Canine distemper virus detection by different methods of One-Step RT-qPCR / Detecção do vírus da cinomose canina por diferentes métodos de One-Step RT-qPCR

ABSTRACT

ABSTRACT Three commercial kits of One-Step RT-qPCR were evaluated for the molecular diagnosis of Canine Distemper Virus. Using the kit that showed better performance, two systems of Real-time RT-PCR (RT-qPCR) assays were tested and compared for analytical sensitivity to Canine Distemper Virus RNA detection a One-Step RT-qPCR (system A) and a One-Step RT-qPCR combined with NESTED-qPCR (system B). Limits of detection for both systems were determined using a serial dilution of Canine Distemper Virus synthetic RNA or a positive urine sample. In addition, the same urine sample was tested using samples with prior centrifugation or ultracentrifugation. Commercial kits of One-Step RT-qPCR assays detected canine distemper virus RNA in 10 (100%) urine samples from symptomatic animals tested. The One-Step RT-qPCR kit that showed better results was used to evaluate the analytical sensitivity of the A and B systems. Limit of detection using synthetic RNA for the system A was 11 RNA copies µL-1 and 110 RNA copies µl-1 for first round System B. The second round of the NESTED-qPCR for System B had a limit of detection of 11 copies µl-1. Relationship between Ct values and RNA concentration was linear. The RNA extracted from the urine dilutions was detected in dilutions of 10-3 and10-2 by System A and B respectively. Urine centrifugation increased the analytical sensitivity of the test and proved to be useful for routine diagnostics. The One-Step RT-qPCR is a fast, sensitive and specific method for canine distemper routine diagnosis and research projects that require sensitive and quantitative methodology.

RESUMO

RESUMO Três kits comerciais de One-Step RT-qPCR foram avaliados para o diagnóstico molecular do Vírus da Cinomose Canina.Utilizando o kit que apresentou melhor desempenho, dois sistemas de RT-PCR em tempo real (RT-qPCR) foram comparados quanto à sensibilidade analítica na detecção do RNA do Vírus da Cinomose CaninaOne-Step RT-qPCR (Sistema A) e One-Step RT-qPCR seguido da NESTED-qPCR (Sistema B).Os limites de detecção dos dois sistemas foram determinados utilizando diluição seriada de RNA sintético do Vírus da Cinomose Canina ou de uma amostra de urina positiva. Adicionalmente, uma amostra de urina foi avaliada com centrifugação ou ultracentrifugação prévia. Os kits comerciais de One-Step RT-qPCR amplificaram o RNA do vírus da cinomose canina em 10 (100%) amostras de urinas de animais sintomáticos. O kit de One-Step RT-qPCR que apresentou melhor resultado foi utilizado para avaliar a sensibilidade analítica dos sistemas A e B. Na reação da curva padrão com RNA sintético, o limite de detecção do sistema A foi de 11 cópias de RNA µL-1. No sistema B foi de 110 cópias de RNA µL-1 na One-Step RT-qPCR e 11 cópias de RNA µL-1 na NESTED-qPCR. A relação entre os valores de Ct e concentração de RNA foi linear. O RNA extraído das diluições da urina foi detectado nas diluições de 10-3 e10-2 pelos sistemas A e B, respectivamente. A centrifugação prévia da urina aumentou a sensibilidade analítica da análise e mostrou ser importante para a rotina diagnóstica. A reação de One-Step RT-PCR é um método rápido, sensível, específico e aplicável na rotina de diagnóstico molecular da cinomose e em projeto de pesquisa que requer metodologia quantitativa e sensível.