Etude du polymorphisme génétique des souches de plasmodium falciparum au Niger

Problématique : Le paludisme à Plasmodium falciparum est un problème majeur de santé publique au Niger. Plasmodium falciparum est l'agent responsable de 97% des cas de paludisme. Il est aussi responsable des formes cliniques graves comme le neuropaludisme et l'anémie sévère.Pour évaluer l'impact des stratégies de lutte contre le paludisme sur la diversité génétique, nous avons caractérisé les populations parasitaires du Niger en amplifiant le block2 du gène msp1 et la région variable centrale du gène msp2. Des amorces spécifiques des différentes familles allèliques (K1, MAD20 et RO33 pour msp1) puis (3D7 et FC27 pour msp2) ont permis de distinguer les allèles du gène msp1 et du gène msp2.Objectif général : L'objectif est d'analyser la diversité génétique et la complexité des infections à P.falciparum au niveau de 13 sites représentatifs de la situation épidémiologique du paludisme au Niger.Résultat : 510 échantillons de 13 sites du Niger ont été génotypés. Une très grande diversité génétique est observée avec les deux marqueurs. En effet, il y'a 17 allèles différents de type msp1 et 14 allèles différents de type msp2. La famille allélique la plus fréquente dans la population est 3D7 (63%) suivie de K1 (43.2%). Les familles alléliques les plus rares sont MAD 20 (28.4%) et RO33 (28.4%). La distribution allélique des gènes msp1 et msp2 est très variée selon le site. Le nombre de clones varie de 1 à 5 par patient. 23% des infections sont polyclonales. La multiplicité des infections (MOI) est de 2.8 au Niger. Il y'a une différence significative de MOI selon les sites (p<0.05). Nos résultats sont discutés selon la latitude et la longitude des sites puis au regard d'études semblables en Afrique de l'ouest.Conclusion : La diversité génétique et la complexité des infections dépendent du niveau de transmission du paludisme. La relation entre la multiplicité des infections et la transmission n'est pas linéaire. Des facteurs écologiques et environnementaux comme la disponibilité en eau de surface et l'humidité relative interviennent

Diverse genetic subtypes of HIV-1 among female sex workers in Ibadan, Nigeria

Genetic diversity is the hallmark of HIV-1 infection. It differs among geographical regions throughout the world. This study was undertaken to identify the predominant HIV-1 subtypes among infected female sex workers (FSWs) in Nigeria. Methods: Two hundred and fifty FSWs from brothels in Ibadan Nigeria were screened for HIV antibody using ELISA. All reactive samples were further tested by the Western Blot Techniques. Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMCs) were separated from the blood samples of each subject. Fragments of HIV Proviral DNA was amplified and genetic subtypes of HIV-1 was determined by direct sequencing of the env and gag genes of the viral genome followed by phylogenetic analysis . Results: The age of the FSWs ranged from 15 to 55 years old (Mean = 25.8years; SD =3.74). Majority were Nigerians while others (1.6 ) were from neighboring West Africa countries. Four ( 1.6 ) of the FSWs were active for less than one year as sex workers; and the mean length of sex work was 2.80 years ( Range = 1.0 - 15.0 years ). Sixty-four (25.6) of the 250 CSWs were positive for HIV-1 while 7 (2-8) had dual infections to HIV-1 / HIV-2. Among the 34 HIV-1 strains characterized by sequencing; 19 (55-9) were subtype G; 9 (26.5) CRF02_A/G; 3 (8.8) CRF06_cpx while 1 (2.9) each were identified as subtype C; CRF01_A/E and CRF09_cpx respectively. Nineteen (55.9) of the FSWs with subtype G had been active in the sex work for between one to five years. The youngest of the HIV -1 infected FSWs with sexual activity of less than a year had subtype G strain. There is a significant probability that infection with this subtype occurred with a short incubation period (p 0.05). Conclusion: This study showed a wide range of HIV- 1 subtypes among FSWs in Nigeria. The situation poses serious challenge for the design of HIV vaccine candidate for use in Nigeria