Este artigo é um Preprint
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Biomathematical models for genetic diversity analyses in complete genomes of SARS-CoV-2
Preprint
em Inglês
| medRxiv
| ID: ppmedrxiv-20205120
ABSTRACT
In this work, we evaluated the levels of genetic diversity in 38 complete genomes of SARS-CoV-2, publicly available on the National Center for Biotechnology Information (NCBI) platform and from six countries in South America (Brazil, Chile, Peru, Colombia, Uruguay and Venezuela with 16, 11, 1, 1, 1, 7 haplotypes, respectively), all with an extension of 29,906 bp and Phred values [≥] 40. These haplotypes were previously used for phylogenetic analyses, following the alignment protocols of the MEGA X software; where all gaps and unconserved sites were extracted for the construction of phylogenetic trees. The specific methodologies for Paired FST estimators, Molecular Variance (AMOVA), Genetic Distance, mismatch, demographic and spatial expansion analyses, molecular diversity and evolutionary divergence time analyses, were obtained using 20,000 random permutation.
cc_by_nc_nd
Texto completo:
Disponível
Coleções:
Preprints
Base de dados:
medRxiv
Tipo de estudo:
Experimental_studies
/
Rct
Idioma:
Inglês
Ano de publicação:
2020
Tipo de documento:
Preprint