Este articulo es un Preprint
Los preprints son informes de investigación preliminares que no han sido certificados por revisión por pares. No deben considerarse para guiar la práctica clínica o los comportamientos relacionados con la salud y no deben publicarse en los medios como información establecida.
Los preprints publicados en línea permiten a los autores recibir comentarios rápidamente, y toda la comunidad científica puede evaluar de forma independiente el trabajo y responder adecuadamente. Estos comentarios se publican junto con los preprints para que cualquiera pueda leer y servir como una revisión pospublicación.
Genomic variations in SARS-CoV-2 genomes from Gujarat: Underlying role of variants in disease epidemiology
Preprint
en Inglés
| bioRxiv
| ID: ppbiorxiv-197095
Artículo de revista
Un artículo publicado en revista científica está disponible y probablemente es basado en este preprint, por medio del reconocimiento de similitud realizado por una máquina. La confirmación humana aún está pendiente.
Ver artículo de revista
Un artículo publicado en revista científica está disponible y probablemente es basado en este preprint, por medio del reconocimiento de similitud realizado por una máquina. La confirmación humana aún está pendiente.
Ver artículo de revista
ABSTRACT
Humanity has seen numerous pandemics during its course of evolution. The list includes many such as measles, Ebola, SARS, MERS, etc. Latest edition to this pandemic list is COVID-19, caused by the novel coronavirus, SARS-CoV-2. As of 4th July 2020, COVID-19 has affected over 10 million people from 170+ countries, and 5,28,364 deaths. Genomic technologies have enabled us to understand the genomic constitution of the pathogens, their virulence, evolution, rate of mutations, etc. To date, more than 60,000 virus genomes have been deposited in the public depositories like GISAID and NCBI. While we are writing this, India is the 3rd most-affected country with COVID-19 with 0.6 million cases, and >18000 deaths. Gujarat is the fourth highest affected state with 5.44 percent death rate compared to national average of 2.8 percent. Here, 361 SARS-CoV-2 genomes from across Gujarat have been sequenced and analyzed in order to understand its phylogenetic distribution and variants against global and national sequences. Further, variants were analyzed from diseased and recovered patients from Gujarat and the World to understand its role in pathogenesis. From missense mutations, found from Gujarat SARS-CoV-2 genomes, C28854T, deleterious mutation in nucleocapsid (N) gene was found to be significantly associated with mortality in patients. The other significant deleterious variant found in diseased patients from Gujarat and the world is G25563T, which is located in Orf3a and has a potential role in viral pathogenesis. SARS-CoV-2 genomes from Gujarat are forming distinct cluster under GH clade of GISAID.
cc_by_nc_nd
Texto completo:
Disponible
Colección:
Preprints
Base de datos:
bioRxiv
Tipo de estudio:
Estudio observacional
/
Estudio pronóstico
Idioma:
Inglés
Año:
2020
Tipo del documento:
Preprint