ABSTRACT
Twelve microsatellite loci previously developed in the tropical tree Cariniana estrellensis were genetically characterized in Cariniana legalis. Polymorphisms were assessed in 28 C. legalis individuals found between the Pardo and Mogi-Guaçu River basins in the state of São Paulo, Brazil. Of the 12 loci, 10 were polymorphic and exhibited Mendelian inheritance. The allelic richness at each locus ranged from 2-11, with an average of 7 alleles per locus, and the expected heterozygosity ranged from 0.07-0.88. These loci showed a high probability of paternity exclusion. The characteristics of these heterologous microsatellite markers indicate that they are suitable tools for investigating questions concerning population genetics in C. legalis.
ABSTRACT
An efficient and rapid DNA minipreparation modified method for frozen samples was developed for five tropical tree species: Copaifera langsdorffii, Hymenaea courbaril, Eugenia uniflora, Tabebuia roseo alba and Cariniana estrellensis. This procedure that dispenses the use of liquid nitrogen, phenol and the addition of proteinase K, is an adaptation of the CTAB-based DNA extraction method. The modifications included the use of PVP to eliminate the polyphenols, only one chloroform-isoamyl alcohol step and the addition of RNase immediately after extraction with chloroform. The yields of the DNA samples ranged from 25.7 to 42.1 µg from 100 mg leaf tissue. The DNA samples extracted by this method were successfully used for PCR (SSR and RAPD) analyses in these five and other twelve tropical tree species.
Este trabalho teve como objetivo otimizar um protocolo econômico, rápido e eficaz de minipreparação de DNA genômico, para as espécies florestais Copaifera langsdorffii (Óleo de Copaíba), Hymenaea courbaril (Jatobá), Eugenia uniflora (Pitanga), Tabebuia roseo alba (Ipê Branco) e Cariniana estrellensis (Jequitibá Branco). Este método é uma adaptação da técnica de extração CTAB de Doyle e Doyle (1990), o qual consiste principalmente na adição de PVP para eliminar polifenoles, somente uma etapa de extração com clorofórmio-álcool isoamílico e a adição da RNase A imediatamente após a extração com clorofórmio. O método também dispensa o uso de nitrogênio líquido, o uso do fenol e a adição de proteinase K. Os DNAs das espécies florestais extraídos apresentaram alto rendimento e boa qualidade, com rendimento de 25.7 a 42.1 µg de DNA a partir de 100 mg de tecido foliar congelado. Com este protocolo, em apenas 1 dia de trabalho, uma pessoa pode completar o isolamento do DNA de aproximadamente 50 amostras de folhas (dependendo da capacidade da centrífuga). O DNA obtido pode ser usado para métodos de análise baseados em PCR (SSR e RAPD).
ABSTRACT
Microsatellite markers were transferred and characterized for two Neotropical fig tree species, Ficus citrifolia and Ficus eximia. Our study demonstrated that microsatellite markers developed from different subgenera of Ficus can be transferred to related species. In the present case, 12 of the 15 primer pairs tested (80 percent) were successfully transferred to both of the above species. Eleven loci were polymorphic when tested across 60 F. citrifolia and 60 F. eximia individuals. For F. citrifolia, there were 4 to 15 alleles per locus, whereas expected heterozygosities ranged from 0.31 to 0.91. In the case of F. eximia, this was 2 to 12 alleles per locus and expected heterozygosities from 0.42 to 0.87.
Subject(s)
Ficus/genetics , Microsatellite Repeats , Alleles , Ecology , Polymorphism, GeneticABSTRACT
Trezentos e noventa indivíduos de uma populaçäo tri-híbrida brasileira foram estudados em relaçäo a 4 sistemas genéticos (ACP1, ESA, PEPA and ADA). Somente os alelos comuns foram detectados nesta populaçäo, com exceçäo do sistema ESA que apresentou frequencia polimórfica numa variante rara. Esta variante pode ser classificada como sendo ESA*Dmaci (Neel et al., 1977) or ESA*C (Tashian, 1965). Säo apresentadas as freqüências gênicas e fenotípicas e estas säo encontradas em distribuiçäo semelhante a de outras populaçöes descritas