Este artigo é um Preprint
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Toward an atomistic model of SARS-CoV-2
Preprint
em Inglês
| bioRxiv
| ID: ppbiorxiv-478415
ABSTRACT
The causative pathogen of Coronavirus disease 2019 (COVID-19), severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), is an enveloped virus assembled by a lipid envelope and multiple structural proteins. In this study, by integrating experimental data, structural modeling, and coarse-grained molecular dynamics simulations, we constructed multiscale models of SARS-CoV-2. Our 500-ns coarse-grained simulation of the intact virion allowed us to investigate the dynamic behavior of the membrane-embedded proteins and the surrounding lipid molecules in situ. Our results indicated that the membrane-embedded proteins are highly dynamic, and certain types of lipids exhibit various binding preferences to specific sites of the membrane-embedded proteins. The equilibrated virion model was transformed into atomic resolution, which provided a 3D structure for scientific demonstration and can serve as a framework for future exascale all-atom MD simulations.
cc_by_nc_nd
Texto completo:
Disponível
Coleções:
Preprints
Base de dados:
bioRxiv
Idioma:
Inglês
Ano de publicação:
2022
Tipo de documento:
Preprint