Comparison of two SARS-CoV-2 RT-PCR assays and implication of the instrument software on cycle threshold (Ct) value

La valeur du cycle seuil (Ct) des RT-PCR positives pour le SARS-CoV-2 est utilisée pour évaluer si un patient est contagieux. Lors d'un changement de réactif, nous avons comparé les résultats de Ct obtenus pour 45 prélèvements positifs pour le SARS-CoV-2 avec 2 kits de réactifs : Alinity M SARS-CoV-2 et Alinity M RESP-4-Plex (Abbott Molecular, Des Plaines, Illinois, États-Unis) utilisée avec l'automate Alinity M. Les deux méthodes était corrélées mais les Ct étaient en médiane plus bas de 4,54 avec le réactif Alinity M RESP-4-Plex en comparaison du réactif Alinity M SARS-CoV-2. Cette différence semble liée à une détection plus précoce de la positivité par le logiciel de l'Alinity M qu'à une différence de performances. Nous alertons sur le fait que les valeurs de Ct doivent être interprétées avec prudence en prenant en compte le contexte clinique, les limites pré-analytiques et analytiques.