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Evaluation of a Rapid and Accessible RT-qPCR Approach for SARS-CoV-2 Variant of Concern Identification
Preprint
em Inglês
| medRxiv
| ID: ppmedrxiv-22270629
ABSTRACT
The ability to distinguish between SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) is of ongoing interest due to differences in transmissibility, response to vaccination, clinical prognosis, and therapy. Although detailed genetic characterization requires whole-genome sequencing (WGS), targeted nucleic acid amplification tests can serve a complementary role in clinical settings, as they are more rapid and accessible than sequencing in most laboratories. We designed and analytically validated a two-reaction multiplex reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR) assay targeting spike protein mutations L452R, E484K, and N501Y in Reaction 1, and del69-70, K417N, and T478K in Reaction 2. This assay had 95-100% agreement with WGS in 502 upper respiratory swabs collected between April 26 and August 1, 2021, consisting of 43 Alpha, 2 Beta, 20 Gamma, 378 Delta, and 59 non-VOC infections. Validation in a separate group of 230 WGS-confirmed Omicron variant samples collected in December 2021 and January 2022 demonstrated 100% agreement. This RT-qPCR-based approach can be implemented in clinical laboratories already performing SARS-CoV-2 nucleic acid amplification tests to assist in local epidemiological surveillance and clinical decision-making.
cc_by_nc_nd
Texto completo:
Disponível
Coleções:
Preprints
Base de dados:
medRxiv
Tipo de estudo:
Experimental_studies
/
Estudo prognóstico
Idioma:
Inglês
Ano de publicação:
2022
Tipo de documento:
Preprint