Putative Secondary Structure at 5’UTR as a Potential Antiviral Target against SARS-CoV-2 / Estructura secundaria en 5’UTR como diana antiviral contra el SARS-CoV-2

ABSTRACT

SARS-CoV-2 is an enveloped positive-sense single-stranded RNA coronavirus that causes COVID-19, ofwhich the current outbreak has resulted in a high number ofcases and fatalities throughout the world, even vaccine dosesare being administered. The aim of this work was to scan theSARS-CoV-2 genome in search for therapeutic targets. Wefound a sequence in the 5’UTR (NC\_045512:74-130), consisting of a typical heptamer next to a structured region thatmay cause ribosomal frameshifting. The potential biologicalvalue of this region is relevant through its low similarity withother viruses, including coronaviruses related to SARS-CoV,and its high sequence conservation within multiple SARSCoV-2 isolates. We have predicted the secondary structure ofthe region by means of different bioinformatic tools. We havesuggested a most probable secondary structure to proceedwith a 3D reconstruction of the structured segment. Finally,we carried out virtual docking on the 3D structure to look fora binding site and then for drug ligands from a database oflead compounds. Several molecules that could be probablyadministered as oral drugs show promising binding affinitywithin the structured region, and so it could be possible interfere its potential regulatory role (AU)

RESUMEN

El SARS-CoV-2 es un coronavirus de ARN monocatenariode sentido positivo envuelto que causa COVID-19, del cual elbrote actual ha provocado una gran cantidad de casos y muertes en todo el mundo, incluso cuando se están administrandodosis de vacunas. En este trabajo hemos escaneado el genomadel SARS-CoV-2 en busca de dianas terapéuticas. Encontramosuna secuencia en el 5’UTR (NC \ _045512: 74-130), que consiste en un heptámero típico junto a una región estructurada quepuede causar cambios en la pauta de lectura. El valor biológicopotencial de esta región es relevante debido a su baja similitud con otros virus, incluidos los coronavirus relacionados conel SARS-CoV, y su alta conservación de secuencia dentro demúltiples aislados de SARS-CoV-2. Hemos predicho la estructura secundaria de la región mediante diferentes herramientasbioinformáticas. Hemos sugerido una estructura secundariamás probable para así proceder al acoplamiento virtual en laestructura 3D para buscar un sitio de unión y luego ligandosde fármacos. Hemos encontrado varias moléculas que probablemente podrían administrarse como fármacos orales muestran una afinidad de unión prometedora dentro de la regiónestructurada, por lo que es posible que interfieran en su posiblefunción reguladora de la replicación viral. (AU)