Statistical analysis of 484 Mycobacterium tuberculosis genomes reveals an association between single nucleotide polymorphisms on ponA1 gene and LAM and Haarlem lineages / Análisis estadístico de 484 genomas de Mycobacterium tuberculosis revela una asociación entre los polimorfismos de un solo nucleótido en el gen ponA1 y los linajes LAM y Haarlem

Abstract Objectives: Evaluate the association between rifampicin resistance and the presence of at least one SNP in the rpoB and ponA1 genes and the spoligotype defined lineages. Material and Methods: This study analyzed two databases of 484 genomes of M. tuberculosis from strains isolated from patients in the cities of Lima and Callao, for which the odds ratio (OR) was calculated considering belonging to a certain spoligotype defined lineages as an exposure factor. Results: No statistically significant association (ρ value> 0.05) was found between the presence of at least one SNP in the rpoB gene and the lineages included in the study (LAM, Haarlem, T and Beijing). However, a statistically significant association was found between the presence of at least one SNP in the ponA1 gene and the LAM and Haarlem lineages (ρ value <0.05). An association was found between the P631S SNP in the ponA1 gene and the LAM and Haarlem lineages; and the A516T SNP, of this same gene, presented an association with the LAM lineage. Likewise, an association was found between rifampicin resistance and the LAM lineage. Conclusions: The presence of SNPs in the ponA1 gene is associated with the LAM and Haarlem lineages.

Resumen Objetivos: Evaluar la asociación entre la resistencia a rifampicina y la presencia de al menos un SNP en los genes rpoB y ponA1 y los linajes definidos por espoli gotipos. Material y Métodos: Este estudio analizó dos bases de datos de 484 genomas de M. tuberculosis de cepas aisladas de pacientes de las ciudades de Lima y Callao, para lo cual se calculó el odds ratio (OR) considerando la pertenencia a determinado linaje definido por espoligotipos como un factor de exposición. Resultados: No se encontró una asociación estadísticamente significativa (valor de ρ >0.05) entre la presencia de al menos un SNP en el gen rpoB y los linajes incluidos en el estudio (LAM, Haarlem, T y Beijing). No obstante, se halló una asociación estadísticamente significativa entre la presencia de al menos un SNP en el gen ponA1 y los linajes LAM y Haarlem (valor de ρ <0.05). Se encontró una asociación entre el SNP P631S del gen ponA1 y los linajes LAM y Haarlem; y el SNP A516T, de este mismo gen, presentó una asociación con el linaje LAM. Asimismo, se halló una asociación entre la resistencia a rifampicina y el linaje LAM. Conclusiones: La presencia de SNPs en el gen ponA1 está asociada con los linajes LAM y Haarlem.

Primer programa universitario de diplomado virtual y maestría en informática biomédica en el Perú / Development and institutionalization of the first online certificate and master program of biomedical informatics in global health in Perú

El entrenamiento en Informática Biomédica es fundamental para enfrentar los desafíos de un mundo globalizado. Sin embargo, el desarrollo de programas de entrenamiento e investigación en posgrado en esta área son escasos en América Latina. A través del QUIPU: Centro Andino de Investigación y Entrenamiento en Informática para la Salud Global, se ha desarrollado el primer programa de Diplomado y Maestría en Informática Biomédica en la Región Andina. El objetivo de este artículo es describir la experiencia del programa. A la fecha han participado 51 alumnos de Perú, Chile, Ecuador, Colombia y Venezuela; procedentes de ministerios de salud, hospitales, universidades, centros de investigación, colegios profesionales y empresas privadas. Diecisiete cursos se impartieron con la participación presencial y virtual de profesores de Argentina, Chile, Colombia, Estados Unidos, México y Perú. Este programa está ya institucionalizado en la Facultad de Salud Pública y Administración de la Universidad Peruana Cayetano Heredia.

Training in Biomedical Informatics is essential to meet the challenges of a globalized world. However, the development of postgraduate training and research programs in this area are scarce in Latin America. Through QUIPU: Andean Center for Training and research in Iformatics for Global Health, has developed the first Certificate and Master’s Program on Biomedical Informatics in the Andean Region. The aim of this article is to describe the experience of the program. To date, 51 students from Peru, Chile, Ecuador, Colombia and Venezuela have participated; they come from health ministries, hospitals, universities, research centers, professional associations and private companies. Seventeen courses were offered with the participation of faculty from Argentina, Chile, Colombia, USA, Mexico and Peru. This program is already institutionalized at the School of Public Health and Administration from the Universidad Peruana Cayetano Heredia.

Implementación de un sistema de telediagnóstico de tuberculosis y determinación de multidrogorresistencia basada en el método MODS en Trujillo, Perú / Implementation of a telediagnostic system for tuberculosis and determination of multi-drug resistance based in the MODS method in Trujillo, Peru

Objetivos. Implementar un sistema para el diagnóstico remoto de tuberculosis y multidrogorresistencia (MDR) usando el método Microscopic-Observation Drug Susceptibility Assay (MODS) en el Laboratorio de Micobacterias del Centro de Excelencia en Tuberculosis de Trujillo (CENEX-Trujillo). El sistema incluyó una variante de un algoritmo de reconocimiento de Mycobacterium tuberculosis recientemente reportado a partir de imágenes digitales de cultivos MODS de muestras de esputo. Materiales y métodos. Se optimizó un algoritmo de reconocimiento por medio de un reentrenamiento del modelo estadístico basado en imágenes digitales de cultivos MODS provenientes del Laboratorio de Micobacterias del CENEX-Trujillo. Se obtuvieron imágenes de 50 cultivos MODS positivos de pacientes con sospecha de tuberculosis multidrogorresistente entre enero y octubre de 2012 en el CENEX-Trujillo. Resultados. La sensibilidad y la especificidad en objetos, para reconocer cordones de tuberculosis fueron de 92,04% y de 94,93% respectivamente. La sensibilidad y la especificidad en foto, para determinar un campo positivo a tuberculoisis fueron 95,4% y de 98,07% respectivamente. Conclusiones. Los resultados demostraron la factibilidad de la implementación de telediagnóstico en lugares remotos, el cual puede contribuir con la detección temprana de tuberculosis multidrogorresistente mediante el método MODS...

Objectives. To implement a system for remote diagnosis of tuberculosis and multidrug resistance (MDR) using the Microscopic-Observation Drug Susceptibility Assay (MODS) method in the Mycobacteria Laboratory, Trujillo Center of Excellence in Tuberculosis (CENEX-Trujillo). The system included a variant of an algorithm for recognition of Mycobacterium tuberculosis recently reported from digital images of MODS cultures of sputum samples. Materials and methods. The recognition algorithm was optimized using a retraining statistical model based on digital images of MODS cultures from CENEX-Trujillo. Images of 50 positive MODS cultures of patients with suspected multidrug-resistant tuberculosis were obtained between January and October 2012 in the CENEX-Trujillo. Results. The sensitivity and specificity to recognize strings of tuberculosis were 92.04% and 94.93% respectively using objects. The sensitivity and specificity to determine a positive tuberculosis field were 95.4% and 98.07% respectively using pictures. Conclusions. The results demonstrated the feasibility of the implementation of telediagnostics in remote locations, which may contribute to the early detection of multidrug-resistant tuberculosis by MODS method...

Cisteínoproteasas Catepsinas L de Taenia solium: Rol biológico en la infección y potencial uso para el inmunodiagnóstico de la neurocisticercosis / Cathepsin L Cysteine Protease from Taenia solium: Its biological role in the infection and potential use for the immunodiagnosis of neurocysticercosis

Taenia solium es un helminto aplanado responsable de la teniosis y de la cisticercosis humana, siendo esta última producida por el consumo de huevos infectivos. Los cisticercos pueden desarrollarse en diferentes tejidos del hombre, frecuentemente en el sistema nervioso central causando la neurocisticercosis (NCC). Para el diagnóstico de la NCC se requiere de una adecuada interpretación de datos clínicos, resultados de neuroimagen y pruebas serológicas. Sin embargo, las pruebas serológicas podrían mejorarse con el desarrollo de antígenos candidatos capaces de incrementar su sensibilidad y especificidad. En los últimos años se han descrito una serie de proteínas de superficie y de secreción de T. solium esenciales para la interacción parásito-hospedero. Una de estas familias son las cisteínoproteasas catepsinas L, las cuales cumplen un rol preponderante para el desarrollo y supervivencia del parásito, participando en la invasión tisular, la evasión de la respuesta inmune, el desenquistamiento y enquistamiento del cisticerco. Son consideradas como antígenos potenciales para el inmunodiagnóstico de la neurocisticercosis.

Taenia solium is a plane helminth responsible for taeniasis and human cysticercosis, the latter being the result of the consumption of infective eggs. Cysticerci can develop in different human tissues, often in the central nervous system, causing neurocysticercosis (NCC). For the diagnosis of NCC, an adequate interpretation of clinical data, neuroimaging results and serological tests are required. However, serological tests could be improved by developing candidate antigens able to increase their sensibility and specificity. In the last years, a series of surface and secretory proteins of T. solium essential for the parasite-host interaction have been described. One of these families is cathepsin L cysteine proteases, which have a predominant role in the development and survival of the parasite. They take part in the tissue invasion, immune response evasion, excystation and encystment of cysticercus. They are considered potential antigens for the immunodiagnosis of neurocysticercosis.

Reforzando las capacidades en investigación en informática para la salud global en la región andina a través de la colaboración internacional / Strengthening global health informatics research within the Andean Region through international collaboration

Para mejorar la salud global y bienestar de una población se requiere de recursos humanos capacitados, no solo en el campo de la medicina y salud, sino también en el campo de la informática. Desafortunadamente, los programas de entrenamiento e investigación en informática biomédica en países en desarrollo son escasos y poco documentados. El objetivo del presente trabajo es reportar los resultados del primer Taller Internacional de Expertos en Informática para la región andina que se llevó a cabo en marzo de 2010 en Lima y que incluye la descripción de nueve casos de estudio procedentes de instituciones de América Latina. En el taller participaron 23 expertos latinoamericanos, quienes discutieron la necesidad de entrenamiento e investigación multidisciplinaria en informática biomédica en áreas prioritarias para América Latina. Además, se estableció la Red QUIPU debido a la necesidad de ampliar y consolidar una red de investigación y entrenamiento a nivel regional y global.

To improve global health and the welfare of a population, skilled human resources are required, not only in medicine and health, but also in the field of informatics. Unfortunately, training and research programs specific to biomedical informatics in developing countries are both scarce and poorly documented. The aim of this paper is to report the results from the first Informatics Expert Meeting for the Andean Region, including, nine Latin American based institutional case studies. This two-day event occurred in March 2010 and brought together twenty-three leaders in biomedical informatics from around the world. The blend of practical and experiential advice from these experts contributed to rich discussions addressing both challenges and applications of informatics within Latin American. In addition, to address the needs emphasized at the meeting, the QUIPU Network was established to expand the research consortium in the Andean Region, Latin America, and internationally. The use of these new technologies in existing public health training and research programs will be key to improving the health of populations in the Andean Region and around the globe.

Aspectos moleculares de la resistencia a pirazinamida en M. tuberculosis: implicancias para el desarrollo de nuevos métodos de diagnóstico y terapéutica / Molecular aspects of the resistance to pirazinamida in M. tuberculosis: implications for the development of new methods of diagnosis and therapeutics

Objetivo: Deseamos entender el polimorfismo del gen pirazinamidasa de M.tuberculosis en la población /peruana, y su correlación con las características ®estructura-función¼ de la enzima que codifica, para establecer los fundamentos moleculares del uso de técnicas de ADN para el diagnóstico de resistencia a PZA. Asimismo deseamos estudiar el efecto de altas concentraciones de Fe y Zn en la actividad enzimßtica de pncA como potenciadores de la terapia antituberculosa. Material y métodos: Hemos empleado la prueba MABA como la prueba referencia para comparar la técnica SSCP en la medición de la sus-ceptibilidada PZA. Adicionalmente hemos secuenciado el gen de pirazinamidasa de 20 cepas de M. tuberculosis y hemos determinado la actividad enzimßtica pirazinamidasa utilizando la prueba de Wayne. Para medir el efecto de los iones en la actividad enzimßtica, utilizamos la prueba de Wayne cuantitativa. Resultados: Hemos estudiado el polimorfismo del gen pncA utilizando secuenciamiento y el SSCP. Esta última técnica, sorprendentemente mostró unaimportante sensibilidad (92.9 por ciento y especificidad y un valor predictivo positivo de 93 por ciento para diagnosticar resistencia a PZA. Diversas mutaciones en el gen fueron detectadas en cepas resistentes a PZA,produciendo cambios de aminoßcidos asociados al sitio catalítico pero mayormente al sitio de coordinación del Zn, siendo la mutación D49N aparentemente la mßs prevalerte dentro de la población VIH positivos. Conclusiones: Las mutaciones mßs frecuentes asociadas a resistencia a PZA parecen afectar fundamentalmente la coordinación del Zn, frente a lo cual altas concentraciones de este ión, estimula la actividad pirazinamidasa, repotenciando el efecto de la PZA.