Estimación de casos de VIH no diagnosticados en la región Cajamarca, Perú: vinculación probabilística entre bases de datos / Estimate of undiagnosed HIV cases in the Cajamarca region of Peru: probabilistic linkage between databases

Resumen Los casos de VIH no diagnosticados contribuyen al incremento de nuevas infecciones, estimar esta cifra es importante para evaluar estrategias en los programas de control de VIH. El objetivo de este estudio fue estimar el número de casos de VIH no diagnosticados en la Región Cajamarca, Perú entre el 2015 y 2021. Los casos de VIH se obtuvieron de tres fuentes de información: La Estrategia Sanitaria Regional de Prevención y Control de VIH (ESPC-VIH); el aplicativo de notificación epidemiológica de VIH (Noti-VIH) y el sistema de información de laboratorio (Netlab). Se vincularon las tres bases de datos; un análisis de captura recaptura mediante un modelo log-linear, proporcionó estimaciones del número de casos de VIH no diagnosticados, tomando en cuenta las interacciones y el criterio de información de Akaike. Después de la vinculación se obtuvo 991 casos de VIH registrados. Se estimaron 1388 casos (IC 95%: 1265,6-1542,8) de personas viviendo con VIH, de los cuales 393 (28,4%) no fueron diagnosticados. El subregistro de cada fuente fue 51,9% en la ESPC-VIH, 63,6% en Netlab y 88% en Noti-VIH. Se concluyó que un número elevado de casos de VIH no fueron diagnosticados, siendo necesario replantear estrategias para incrementar la detección sistemática de casos de VIH.

Abstract Undiagnosed HIV cases contribute to the increase in new infections, therefore estimating this figure is important in order to assess strategies in HIV control programs. The objective of this study was to estimate the number of undiagnosed HIV cases in the Cajamarca region in Peru between 2015 and 2021. HIV cases were obtained from three sources of information: The Regional Health Strategy for HIV Prevention and Control (ESPC-HIV); the HIV epidemiological notification application (Noti-HIV), and the laboratory information system (Netlab). The three databases were linked; a capture-recapture analysis using a log-linear model provided estimates of the number of undiagnosed HIV cases, taking into account interactions and the Akaike information criterion. After linkage, 991 registered HIV cases were obtained. An estimated 1388 cases (95%CI: 1265.6-1542.8) of people living with HIV were estimated, of which 393 (28.4%) were not diagnosed. The underreporting of each source was: 51.9% in the ESPC-HIV; 63.6% in Netlab; and 88% in Noti-HIV. The conclusion drawn was that a high number of HIV cases went undiagnosed, and strategies need to be reconsidered to increase the systematic detection of HIV cases.

Distribución geográfica y tipo de infección del virus linfotrópico T humano en pacientes peruanos 2019-2021

En el presente estudio describimos y caracterizamos la distribución geográfica de los casos positivos confirmados a HTLV-1 y 2 de pacientes peruanos con diagnóstico presuntivo entre 2019 y 2021. De un total de 555 muestras positivas confirmadas, 546 (98,4%) fueron HTLV-1 y 9 (1,6%) HTLV-2. Además, 22 de 24 departamentos del Perú presentaron casos de HTLV-1, siendo los principales motivos de solicitud de confirmación diagnóstica: aspirante a donar sangre con prueba de tamizaje reactivo, sospecha de leucemia/linfoma y paraparesia espástica tropical. Los resultados reflejan que la identificación de los puntos críticos constituye una brecha persistente respecto al diagnóstico, siendo cruciales para reducir el número de nuevos casos en Perú.

In the present study we describe and characterize the geographic distribution of HTLV-1 and 2 positive cases from Peruvian patients with presumptive diagnosis 2019 - 2021. Of a total of 555 confirmed positive samples, 546 (98.4%) were HTLV-1 and 9 (1.6%) HTLV-2. In addition, 22 of 24 departments of Peru presented cases of HTLV-1. The main reasons for requesting a confirmatory diagnosis being: aspiring to donate blood with a reactive screening test, suspicion of leukemia/ lymphoma and tropical spastic paraparesis. The results reflect that the identification of critical points constitutes a persistent gap regarding the diagnosis, being crucial to reduce the number of new cases in Peru.

Evaluación de una prueba de reacción en cadena de la polimerasa múltiplex anidada para la detección de HTLV-1

El Perú es un área endémica al virus linfotrópico T humano tipo 1 (HTLV-1) y para su confirmación diagnóstica se usa pruebas serológicas que pueden dar resultados no concluyentes. Objetivos: evaluar una prueba de PCR múltiplex anidada para diagnosticar el HTLV-1. Métodos: la validación de la PCR se realizó con primers dirigidos a las regiones Pol y LTR del HTLV-1. Se empleó el gen ß-globina como control endógeno interno y el límite de detección se evaluó con células MT2. Los parámetros de precisión diagnóstica se evaluaron frente a 95 muestras sanguíneas de Referencia. Resultados: la prueba evaluada obtuvo un límite de detección de 0,5 ng/µL de ADN sensibilidad diagnóstica=97,1%, especificidad diagnóstica y analítica=100%, vpn=97,2%, vpp, repetibilidad y reproducibilidad=100%; Kappa, Índice Youden=0,97. Conclusiones: la prueba evaluada presenta un alto rendimiento diagnóstico y debido a su bajo costo se recomienda su implementación en el algoritmo del diagnóstico de HTLV-1 en Perú.

Peru is an endemic area for human T-lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) and for its diagnostic confirmation serological tests are used, which can give inconclusive results. Objectives: to evaluate a nested multiplex PCR test to diagnose HTLV-1. Methods: PCR validation was performed with primers targeting the Pol and LTR regions of HTLV-1. The ß-globin gene was used as an internal endogenous control and the detection limit was evaluated with MT2 cells. Diagnostic accuracy parameters were evaluated against 95 Reference blood samples. Results: the evaluated test obtained a detection limit of 0.5 ng/µL of DNA; diagnostic sensitivity=97.1%, diagnostic and analytical specificity=100%, vpn=97.2%, vpp, repeatability and reproducibility=100%; Kappa, Youden Index=0.97. Conclusions: the evaluated test has a high diagnostic performance and due to its low cost, its implementation in the HTLV-1 diagnosis algorithm in Peru is recommended.

Análisis bibliométrico de la producción científica y contribuciones en el campo biomédico de una facultad peruana de ciencias biológicas

La producción científica de las facultades de Ciencias Biológicas en el campo biomédico no ha sido evaluada en el Perú. El objetivo del estudio fue analizar las características de la producción científica y las contribuciones a las ciencias biomédicas de la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional Pedro Ruiz Gallo, Perú (FCCBB-UNPRG). Se realizó un estudio descriptivo con enfoque bibliométrico; se consultaron tres bases de datos (Scopus, PubMed y LILACS) para buscar artículos que tuvieran, mínimo, un autor afiliado a la FCCBB-UNPRG. Se consignaron los siguientes datos: tipo de publicación, idioma, datos de autoría, financiamiento, año, área de publicación, datos de la revistas e instituciones colaborativas. Se realizó un análisis descriptivo y se elaboraron mapas de redes, utilizando el software VOSviewer. Se recopilaron 46 documentos; la mayoría son artículos (n = 36, 78,26 %), cartas (n = 9, 19,57 %) y reporte de casos (n = 1, 2,17 %); publicados en 30 revistas científicas, principalmente extranjeras. Existió mayor contribución en las áreas de microbiología, virología y parasitología. Se involucraron 42 instituciones colaborativas. Cerca del 90 % de las publicaciones no fueron financiadas. En los últimos años se observó un crecimiento en el número de publicaciones en diferentes áreas temáticas; esto demuestra el compromiso de la FCCBB-UNPRG con la investigación en el campo biomédico y la formación de investigadores. Se espera la implementación de políticas de investigación que involucren pautas y/o directrices para lograr un incremento sostenido de la producción científica.

The scientific production of the faculties of Biological Sciences in the biomedical field has not been evaluated in Peru. The objective of this study was to analyze the characteristics of the scientific production and the contributions to the biomedical sciences of the Faculty of Biological Sciences of Pedro Ruiz Gallo National University, Peru (FCCBB-UNPRG). A descriptive study with a bibliometric approach was carried out. Three databases (Scopus, PubMed, and LILACS) were consulted to search for articles that had, at least, one author affiliated with the FCCBB-UNPRG. The following data were recorded: type of publication, language, authorship data, funding, year, publication area, journal data, and collaborating institutions. A descriptive analysis was carried out and network maps were elaborated, using the VOSviewer software. Forty-six documents were retrived; the majority were articles (n = 36, 78.26%), letters (n = 9, 19.57%) and case reports (n = 1, 2.17%); published in 30 scientific journals, mainly foreign. Greater contribution was observed in microbiology, virology and parasitology. Fotry-two collaborative institutions were involved. About 90% of the publications were not funded. A growth in the number of publications in different thematic areas has been noted in recent years, which demonstrates the commitment of FCCBB-UNPRG to research in the biomedical field and the training of researchers. The implementation of research policies including guidelines and/or directives is expected to achieve sustained increase in scientific production.

Recuento de linfocitos CD4, carga viral y colonización oral por Candida en personas viviendo con VIH/SIDA

Objetivos: determinar la correlación entre el recuento de CD4, carga viral y la colonización oral por Candida en personas viviendo con VIH/SIDA (PVVS) que reciben terapia antirretroviral (TAR). Métodos: se realizó un estudio transversal correlacional con 35 participantes que recibían tratamiento antirretroviral. Mediante citometría de flujo se determinó el recuento de CD4; la carga viral se determinó mediante RT-PCRq y la confirmación de colonización oral se realizó mediante aislamiento de Candida spp. Resultados: el recuento de CD4 se correlacionó significativamente de manera inversa con la carga viral (rho de Spearman = -0,457, p=0,006; Kendall Tau-b= -0,306, p=0,012) y con la colonización oral por Candida (rho de Spearman = -0,442, p=0,008; Kendall Tau-b= -0,366, p=0,010), no se encontró significancia estadística entre la carga viral y colonización (p>0,05). Conclusiones: En las PVVS que reciben TAR, los recuentos bajos de CD4 se relacionan con mayor colonización oral por Candida, no se encontró asociación de dicha colonización con la carga viral.

Objectives: to determine the correlation between CD4 count, viral load, and oral Candida colonization in people living with HIV/AIDS (PLWHA) receiving antiretroviral therapy (ART). Methods: a correlational cross-sectional study was conducted with 35 participants receiving antiretroviral treatment. Using flow cytometry, the CD4 count was determined; the viral load was determined by RT-PCRq and confirmation of oral colonization was made by isolating Candida spp. Results: CD4 count was significantly inversely correlated with viral load (Spearman's rho = -0.457, p=0.006; Kendall Tau-b= -0.306, p=0.012) and with oral Candida colonization (Spearman's rho = -0.442, p=0.008; Kendall Tau-b= -0.366, p=0,010), no statistical significance was found between viral load and colonization (p>0.05). Conclusions: in PLWHA receiving ART, low CD4 counts are associated with greater oral colonization by Candida; no association of said colonization with viral load was found.

Frecuencia del gen mecA en Staphylococcus aureus meticilinorresistente en un hospital de tercer nivel en Perú

Objetivos: determinar la frecuencia del gen mecA en Staphylococcus aureus resistente a meticilina (MRSA) aislados de pacientes atendidos en un hospital de tercer nivel en la región Cajamarca, Perú; asimismo, determinar cuál de los dos antibióticos usados como screening fenotípico tiene mayor utilidad para explicar la presencia de dicho gen. Métodos: se analizaron 71 aislamientos bacterianos provenientes de muestras del Hospital Regional Docente de Cajamarca, la identificación de S. aureus se llevó a cabo mediante el equipo MicroScan. El screening fenotípico para resistencia a meticilina se realizó mediante la técnica de difusión, con discos de cefoxitina y oxacilina. La extracción de ADN se realizó mediante shock térmico, la detección del gen mecA se realizó mediante reacción en cadena de la polimerasa. El análisis estadístico se realizó con el software SPSS v.25. Resultados: de los 71 aislados, 40 (56,3%) fueron MRSA portadores del gen mecA, la mayoría de estos aislamientos correspondieron a pacientes hospitalizados 22 (31,0%), siendo más frecuentes en muestras de secreción bronquial 27 (38,0%). El screening fenotípico con disco de cefoxitina predijo mejor la presencia del gen mecA [P=0,010; Exp(B)= 12,3] en comparación con el disco de oxacilina. Conclusiones: este estudio demostró alta frecuencia de MRSA mecA positivo en muestras de origen clínico, principalmente de pacientes hospitalizados. Es importante establecer medidas de vigilancia para identificar MRSA en todos los hospitales de la región.

Objective: to determine the frequency of the mecA gene in methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolated from patients treated at a third-level hospital in the Cajamarca region, Peru; as well as, to determine which of the two antibiotics used as phenotypic screening is more useful in explaining the presence of said gene. Methods: 71 bacterial isolates were analyzed from samples obtained from the Hospital Regional Docente of Cajamarca. The identification of S. aureus was carried out using the MicroScan system. Phenotypic screening for resistance to methicillin was performed using the diffusion technique with cefoxitin and oxacillin discs. DNA extraction was performed by heat shock, mecA gene detection was performed through polymerase chain reaction. For data analysis, the statistical software SPSS v.25 was used. Results: from 71 isolates, 40 (56,3%) were MRSA carriers of the mecA gene, the majority of these isolates corresponded to hospitalized patients 22 (31,0%), being more frequent in bronchial secretion samples 27 (38,0%). Phenotypic screening with cefoxitin disc was a better predictor for the presence of the mecA gene [P=0,010; Exp(B)= 12,3] compared to the oxacillin disc. Conclusions: It is shown a high frequency of positive MRSA mecA in samples of clinical origin, mainly from hospitalized patients. It is important to establish surveillance guidelines to identify MRSA in all hospitals in the region.

Correlación entre el umbral de ciclo de la RPC en tiempo real y la clasificación clínica de la COVID-19 / Correlation between real-time PCR cycle threshold and clinical classification of COVID-19

INTRODUCCIÓN: El umbral de ciclo (en inglés cycle threshold-Ct) de la reacción de polimerasa en cadena en tiempo real con transcripción reversa (RT-qPCR) indica la concentración relativa de una secuencia de ARN; este valor se ha relacionado con la expresión de cuadros clínicos en infecciones virales. OBJETIVO: Determinar la correlación entre el valor Ct y la clasificación clínica de la COVID-19. MÉTODO: Se realizó un estudio transeccional correlacional; los valores Ct se obtuvieron mediante RT-qPCR dirigida al gen N del SARS-CoV-2 agrupándolos mediante un estimador robusto central y relacionándose con la clasificación clínica de la COVID-19. RESULTADOS: De los 718 casos incluidos en el estudio; 77,7% (558) fueron leves; 21,3% (153) moderados y 1% (7) graves. El valor Ct se agrupó en niveles: Ct bajo 18,83 - 30,10 y Ct alto > 30,10. Existió correlación significativa inversa débil (p = 0,002; rho de Spearman = -0,117) entre el valor Ct y la clasificación clínica. Las características: sexo, edad menor a 65 años, fiebre, escalofrío, diarrea, anosmia y sobrepeso-obesidad estuvieron asociadas al valor de Ct. CONCLUSIÓN: A menor valor Ct se espera una clasificación de mayor gravedad de la COVID-19; no obstante, debido a que la correlación es débil, su utilidad como predictor de gravedad es limitada.

BACKGROUND: The cycle threshold (Ct) of real-time reverse transcription PCR (RT-qPCR) indicates the relative concentration of an RNA sequence, this value has been related to clinical profile in viral infections. AIM: To determine the correlation between the Ct value and the clinical classification of COVID-19. METHOD: A correlational cross-sectional study was carried out, the Ct values were obtained by RT-qPCR directed to the N gene of SARS-CoV-2, grouping them by means of a central robust estimator and related to the clinical classification of COVID-19. RESULTS: Of the 718 cases included in the study; 77.7% (558) were mild; 21.3% (153) moderate and 1% (7) severe. The Ct value was grouped into levels: low Ct 18.83-30.10 and high Ct> 30.10. There was a weak inverse significant correlation (p = 0.002; Spearman's rho = -0.117) between the Ct value and the clinical classification. The characteristics: sex, age under 65 years, fever, chills, diarrhea, anosmia, and overweightobesity were associated with the Ct value. CONCLUSION: The lower the Ct value, a classification of greater severity of COVID-19 is expected, however, because the correlation is weak, its usefulness as a severity predictor is limited.

Subregistro y exhaustividad de los sistemas de vigilancia de tuberculosis en una región del Perú: un análisis de captura-recaptura / Underreporting and exhaustiveness of tuberculosis surveillance systems in a region of Peru: a capture-recapture analysis / Subnotificação e exaustividade dos sistemas de vigilância da tuberculose em uma região do Peru: uma análise de captura-recaptura

Esta investigación buscó determinar el subregistro de casos de tuberculosis (TB) en la Región Cajamarca, Perú, en los años 2017 y 2018, mediante el método de captura recaptura, asimismo estimar la tasa de incidencia a través de este método, evaluar la exhaustividad de los sistemas de vigilancia, y describir las características epidemiológicas de la TB en el periodo estudiado. Se realizó un estudio descriptivo, retrospectivo en la Región Cajamarca; se analizaron dos sistemas de vigilancia: el Sistema de Información Gerencial de Tuberculosis (SIGTB) y el Sistema Epidemiológico de Tuberculosis (SIEPI-TB), en base al número de casos registrados en cada sistema se aplicó el método de captura y recaptura para obtener una estimación de casos reales, validando los datos con un modelo log-lineal en el entorno estadístico R. Los mayores subregistros en los sistemas fueron: 40,7% en el 2017 y 25,6% en el 2018; se encontró que las tasas de incidencia estimadas en ambos años fueron superiores a las reportadas por los sistemas oficiales, el sistema de vigilancia más exhaustivo fue el SIEPI-TB. Los resultados indican la existencia de un preocupante subregistro y la necesidad de monitoreo de los sistemas de vigilancia de tuberculosis.

This study sought to determine the underreporting of tuberculosis (TB) cases in the Cajamarca Region, Peru in 2017 and 2018 through the capture-recapture method and to estimate the TB incidence rate using this method, assess the exhaustiveness of surveillance systems, and describe the epidemiological characteristics of TB in this period. A descriptive, retrospective study was performed in the Cajamarca Region; the surveillance systems were analyzed were the TB Management Information System (SIGTB) and the TB Epidemiological System (SIEPI-TB). Based on the number of cases recorded in each system, the capture-recapture method was applied to obtain an estimation of real cases, validating the data with a log-linear model in the R statistical environment. The largest underreporting rates in the systems were 40.7% in 2017 and 25.6% in 2018; the estimated incidence rates in both years were higher than those reported by the official systems, the most exhaustive surveillance system was SIEPI-TB. The results indicate the existence of worrisome underreporting and the need to monitor the TB surveillance systems.

Esta pesquisa procurou aferir a subnotificação de casos de tuberculose (TB) na Região de Cajamarca, nos anos 2017 e 2018 usando o método de captura-recaptura, também para estimar a taxa de incidência através deste método, avaliar a abrangência dos sistemas de vigilância e descrever as características epidemiológicas da tuberculose no período estudado. Um estudo descritivo e retrospectivo foi realizado na Região de Cajamarca; foram analisados dois sistemas de vigilância: o Sistema de Informação de Gestão da Tuberculose (SIGTB) e o Sistema Epidemiológico da Tuberculose (SIEPI-TB). Com base no número de casos registrados em cada sistema, o método de captura-recaptura foi aplicado para obter uma estimativa de casos reais, validando os dados com um modelo log-linear no ambiente estatístico R. As maiores subnotificações nos sistemas foram: 40,7% em 2017 e 25,6% em 2018; verificou-se que as taxas de incidência estimadas em ambos os anos foram mais altas do que as relatadas pelos sistemas oficiais, e que o sistema de vigilância mais abrangente foi o SIEPI-TB. Os resultados indicam a existência de uma subnotificação preocupante e a necessidade de monitoramento dos sistemas de vigilância da TB.