Este artigo é um Preprint
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Structure, Dynamics, Receptor Binding, and Antibody Binding of Fully-glycosylated Full-length SARS-CoV-2 Spike Protein in a Viral Membrane
Preprint
em Inglês
| bioRxiv
| ID: ppbiorxiv-343715
Artigo de periódico
Um artigo publicado em periódico científico está disponível e provavelmente é baseado neste preprint, por meio do reconhecimento de similaridade realizado por uma máquina. A confirmação humana ainda está pendente.
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ABSTRACT
The spike (S) protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) mediates host cell entry by binding to angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2), and is considered the major target for drug and vaccine development. We previously built fully-glycosylated full-length SARS-CoV-2 S protein models in a viral membrane including both open and closed conformations of receptor binding domain (RBD) and different templates for the stalk region. In this work, multiple s-long all-atom molecular dynamics simulations were performed to provide deeper insight into the structure and dynamics of S protein, and glycan functions. Our simulations reveal that the highly flexible stalk is composed of two independent joints and most probable S protein orientations are competent for ACE2 binding. We identify multiple glycans stabilizing the open and/or closed states of RBD, and demonstrate that the exposure of antibody epitopes can be captured by detailed antibody-glycan clash analysis instead of a commonly-used accessible surface area analysis that tends to overestimate the impact of glycan shielding and neglect possible detailed interactions between glycan and antibody. Overall, our observations offer structural and dynamic insight into SARS-CoV-2 S protein and potentialize for guiding the design of effective antiviral therapeutics.
cc_by_nc_nd
Texto completo:
Disponível
Coleções:
Preprints
Base de dados:
bioRxiv
Tipo de estudo:
Estudo observacional
/
Estudo prognóstico
Idioma:
Inglês
Ano de publicação:
2020
Tipo de documento:
Preprint