Desenvolvimento de oligonucleotídeos iniciadores para sequenciamento dos genes codificadores das proteínas NSP1, NSP3 e VP6 de rotavírus suíno do grupo A / Development of primers for sequencing the NSP1, NSP3, and VP6 genes of the group A porcine rotavirus

ABSTRACT

Rotavírus é responsável pela ocorrência de diarreia em humanos e em várias espécies animais. Oito pares de oligonucleotídeos iniciadores (primers) foram desenvolvidos e utilizados como estratégia para o sequenciamento do tipo Sanger da região codificadora dos genes NSP1, NSP3 e VP6 com base nas áreas conservadas do genoma dos rotavírus do grupo A de suínos. Um total de 3 amostras previamente triadas como positivas para rotavírus do grupo A, tiveram os respectivos genes amplificados e seqüenciados por estes oligonucleotídeos iniciadores, possibilitando a caracterização das amostras circulantes, cujo conhecimento é essencial para a compreensão da epidemiologia da doença.

RESUMO

Rotavirus is the causative pathogen of diarrhea in humans and in several animal species. Eight pairs of primers were developed and used for Sanger sequencing of the coding region of the NSP1, NSP3, and VP6 genes based on the conserved regions of the genome of the group A porcine rotavirus. Three samples previously screened as positive for group A rotaviruses were subjected to gene amplification and sequencing to characterize the pathogen. The information generated from this study is crucial for the understanding of the epidemiology of the disease.