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Identification of pathogenic variants in the brazilian cohort with familial hypercholesterolemia using exon-targeted gene sequencing
Borges, Jéssica Bassani; Oliveira, Victor Fernandes; Dagli-Hernandez, Carolina; Ferreira, Glaucio Monteiro; Barbosa, Thais Kristini Almendros Afonso; Marçal, Elisangela da Silva Rodrigues; Los, Bruna; Malaquias, Vanessa Barbosa; Bortolin, Raul Hernandes; Freitas, Renata Caroline Costa; Mori, Augusto Akira; Bastos, Gisele Medeiros; Gonçalves, Rodrigo Marques; Araújo, Daniel Branco; Zatz, Henry; Bertolami, Adriana; Faludi, André Arpad; Bertolami, Marcelo Chiara; Souza, Amanda Guerra de Moraes Rego; França, João Ítalo Dias; Thurow, Helena Strelow; Hirata, Thiago Dominguez Crespo; Nakaya, Helder Takashi Imoto; Jannes, Cinthia Elim; da Costa Pereira, Alexandre; Silbiger, Vivian Nogueira; Luchessi, André Ducati; Araújo, Jéssica Nayara Góes; Nakazone, Marcelo Arruda; Carmo, Tayanne Silva; Souza, Dorotéia Rossi Silva; Moriel, Patricia; Wang, Jaqueline Yu Ting; Naslavsky, Michel Satya; Gorjão, Renata; Pithon-Curi, Tania Cristina; Curi, Rui; Fajardo, Cristina Moreno; Wang, Hui-Tzu Lin; Garófalo, Adriana Regina; Cerda, Alvaro; Sampaio, Marcelo Ferraz; Hirata, Rosario Dominguez Crespo; Hirata, Mario Hiroyuki.
Afiliação
  • Borges, Jéssica Bassani; University of Sao Paulo. Real and Benemerita Associação Portuguesa de Beneficiencia. São Paulo. BR
  • Oliveira, Victor Fernandes; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Dagli-Hernandez, Carolina; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Ferreira, Glaucio Monteiro; University of Sao Paulo. Institute of Cardiology Dante Pazzanese. São Paulo. BR
  • Barbosa, Thais Kristini Almendros Afonso; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Marçal, Elisangela da Silva Rodrigues; University of Sao Paulo. Institute of Cardiology Dante Pazzanese. São Paulo. BR
  • Los, Bruna; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Malaquias, Vanessa Barbosa; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Bortolin, Raul Hernandes; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Freitas, Renata Caroline Costa; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Mori, Augusto Akira; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Bastos, Gisele Medeiros; Real and Benemerita Associação Portuguesa de Beneficiencia. São Paulo. BR
  • Gonçalves, Rodrigo Marques; Institute of Cardiology Dante Pazzanese. São Paulo. BR
  • Araújo, Daniel Branco; Institute of Cardiology Dante Pazzanese. São Paulo. BR
  • Zatz, Henry; Institute of Cardiology Dante Pazzanese. São Paulo. BR
  • Bertolami, Adriana; Institute of Cardiology Dante Pazzanese. São Paulo. BR
  • Faludi, André Arpad; Institute of Cardiology Dante Pazzanese. São Paulo. BR
  • Bertolami, Marcelo Chiara; Institute of Cardiology Dante Pazzanese. São Paulo. BR
  • Souza, Amanda Guerra de Moraes Rego; Institute of Cardiology Dante Pazzanese. São Paulo. BR
  • França, João Ítalo Dias; Institute of Cardiology Dante Pazzanese. São Paulo. BR
  • Thurow, Helena Strelow; Real and Benemerita Associação Portuguesa de Beneficiencia. São Paulo. BR
  • Hirata, Thiago Dominguez Crespo; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Nakaya, Helder Takashi Imoto; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Jannes, Cinthia Elim; Heart Institute. University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • da Costa Pereira, Alexandre; Heart Institute. University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Silbiger, Vivian Nogueira; Federal University of Rio Grande do Norte. Natal. BR
  • Luchessi, André Ducati; Federal University of Rio Grande do Norte. Natal. BR
  • Araújo, Jéssica Nayara Góes; Federal University of Rio Grande do Norte. Natal. BR
  • Nakazone, Marcelo Arruda; Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto. São Paulo. BR
  • Carmo, Tayanne Silva; Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto. BR
  • Souza, Dorotéia Rossi Silva; Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto. BR
  • Moriel, Patricia; State University of Campinas-UNICAMP. Campinas. BR
  • Wang, Jaqueline Yu Ting; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Naslavsky, Michel Satya; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Gorjão, Renata; Cruzeiro do Sul University. São Paulo. BR
  • Pithon-Curi, Tania Cristina; Cruzeiro do Sul University. São Paulo. BR
  • Curi, Rui; Cruzeiro do Sul University. São Paulo. BR
  • Fajardo, Cristina Moreno; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Wang, Hui-Tzu Lin; Institute of Cardiology Dante Pazzanese. São Paulo. BR
  • Garófalo, Adriana Regina; Institute of Cardiology Dante Pazzanese. São Paulo. BR
  • Cerda, Alvaro; Universidad de La Frontera. Temuco. CL
  • Sampaio, Marcelo Ferraz; Real and Benemerita Associação Portuguesa de Beneficiencia. São Paulo. BR
  • Hirata, Rosario Dominguez Crespo; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
  • Hirata, Mario Hiroyuki; University of Sao Paulo. São Paulo. BR
Gene ; 875jul.2023.
Artigo em Inglês | CONASS, Sec. Est. Saúde SP, SESSP-IDPCPROD, Sec. Est. Saúde SP | ID: biblio-1444289
Biblioteca responsável: BR79.1
ABSTRACT
Familial hypercholesterolemia (FH) is a monogenic disease characterized by high plasma low-density lipoprotein cholesterol (LDL-c) levels and increased risk of premature atherosclerotic cardiovascular disease. Mutations in FH-related genes account for 40% of FH cases worldwide. In this study, we aimed to assess the pathogenic variants in FH-related genes in the Brazilian FH cohort FHBGEP using exon-targeted gene sequencing (ETGS) strategy. FH patients (n = 210) were enrolled at five clinical sites and peripheral blood samples were obtained for laboratory testing and genomic DNA extraction. ETGS was performed using MiSeq platform (Illumina). To identify deleterious variants in LDLR, APOB, PCSK9, and LDLRAP1, the long-reads were subjected to Burrows-Wheeler Aligner (BWA) for alignment and mapping, followed by variant calling using Genome Analysis Toolkit (GATK) and ANNOVAR for variant annotation. The variants were further filtered using in-house custom scripts and classified according to the American College Medical Genetics and Genomics (ACMG) guidelines. A total of 174 variants were identified including 85 missense, 3 stop-gain, 9 splice-site, 6 InDel, and 71 in regulatory regions (3'UTR and 5'UTR). Fifty-two patients (24.7%) had 30 known pathogenic or likely pathogenic variants in FH-related genes according to the American College Medical and Genetics and Genomics guidelines. Fifty-three known variants were classified as benign, or likely benign and 87 known variants have shown uncertain significance. Four novel variants were discovered and classified as such due to their absence in existing databases. In conclusion, ETGS and in silico prediction studies are useful tools for screening deleterious variants and identification of novel variants in FH-related genes, they also contribute to the molecular diagnosis in the FHBGEP cohort.
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Coleções: Bases de dados nacionais / Brasil Base de dados: CONASS / Sec. Est. Saúde SP / SESSP-IDPCPROD Tipo de estudo: Estudo diagnóstico / Guia de prática clínica / Estudo prognóstico / Fatores de risco País/Região como assunto: América do Sul / Brasil Idioma: Inglês Revista: Gene Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Artigo Instituição/País de afiliação: Cruzeiro do Sul University/BR / Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto/BR / Federal University of Rio Grande do Norte/BR / Heart Institute/BR / Institute of Cardiology Dante Pazzanese/BR / Real and Benemerita Associação Portuguesa de Beneficiencia/BR / State University of Campinas-UNICAMP/BR / Universidad de La Frontera/CL / University of Sao Paulo/BR
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Coleções: Bases de dados nacionais / Brasil Base de dados: CONASS / Sec. Est. Saúde SP / SESSP-IDPCPROD Tipo de estudo: Estudo diagnóstico / Guia de prática clínica / Estudo prognóstico / Fatores de risco País/Região como assunto: América do Sul / Brasil Idioma: Inglês Revista: Gene Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Artigo Instituição/País de afiliação: Cruzeiro do Sul University/BR / Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto/BR / Federal University of Rio Grande do Norte/BR / Heart Institute/BR / Institute of Cardiology Dante Pazzanese/BR / Real and Benemerita Associação Portuguesa de Beneficiencia/BR / State University of Campinas-UNICAMP/BR / Universidad de La Frontera/CL / University of Sao Paulo/BR
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