Este artigo é um Preprint
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Genomic epidemiology of a densely sampled COVID19 outbreak in China
Preprint
em Inglês
| medRxiv
| ID: ppmedrxiv-20033365
Artigo de periódico
Um artigo publicado em periódico científico está disponível e provavelmente é baseado neste preprint, por meio do reconhecimento de similaridade realizado por uma máquina. A confirmação humana ainda está pendente.
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ABSTRACT
Analysis of genetic sequence data from the pandemic SARS Coronavirus 2 can provide insights into epidemic origins, worldwide dispersal, and epidemiological history. With few exceptions, genomic epidemiological analysis has focused on geographically distributed data sets with few isolates in any given location. Here we report an analysis of 20 whole SARS-CoV 2 genomes from a single relatively small and geographically constrained outbreak in Weifang, Peoples Republic of China. Using Bayesian model-based phylodynamic methods, we estimate the reproduction number for the outbreak to be 2.6 (95% CI1.5-5). We further estimate the number of infections through time and compare these estimates to confirmed diagnoses by the Weifang Centers for Disease Control. We find that these estimates are consistent with reported cases and there is unlikely to be a large undiagnosed burden of infection over the period we studied.
cc_by_nc_nd
Texto completo:
Disponível
Coleções:
Preprints
Base de dados:
medRxiv
Tipo de estudo:
Estudo observacional
/
Estudo prognóstico
Idioma:
Inglês
Ano de publicação:
2020
Tipo de documento:
Preprint