Caracterização genética do vírus influenza A(H1N1)pdm09 circulante em Moçambique durante o período pandêmico - 2009/2010 / Genetic characterization of the influenza A (H1N1) pdm09 virus circulating in Mozambique during the pandemic period - 2009/2010

RESUMO

A emergência do vírus influenza A(H1N1) pdm09 no México e EUA no princípio de 2009 e que se disseminou pelo mundo, causando considerável morbidade, com cerca de 18000 mortes, oferecendo uma oportunidade de se estudar a evolução do vírus influenza pandêmico em humano sem diversas partes do mundo. Observou-se que o vírus evoluiu com taxas elevadas e diversas variações genéticas foram reportadas em diferentes países desde a sua introdução em humanos. Em Moçambique, 60 casos foram a influenza A (H1N1) pdm09 foi detectado a partir de agosto de 2009, oferecendo a primeira oportunidade para a sua caracterização molecular no país durante a pandemia (junho de 2009 a agosto de 2010),através do sequenciamento completo e parcial (piros sequenciamento) dos genes da hemaglutinina e Neuraminidase, respectivamente. Análises de 23 sequências do gene HA revelaram a co-circulação de diversas variantes do influenza A (H1N1)pdm09 em dois principais grupos filogenéticos, caracterizados pelas variações P100S e I338V acompanhadas de S202N, S220T e D239E no grupo Iede Q310H, I421V e K2E no grupo II. O piros sequenciamento do gene da NA revelou a ocorrência da variante N248D em todas amostras analisadas (49/60), mas não detectou as mutações I223V,H275Ye N295S associadas à resistência viral ao oseltamivir. A co-circulação de outros patógenos respiratórias com influenza A(H1N1)pdm09 durante a pandemia foi pesquisada em 119 amostras clínicas de secreções orofaríngease nas ofarígeas das quais 81.5% apresentaram pelo menos um patógeno, entre bactérias e vírus, incluindo o influenzaA(H1N1)pdm09.Os outros agentes virais não-influenza A(H1N1)pdm09 foram detectados em 19.59%dos casos.53.3%dos casos de influenza A(H1N1)pdm09apresentaram entre um a quatro co-patógenos, dos quais 25% envolviam vírus…

ABSTRACT

The emergence of influenza A(H1N1)pdm09 in Mexico and the U.S. in early 2009 and spread around the world, causing considerable morbidity, with about 18,000 deaths, provided an opportunity to study the evolution of pandemic influenza in humans in various parts the world. The virus evolved at a high rate and several genetic variations have been reported in different countries since its introduction in humans. In Mozambique, the influenza A(H1N1)pdm09 was detected from August 2009, providing the first opportunity for the molecular characterization in the country during the pandemic, through the full and partial sequencing (pyrossequencing) of hemagglutinin and neuraminidase genes, respectively. Analysis of 23 sequences of the HA gene revealed the co-circulation of several variants of influenza A(H1N1)pdm09 in two major phylogenetic groups, characterized by variations P100S and I338Vaccompanied by S202N, S220T and D239E in group I or Q310H, I421V and K2E in group II. The piros sequencing of the NA gene revealed the occurrence of variant N248D in all analyzed samples (49/60), but did not detect mutations I223V, N295S and H275Y associated with viral resistance to oseltamivir. The co-circulation of other respiratory pathogens with influenza A(H1N1)pdm09 during the pan demy was investigated in 119 oropharyngeal and nasopharyngeal clinical samples. At least one pathogen, including influenza A(H1N1)pdm09,was found in 81.5% of the samples. Viral pathogens other than pandemic influenza were detected in 19.59% of all cases. One to four of other respiratory pathogens were co detected in53.3% of the influenza A(H1N1)pdm09cases, of which25% had viral co-pathogens involvement…