Caracterización fenotípica y molecular de Escherichia coli productoras de Beta-Lactamasas de espectro extendido en pacientes ambulatorios de Lima, Perú / Phenotypic and molecular characterization of extended spectrum beta-lactamase producing strains of Escherichia coli in ambulatory patients in Lima, Peru

Objetivos: Determinar las características fenotípicas y genotípicas de las β-lactamasas de espectro extendido (BLEE) en E. coli aislados de cultivos de orina de pacientes de la comunidad en un laboratorio privado de la ciudad de Lima, Perú. Material y métodos: Se evaluaron 53 aislamientos de E. coli por dos métodos fenotípicos: Jarlier y CLSI, el perfil de susceptibilidad se realizó mediante disco difusión y la caracterización genotípica mediante PCR para los genes blaCTX-M, blaTEM y blaSHV. Resultados: Los 53 aislamientos productores de BLEE representaron el 16,30% del total de aislados de E. coli, afectando principalmente a mujeres mayores de 65 años. El perfil de susceptibilidad evidenció alta resistencia a AMP,CEF,CRO(100%), LEV(87%), NOR(92%), CIP y NAL(94%), CXM y CTX(96%),SXT(70%), ATM(75%) y TOB (85%); asimismo elevada sensibilidad a NIT e IPM(100%), AMK(91%) y FOF(73,6%). El tipo de gen bla más frecuente fue blaCTX-M (55%), seguido por la coexistencia blaCTX-M+TEM (24%), blaTEM (13%) y blaSHV (6%). Conclusiones: La frecuencia de E. coli productores de BLEE fue de 16,3%; siendo el gen tipo blaCTX-M el más frecuente, información valiosa para orientar la terapia antimicrobiana empírica.

Objective: To determine the phenotypic and genotypic features of extended spectrum beta-lactamase (ESBL) producing strains of Escherichia coli isolated from urine samples of patients attending outpatient services in a private laboratory in Lima, Peru. Methods: 53 E. coli isolates were evaluated using two phenotypic methods: Jarlier and CLSI, the susceptibility profile was performed using the disk diffusion method and the genotypic features were analyzed using PCR for detecting blaCTX-M, blaTEM y blaSHV genes. Results: The 53 ESBL producing strains of E. coli accounted for 16,30% of all E. coli isolates affecting mostly women older than 65 years. High resistant profile to AMP, CEF, CRO (100%), LEV (87%), NOR (92%), CIP, NAL (94%), CXM, CTX (96%), SXT (70%), ATM (75%) and TOB (85%) was observed. High susceptibility to NIT, IPM (100%), AMK (91%) and FOF (73.6%) was observed. The most frequent bla gen was blaCTX-M (55%), followed by blaCTX-M+TEM (24%), blaTEM (13%) and blaSHV (6%). Conclusions: The rate of ESBL producing strains of E. coli was 16.3% and the blaCTX-M gen was the most common gene type. These results provide valuable information for starting empiric antibiotic therapy in this setting.

Staphylococcus aureus resistente a meticilina adquirido en la comunidad aislados en tres hospitales de Lima-Perú / Methicillin resistant Staphylococcus aureus isolates acquired in the community in three hospitals in Lima, Peru

Staphylococcus aureus es un importante patógeno involucrado en una serie de infecciones e intoxicaciones, presenta múltiples factores de virulencia y su impacto se incrementa por su notable resistencia a los antimicrobianos. Objetivo: Determinar la frecuencia de Staphylococcus aureus meticilino resistente adquiridos en la comunidad, en hospitales de Lima- Perú. Material y métodos: Se realizó un estudio descriptivo multicéntrico. La resistencia a meticilina se determinó por el método Oxacillin Agar Screen. El origen de la cepa fue determinado mediante los criterios de los CDC; la Leucocidina de Panton Valentine fue identificada por métodos moleculares. Resultados: Se aislaron 276 cepas de Staphylococcus aureus, 160 fueron resistentes a meticilina (58 por ciento), 9 de ellas fueron identificadas como adquiridas en la comunidad (5,6 por ciento). La PVL fue identificada en 25 cepas (9,1 por ciento), 14 fueron MSSA y 11 MRSA, de éstas últimas solo 4 fueron MRSAcom, 7 fueron MRSAhosp (p menor que 0,001). Conclusiones: El estudio revela niveles elevados de resistencia a meticilina, pero niveles bajos de MRSAcom. En nuestro medio la presencia de PVL no constituiría un marcador para la identificación de los MRSAcom.

Background: Staphylococcus aureus is an important pathogen involved in a series of infections and toxin mediated syndromes, has many virulence factors and its impact increases its resistance to antimicrobial agents. Objectives: To determine the frequency of community acquired methicillin resistant Staphylococcus aureus among hospitals in Lima -Peru. Material and Methods: We performed a prospective multicenter study. The resistance to methicillin was determined by the Oxacillin Agar Screen method. The origin of the strain was determined using CDC criteria, the Panton Valentine Leucocidin was identified by molecular methods. Results: We isolated 276 strains of Staphylococcus aureus, 160 were resistant to methicillin (58 per cent). 9 strains were identified as community acquired MRSA (5.6 per cent). The Panton Valentine Leucocidin was identified in 25 strains (9.1 per cent), 14 were MSSA and 11 MRSA, only 4 of the latter were CA MRSA, 7 were HA MRSA (p less than 0.001). Conclusions: The study showed frequencys of methicillin resistance, but low CA MRSA. In our environment the presence of PVL would not be a marker for the identification of CA MRSA.

Evaluación del medio middlebrook 7h11 asociado a sangre humana u ovina para la detección de mycobacterium tuberculosis en muestras de esputo / Evaluation of middlebrook 7h11 associated with human or sheep blood for the detection of mycobacterium tuberculosis in sputum samples

Objetivo. Evaluar el rendimiento diagnóstico del medio Middlebrook 7H11 combinado con sangre humana u ovina en comparación con el medio sólido Ogawa para el diagnóstico de tuberculosis pulmonar. Materiales y métodos. Se evaluaron muestras de esputo provenientes de pacientes con sospecha de tuberculosis pulmonar. Las muestras fueron sembradas en agar Middlebrook 7H11 asociado a sangre humana u ovina y en medio Ogawa. Resultados. Se recolectaron un totalde 130 muestras. La positividad para M.tuberculosis en Middlebrook 7H11/sangre humana, Midlebrook 7H11/sangre ovina y Ogawa fue de 45,38 por ciento, 46,15 por ciento y 43,84 por ciento respectivamente. El tiempo de crecimiento promedio del Mycobacterium tuberculosis fue de 12,81 mas o menos 6,52, 13,07 mas o menos 6,63 y 20,14 mas o menos 6,75 días (p menor que 0,01 para la comparación de los medios basados en agar vs Ogawa). Conclusiones. La combinación de Middlebrook 7H11 con agar sangre u ovina presenta un rendimiento diagnóstico comparable y un tiempo de crecimiento menor que el medio sólido Ogawa.

Objective. To evaluate the diagnostic yield of the media Middlebrook 7H11 combined with human or ovine blood incomparison with the Ogawa solid media for the diagnosis of pulmonary tuberculosis. Material and methods. Weevaluated sputum samples of patients with clinical suspicion of pulmonary tuberculosis. The samples were seeded in Middlebrook 7H11 agar associated with human or ovine blood and in Ogawa media. Results. A total of 130 samples were collected. The positivity for M.tuberculosis in Middlebrook 7H11/human blood, Middlebrook 7H11/sheep blood and Ogawa was 45.38 per cent, 46.15 per cent and 43.84 per cent respectively. The mean times for growth for the M. tuberculosis were 12.81 more or less 6.52, 13.07 more or less 6.63 and 20.14 more or less 6.75 days (p minor that 0,01 for the comparison of agar based medium versus Ogawa). Conclusions. The combination of Middlebrook 7H11 with sheep or human blood has a comparable diagnostic yield but a shorter growth time than the Ogawa solid media.

Development of a clinical scoring system for the diagnosis of smear-negative pulmonary tuberculosis

This study developed a clinical score based on clinical and radiographic data for the diagnosis of smear-negative pulmonary tuberculosis (SNPT). SNPT was defined as a positive culture in Ogawa in a patient with two negative sputum smears. Data from patients admitted to the emergency ward with respiratory symptoms and negative acid-fast bacilli (AFB) smears was analyzed by means of logistic regression to develop the predictive score.Two hundred and sixty two patients were included. Twenty patients had SNPT. The variables included in the final model were hemoptysis, weight loss, age > 45 years old, productive cough, upper-lobe infiltrate, and miliary infiltrate. With those, a score was constructed. The score values ranged from -2 to 6. The area under the curve for the ROC curve was 0.83 (95 percent CI 0.74-0.90). A score of value 0 or less was associated with a sensitivity of 93 percent and a score of more than 4 points was associated with a specificity of 92 percent for SNPT. Fifty-two point twenty-nine percent of patients had scores of less than one or more than four, what provided strong evidence against and in favor, respectively, for the diagnosis of SNPT. The score developed is a cheap and useful clinical tool for the diagnosis of SNPT and can be used to help therapeutic decisions in patients with suspicion of having SNPT.

Identificación rápida de mutaciones puntuales en el gen katG (Catalasa-Peroxidasa) en cepas de Mycobacterium tuberculosis resistentes a isoniacida / Rapid identification of punctual mutations in the gene katG (Catalasa-Peroxidasa) in Mycobacterium's vine-stocks resistant tuberculoses to isoniacida

Antecedentes: Emplear los métodos tradicionales para la determinación de la susceptibilidad del Mycobacterium tuberculosis a diferentes antibióticos demora en el mejor de los casos 8 semanas. Si usßramos técnicas de biología molecular la identificación de cepas de Mycobacterium tuberculosis resistentes, mediante la detección rßpida de los polimorfismos asociados en estos genes, sería en unas pocas horas. Métodos: En94 cultivos positivos de M. tuberculosis resistentes a isoniacida se hizo la extracción de ADN según lo descrito por Van Soolingen. Con el ADN se uso la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para la amplificación del gen katG. Para detectar la mutación Arg463Leu el fragmento amplificado fue digerido con Nci1 . La mutación del codón 315 fue detectada por digestión del producto de PCR con MspA1l. Resultados: Se encontró que sólo 9 (9.5 por ciento) de las 94 cepas resistentes tenían una mutación en el codón 463. En cambio con la endonucleasa de restricción MspA1l hemos encontrado que las 94 (100 por ciento) cepas tenían una mutación en el codón 315, siendo lamßs prevalente AGC@AAC(Ser315Thr).Conclusiones: El 100 por ciento de las 94 cepas de M. tuberculosis resistentes a isoniacida tuvieron una mutación en el codón 315 del gen katG.

Caracterización de las mutaciones en el gen rpoß asociadas a la resistencia a rifampicina en pacientes con tuberculosis pulmonar / Description of gene rpoß mutations associated with rifampicin resistance in patients with pulmonary tuberculosis

Antecedentes: la resistencia a rifampicina en M. tuberculosis involucra mutaciones en el gen rpoß que codifica a la subunidad ß de la ARN polimerasa. Objetivo: Identificar las mutaciones del gen rpoß, en cepas de M. tuberculosis asosciadas con resistencia a rifampicina aisladas de la Subregión de Salud Lima Norte, Perú. Materiales y métodos: Se cultivó en Lowestein - Jenseen 73 muestras de esputo de pacientes con tuberculosis pulmonar. A 62, con más de 10 colonias por tubo, se les comprobó susceptibilidad a isoniazida, rifampicina, estreptomicina y etambutol. Se realizó la extracción de ADN por PCR, clonación en el vector pGEM-T, transformación, selección de clonas recombinantes y secuenciamiento del ADN plasmídico para la determinación de los polimorfismos del gen rpoß. Resultados: 52 (83,9 por ciento) cepas fueron resistentes a rifampicina (Rif) y 10 (16,1 por ciento) susceptibles (Rif). Se encontró alteraciones en el gen rpoß en 51 de 52 cepas Rif. Se identificaron 20 mutaciones. Las mutaciones más frecuentes fueron encontradas en los codones Ser-531 (62,7 por ciento), His-526 (15,7 por ciento), Asp-516 (11,8 por ciento) y Gln-513 (5,9 por ciento). No se observó mutación alguna en las 10 cepas Rif. 94,2 por ciento de nuestras cepas Rif fueron también resistentes a isoniazida. Conclusiones: Se encontraron mutaciones en el gen rpoß de casi todas las cepas Rif; asimismo, casi todas las cepas Rif fueron también resistentes a isoniazida.