadística entre variables genéticas poblacionales y un fenotipo determinado (ejemplo rasgo, riesgo de enfermedad, etc.). Estos están siendo utilizados para descubrir el componente genético que subyace a las enfermedades comunes de alta prevalencia como la diabetes mellitus (DBT), la enfermedad coronaria o la insuficiencia cardíaca. Se trata generalmente de estudios de cohortes prospectivas o de tipo casos-controles en los cuales se establece el peso relativo del componente genómico con respecto a otros factores como el ambiente, en el riesgo de desarrollar la enfermedad.Habitualmente, se utilizan como marcadores genéticos a los polimorfismos simples puntuales (SNPs). Estas variaciones pueden ser en sí mismas funcionales y estar relacionadas a la fisiopatología de la enfermedad, pero en la mayoría de los casos, son utilizadas para el mapeo y ubicación de los verdaderos sitios relevantes. Los dos acercamientos posibles son el del “gen candidato” cuando existe evidencia previa de funcionalidad de la variante, o el de la “asociación indirecta”.Actualmente, la técnica de asociación genómica amplia (wide genome association) está siendo utilizada para la realización de un screening del genoma completo con el fin de establecer posibles sitios de asociación.Estos estudios se articulan en forma horizontal con estudios de modelos genómicos animales (ratones). Las posiciones posiblemente relacionadas pueden describirse inicialmente en estudios de mapeo genético en ratones u otras especies y luego ser explorados a través de estudios de asociación en humanos. O pueden haber sido descubiertos en estudios de linkage disequilibrium en familias de pacientes y luego comprobar la hipótesis fisiopatológica en una cepa de ratón transgénico para dicho gen

ABSTRACT

Genomic association studies pursue to establish the statistical association between population genetic variants and a determined phenotype (i.e. a trait, the risk of disease, etc). These studies have been used to discover the genetic component of high prevalence diseases such diabetes, coronary hearth disease or cardiac failure. They are most commonly prospective cohort studies or case-control studies where the relative weight of genomic component, respect to other factors such the environment in the risk of developing a disease, is established.Commonly, single nucleotide polymorphisms (SNPs) are used as genetic markers. These variations can be functional and related to the physiopathology of the disease. However, in most of the cases, they are utilized as proxy markers for the mapping of the actual relevant genetic variant. The two possible approaches are “candidate gene”, when a previous evidence of functionality exist for the variant, and “indirect association” Currently, “wide genome association” technique is being used to screen the whole genome for possible sites of association.These type of studies articulate horizontally with animal genomic models studies (mice). Possibly related positions described in mice (or other species) genetic mapping studies could later be explored in human association trials. Or, on the other hand, discoveries done in linkage disequilibrium studies ( in families of patients) could later be tested for physiopathological hypothesis in mice strains transgenic for that particular gene