Comparison of four DNA extraction methods from cerebrospinal fl uid for the detection of Toxoplasma gondii by polymerase chain reaction in AIDS patients

ABSTRACT

BACKGROUND: Toxoplasmosis is a serious and often life-threatening disease in immunodeficient patients. Polymerase chain reaction (PCR) assays allow a rapid diagnosis of Toxoplasma infection by direct detection of the parasite's DNA. To perform a sensitive, specific, and reliable PCR-based diagnostic test, the availability of pure DNA lacking PCR inhibitors as well as a rapid and easy-to-perform DNA extraction protocol are essential. The aim of the present study was to compare four DNA extraction methods for the detection of T. gondii on cerebrospinal fluid (CSF) using the PCR technology. MATERIAL/METHODS: Four DNA extraction methods (boiling, lysis + centrifugation, the miniMAG commercial system, and phenol-chloroform) were compared with respect to the time of completion, the manual labor involved, and PCR analytical sensitivity for the detection of T. gondii in CSF. The optimal DNA extraction method for the detection of the parasite was evaluated in CSF from 43 AIDS patients using the nest-PCR B1 assay. RESULTS: According to the time required for completion, labor, and PCR analytical sensitivity, the lysis + centrifugation protocol proved to be a simple, efficient, and economical in-house procedure to recover the T. gondii DNA present in the CSF. The diagnostic sensitivity of nest-PCR, according to Centers for Disease Control and Prevention (CDC) criteria, was 86.3 percent and the diagnostic specificity was 100 percent. CONCLUSIONS: We report a simple, rapid, reproducible, and economical in-house method for T. gondii DNA extraction from CSF. This method is recommended for diagnostic PCR of Toxoplasmic encephalitis (TE) in places with economical shortage(AU)

RESUMEN

ANTECEDENTES La toxoplasmosis es una grave y, a menudo, las enfermedades que amenazan la vida en pacientes inmunodeficientes. Reacción en cadena de polimerasa (PCR) los ensayos de permitir un diagnóstico rápido de infección por Toxoplasma detección directa del ADN del parásito. Para realizar una sensible, específico y fiable basada en PCR-prueba de diagnóstico, la disponibilidad de ADN puro falta inhibidores de la PCR, así como una rápida y fácil de realizar el protocolo de extracción de ADN son esenciales. El objetivo del presente estudio fue comparar cuatro métodos de extracción de ADN para la detección de T. gondii en líquido cefalorraquídeo (LCR), utilizando la tecnología PCR. MATERIAL Y MÉTODOS: Cuatro métodos de extracción de ADN (punto de ebullición, + lisis centrifugación, el sistema comercial miniMAG, y fenol-cloroformo) con respecto a la hora de finalización, la mano de obra en cuestión, y PCR de análisis de sensibilidad para la detección de T. gondii en el LCR. El método óptimo de extracción de ADN para la detección del parásito se evaluó en el LCR de 43 pacientes con SIDA mediante el nido-PCR B1 ensayo. RESULTADOS: Según el tiempo necesario para la realización, la mano de obra, análisis de sensibilidad y la PCR, el protocolo de lisis centrifugación + demostrado ser un simple, eficiente y económico en el seno del procedimiento de recuperación de T. gondii de ADN presentes en el MCA. La sensibilidad diagnóstica de PCR-nido, de acuerdo con los Centros para Control y Prevención de Enfermedades (CDC) de los criterios, fue 86,3 por ciento y la especificidad diagnóstica fue del 100 por ciento. CONCLUSIONES: Se presenta un sencillo, rápido, reproducible y económica en el seno de un método de extracción de ADN T. gondii de PPC. Se recomienda este método de PCR para el diagnóstico de la encefalitis toxoplásmica (TE) en lugares con escasez económica(AU)