Molecular and functional study of pediatric patients with Niemann-Pick C in Argentina / Estudio molecular y funcional de pacientes pediátricos con Niemann-Pick C en Argentina

Abstract Niemann-Pick type C (NP-C) is a rare, autosomal recessive disorder. At least 95% of all the cases with this disease are due to mutations in the NPC1 gene. The clinical signs and symptoms of NP-C are classified into visceral, neurological and psychiatric. Our aim is to report the clinical findings, molecular results and filipin staining of 4 patients. The age of onset, expressed as median and range, was 0.2 (0.08-4.0) years and the age of diagnosis was 4.0 (2.5-8.9) years. Neurological and/or visceral manifestations were presented in our patients. Foamy cells in bone marrow biopsy were found in two patients. Through a molecular analysis of NPC1 gene, one non-reported (novel) and 4 previously described mutations were found. The filipin staining showed a positive pattern in all the patients. The diagnostic confirmation of these pediatric patients means a contribution to the casuistry of this disease in Argentina.

Resumen Niemann-Pick tipo C (NP-C) es una enfermedad poco frecuente, con un patrón de herencia au tosómico recesivo. Al menos el 95% de los casos se producen por mutaciones en el gen NPC1. Los signos y síntomas clínicos de NP-C se clasifican en viscerales, neurológicos y psiquiátricos. En este trabajo presentamos los hallazgos clínicos, los resultados moleculares y la tinción con filipina de 4 pacientes con NP-C. La edad de presentación de los primeros síntomas, expresada como mediana y rango, fue de 0.2 años (0.08-4.0) años y la edad del diagnóstico fue 4.0 (2.5-8.9) años. Los pacientes presentaron manifestaciones neurológicas y / o vis cerales. Se encontraron células espumosas en la biopsia de médula ósea en 2 pacientes. El análisis molecular del gen NPC1 encontró 1 variante nueva y 4 previamente publicadas. La tinción de filipina mostró un patrón positivo en todos los pacientes. La confirmación diagnóstica de este grupo de pacientes pediátricos significa un aporte a la casuística de esta enfermedad en Argentina.

EFECTO DEL FILTRADO DE SECUENCIAS EN EL ENSAMBLADO DEL GENOMA DE Bacillus altitudinis 19RS3 AISLADO DE Ilex paraguariensis / Effect of sequence filtering on the assembly of the Bacillus altitudinis 19RS3 genome isolated from Ilex paraguariensis

RESUMEN El filtrado de secuencias es un paso esencial sin importar el tipo de tecnología aplicada para la secuenciación de un genoma, en el cual las lecturas de baja calidad o una parte son eliminadas. En un ensamblado la construcción de un genoma se realiza a partir de la unión de lecturas cortas en cóntigos. Algunos ensambladores miden la relación que existe entre secuencias de una longitud fija (k-mer) que puede verse afectada por la presencia de secuencias de baja calidad. Un enfoque común para evaluar los ensamblados se basa en el análisis del número de cóntigos, la longitud del cóntigo más largo y el valor del N50, definido como la longitud del cóntigo que representa el 50 % de la longitud del conjunto. En este contexto, el presente estudio tuvo como objetivo evaluar el efecto del uso de lecturas crudas y filtradas en los valores de los parámetros de calidad obtenidos en el ensamblado del genoma de Bacillus altitudinis 19RS3 aislada de Ilex paraguariensis. Se realizó el análisis de calidad de ambos archivos de partida con el software FastqC y se filtraron las lecturas con el softwareTrimmomatic. Para el ensamblado se utilizó el software SPAdes y para su evaluación la herramienta QUAST. El mejor ensamblado para B. altitudinis 19RS3 se obtuvo a partir de las lecturas filtradas con el valor de k-mer 79, que generó 16 cóntigos mayores a 500 pb con un N50 de 931 914 pb y el cóntigo más largo de 966 271 pb.

ABSTRACT Sequence filtering is an essential step regardless of the type of technology applied for sequencing a genome, in which low-quality readings or a portion are eliminated. In an assembly, the construction of a genome is carried out from the union of short reads in contigs. Some assemblers measure the relationship between sequences of a fixed length (k-mer) that can be affected by the presence of low-quality sequences. A common approach to evaluating assemblies is based on the analysis of the number of contigs, the length of the longest contig, and the value of N50 defined as the length of the contig representing 50 % of the length of the assembly. In this context, the objective of this study was to evaluate the effect of the use of crude and filtered reads on the values of the quality parameters obtained from the genome assembly of Bacillus altituidinis 19RS3 isolated from Ilex paraguariensis. The quality analysis of both starting files was performed with the FastqC software and the readings were filtered with the Trimmomatic software. The SPAdes software was used for the assembly and the QUAST tool for its evaluation. The best assembly for B. altitudinis 19RS3 was obtained from the filtered readings with the value of k-mer 79, which generated 16 contigs greater than 500 bp with a N50 of 931 914 bp and the longest contig of 966 271 bp.

Métodos y desafíos en la medición de desigualdades sociales en salud de Cuba / Methods and challenges in the measurement of social inequalities in health of Cuba

Introducción: Los individuos en posiciones de desventaja socioeconómica presentan un mayor riesgo de sufrir enfermedades. En Cuba, las ciencias sociales investigan sobre la inequidad social desde enfoques diferentes, en los que prevalecen las técnicas cualitativas con poca divulgación de los métodos cuantitativos que permitan la localización de desigualdades. Objetivo: Proponer un procedimiento para medir las desigualdades sociales en salud en el contexto cubano con el empleo de métodos cuantitativos. Métodos: Revisión bibliográfica sobre las técnicas y sus fundamentos. Se compararon los métodos según desafíos metodológicos, estructura de la información de entrada, ventajas y limitantes, interpretación de los resultados, posibilidades para capturar la desigualdad y software disponible para cada técnica. Se propusieron etapas para la medición de las desigualdades sociales en salud de acuerdo con la comparación realizada, los desafíos metodológicos planteados en las investigaciones, las alternativas metodológicas propuestas y la experticia de los investigadores. Conclusiones: Entre las limitantes de los métodos clásicos está la necesidad de tener datos hasta el nivel mínimo de análisis. El agrupamiento tiene como desafío metodológico el diseño de una extracción de rasgos. El análisis multinivel asume que los efectos contextuales son los mismos para todos los individuos dentro de los grupos a lo largo del tiempo. Esta dificultad es resuelta por el análisis de secuencias sociales. El requerimiento de datos longitudinales es el mayor impedimento de esta técnica para su utilización en Cuba(AU)

Introduction: Individuals in positions of socio-economic disadvantage are at increased risk for diseases. In Cuba, the social sciences research on social inequity from different approaches, in which prevail the qualitative techniques with little disclosure of quantitative methods that allow the location of inequalities. Objective: To propose a procedure for measuring social inequalities in health in the Cuban context with the use of quantitative methods. Methods: Bibliographical review on the techniques and their fundamentals. The methods were compared according to the methodological challenges, the structure of the entry information, advantages and limiting factors, interpretation of the results, possibility to capture inequality, and software available for each technique. There were proposed stages for measuring the social inequalities in health according with the comparison made, the methodological challenges posed in the researches, the methodological alternatives proposed and the expertise of the researchers. Conclusions: Among the limitations of the classical methods is the need to have data up to the minimum level of analysis. Grouping has as methodological challenge the design of a removal of features. Multilevel analysis assumes that the contextual effects are the same for all individuals within groups over time. This difficulty is solved by the analysis of social scripts. The requirement of longitudinal data is the biggest handicap of this technique for its use in Cuba(AU)

Métodos y desafíos en la medición de desigualdades sociales en salud de Cuba / Methods and challenges in the measurement of social inequalities in health of Cuba

RESUMEN Introducción: Los individuos en posiciones de desventaja socioeconómica presentan un mayor riesgo de sufrir enfermedades. En Cuba, las ciencias sociales investigan sobre la inequidad social desde enfoques diferentes, en los que prevalecen las técnicas cualitativas con poca divulgación de los métodos cuantitativos que permitan la localización de desigualdades. Objetivo: Proponer un procedimiento para medir las desigualdades sociales en salud en el contexto cubano con el empleo de métodos cuantitativos. Métodos: Revisión bibliográfica sobre las técnicas y sus fundamentos. Se compararon los métodos según desafíos metodológicos, estructura de la información de entrada, ventajas y limitantes, interpretación de los resultados, posibilidades para capturar la desigualdad y software disponible para cada técnica. Se propusieron etapas para la medición de las desigualdades sociales en salud de acuerdo con la comparación realizada, los desafíos metodológicos planteados en las investigaciones, las alternativas metodológicas propuestas y la experticia de los investigadores. Conclusiones: Entre las limitantes de los métodos clásicos está la necesidad de tener datos hasta el nivel mínimo de análisis. El agrupamiento tiene como desafío metodológico el diseño de una extracción de rasgos. El análisis multinivel asume que los efectos contextuales son los mismos para todos los individuos dentro de los grupos a lo largo del tiempo. Esta dificultad es resuelta por el análisis de secuencias sociales. El requerimiento de datos longitudinales es el mayor impedimento de esta técnica para su utilización en Cuba.

ABSTRACT Introduction: Individuals in positions of socio-economic disadvantage are at increased risk for diseases. In Cuba, the social sciences research on social inequity from different approaches, in which prevail the qualitative techniques with little disclosure of quantitative methods that allow the location of inequalities. Objective: To propose a procedure for measuring social inequalities in health in the Cuban context with the use of quantitative methods. Methods: Bibliographical review on the techniques and their fundamentals. The methods were compared according to the methodological challenges, the structure of the entry information, advantages and limiting factors, interpretation of the results, possibility to capture inequality, and software available for each technique. There were proposed stages for measuring the social inequalities in health according with the comparison made, the methodological challenges posed in the researches, the methodological alternatives proposed and the expertise of the researchers. Conclusions: Among the limitations of the classical methods is the need to have data up to the minimum level of analysis. Grouping has as methodological challenge the design of a removal of features. Multilevel analysis assumes that the contextual effects are the same for all individuals within groups over time. This difficulty is solved by the analysis of social scripts. The requirement of longitudinal data is the biggest handicap of this technique for its use in Cuba.

Mutational spectrum in breast cancer associated BRCA1 and BRCA2 genes in Colombia / Espectro de mutaciones en los genes BRCA1 y BRCA2 asociados a cáncer de mama en Colombia

Abstract Introduction: The risk of developing breast and ovarian cancer is higher in families that carry mutations in BRCA1 or BRCA2 genes, and timely mutation detection is critical. Objective: To identify the presence of mutations in the Colombian population and evaluate two testing strategies. Methods: From a total universe of 853 individual blood samples referred for BRCA1 and BRCA2 typing, 256 cases were analyzed by complete direct sequencing of both genes in Myriad Genetics, and the remaining 597 cases were studied by partial sequencing based on founder mutations in a PCR test designed by ourselves ("Profile Colombia"). Results: We found 107 patients carrying deleterious mutations in this group of patients, 69 (64.5%) located in BRCA1, and 38 (35.5%) in BRCA2. Overall, we detected 39 previously unreported mutations in Colombia (22 in BRCA1 and 17 in BRCA2) and only 4 out of the 6 previously reported founder mutations. Sixty four out of 597 patients (10.7%) studied by "Profile Colombia" showed mutations in BRCA1 or BRCA2, and 41/256 patients (16%) showed mutations by complete BRCA1-BRCA2 sequencing. Conclusions: The spectrum of 44 different mutations in Colombia as detected in our study is broader than the one previously reported for this country. "Profile Colombia" is a useful screening test to establish both founder and new mutations (detection rate of 10.7%) in cases with family history of breast cancer. Complete sequencing shows a detection rate of 16.0%, and should complement the study of the genetic basis of this disease.

Resumen Introducción: El riesgo de desarrollar cáncer de mama y cáncer de ovario puede transmitirse en familias que porten mutaciones en los genes BRCA1 o BRCA2. La detección de estas mutaciones permite tomar decisiones oportunas en el ámbito de la medicina preventiva. Objetivo: Estudiar el espectro de mutaciones en la población colombiana y evaluar dos estrategias de detección. Metodos: Se incluyeron en total 853 pacientes con diagnóstico de cáncer de mama y con solicitud de análisis de los genes BRCA1 y BRCA2. Un total de 256 pruebas se analizaron mediante secuencia directa completa de estos genes en Myriad Genetics, y las restantes 597 se estudiaron mediante secuencia parcial basada en mutaciones fundadoras a través de la prueba "Perfil Colombia", implementada por nosotros. Resultados: Se detectaron 107 pacientes portadores de mutaciones en pacientes colombianos, 69 de las cuales estaban localizadas en BRCA1 y 38 en BRCA2. De estas 39 mutaciones son nuevas (22 en BRCA1 y 17 en BRCA2) y solo se hallaron 4 de las 6 mutaciones reportadas previamente como fundadoras en Colombia. En 64/597 pacientes analizados mediante el "Perfil Colombia" se detectaron mutaciones en BRCA1 o BRCA2, así como en 41/256 pacientes que solicitaron la secuenciación completa de los genes BRCA1 y BRCA2. Conclusiones: El espectro de mutaciones fundadoras en Colombia es más amplio que el reportado anteriormente para este país. El "Perfil Colombia" es una prueba que revela a la vez mutaciones fundadoras y mutaciones nuevas, con una tasa de detección del 10.7%. La secuenciación completa presenta una tasa de detección del 16.0% y puede complementar el diagnóstico de la base genética de esta enfermedad.

Detection of the ompA gene of Chlamydophila pecorum in captive birds in Argentina / Detección del gen ompA de Chlamydophila pecorum en aves en cautiverio, en la Argentina

Bacteria belonging to the family Chlamydiaceae cause a broad spectrum of diseases in a wide range of hosts, Including humans, other mammals and birds. However, very little is known about chlamydial infections in birds in our region. In the present study, we examined 28 clinically normal birds In illegal captivity that were confiscated in the province of Córdoba, Argentina. The objective was to detect Chlamydophila spp. in cloacal swabs by genetic analysis of the ompA gene. Nested-PCR of the ompA gene identified five samples as Chlamydophila pecorum and the sequence analysis demonstrated the presence of the ompA gene of C. pecorum In these birds. On the other hand, Chlamydophila psittaci was not detected. These birds could be either asymptomatic reservoirs or subclinical carriers of C. pecorum. This is the first report of the detection of C. pecorum in Argentina.

Las bacterias que pertenecen a la familia Chlamydiaceae causan un extenso espectro de enfermedades en una amplia gama de huéspedes, incluidos los seres humanos, otros mamíferos y aves. Sin embargo, se sabe muy poco acerca de las infecciones por clamidias en aves de nuestra reglón. Esta Investigación examinó 28 aves clínicamente normales mantenidas en cautiverio ¡legal, que fueron confiscadas en Córdoba, Argentina. El objetivo fue detectar Chlamydophila spp. en hisopados cloacales por análisis del gen ompA. La PCR anidada del gen ompA reveló la presencia de Chlamydophila pecorum en cinco muestras. El análisis de secuencias demostró la presencia del gen ompA de C. pecorum en estas aves. Por el contrario, Chlamydophila psittaci no se detectó. Estas aves pueden ser reservónos asintomáticos o portadores subclínlcos de C. pecorum. Este es el primer informe de la detección de C. pecorum en la Argentina.