Hospital-based tuberculosis control activities in five cities of Latin America / Actividades hospitalarias de control de la tuberculosis en cinco ciudades de América Latina / Atividades de controle da tuberculose em hospitais em cinco cidades da América Latina

ABSTRACT Objective To generate actionable insights for improving TB control in urban areas by describing the tuberculosis (TB) control activities of hospitals in five cities in Latin America. Methods A descriptive study of hospital-based TB control activities was conducted in 2013-2015 using a cross-sectional survey designed by the Pan American Health Organization and administered in Guatemala City, Guatemala; Guarulhos, Brazil; Bogotá, Colombia; Lima, Peru; and Asunción, Paraguay. Data were analyzed using Chi-squared, Fisher exact tests, and the Mantel-Haenszel test for Risk Ratios, as necessary (P < 0.05). Results While variation among cities existed, most hospitals (91.3%) conducted acid-fast bacilli smears for TB diagnosis and had a quality control process (94.0%), followed national TB guidelines (95%), and reported TB cases to the respective health authorities (96%). Additionally, TB treatment was offered free of charge almost universally (97.1%). However, only 74.2% of hospitals were supervised by the national or local TB programs; 52.8% followed up on the outcome of referrals; and 39.1% offered full ambulatory TB treatment, with 68.7% using Directly-Observed Therapy. Conclusion The study underscored strengths and weaknesses in specific areas for TB control activities in hospitals and highlighted the importance and complexity of coordinating efforts among private and public hospitals and the various stakeholders. Local TB programs and health authorities should use these results to enhance the quality of TB-related actions in hospitals in similar settings.

RESUMEN Objetivo Generar información utilizable para mejorar el control de la tuberculosis en las zonas urbanas describiendo las actividades hospitalarias de control de la tuberculosis de cinco ciudades de América Latina. Métodos Se realizó un estudio descriptivo de las actividades hospitalarias de control de la tuberculosis mediante una encuesta transversal formulada por la Organización Panamericana de la Salud y administrada entre el 2013 y el 2015 en Ciudad de Guatemala (Guatemala), Guarulhos (Brasil), Bogotá (Colombia), Lima (Perú) y Asunción (Paraguay). Los datos fueron analizados con la prueba de la ji al cuadrado, la prueba exacta de Fisher y la prueba de asociación de Mantel-Haenszel de las razones de riesgos, según fuera necesario (P < 0,05). Resultados Pese a la variación observada entre las ciudades, la mayor parte de los hospitales (91,3 %) realizan frotis de bacilos acidorresistentes para diagnosticar la tuberculosis y disponen de un proceso de control de la calidad (94,0 %), siguen las directrices nacionales respecto de la tuberculosis (95 %) y notifican los casos a las autoridades de salud respectivas (96 %). Además, casi todos ofrecen tratamiento antituberculoso gratuito (97,1 %). Sin embargo, solo el 74,2 % de los hospitales está supervisado por el programa nacional o local contra la tuberculosis; el 52,8 % hace el seguimiento de la evolución de los pacientes derivados; y el 39,1 % ofrece tratamiento antituberculoso plenamente ambulatorio a los pacientes, del cual el 68,7 % corresponde al tratamiento bajo observación directa. Conclusiones En el estudio se ponen de relieve las fortalezas y las debilidades de aspectos específicos de las actividades hospitalarias de control de la tuberculosis, así como la importancia y la complejidad que reviste coordinar los esfuerzos entre los hospitales privados y públicos y los diversos interesados directos. Los programas locales contra la tuberculosis y las autoridades de salud deben aprovechar estos resultados para mejorar la calidad de las actividades hospitalarias relacionadas con la tuberculosis en entornos similares.

RESUMO Objetivo Originar insights proativos para melhorar o controle da tuberculose (TB) em áreas urbanas descrevendo as atividades de controle da TB em hospitais em cinco cidades na América Latina. Métodos Estudo descritivo das atividades de controle da TB em hospitais realizado em 2013-2015 com base em pesquisa transversal concebida pela Organização Pan-Americana da Saúde e conduzida na Cidade da Guatemala (Guatemala), Guarulhos (Brasil), Bogotá (Colômbia), Lima (Peru) e Assunção (Paraguai). Os dados foram analisados com o uso do teste qui-quadrado, teste exato de Fisher e teste de Mantel-Haenszel para razões de risco, conforme necessário (P < 0,05). Resultados Apesar de ter existido variação entre as cidades, a maioria dos hospitais (91,3%) realizou o teste de esfregaço de bacilos acidorresistentes para o diagnóstico de TB e dispunha de um processo de controle de qualidade (94,0%), seguiu os protocolos nacionais de TB (95%) e notificou casos de TB aos órgãos sanitários competentes (96%). Além disso, o tratamento de TB foi proporcionado gratuitamente quase como um todo (97,1%). Porém, somente 74,2% dos hospitais receberam supervisão dos programas locais ou nacionais de combate à TB; 52,8% acompanharam os desfechos dos encaminhamentos e 39,1% ofereceram tratamento de TB ambulatorial completo, sendo que 68,7% usaram o tratamento diretamente observado. Conclusões O estudo destacou os pontos fortes e os pontos fracos em áreas específicas das atividades de controle da TB em hospitais e ressaltou a importância e a complexidade de coordenar esforços entre hospitais públicos e privados e as diversas partes envolvidas. Os programas locais de combate à TB e as autoridades sanitárias devem se basear nestes resultados para melhorar a qualidade das ações relacionadas à TB nos hospitais em condições semelhantes.

Assessment of Epstein-Barr virus nucleic acids in gastric but not in breast cancer by next-generation sequencing of pooled Mexican samples

Gastric (GC) and breast (BrC) cancer are two of the most common and deadly tumours. Different lines of evidence suggest a possible causative role of viral infections for both GC and BrC. Wide genome sequencing (WGS) technologies allow searching for viral agents in tissues of patients with cancer. These technologies have already contributed to establish virus-cancer associations as well as to discovery new tumour viruses. The objective of this study was to document possible associations of viral infection with GC and BrC in Mexican patients. In order to gain idea about cost effective conditions of experimental sequencing, we first carried out an in silico simulation of WGS. The next-generation-platform IlluminaGallx was then used to sequence GC and BrC tumour samples. While we did not find viral sequences in tissues from BrC patients, multiple reads matching Epstein-Barr virus (EBV) sequences were found in GC tissues. An end-point polymerase chain reaction confirmed an enrichment of EBV sequences in one of the GC samples sequenced, validating the next-generation sequencing-bioinformatics pipeline.

Análisis in silico de proteínas potencialmente involucradas en la biogénesis de fimbrias en Helicobacter pylori / In silico analysis of proteins potentially involved in fimbrial biogenesis in Helicobacter pylori

Introducción. La colonización e infección crónica por Helicobacter pylori es el factor de mayor contribución al desarrollo de cáncer gástrico. Se ha descrito un gran repertorio de adhesinas que contribuyen a la adaptación específica de la bacteria al nicho gástrico y, para H. pylori , al igual que en otras bacterias patógenas, la formación de biopelícula es fundamental en la supervivencia a ambientes no favorables. Las fimbrias o pili tipo IV son responsables de la adhesión de diversas bacterias patógenas ( Escherichia coli , Pseudomonas aeruginosa y Vibrio cholerae) a distintas superficies. El objetivo de este trabajo fue identificar y analizar genes que pudieran codificar para proteínas involucradas en la biogénesis de fimbrias en H. pylori y caracterizar su expresión durante la formación de biopelícula. Métodos. Se emplearon herramientas bioinformáticas y moleculares, tales como la base de datos del NCBI para la búsqueda de secuencias de proteínas relacionadas con la biogénesis de fimbrias, así como la herramienta de PSI BLAST. Los alineamientos múltiples se realizaron con el programa T-COFFEE y HMMER. La predicción de las estructuras secundarias se realizó con ANTHEPROT y las estructuras terciarias se predijeron con el programa I-TASSER. Resultados. Se identificaron dos homólogos, jhp0257 y HP0272, de la proteína PilN de Campylobacter rectus y Xilella fastidiosa , la cual es parte de la maquinaria del ensamble de la fimbria tipo IV. Asimismo, las proteínas jhp0887 y HP0953 presentaron homología a nivel del péptido señal de PilA de P. aeruginosa , y la proteína HP0953 se sobreexpresó durante la formación de la biopelícula. Conclusiones. H. pylori posee proteínas homólogas a las proteínas de familias fimbriales, específicamente PilN y PilA, que ensamblan fimbria tipo IV en otras bacterias. Esta última tiene un nivel de expresión mayor durante la etapa inicial del proceso de formación de biopelícula.

Background. Colonization and chronic infection with Helicobacter pylori is the major contributing factor to the development of gastric cancer. A large repertoire of adhesins has been described that contribute to the adaptation of bacteria to a specific gastric niche. As in other pathogenic bacteria, H. pylori biofilm formation is central to survival on unfavorable environments. Type IV pili or fimbriae are responsible for the adhesion of many pathogenic bacteria (e.g., Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Vibrio cholerae ) to various surfaces. The aim of this study was to identify and analyze genes that might encode proteins involved in the biogenesis of fimbriae on H. pylori and characterize their expression during biofilm formation. Methods. PSI BLAST, bioinformatics and molecular tools were used as well as the NCBI database search for sequences related to protein biogenesis of fimbriae. Multiple alignments were performed using the HMMer and T-COFFEE programs. The secondary structure prediction was performed with ANTHEPROT and the tertiary structures were predicted with the I-Tasser. Results. We identified two counterparts-jhp0257 and HP0272-from protein of Campylobacter rectus and PilN Xilella fastidiosa , which is part of the machinery of assembly type IV fimbria. Similarly, proteins jhp0887 and HP0953 show homology from peptide PilA level of P. aeruginosa , and the HP0953 protein is overexpressed during the formation of the biofilm. Conclusions. H. pylori possesses proteins homologous to fimbrial protein families, specifically PilN and PilA, which join type IV fimbriae in other bacteria. The latter has a higher expression level during the initial stage of the formation of biofilm.

Enfermedad de Kawasaki y fenómeno de Raynaud en un paciente de 15 años de edad

La enfermedad de Kawasaki es una síndrome febril agudo acompañado por inyección conjuntival, exantema polimorfo, eritema e induración en manos, afección de la mucosa oral y linfadenopatías cervicales. Durante la fase de convalecencia se presenta descamación en palmas y plantas. Aunque esta entidad se manifiesta principalmente en niños menores de cinco años, también ha sido descrita en otros grupos etáreos. Describimos el caso de un individuo de 15 años de edad que cumple con todos los criterios diagnósticos y que tiene además la particularidad de presentar un fenomeno de Raynaud como manifestación asociada. Fue manjeado con gammaglobulina endovenosa y aspirina. No se identificaron complicaciones cardiovasculares. Es el primer caso descrito en un adolescente colombiano y el tercero informado en nuestra literatura.